辣椒雖然富於營養，又有重要的藥用價值，但食用過量反而危害人體健康。因為過多的辣椒素會劇烈刺激胃腸粘膜，使其高度充血、蠕動加快，引起胃疼、腹痛、腹瀉並使肛門燒灼刺疼，誘發胃腸疾病，促使痔瘡出血。因此，凡患食管炎、胃腸炎、胃潰瘍以及痔瘡等病者，均應少吃或忌食辣椒。由於辣椒的性味是大辛大熱，所以火眼、牙疼、喉痛、咯血、瘡癤等火熱病症，或陰虛火旺的高血壓病、肺結核病，也應慎食。
痔瘡患者如果大量食用辣椒等刺激性食物，會刺激胃腸道，使痔瘡疼痛加劇，甚至導致出血等症狀，痔瘡患者應多飲水，多吃水果，少吃或不食辣椒。
紅眼病、角膜炎等眼病患者吃辣椒會加重眼病。在治療過程中，大量食用辣椒、生薑、大蒜、胡椒、芥末等辛辣食品，也會影響療效。
患有慢性膽囊炎者應忌食辣椒、白酒、芥末等辛辣食物，因為這些食物均有刺激胃酸分泌的作用，易造成膽囊收縮、誘發膽絞痛。
吃辣椒雖能增進食欲，但腸胃功能不佳者食用辣椒，會使胃腸黏膜產生炎症，應忌食辣椒。
有發熱、便秘、鼻血、口幹舌燥、咽喉腫痛等熱症者，吃辣會加重症狀。
產婦在產後一周內，吃辣椒不但使自己“上火”，出現大便秘結等症狀，而且還會影響嬰兒，使嬰兒內熱加重。
患者口腔對鹹、辣、酸、苦等味道敏感，吃辣椒會加重疼痛。
