藍菌生物含有神經毒素BMAA(β-N-methylamino-L-alanine),BMAA已證實會對動物產生強烈的毒性,加速動物腦神經退化、四肢肌肉萎縮等等,小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經元。
藍菌的次生代謝產物微囊藻毒素(Microcystin)有非常強的毒性,可能會嚴重損害肝髒[11],引致肝癌[12]。1996至1999年間,美國俄勒岡健康部門(Oregon Health Division)曾對市麵上87種藍菌及螺旋藻保健食品進行測試,發現其中竟然有85種保健食品均含有微囊藻毒素。[13]
螺旋藻含有苯丙氨酸,對於有代謝性毛病的苯丙酮尿症病患來說,由於他們的身體不能代謝這種氨基酸,應避免進食含螺旋藻的食物,以免苯丙氨酸在腦內積累,造成損害[14]。另外,由於螺旋藻隻是營養補充劑,所以其生產及品質無需受到美國食物及藥品管理局的監管。