患者尿液均正常,感染並非膀胱壁纖維化的主要病因,有學者認為盆腔外科手術或感染產生的淋巴管梗阻是其病因,而許多患者沒有這樣的病史。亦有學者提出是由於血栓靜脈炎伴膀胱或骨盆內髒器急性感染,或由於精神衝動產生長期小動脈的痙攣所致,還可能與內分泌因素有。
目前,大量的證據認為間質性膀胱炎是一種自體免疫膠原性疾病。Oravisto等研究了54例該病女性患者,發現85%患者中有抗核抗體,且有相當數量的患者具有反應素型的過敏反應或對藥物的超敏性。這可以通過對腎上腺皮質激素治療高敏可以得到解釋。目前,對肥大細胞和膀胱表麵氨基酸糖甙在間質性膀胱炎中的作用受到注意,至今仍然未有結論。。。