張獻忠把製區內的各地城市人口剿滅淨盡，他又從郊區強迫村民們入城。畢竟，城市裏還需要有人為軍隊服務。
雖然花了如許兵力人力來剿城遷人，四川各地也不見平定。在清軍、明軍、各地再起義軍的攻勢下，張獻忠屢戰屢敗，接連幾個月沒有打過一個勝仗。張獻忠挺不住了，他無比懷念起了當日的流寇生涯。放棄四川，到他處重新開始的念頭越來越強烈。
然而又不甘心這樣走。因為實在是太恨四川人了。好，你們不是反對我們嗎？把你們都消滅了，變成一片赤土。張獻忠決定屠蜀，理由是“自我得之，自我滅之，無使他人得。”在撤離四川前盡量把四川人殺光，留給敵人一個空省。
這是古往今來最宏偉的屠殺計劃，執行得也相當堅決。
距剿滅城市人口不久，張獻忠又發出了“除城盡剿”令，令軍隊出城，消滅農村人口。深入窮山大嶺，一個也不放過。“立搜山、望煙等頭目，蹤跡高山大穀有匿崖洞者，舉火薰之。”
從榮縣、洪雅等縣縣誌所引資料看，張獻忠在四川許多地方無可爭辯地實行了“除城盡剿”的政策。他認為“凡居山野者俱叛逆，將悉行剿滅；城內俱良民乃免死。”具體做法是：“凡剿一處，先令地方官清四至界，並鄉導人送領兵官。前一日照四至界址布兵環圍，次日開剿，四下齊向中央搜殺，如圍場合龍口之狀。”結果是，“不論男女老幼，逢人則殺”。“剿畢複扒草尋穴，細搜數日乃複命。”之所以這樣仔細，是因為“倘有漏網者，或於別處發覺，罪其領兵官。”我們前麵提到的小秀才歐陽直在為張獻忠部服務時就“嚐見郫縣解來一個逃民，審迅之後，發現係峨眉人，於是負責查剿峨眉的官員洪都督被剝皮。”在這樣嚴厲的政策下，各地官兵當然不敢不盡職。僅川中各縣，就有十四萬多入死在屠刀之下。
做為一項軍事命令，當然要有驗功標準。那就是手掌。歐陽直辦理文案時，曾經見到以前用手掌記功的記載。他說：“每官兵回營以所剁手掌驗功，掌一雙準一功。凡有軍官衙門所在，手掌如山積。而成都城內人掌，則更幾於假山之萬疊千峰矣。嚐見一劄付，自副將升總兵。其劄頭空白處用朱筆細字備注功級算手掌一千七百有零。”
十九
人已經殺得差不多了，張獻忠開始撤退。窮途末路之人，比以往任何時候都眷戀家鄉。他對部下說：“棄蜀出秦，一得長安，則是中原首領自我而據，且關中為我故鄉，諸將兵多係秦人。自來強兵戰馬皆產於秦，要圖大事還是陝西。”
然而這時又遇到了供應問題。人口消滅淨盡，自然糧食就越來越難找。數十萬軍隊，沒吃沒喝，如何行軍？張獻忠想到了屠殺自己的部下。當然，要殺必先殺那些擄來的四川人，他們雖然被征入伍，心卻不附，卻經常有人開小差。
《蜀碧》載，“ 獻忠欲此行入陝，惡其黨太多，欲止隻（留）發難時舊人”，他和汪兆齡等密議如何實行，“兆齡慫恿之曰：‘恐兵知而先噪奈何？不若先立法，責之各將軍都督等，多置邏者，以伺察營伍中行偶語者及微過，皆置文法並連坐，如此則殺之令名，無覺者矣。’密議巳定，輒收治。”
密議結果，在義軍中要“收治”的有三種人：“其一係四川人，有在四川入伍者，有係四川人而在他省入伍者。其二係他省人而在他省入伍者，有係他省入而在四川入伍者，其三係明朝官兵投降過來者，有係陣前俘獲者，又有係各地方上的土匪入夥的，俱當盡誅。”其中尤其是四川義軍，張獻忠認為都是些“剽悍亡命，叵測不軌之徒”，故“恨入骨髓”，必欲除之而後快。
屠殺的辦法與殺士子時類似，據《蜀警錄》載，“先謊稱要從士兵中挑出精幹者成立水師營。因此命令部隊在張獻忠等軍官麵前列隊而過，過去者生，被‘挑中’者即待死。先在江邊建造了一個木柵城，挑出來的數萬軍人都關進城內，開殺之時，先用槍炮向內轟攻，死傷大半，然後方揮兵入內砍殺。”“結果在軍中共殺“男婦二十萬有奇”，占全軍半致，獻忠在自己軍中製造的屠殺恐怖，使得幸存者恐為獻忠所屠，大批逃奔“姚黃十三家”起義軍。
獻忠還認為隨營婦女是自己行軍作戰的累贅，在殺過自己士兵以後，把屠刀探向軍中婦女。1646年他離開成都時，首先將自己的三百嬪妃殺掉二百八十名，隻留了二十名侍候自己。並命令“各營所有婦女，齊集一處，由兵圍繞，獻忠另選兵人一隊為刀斧手，號令一聲，亂砍亂殺，叫冤哭慘之聲，展動天地。婦女屍身堆積如山，血流成河。”
還有史料記載，由於缺乏軍糧，張軍曾經把這些死亡者的屍體“剮之割之，製成醃肉，以充軍糧”。
收拾幹淨之後，張獻忠率部起程。開國時的一千多文官，此時被殺剩二十五名，忠心耿耿地跟在身邊。士兵人數亦已隻剩三分之一。他猶滿腔豪氣。可惜行至西充鳳凰山，遭遇清兵。他隨即“騎馬出營，未穿盔甲，亦未攜長槍，除短矛外，別無他隊，同小軍七八名，並太監一人，奔出營外，探聽滿兵虛實。至一小崗上，正探看之際，突然一箭飛來，正中獻忠肩下，由左旁射入，直透其心，頓時滿地鮮血長流，獻忠在血中亂滾，痛極而亡。”
其時，張獻忠方四十一歲。
