通過前麵的實驗，我們知道情緒對大腦功能有立即的直接影響。根源可能在於長期生物進化過程中形成的自我保護機製，可以將大腦在某種程度或全部封閉起來。
目前比較明確的機製，是由位於大腦中後部的一個核團決定的，叫做杏仁體（amygdala）。杏仁體是我們大腦裏麵很少的、在我們出生之前就已經發育完成的核團，與大腦其它所有的主要功能區域都有直接的神經通路聯係。這個核團的功能主要是存儲恐懼、害怕等負麵情緒記憶。一旦被激活，它就會抑製其它區域，使大腦的認知功能降低，同時使身體處於高度的應激狀態。
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可以這麽理解，杏仁體之所以在出生之前就已經完全發育，是生物界長期進化的結果，是進化在大腦中建立的保護機製。一旦感知周圍環境存在可能的威脅，杏仁體就會被激活，對大腦無關的功能進行抑製，盡量使大腦對可能的威脅高度關注，同時使身體處於高度緊張狀態。根據大腦對威脅程度的判定，要麽去爭鬥，要麽去逃避。這種現象 叫做杏仁體劫持（amygdala hijack），是情商中一個很重要的概念。
由於杏仁體的存儲負麵情緒的記憶功能，除感知威脅以外，其它導致負麵情緒產生的因素達到一定程度，都可能引起某種程度的杏仁體劫持。比如在和別人吵架的時候，你能感覺到大腦認知和冷靜思考的能力會顯著降低，甚至完全喪失。
隨著孩子的生長發育，大腦逐漸產生並完善對杏仁體產生情緒強度的控製能力。我們已知控製杏仁體的功能區域在大腦前部的額葉，是大腦發育最後完成的。所以，在孩子生長過程中，絕大部分時間情緒產生與情緒控製是不平衡的。對情緒的控製能力遠遠小於情緒發作的能力。這一點與成人不同。
除杏仁體以外，大腦中還可能存在有現在還不為人所認識的保護機製，也可以將大腦封閉起來。下麵介紹一個自身經曆的事情，雖然發生在初二或初三的時候，但從中可以體會到這些保護機製的存在。
那時我下午放學後，一般會去附近大學的操場上玩球，足球、籃球、排球不限，趕上什麽玩什麽，一起玩而的人也是中學生、大學生都有，能湊夠人數就行。那一天天氣很好，不冷也不熱，正適合踢足球，玩兒的非常痛快。中間有一次我跳起來頭頂球，往下落時，同班的一個塊兒頭很大的同學起動得慢，才剛往起跳，我們倆就撞在一起了。我的左眼磕到了他的肩膀上，磕碰的力量很大，雖然眼睛不太疼，但頭給撞得很暈。過幾秒鍾，才發現為什麽頭暈了，而且很有意思，因為兩隻眼睛裏看到的景象是不一樣的。被撞的左眼視野裏還保留著頭頂球之前的景象，是過去的、固定的，而且非常非常的明亮。右眼中的景象則是活動的，隨頭的轉動而變化。我正想仔細區分兩眼裏的不同景象，突然感到從眼睛開始向後頭部開始劇烈疼痛，同時好像大叫了一聲，閉上眼睛抱著頭蹲了下去。閉上眼後，右眼的景象沒有了，左眼的景象還在，非常鮮明，但頭疼開始減輕了。通過不斷地揉眼睛，左眼的景象逐漸消失，頭也隨之不疼了。我當時還不知道曾經大叫了一聲，是那個同學事後告訴我才知道的，可把他給嚇壞了，一直站在旁邊陪著我，生怕把我眼睛給磕壞了。
從那次經曆我體會到人腦是肯定不能同時接受兩種不同的圖像。印象之深，到現在我還能大致回憶起當時左眼中的明亮景象。從左右眼睛同時向大腦傳遞的不同圖像，遠遠超出了大腦的信號處理能力，隻好拉閘短路不幹了，休息一下再重新啟動吧。
不少人在使用電腦時遇到過相似的情形，就是藍屏鎖死現象。導致電腦藍屏的原因一般是兩個程序同時要求電腦某一個部分（硬件地址）進行信息處理，電腦忙不過來，也不知道該如何解決這種問題，就幹脆歇菜死機了。
相信很少有人有過類似極端的經曆。多年以後的今天再來分析這次經曆，可以理解當時劇烈的頭痛實際上是大腦的一種保護措施。對於過強的刺激，或太多、太複雜的信號，或是負麵信息引起強烈的情緒反應，人體會本能地直接將部分神經網絡或整個大腦關掉，避免造成更大的傷害。在我所遇到的極端的情況下，大腦采取的是迅速強烈的措施，將整個大腦關掉，導致我在當時什麽也幹不了。可以想象，多數情況下的過強信號，並沒有強烈到這種程度，大腦隻需要暫時將部分神經網絡關閉，而導致部分大腦功能受影響，這個過程杏仁體也可能參與。很多這種情況是下意識的，本人是意識不到的或僅能模糊地意識到。一個比較明顯的例子，就是在與人激烈爭吵的狀態下，大腦基本喪失了理性思考、分析的功能。另外，被別人批評、嘲笑、悲傷、恐懼等負麵信息，可以引起強烈的情緒反應，就是過強的信號，也同樣可以導致大腦暫時喪失部分功能。
同樣的狀況也可以發生在孩子的身上。根據兒童大腦的生理發育特點，這種狀況還會經常出現的。
我們已經知道兒童的大腦發育還不完善，神經網絡的突觸數量遠多過成人的突觸數量，也就是說連接的比較亂；神經纖維之間缺乏髓鞘的絕緣保護，神經興奮信號可以從一個通路中“泄漏”到另一個通路中，造成神經短路；另外，很多神經通路還沒有經過選擇、優化並固定。所以，過強的環境信號長時間刺激會很容易導致發育不完善的神經網絡發生大麵積短路，使信號在不應當出現的神經通路中傳遞，造成信息傳遞混亂；同時，神經元過度興奮，大量消耗能量和神經遞質而不能及時補充，可使用的神經通路數量減少，處理環境信號能力下降，造成這部分神經網絡功能降低或短暫喪失。需要暫時關閉，休息恢複後才能重新啟動。環境信號越強烈，持續時間越長，或神經網絡發育程度越低，受到抑製的範圍就越大。
如果過強的環境信號是偶然發生的，那麽這種自我抑製對大腦起到的是保護作用，以短暫的犧牲局部功能來保證整個大腦持續維持其它基本生理功能。
可如果過強的環境信號多次出現，大腦需要反複進行自我抑製，那麽這就演變成了我們已經熟悉的大腦的學習過程。反複自我抑製本身就變成了對大腦的一種環境信號，通過突觸修飾，最終導致大腦出現結構性的改變，形成以抑製性神經元（突觸）為主的通路來控製神經網絡的興奮程度，即抑製性神經通路。由於這種結構性變化以抑製性神經元（突觸）為主，所控製的網絡區域可以很容易地被外界環境信號誘導而降低興奮程度、甚至封閉起來。被影響的神經網絡，信息處理功能降低或喪失，對大腦的整體功能或多或少地產生影響。由於孩子的大腦還處於發育期，抑製性神經通路的存在，可幹擾大腦的正常發育，所形成的神經網絡或多或少具有某種缺陷。
出現完全相同的過強環境信號的情況可能很少見，是偶然發生的。但出現相類似的過強環境信號情況的機會卻很多。年齡越小，出現類似過強環境信號的情況越多，因為很多時候，孩子的大腦會將不同的情況當作相同的情況來對待。由於孩子還沒有形成或建立對因果關係認知的能力，大腦就不能夠辨別、區分產生這些類似情況之間的細微差別。特別是對成人的負麵、強製性的語言、批評、斥責、威脅、懲罰等，孩子很難將自己的行為（即導致成人認為的有問題、犯錯誤的原因）和成人的負麵反應（結果）聯係在一起，而是無意識地將因果分開成為兩個獨立不相關的事情，將成人的負麵反應作為環境信號來對待，通過突觸修飾，形成抑製性神經通路並固定成為神經網絡結構的一部分。長此以往，形成的抑製性神經通路會越來越多，大腦就會越來越容易被封閉，直接影響大腦的學習能力。孩子麵對新的事物進行學習時，大腦需要高度興奮來處理大量的信息。抑製性神經通路作為網絡結構的一部分也會同時興奮，反過來抑製了神經網絡的興奮程度，無意識地對學習進行幹擾，導致學習的效果下降。更嚴重的極端情況，會啟動自我封閉，不願意或拒絕學習、接受新的事物。
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