為什麽新冠病毒不可能來自穿山甲？

2月初，良和我研究冠狀病毒（coronavirus）正酣，輿論都在關心新冠病毒（SARS-CoV-2）的中間寄主時，華南農業大學沈永義、肖立華研究團隊領頭的一幫子廣東和北京的作者（Xiao et al. 2020）語不驚、誓不休地提出，新冠病毒的中間寄主找到了，是穿山甲（pangolin），並發布了聲勢浩大的新聞發布會。良在QQ裏告訴我這一消息。很快有群友在“植物命名法”群裏貼出了相關推文。我的第一反應是，不可能，因為我們熟悉，新冠病毒屬於Betacoronavirus屬Sarbecovirus亞屬，而我們的最新研究表明，Sarbecovirus亞屬的所有冠狀病毒的天然宿主都是蝙蝠。根據分類學中“係統發育保守性”的理論，穿山甲不可能是任何Sarbecovirus亞屬中冠狀病毒的宿主（我會另文分析）。

 

中華穿山甲（學名：Manis pentadactyla）：鱗甲目、穿山甲科的哺乳動物，在中國被長期愚昧地相信有各種功效而藥用，野生的中華穿山甲幾乎滅絕了。現在中國市場上的穿山甲，幾乎全部都來自於東南亞。

Xiao et al. 2020申稱，穿山甲身上的冠狀病毒的RNA序列跟新冠病毒的RNA序列99%的相似。喔啊，我當時有種不祥之兆。如果真如他們所說，他們真可能發現了真正的中間宿主；而我們所得到的進化樹上缺少他們有的穿山甲身上的冠狀病毒的基因序列，那我們的研究結果還是有缺憾的。當時在GenBank裏查不到他們測的穿山甲身上的冠狀病毒的基因序列。那也沒辦法，他們的數據肯定要等他們的文章發表以後，才會公開。

他們這篇未經評審的稿子上傳到BioRxiv（http://biorxiv.org/）後，引起巨大的轟動，網上主要各大網站都有所報道。連“Nature”都有報道，盡管多是質疑的意思。這篇“Nature”文章的作者顯然也是不懂現代分類學的：

https://www.nature.com/articles/d41586-020-00548-w

等下載了他們的論文的預印本（preprint）後，我激動了——他們在吹牛！

 

他們號稱的、穿山甲身上的冠狀病毒的RNA序列跟新冠病毒的RNA序列99%的相似，是不可能的。（病毒有RNA病毒和DNA病毒。冠狀病毒都是RNA病毒）。他們的結果有不少問題。

 

首先，他們的進化樹取樣很小，在Sarbecovirus亞屬中隻取了19個樣。還有很多可能跟穿山甲病毒親緣關係更近的病毒，他們沒有取樣。

其次，在他們的進化樹上，穿山甲病毒並不與新冠病毒形成姐妹群關係，而石正麗他們發表的RaTG13病毒仍然是新冠病毒的姐妹群。也就是說，新冠病毒與在雲南思茅的蝙蝠身上的病毒RaTG13，關係最近。這兩者一起與穿山甲病毒形成姐妹群。由於他們取樣小，新冠病毒和RaTG13形成的這個枝（branch）的姐妹群，並不一定是穿山甲病毒。

 

第三，從他們的三個進化樹上看，紅色的穿山甲病毒與新冠病毒在RNA序列上差異挺大，因為紅色的穿山甲病毒的枝長（自衍征；autopomorphy）挺長，特別是第三個進化樹C上。

 

第四，他們在重建進化樹時，犯了低級錯誤：穿山甲病毒的枝長在單個基因的進化樹（C）上，怎麽會比全基因組進化樹（A）上，還長呢？在全基因組進化樹的枝長隻會更長，因為基於更多的基因的序列。這個道理很簡單。所以，他們在重建進化樹時，他們的基因序列比對（alignment）肯定有問題。

 

就算他們在研究中沒犯錯誤，就算他們的進化樹是真正的進化樹，根據他們的結果，無論如何也不能得出“穿山甲是新冠病毒的中間宿主”的結論。

 

如果穿山甲是新冠病毒的中間宿主，那麽穿山甲病毒的RNA序列必須跟新冠病毒的RNA序列幾乎100%一致。就像2003年，終南山等人認定，果子狸是薩斯病毒的中間宿主時，發現了果子狸身上的冠狀病毒跟薩斯病毒的RNA序列完全一致。

 

前段時間，2月20號之前，那篇文稿的作者們以一個好玩的借口撤稿，好像說是，因為沒有跟廣東省生物資源應用研究所副所長陳金平團隊協調好什麽的。後者也在bioRxiv上上載了他們自己的未經審稿的預印本。看來，研究新冠病毒、發表有關新冠病毒的論文，在業界已經非常紅火了，牽涉到很多利益。但是，如華南農大這兩個團隊這樣的研究，最好還是別拿出來了。我鼓勵他們學點現代生物分類學。