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基因是人體的“建築圖紙”，承著載人體的全部遺傳信息，其化學本質是DNA。當一些基因出現了異常，就會影響人體的各種生理活動，嚴重時會導致疾病。基因突變就是癌症發生的根本原因。
基因檢測是通過血液、其他體液或細胞對DNA進行檢測的技術，是取被檢測者脫落的口腔黏膜細胞或其他組織細胞，擴增其基因信息後，通過特定設備對被檢測者細胞中的DNA分子信息作檢測，預知身體患疾病的風險，分析它所含有的各種基因情況，從而使人們能了解自己的基因信息，改善自己的生活環境和生活習慣，避免或延緩疾病的發生。
基因檢測在腫瘤方麵的應用分為幾個方麵：
1、遺傳性腫瘤基因檢測
遺傳性腫瘤是指生下來就攜帶某個缺陷基因而導致的腫瘤，占所有腫瘤的5-10%。
健康的人，為了知道他患癌的風險就可以做這個檢測，看他是否天生帶有某種基因的突變。比如安吉麗娜·朱莉帶了BRAC1基因突變，她患乳腺癌和卵巢癌的風險就增高了。
對於已經患了腫瘤的人，做基因檢測看他（她）的腫瘤是否是遺傳性的，也是很有價值的。因為如果一個患者的腫瘤是因為天生攜帶某種基因缺陷導致的，如攜帶BRAC基因的乳腺癌，那麽她一側乳房得了，另一側乳房還具有同樣的高風險，還有很高的風險會得卵巢癌，那麽患者也需要做好預防。
遺傳性腫瘤基因檢測目前有十幾種腫瘤，主要是乳腺癌和卵巢癌等，所以並不是檢測遺傳性腫瘤越多越好，而且正好合適。
遺傳性腫瘤基因檢測需要使用全基因測序，而不能使用芯片檢測一些熱點，檢測熱點會存在漏檢，雖然便宜，但是檢測結果並不是準確。這個在選擇時，不要過於看重價格，而是看是否把基因測通，數據分析如何。
2、化療用藥指導方麵的基因檢測
很多公司做的化療藥物用藥指導，就是檢測人正常的白細胞的基因多態性，這些基因多態性決定了人對化療藥物的代謝能力，因為人的基因是不同的，就像是人的身高一樣，人的基因也有差異，這個叫做基因的多態性。這個多態性決定了不同患者使用同樣一種化療藥物，效果會不同，副作用也不同，比較典型的例子就是伊立替康。
目前對化療藥物敏感性、毒副作用的基因檢測，其實測的是人的正常細胞的基因的多態性，而不是測的癌細胞的基因突變，而且基本源自體外實驗數據，指導意義很有限。
所以實踐中，大多數醫生並不怎麽認可這種檢測結果，不管檢測結果如何，他們最後還是用NCCN指南來選擇化療藥物，一方麵選擇麵有限，另一方麵那樣治療是合乎規定的。
3、腫瘤個體化用藥指導基因檢測
個體化用藥，就是藥物治療“因人而異”，在充分考慮每個病人個體差異（包含基因層麵）的基礎上製定安全、合理、有效、經濟的藥物治療方案。基因檢測的目的在於讓患者在最大範圍內尋找可以應用的靶向藥物。
目前比較常見的是EGFR、KRAS、ALK基因突變，根據突變檢測結果選擇相對應的靶向藥物。醫院裏很多時候用的是Sanger或QPCR來做EGFR基因檢測，比如常見的18、19、20和21號外顯子，這麽測了這麽多外顯子其實測的隻有一個EGFR基因。
隨著第二代基因測序的技術進步，不再用單獨的Sanger來測序一個EGFR基因，EGFR不突變再測ALK，然後再測ROS1，弄到最後樣本沒有了，時間也耽誤了。而是用大規模平行測序技術一次性檢測幾十個，幾百個基因。
所謂的二代基因測序的原理就是把DNA提取出來，然後用超聲波的技術隨機地把DNA打斷成很小的片段，比如一個片段幾十BP(堿基對)或一兩百BP，通過芯片捕獲技術把這些片段DNA給捕獲下來，然後加接頭，進行橋式PCR擴增，最後進行平行測序。二代測序技術可以對幾十或者幾百個基因進行測序。
4、組織與外周血檢測的異同
迄今為止，組織樣本是基因檢測癌症的最可靠方法，但它是一種侵入性的過程，而血液檢測是一種非侵入性的方法，可減輕患者的壓力，並且在一定程度上最大化了無法取到組織的腫瘤患者的生存希望。
血液檢測一般采用循環腫瘤測序（ctDNA）方法，是通過測定腫瘤細胞釋放到血液循環係統中的DNA，來評估癌症關鍵基因的突變，從而實現指導用藥。大量文獻表明，通過檢測血液中得ctDNA,檢測結果與組織檢測的一致性為60%-95%
對同一患者的組織樣本和血液樣本進行檢測，因組織選取的部位不同、腫瘤分期差異等，會存在組織血液不一致的現象。分析其原因，主要有以下兩點：
- 血液中ctDNA是由死亡的細胞釋放至血液中，若在血液中未檢測到組織中檢到的基因變異，可能是這部分基因變異未釋放至血液中，或者濃度太低導致未檢出。
- 組織的異質性，使得所檢測的組織樣本不能完全代表患者腫瘤基因變異的全貌，因此可能存在組織中未檢到而血液中檢到的情況。
- 血液檢測盡可能在腫瘤爆發進展期抽取血液做檢測，並且抽血前一個月以上未進行放化療更準確。
5、腫瘤的異質性
不同患者的腫瘤是不一樣的，對於同一個患者，他身上的腫瘤也是不一樣的。比如某個人是肺癌，如果轉移到腎上或者肝上，兩個不同病灶之間的基因突變是不一樣的。因為腫瘤細胞在分裂的時候傾向於出現一些錯誤，這些錯誤會導致癌細胞在複製和分裂的時候變得與眾不同，這些不同會導致它們對藥物的敏感性和耐受性都不一樣。這樣他們麵對藥物和免疫係統攻擊時有更多的選擇，有生存下來的機會，是非常狡猾的。
下麵這張圖是腫瘤的異質性，大家看這個圖，可能就能更好地理解了腫瘤的異質性。異質性腫瘤之所以難以治愈的根本原因。因為它們一直在變化，沒有藥物都能殺滅它們。
6、測序深度
需要了解一個概念就是測序深度，這是評價一個二代測序產品的指標。所謂的測序深度，500乘就是相當於目標堿基被平均測了500次。打個比方，一個紙箱子裏有100個球，其中白色的有80個，紅色的有5個，如果隻是隨機地抓取一次，那麽絕大部分概率是抓取到白色的球，抓取不到紅色的球，也就是紅色的球就檢測不到了。那麽如果隨機抓取300次，1000次，或者抓取的次數越多，就能把紅色的球抓取出來了，即便是紅色的球隻有1個。所以說，二代測序的好處就是它能平行地測很多次，測的次數越多，它的檢測的準確率就越高。這個隨機抓取的次數，就是所謂的測序深度，就是平均每個堿基被檢測到的次數。
大家經常能夠碰到基因檢測公司它的測序深度是多深，比如說對於組織樣本它的測序深度是300X，就相當於它隨機地抓取了300次。如果是對於外周血，或者其他的液體樣本，它的測序深度是2000X，3000X，10000X，就相當於它隨機地抓去了2000次，3000次或者10000次。它的測序深度越高，它獲取的信息越準確。當然了，試劑的成本也越高，它檢測的數據量也就越大，後續的分析的價格可能也就越高。
