西漢漢成帝時，劉向等人曾大規模校理古籍，李柱國則負責校理方伎，原書目先載於劉向《別錄》，後載於其子劉歆《七略》，今二書已佚，但其目錄內容被東漢班固引錄於《漢書》〈藝文誌〉中，後世仍可以推見其原貌。《漢書·藝文誌·方技略》載有醫經、經方、神仙和房中四種中醫典籍。其中醫經有：
- 《黃帝內經》十八卷，《外經》三十七卷；
- 《扁鵲內經》九卷，《外經》十二卷；
- 《白氏內經》三十八卷，《外經》三十六卷，《旁篇》二十五卷。
這是歷史上對《黃帝內經》最早的記錄，學者認為《黃帝內經》的編著及命名很可能是成自劉向之手。
在南北朝的時候，《黃帝內經》已經因傳抄及戰亂而散失，分成《素問》及《針經》兩種版本，分別流傳。最早對內經進行整理的學者，是晉朝的皇甫謐，他根據《素問》、《針經》及《明堂孔穴》，編著成《黃帝三部鍼灸甲乙經》一書。在《甲乙經》序中，他說：「按《七略》、《藝文誌》，《黃帝內經》十八卷，今有《針經》九卷，《素問》九卷，二九十八卷，即內經也，亦有所亡失。」
南北朝時出現了第一本為《素問》作校註的書，作者為全元起。全元起校注的《素問》本，北宋時尚存，以後便散失不見了。今從林億等所校訂的《重廣補注黃帝內經素問》中，尚可看到全元起編排的卷目次第和少量注文。
唐初楊上善將《靈樞》、《素問》的條文，根據內容重新分類，編次成《黃帝內經太素》三十卷。此書雖然早於王冰，但流傳不廣，對於後世的影響較小，在宋朝時已經失傳。
《隋書·經籍誌》中記載有黃帝素問九卷，梁八卷；黃帝鍼經九卷。這個版本應該就是全元起及楊上善所採用的底本，其中有許多重複及錯誤難解的地方，因此並沒有吸引很多醫家對它進行深入研究，在王冰本出現之後，就被取代了。
對後世影響最大的內經版本，首推唐代王冰註釋的《黃帝內經素問》。王冰深入研究《素問》，對當時通行的版本提出批評[1]並決心進行整理，耗時十二年，在唐朝寶應年間完成出版。王冰以其師的「張公秘本」作為藍本，補入原本失傳的七卷，並參校其 它流傳版本的《素問》加以整理、註釋、編排次序，完成二十四卷的巨著。王冰將原來的內容用黑筆來寫，他加上的註釋用紅筆來寫，以區分原文與註釋之別。但在 後來百年的傳抄之下，紅字又被寫成黑色，何處為王冰註釋，又難以區分了。王冰補入第七卷的七篇大論－《天元紀大論》、《五運行大論》、《五常政大論》、 《六微旨大論》、《六元正紀大論》、《氣交變大論》、《至真要大論》是運氣學說的主要依據。
王冰版的素問，後經北宋林億等重新校著後，稱為《重廣補注黃帝內經素問》（又稱《新校正》本），成為最完整的《素問》善本，也是官方考試的依據。現今流傳的《黃帝內經》就是這個版本，金元明清的醫家，註解內經時，也都採用這個版本。
內經“刺法論篇第七十二”和“本病論篇第七十三”兩篇，在王冰註釋時已經失傳。北宋林億校正《素問》時，曾提及當時有《素問亡篇》的流傳，劉溫舒《素問入式運氣論奧》中附有此兩篇原文，署為《素問遺篇》。後世大多認為出自唐宋間人偽托。
