做胃鏡時常常會取一小塊胃組織(活檢)，送病理檢查，看看有沒有炎症等病變。

病理科會做特殊染色看有無幽門杆菌(Helicobacter pylori)感染。silver stain 是檢查H.pylori的一種方法。幽門杆菌是引起胃炎，胃潰瘍的主要原因之一。如果陽性，可抗菌治療。滅了菌，由其引起的胃炎，胃潰瘍自然也會很快康複。