周末閑談-病毒自殺

來源: zillos 於 2021-11-12 11:03:41 [檔案] [舊帖] [給我悄悄話] 本文已被閱讀：次 (5323 bytes)

　　序：新冠病毒SARS-CoV-2是一種RNA病毒，大約有29903個核苷酸。可以分成29（或31）個不同功能的蛋白（見下圖），有4個表示病毒結構（模樣）的蛋白，16個非結構蛋白（酶），9（或分成11）個輔助蛋白。RNA病毒的特點是不穩定，在傳染的過程中核苷酸序列會發生改變或丟失。

　　W：新冠病毒SARS-CoV-2導致的新冠肺炎COVID疫情已經快兩年了，還沒有要消失的跡象。病毒能不能自殺？疫情能不能像SARS那樣徹底消失啊？

　　C：薩斯-SARS大概是 2002年11月16日在中國廣東被發現的，後來傳到了31個國家/地區，到2003年6月全球就沒有新病例了，7個月就結束了。那時還沒有疫苗，也沒有藥物，為什麽消失了？2004年“中國 SARS 分子流行病學聯盟”在《科學》上發表論文：“中國 SARS 流行過程中 SARS 冠狀病毒的分子進化”，他們用 SARS 流行的早期、中期和晚期的 61 個 SARS 冠狀病毒基因組序列與來自果子狸的兩個病毒序列一起進行了分析。發現在病毒基因組的 ORF8 輔助蛋白有29個核苷酸缺失。即在病毒傳染過程中，病毒的部分核苷酸缺失導致其傳染力下降，也就是說病毒“自殺”了。

　　這是一個很有趣的現象，也引起了大家的關注。在網上搜索“ORF8 Δ29”可以找到很多文章。直到2018年幾位德國學者還在《自然-科學報告》上發表論文討論：“在人與人之間傳播的早期，SARS 冠狀病毒中的 29 個核苷酸缺失導致複製減弱”。

　　SARS-CoV-2也是新冠病毒，會不會奇跡再次出現？

　　2020年初新加坡科學家發現SARS-CoV-2的基因序列也出現了缺失，他們在《柳葉刀》上發文介紹他們檢測到病毒的基因序列有382個核苷酸缺失。後來，他們檢索至2020年7月27日的文獻，找到一名2020年2月從武漢返回台灣的旅行者報告了 ORF8 中有 382 個核苷酸缺失，孟加拉國（345個核苷酸）、澳大利亞（138個核苷酸）和西班牙（62個核苷酸）也描述了 ORF8 出現缺失。

　　但是，奇跡沒有再次出現，病毒越傳越凶。

　　W：上個月，日本學者井ノ上逸朗（Ituro Inoue）教授認為日本第五波新冠疫情在突然下降是病毒自殺的結果。

　　L：井之上是在日本一個學術年會上演講的。日本網絡媒體報道後中文網絡媒體介紹的很多。但一直沒有等到論文。媒體引述井之上說：病毒中非結構蛋白nsp14的A394V（或稱ORF1b: A1918V；也稱 C19220T）變異導致病毒感染者越來越減少。

　　從基因數據庫的數據分析和日本新潟大學的預印本論文看，這一波日本疫情流行的病毒譜係是Delta變體B.1.617.2中的AY.29。Delta變體B.1.617.2是當前全球流行的主流，目前在152個國家/地區有報告。今年，中國境內的多地多次疫情也是Delta變體B.1.617.2序列引起的。但是，Delta變體B.1.617.2中還有一百多種子變體。日本的這種叫B.1.617.2.29 或 AY.29，算是日本獨有，其他國家的不到1%。美國的子變體則是多樣的：B.1.617.2.13，B.1.617.2.14，B.1.617.2.35...。這次中國流行的病毒基因序列沒找到，從蒙古國公布的基因序列分析，或流行病調查顯示不是日本這種子變體。nsp14的A394V變異導致病例數下降還需要進一步探索。即便一個國家/地區的病毒自殺對全球的疫情影響也不大。

　　Z：Delta變體本身也有核苷酸缺失，例如S刺突蛋白的E156del（缺失）、F157del和R158del，也未見毒性減弱。

　　X：11月6日呼和浩特市官方表示，“呼和浩特市已於10月27日完成本次疫情3個確診病例樣本的病毒基因測序，結果顯示，本次新冠肺炎確診病例為‘21A—德爾塔毒株’”。呼和浩特疫情也是從邊境的阿拉善盟額濟納旗傳過去的。21A是GISAID/Nextstrain的分類方法。21A的ORF8蛋白裏隻有D119-和F120-兩個缺失，遠達不到自殺的程度，況且兩種SARS的ORF8差別又很大。疫情還是要靠治療和阻斷傳染途徑雙管齊下。根據GISAID數據庫的統計，10月末的時候，‘21A—德爾塔毒株’的數據隻占當時段總數據的不到1%，但在中國引起了近千人的新病例。