武漢新病毒的擴散牽動著海外華人的心。連我們的文學城也被戲稱傳染了新型肺炎。
我們關心包括毒源、宿主、傳染能力、傳播速度、如何防禦和治療等等。
科學家也同樣關心，這裏回顧一下在這幾天裏有什麽科研新進展。
一、
傳染病的傳播和草原或森林的火災擴散相似，都有數學模型，可以用計算機進行模擬。數學模型有簡單的，也有複雜的。所涉及的數學包括常微分方程、偏微分方程、網絡動力學和分形（fractal）等。
廈門大學公共衛生學院陳田木等六人在“生物預印本網站”（biorxiv.org）發表了“模擬武漢新型冠狀病毒傳播的數學模型”的文章，DOI: 10.1101/2020.01.19.911669。
作者提出可以用 Reservoir-People 傳播（傳染）網絡模型（RP模型）計算出基本繁殖數（R0），以評估新病毒的傳播能力，見下圖。
圖中的第一行是病毒源，假定是蝙蝠，分為四個部分：易受感染的蝙蝠（SB），暴露的蝙蝠（EB），受感染的蝙蝠（IB）和已康複的蝙蝠（RB）。
第二行是中間宿主，也分為四個部分：易受感染的宿主（SH），暴露的宿主（EH），受感染的宿主（IH）和已康複的宿主（RH）。
第三行是傳染地-海鮮市場。
第四行是人群，分為五個部分：易感人群（SP），暴露人群（EP），有症狀感染者（IP），無症狀感染者（AP）和康複者/死亡者（RP）。
文章給出了這14部分的微分方程。
可惜我沒看到大家最關心的用此模型算出的數字。
二、
目前除複旦大學上傳到美國國立衛生研究院網站上以外，到寫稿時為止還有25個病毒基因序列已上傳到德國的gisaid.org網站上，供專業人員下載研究。其中包括浙江疾控中心2例、中科院武漢病毒所5例、中國疾控中心病毒所3例、北京協和醫學院5例、湖北疾控中心1例、廣東疾控中心6例；此外還有泰國2例、日本1例。
香港城市大學董寧等人的“基因組和蛋白質結構建模分析描述2019-nCoV的起源和傳染性”，DOI: 10.1101/2020.01.20.913368
文章的文摘部分說：新病毒是蝙蝠樣病毒的新型，並且在基因上與人類SARS冠狀病毒的距離相當遠（genetically fairly distant）。對這種新病毒的刺突（S）蛋白的結構分析表明，其S蛋白僅與人細胞上的ACE2受體弱結合，而人SARS冠狀病毒對ACE2受體表現出強烈的親和力。這些發現表明，這種新病毒在人與人之間不易傳播，並且理論上不應該引起嚴重的人類感染。
誒呀媽呀，不易傳播？還是讀者自己下載看看吧，如果你想接著看的話。在網上輸入文章題目後麵的DOI號碼就可以免費下載全文。
三、
邁克爾·C·萊科（Michael C Letko）二人的“譜係B的β冠狀病毒包括2019-nCoV的細胞進入和受體使用的功能評估”，DOI: 10.1101/2020.01.22.915660
文章說：β冠狀病毒中分為四個譜係：譜係B（包括SARS-CoV）和新興的2019-nCoV，具有大約200種已發布的病毒序列，而譜係C（包括MERS-CoV）具有500多個病毒序列。冠狀病毒的結構研究表明，刺突RBD能夠獨立於其餘刺突蛋白折疊，並包含與宿主受體結合的所有結構信息。
這篇也是根據已發表的RNA序列研究新病毒與人體ACE2受體結合的理論文章。說明此次事件與2003年不同的是，中國在最短的時間裏公開發布了大量的病毒全基因序列，無聲的與世界各國科學家合作攻關。
四、
中國科學院武漢病毒所石正麗等29人有關新型冠狀病毒及其潛在的蝙蝠起源的文章，DOI: 10.1101/2020.01.22.914952。
本城博友已有介紹，這裏就省略了。
五、
北大等五個單位的研究人員在《醫學病毒學雜誌》（Journal of Medical Virology）上在線發表了關於蛇可能是中間宿主的論文（10.1002/jmv.25682）。
各大媒體如CNN、CBS的都報道了該論文的觀點，科技媒體如《科學美國人》等也有報道。
盡管文章的內容也引起了爭議，但立題是對的：“誰吃了蝙蝠染上了病毒，後又與人有接觸”。就像17年前SARS時：果子狸獵殺蝙蝠帶了毒、然後被抓、帶到市場又傳染給人。隻是不知道武漢的那個市場裏是不是賣那兩種蛇和其他幾種動物，是否已取樣。
該文對比了（見下圖）舟山蝙蝠病毒、武漢新病毒、銀環蛇、眼鏡蛇、旱獺屬、刺蝟、穿山甲、中華菊頭蝠、原雞、智人的基因。得出了蛇最可能是中間宿主。下圖取自該論文，版權：《醫學病毒學》雜誌。
該期刊是小開本，表格的排版很難閱讀。
複旦大學盧洪洲等三人的文章“中國武漢市病因不明的肺炎暴發：神秘與奇跡”（/jmv.25678）中有句話：“上個月，大多數患者去了武漢的魚類和野生動物市場。 這個魚類和野生動物市場也出售活體動物，例如家禽，蝙蝠，土撥鼠和蛇”。隻知道關島人吃蝙蝠，難道國人也吃蝙蝠？
《自然》、《科學》等要經過同行評審的期刊還沒有見到關於新病毒的研究文章。
六、
許多人關心新病毒的基因突變，可以到這個網站看看：https://nextstrain.org/ncov?m=num_date。這是使用來自GISAID（截止到寫稿時）的數據繪製的的新型冠狀病毒（nCoV）的基因組流行病學樹。將鼠標移到一個端點上，就可以看到這個基因序列中哪裏發生了突變。隻可惜兩個相鄰的端點是不是有親屬關係？不知道。
