mRNA進入細胞的效率並不高，不是所有的細胞都能攝入mRNA的，即使有脂質粒包著，也隻有一些細胞可以攝入，其中大多數是能清除異物的免疫或者炎症細胞，譬如樹突狀細胞和巨噬細胞，這些主要在注射部位及周邊進行，進入血液的mRNA也會被血液中的免疫細胞攝取一部分，主要被免疫或者炎症細胞，這些細胞就像邊防衛士一樣，是體內捕捉和處理異物的主要細胞，脂質粒包著的mRNA在人體就是一種異物，一部分被它們攝取，剩下的主要被人體的廢物異物處理站即肝髒攝取，在那裏被當廢物異物處理掉。
進入細胞後，mRNA在內體內被釋放出來，進入細胞漿，然後借用細胞的蛋白合成裝置合成刺突蛋白，完了馬上被清除掉，而刺突蛋白是不會大量輸出到細胞外的，這是因為蛋白從內到外一般是要有轉運引導信號，刺突蛋白似乎沒有這個。即使有一部分會經過某種途徑溢出，也會馬上被血液和組織液給稀釋掉了，其量之微，根本不可能達到改變心髒或其它組織細胞功能的濃度，一些人用來做體外細胞培養試驗基本上是在體內達不到的濃度下進行的。
真正有用的是在樹突細胞等抗原提呈細胞裏的那一部分，在那裏，它會被當成抗原處理，然後被運到細胞膜上提呈給T或者B細胞，刺激它們產生細胞（T細胞）或者體液（抗體）免疫。就算在膜上，被提呈部分也不是完整的刺突蛋白，已經沒有刺突蛋白的功能了，也就是說它們不可能和相應的受體結合，因而也不會引起相應的副作用。
