結腸鏡中結腸穿孔的發生率大約是千分之一（所有結腸鏡檢查）。健康人普查結腸鏡的穿孔危險要遠低於病人的診斷性結腸鏡檢查。

穿孔的危險主要有：年齡；結腸病史，比如潰瘍性結腸炎，各種原因引起的結腸擴張，結腸癌，結腸切除後的結腸鏡複查等等；活檢，需要活檢時穿孔的危險明顯高於不需活檢的結腸鏡檢查；病人不配合，或麻醉深度不夠，術中特別是活檢時病人突然大幅度活動；醫生經驗不足。

穿孔的方式：結腸鏡直接穿透腸壁或腸壁的薄弱部位；術中?結腸充氣時，腸內壓力升高導致穿孔，很少見；活檢鉗穿孔；活檢取材太深。

診斷：術中已知的穿孔；術中沒有意識到的穿孔，術後因並發症而診斷的穿孔，並發症比如出血，氣腹，腹膜炎急腹症?；延期發生的穿孔，當時未穿孔但因腸壁組織損傷缺血導致壞死而延期發生的穿孔。

治療：主要是手術治療，修補或切除部分結腸，有時需要結腸造瘺。已知的穿孔一般馬上叫普外，直接進手術室。書中未發現的要看具體情況了，有的在開腹探查時才發現。再有就是抗感染。

預後：當時和早期發現的預後較好，有合並症的要看具體情況了。