這個藥臨床上還是很常用的。比如胃腸炎那種痙攣性腹痛， 阿托品就是常用藥（6542 與阿托品是同類，副作用更少些， 對胃腸痙攣引起的腹痛用得更多了）。阿托品還是有機磷農藥中毒的特效解救藥物之一。 也用於術前準備以預防麻醉狀態下的吸入性肺炎，因阿托品可減少腺體分泌，這是為什麽用了阿托品會造成口幹的原因， 因為唾液分泌被抑製了。因阿托品可以增快心率， 也用於某些特殊的緩慢性心律失常（特征是心跳變慢了的心律失常）。 阿托品散瞳看眼底也是眼科必用的藥物。
但如果錯誤的把心絞痛、心肌梗塞誤診為胃腸炎的痙攣痛， 錯用了阿托品， 那就會因為加快心率而造成心肌耗氧增多， 大大增加心髒猝死的危險。而這種錯用並不少見， 因為不典型的心絞痛， 看起來很像胃腸炎。 如果一個醫生對二者的疼痛特征沒有清楚的認知， 是很容易按照胃腸炎處理而錯用阿托品的。 還有一次，有一位新大夫對一個心率慢的心梗患者用了6542想提告心率， 結果心率提高了，卻出現了室速室撲， 差點死掉。好在在醫院環境， 搶救條件好， 病人後來沒事。 其次， 青光眼的人如果錯用了阿托品， 有造成失明的危險。 麻痹腸梗阻的用了， 也會造成雪上加霜， 這都是絕對禁忌。
