倪大師寫此文後五年不到便在台北醫大醫院病逝，享年58歲。

2012年1月29日夜晚在台北家中昏迷，送台北醫學大學附屬醫院急救，2012年1月31日於台北醫學大學醫院病逝，診斷是心肺衰竭。沒有舉行公開葬禮，隻有對親朋好友及學生舉行追思音樂會，追思會由倪海廈兒子及學生李宗恩主持。

關於倪海廈醫師的死因，外界傳言不一，倪海廈醫師的家人隻宣稱倪先生在睡夢中過世，並非死於任何癌症^{[來源請求]}。因病人隱私，該消息無法由家屬以外的人所證實。倪海廈醫師幾位重要弟子則表示倪先生是因過度勞累而去世^{[來源請求]}，因是急性瘁死，有可能是急性心臟病發作：早在教授《天紀》時，倪海廈醫師就已經告訴學生他五十九歲有個大劫^{[來源請求]}，大小二限合很難躲掉。因而倪海廈醫師最終未能完成《地紀》的撰寫。

所有跟帖： 

• 嗯，這樣看來他是勞累過度猝死的，和他的性格很相符倒是 -mapleinfall- ♀ (0 bytes) () 10/10/2016 postreply 19:05:35

• 和他家人宣稱的不一樣，他的弟子說大師在病逝前有一段時間睡不好，吃不下。更有普通民眾目擊他死前不久在台灣的醫院門診部出現。 -Diana-Sun- ♀ (146 bytes) () 10/10/2016 postreply 19:28:03

• 你好象什麽都知道，什麽都要攻擊。別太把自己當根蔥！ -難忘初心- ♀ (0 bytes) () 10/10/2016 postreply 19:58:05