LCMS監測分子量時,苄位的氨基,羥基,鹵原子都很容易打斷,分子量出苄基正離子的分子量。另外苯甲酸和苯甲酸酯,也會出打斷羥基和烷氧基後的正離子的分子量。
在分析LCMS圖譜時,通常一個特定峰的離子流圖譜中,不止一種片段峰,我們在分析時可以相互印證,幫助我們判斷反應是否成功。比如我們在做Boc保護的反應【叔丁氧羰基保護氨基】時,分析其LCMS圖譜,看到出原料分子量[M+1]+的峰,我們不要武斷的認為其就是原料,要仔細分析這個峰對應的MS圖譜中是否有[M+100+1]+或[M+100+Na]+的很小的碎片峰, 隻要有一點非常微小的片段,那大概率這個峰應該是上Boc後的產物峰而不是原料。