一個衣衫襤褸的植物學家
植物學家寫的科普、時評、遊記、散文
大凡中國的名人都有推特（Twitter）賬戶，像xx部發言人華xx、趙xx、《環球時報》的胡總編，還有名流如崔友元、司馬南、孔慶東、羅援將軍，等等。因為推特在國內被禁，這些人用推特算犯法吧，而且他們必須得翻牆。不知道，這些人用推特算不算雙重犯法，還是國家實行“一國兩製”的推特政策？
令我特別想寫這篇推文的事情，是看到崔友元2月底在他的推特上的一個民調。
崔友元的民調顯示，投票的快1萬人中，51.1%的人認為新冠病毒是“人造病毒，疏忽遺漏”的結果。喔啊，這個結果嚇我一跳！首先，能翻牆用推特的（估計不必翻牆的海外華人中，崔的粉絲不多！）的崔友元的粉絲中，短時間內能有差不多1萬人投票，崔友元的粉絲還挺多的；其次，在中國怎麽會有這麽多人相信，新冠病毒來自人工合成呢？甚至，我的在美國、中國當生物學教授的朋友，也在問我，會不會是武漢病毒所的石正麗他們實驗室製造。
新冠病毒在武漢首先爆發，武漢擁有中科院的病毒所，而這個病毒所擁有全中國唯一的最危險的P4病毒實驗室，這些因素放在一起，自然有不少人會問，新冠病毒是不是從武漢病毒所製造？是不是從P4實驗室逸出？
一時間，石正麗被推到風口浪尖。這裏，還有個重要的原因，是他們2015年發表的一篇論文被扒出，這篇論文題為“A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence一個類似SARS的蝙蝠冠狀病毒群顯示了感染人類的可能性”。在該論文中，他們“製造了一中嵌合病毒（chimeric virus）”；他們的實驗表明，這種嵌合病毒能夠感染小白鼠的肺。
同為哺乳動物的小白鼠，在醫學研究中廣泛使用，因為在臨床實驗之前不能拿人來做實驗；一般認為，在小白鼠身上起作用的醫學機理，同樣適用於人類。
也就是說，他們在實驗室製造了一種病毒，而這種病毒很可能可以感染人類。隻使得 “新冠病毒是武漢病毒所實驗室泄漏”的傳聞隨之傳開。
此間，印度學者在BioRxiv上傳未經評審的一篇論文指出，新冠病毒的基因序列上發現艾滋病病毒的基因片段。這篇稿子，盡管很快撤下，給“人工製造說”添了油、加了醋。
麵對質疑，2月2日，石正麗通過朋友圈聲明：“ 2019新型冠狀病毒是大自然給人類的不文明生活習慣的懲罰，我石正麗用我的生命擔保，與實驗室沒有關係。奉勸那些相信並傳播不良媒體的謠傳的人、相信印度學者不靠譜的所謂“學術分析”的人，閉上你們的臭嘴。同時轉發這個打臉的消息：印度學者已經決定撤回這篇預印本文章。”
石正麗“用生命擔保的聲明”，也平息不了質疑：“石正麗應該拿出科學證據，而不是賭命。”可憐的石教授可能覺得，自己比竇娥還冤，但她沒法為自己洗掉冤屈。
這事鬧大了，以致於8國27名醫學家包括世界衛生組織於2月29日在醫學頂級刊物《柳葉刀 The Lancet》上呼籲，支持中國科學家在公共健康方麵的研究。但是，說實在，這個呼籲可能也起不了多大作用，因為這些科學家也拿不出證據，證明2015年實驗室製造的嵌合病毒跟新冠病毒是什麽關係。
3月10號，石正麗再發聲：新冠絕非人造 建議去蝙蝠棲息地溯源。還是證明不了什麽。
近兩個月來，因為對冠狀病毒感興趣，我查看了幾乎所有重要的有關文獻。我發現，中國科學院武漢病毒研究所的石正麗教授的團隊近幾年來在冠狀病毒研究方麵，做出了非常重要的貢獻，發過不少高質量的科學論文，尤其是他們於2月3日發在《自然（Nature）》上的那篇論文，首次揭示了中華菊頭蝠（Rhinolophus sinicus）身上的病毒（簡稱“菊頭蝠病毒”；RaTG13）是新冠病毒的姐妹群（sister to each other）。這篇論文的結果，迄今仍然是研究新冠病毒起源方麵最重要的發現，因為還沒發現另一種病毒與新冠病毒的關係更近；雖然那篇論文的研究實際上並不複雜，想法也很簡樸。
首先申明，我本人並不認識石正麗教授：想想一個研究植物分類與進化的植物學家，跟一個研究病毒的微生物學家，有交集的機會幾乎是零；而且我們還生活、工作在不同的兩個國家。所以，我這篇推文的論斷，正如我其他所有推文的論斷，純粹是基於科學，不會有半點私心。
好友繆博士、曹博士我們一直在“聖村的故事”群裏一直討論“人工製造說”。他倆都是病毒學家。一直苦於沒有他們2015那個嵌合病毒的基因序列，在GenBank上查不到。在繆博士的鼓勵下，2月14日，我便分別給那篇論文的第一作者，北卡大學（University of North Carolina at Chapel Hill）的Vineet D. Menachery和同校的通訊作者Ralph S. Baric寫信（石正麗隻是14名作者中排名第13的非通訊作者）：
“Dear Prof. xxx,
My name is xxx and I am a curator at xxx. I am interested in a phylogeny of Coronaviruses and am wondering if you could share the DNA sequence of the chimeric virus you reported in your 2015 Nature Medicine paper.”
石沉大海，一直沒有回音！可以理解，估計這段時間以來，這兩位教授也受到不少的質疑，收到不少的騷擾。也許，人家還是瞧不上我這個植物學家。
就在14日，繆博士在穀歌裏找到了2015年他們申請的專利的全文，並在群裏分享！喔啊，我在專利文本的第30和33頁上找到了他們製造的兩個嵌合病毒的氨基酸序列。這下就好辦了。利用我們的生物分類學知識，建一顆進化樹，看嵌合病毒跟新冠病毒的親緣關係，不就解決問題了？！
建進化樹的任務，交給了愛徒，良，他已是係統進化（phylogenetics）這方麵世界級的科學家。因為我們想看到嵌合病毒跟新冠病毒間的細微差異（有可能隻有細微差異），我們得用DNA序列而不是氨基酸序列。DNA序列的變異更快一些。但是，難題是，我們得把氨基酸序列反向翻譯成DNA序列。這不容易也有很大的不確定因素。一段DNA序列隻能翻譯成固定的一段氨基酸序列，但反過來，就有多重組合，因為同一個氨基酸可以由不同的三個DNA堿基編碼。那能否用簡並堿基，比如將C或者T標定為Y，將A或C標定成M，等等。良試了一下，行不通：太多的簡並堿基會使得有限的數據失去有用信息。
那怎麽辦呢？最後，我們決定，隻能用氨基酸序列建樹。先看結果再說。
謝天謝地！2月24日，良把他建的進化樹寄給我。一切都清楚了！
良取了66個樣的氨基酸序列，包括了新冠病毒、薩斯病毒、實驗室製造的嵌合病毒、菊頭蝠病毒，還有很多其他的冠狀病毒、非冠狀病毒。
從這顆進化樹上看，實驗室製造的嵌合病毒並沒有跟新冠病毒聚在一起，跟不用說它們是一樣的。我們的研究第一次證明，新冠病毒不是它們2015年製造的那兩個嵌合病毒。
那麽多國際上的醫學家們，包括世界衛生組織和石正麗教授本人，這麽久了也沒拿出半點證據，證明我們植物分類學家在這裏證明的東西。主要原因，我估計懂現代生物分類學（phylogenetic systematics）的醫學家太少。我強烈呼籲，麵對這麽嚴重的流行病的威脅，醫學院應該開設現代生物分類學的課程。跨學科合作，也應該大力提倡，以麵對一次又一次的世界危機。
終於為病毒學專家石正麗教授正名！可能她做夢也沒想到，為她正名的居然是兩位植物學家！希望這篇推文能有幸傳到石正麗教授的微信裏。說不定將來有機會可以向她討一杯茶喝？
致謝 良幫助重建了進化樹，繆博士提供專利信息。
