在疫苗出來之後瘟疫持續主要原因是病毒變異。病毒變異產生的溫床是那些免疫功能有障礙的病人,這些病人持久不愈,病毒不斷複製,產生突變的機會顯著增加。
疫苗對有免疫功能障礙的人而言效果有限,目前出現的幾種藥物也許可以控製病毒的增殖。