扁桃體手術後的長期後遺症沒有一個非常令人信服的大樣本研究。

1. 扁桃體手術理論上可能降低呼吸係統的免疫力。

目前扁桃體的手術指證比幾十年前相對要嚴格。其長期後遺症目前還沒有一個比較令人信服的大樣本研究。

2. 短期副作用包括1-5%的手術後出血，有時可能需要再次手術。

3. 其他短期副作用包括手術後因疼痛導致飲水不足而脫水需要靜脈補液等等。