鍾南山及其團隊發表的關於板藍根的論文《In vitro inhibition of influenza virus infection by a crude extract from Isatis indigotica root resulting in the prevention of viral attachment》為揭示板藍根的作用機理提供了實驗基礎。網友 viewfinder 提供的 link：http://www.spandidos-publications.com/ ，全文可進入 link: http://www.spandidos-publications.com/mmr/5/3/793 ）。根據該論文，可以給出機理的大致輪廓。
1. 他們的粗提取液中的某一組分對人或禽類的流感病毒(influenza virus)的不同亞型有抑製作用，包括H1N1, H2N2, H6N2, H7N3，H9N2。但對呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus)，腺病毒(adenovirus 3), 副流感病毒(parainfluenza virus 3)，和腸道病毒 (enterovirus 71) 無效。其他粗提組分無效。這一數據可以部分地解釋為什麽板藍根對流感/感冒而言對有些人有效，對有些人無效。因為（1）流感和感冒的症狀很像，不易區分，更不易區分是什麽病毒引起的；（2）由於個體的免疫能力和範圍不同，有些人對某些流感/感冒病毒有很好的抵抗力，但對另一些流感/感冒病毒抵抗力差；（3）板藍根對很多流感病毒有效，而對一些引起感冒的病毒無效。由於以上3個因素，造成板藍根對有些人的症狀有效而對另一些人的症狀無效。比如張三認為自己得了流感，但其實是某種病毒引起的感冒，或2者兼而有之。這人服用板藍根，如果板藍根對這種病毒沒有抑製作用，就會無效或療效不佳。反之亦然。由於他們實驗中運用的可以引起流感/感冒的病毒種類還不夠多，而環境中可以導致感冒的病毒種類極多，所以以上有效和無效的解釋或運用隻能是部分的。由於實際運用中板藍根的有效率很高，所以可推測板藍根對流感和感冒病毒的抑製譜係很寬。特別針對流感，是一味好藥。
2. 從他們的論文可以看出，同抗病毒西藥 amantadine 和 ribavirin 相比，對於各種流感病毒的IC50 需要很高的粗提液濃度，板藍根粗提液IC50 的濃度範圍從 0.39 – 5.00 mg/mL, 而 amantadine 是 0.015 – 0.050 mg/mL, ribavirin 是 0.0068 – 0.0370 mg/mL。這組數據可以解釋為什麽板藍根用在流感初起之時效果好，一旦過了初期，效果就下降。板藍根衝劑服用後，有效成分在血液內的濃度不會很高，隻有在血液內病毒濃度很低時（流感初起），逃脫板藍根作用的病毒數量很小，機體的免疫功能可以成功抑製殘餘逃脫的病毒。一旦血液內病毒濃度增高（過了流感初起），逃脫板藍根的病毒數量大大增加，超出了機體免疫功能的抵抗力，此時板藍根效力下降。他們的數據也印證了某個網友不用成藥衝劑，自己直接用生板藍根煎服，效果極佳（似乎可以預防），估計是因為自己煎服的濃度高。讓人高興的是，他們的試驗結果顯示，病毒對板藍根很難產生抗藥性。
3. 他們的論文指出，有效成分的分子量在3500 – 7000 之間。根據這個數據，有效成分如果需要通過腎髒過濾排除的話，這麽大的分子對腎髒是個很大的負擔。再加上其他眾多的非有效成分，可以解釋網友“老馬識途”所說的對腎髒的副作用。這是我們服用板藍根時應該注意的。
4. 他們的論文沒有將粗提液與全溶液比較，所以無法判斷除了那一個粗提液組分之外，板藍根是否還有其他有效組分，是否有疊加協同效應。而且他們的實驗是體外的細胞培養實驗，不能完全用來套用於複雜的體內環境。
無論怎樣，是一篇好論文，對我們理解板藍根的作用原理，在流感高發季節合理運用板藍根都有很好的啟示。
