閑談-基因插入

來源: zillos 於 2021-12-05 19:18:27 [檔案] [舊帖] [給我悄悄話] 本文已被閱讀：次 (5071 bytes)

　　W：12月3日在OSF Preprints網站上發表了美國馬薩諸塞州劍橋數據分析公司Nference的一項早期研究“Omicron variant of SARS-CoV-2 harbors a unique insertion mutation of putative viral or human genomic origin”顯示，最新變種的B.1.1.529 (Omicron) 裏找到一段在引起感冒的人冠狀病毒 HCoV-229E 的 S蛋白中特有的序列。

　　C：B.1.1.529 (Omicron) 變種的特點之一是：Spike N211del，Spike L212I，Spike ins214EPE。Spike ins214EPE 是說在 S蛋白的第211號天冬酰胺丟了、第212號亮氨酸變異亮氨酸了、第214個號開始插入了三個氨基酸“EPE”，其對應的核酸RNA序列是：GAG CCA GAA，這九個核酸“倒敘（先倒過來讀）取反（A和U互換，C和G互換）”是：UUC UGG CUC，拿這個字符串到病毒數據庫裏查詢，找到一種引起感冒的人冠狀病毒 HCoV-229E 的 S蛋白中有一處相匹配：

　　241 tgcttatggtctgtttctggctcacggcttactactggttttgtctattttaatggtact
其中的 255-263: ttctggctc 與上麵插入的序列完全相同（t=U）。說明新變種Omicron有一段基因來自另一種病毒或來自宿主。

　　L：新冠病毒剛剛流行時，就有人研究與人新冠病毒相近的蝙蝠病毒RaTG13相比較，發生了 S+PRRA 插入。於是，懷疑是人工改造了蝙蝠病毒，使之可以在人間快速傳播。

　　H：今年10月，倫敦帝國學院的 Thomas P. Peacock 有一篇預印本文章“Putative host origins of RNA insertions in SARS-CoV-2 genomes”，文章綜述了過去兩年裏新冠病毒發生突變後，病毒 RNA 序列中新插入的序列是否來自宿主。從文章描述的例子看，S蛋白的這個地方(214號座位)特別軟弱，已發生過多次“插入”，例如：
Spike ins214GLTSKRN，實驗室變異，可能與綠猴(Chlorocebus sabaeus)基因有關；
Spike ins214KFH，見蘇格蘭B.1.1.7變異，可能與HYDIN基因有關；
Spike ins216ADL，見美國B.1.2變異，可能與CTRC基因有關；
Spike ins214HSG，見英國AY.4變異，可能與PTPRB基因有關；
Spike ins214EGAE，見德國AY.4變異，可能與ADIPOR1基因有關。
在GISAID數據庫用“Spike_ins”搜索總數5,773,804個病毒序列中可以找到 21,106 個病毒序列有“插入”。

　　Z：剛剛在GISAID數據庫中找到一個較新的序列，EPI_ISL_6999541，是威爾士2021年11月7日采集，11月25日上傳的AY4變體。其中有變化的是 Spike E156G，Spike F157del, Spike R158del：

22021	ggaaagtgag	ttcagagttt
	ggaaagtg	gagttt

原初病毒中在新宿主身上丟了六個核酸：agttca。原來的第156號gag（編碼Glu/E=穀氨酸）的後兩位ag丟了，g連到後麵ga，變成了gga（編碼Gly/G=甘氨酸），原來的157號ttc（編碼Phe/F=苯丙氨酸）和158號aga（Arg/R=精氨酸）丟了。
這個病毒序列還有 Spike Y248S, Spike ins248GEN：