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科學與生活
武漢新病毒的擴散牽動著海外華人的心。連我們的文學城也被戲稱傳染了新型肺炎。
我們關心包括毒源、宿主、傳染能力、傳播速度、如何防禦和治療等等。
科學家也同樣關心，這裏回顧一下在這幾天裏有什麽科研新進展。
一、
傳染病的傳播和草原或森林的火災擴散相似，都有數學模型，可以用計算機進行模擬。數學模型有簡單的，也有複雜的。所涉及的數學包括常微分方程、偏微分方程、網絡動力學和分形（fractal）等。
廈門大學公共衛生學院陳田木等六人在“生物預印本網站”（biorxiv.org）發表了“模擬武漢新型冠狀病毒傳播的數學模型”的文章，DOI: 10.1101/2020.01.19.911669。
作者提出可以用 Reservoir-People 傳播（傳染）網絡模型（RP模型）計算出基本繁殖數（R0），以評估新病毒的傳播能力，見下圖。
圖中的第一行是病毒源，假定是蝙蝠，分為四個部分：易受感染的蝙蝠（SB），暴露的蝙蝠（EB），受感染的蝙蝠（IB）和已康複的蝙蝠（RB）。
第二行是中間宿主，也分為四個部分：易受感染的宿主（SH），暴露的宿主（EH），受感染的宿主（IH）和已康複的宿主（RH）。
第三行是傳染地-海鮮市場。
第四行是人群，分為五個部分：易感人群（SP），暴露人群（EP），有症狀感染者（IP），無症狀感染者（AP）和康複者/死亡者（RP）。
文章給出了這14部分的微分方程。
可惜我沒看到大家最關心的用此模型算出的數字。
二、
目前除複旦大學上傳到美國國立衛生研究院網站上以外，到寫稿時為止還有25個病毒基因序列已上傳到德國的gisaid.org網站上，供專業人員下載研究。其中包括浙江疾控中心2例、中科院武漢病毒所5例、中國疾控中心病毒所3例、北京協和醫學院5例、湖北疾控中心1例、廣東疾控中心6例；此外還有泰國2例、日本1例。
香港城市大學董寧等人的“基因組和蛋白質結構建模分析描述2019-nCoV的起源和傳染性”，DOI: 10.1101/2020.01.20.913368
文章的文摘部分說：新病毒是蝙蝠樣病毒的新型，並且在基因上與人類SARS冠狀病毒的距離相當遠（genetically fairly distant）。對這種新病毒的刺突（S）蛋白的結構分析表明，其S蛋白僅與人細胞上的ACE2受體弱結合，而人SARS冠狀病毒對ACE2受體表現出強烈的親和力。這些發現表明，這種新病毒在人與人之間不易傳播，並且理論上不應該引起嚴重的人類感染。
誒呀媽呀，不易傳播？還是讀者自己下載看看吧，如果你想接著看的話。在網上輸入文章題目後麵的DOI號碼就可以免費下載全文。
三、
邁克爾·C·萊科（Michael C Letko）二人的“譜係B的β冠狀病毒包括2019-nCoV的細胞進入和受體使用的功能評估”，DOI: 10.1101/2020.01.22.915660
文章說：β冠狀病毒中分為四個譜係：譜係B（包括SARS-CoV）和新興的2019-nCoV，具有大約200種已發布的病毒序列，而譜係C（包括MERS-CoV）具有500多個病毒序列。冠狀病毒的結構研究表明，刺突RBD能夠獨立於其餘刺突蛋白折疊，並包含與宿主受體結合的所有結構信息。
這篇也是根據已發表的RNA序列研究新病毒與人體ACE2受體結合的理論文章。說明此次事件與17年不同的是中國最短的時間裏公開發布了大量的全基因序列，無聲的與世界各國科學家合作攻關。
四、
中國科學院武漢病毒所石正麗等29人有關新型冠狀病毒及其潛在的蝙蝠起源的文章，DOI: 10.1101/2020.01.22.914952。
本城博友已有介紹，這裏就省略了。
五、
北大等五個單位的研究人員在《醫學病毒學雜誌》（Journal of Medical Virology）上在線發表了關於蛇可能是中間宿主的論文（10.1002/jmv.25682）。
各大媒體如CNN、CBS的都報道了該論文的觀點，科技媒體如《科學美國人》等也有報道。
盡管文章的內容也引起了爭議，但立題是對的：“誰吃了蝙蝠染上了病毒，後又與人有接觸”。就像17年前SARS時：果子狸獵殺蝙蝠帶了毒、然後被抓、帶到市場又傳染給人。隻是不知道武漢的那個市場裏是不是賣那兩種蛇和其他幾種動物，是否已取樣。
該文對比了（見下圖）舟山蝙蝠病毒、武漢新病毒、銀環蛇、眼鏡蛇、旱獺屬、刺蝟、穿山甲、中華菊頭蝠、原雞、智人的基因。得出了蛇最可能是中間宿主。雖然很受爭議，但已被西方媒體廣泛報道。下圖取自該論文，版權：《醫學病毒學》雜誌。
該期刊是小開本，表格的排版很難閱讀。
複旦大學盧洪洲等三人的文章“中國武漢市病因不明的肺炎暴發：神秘與奇跡”（/jmv.25678）中有句話：“上個月，大多數患者去了武漢的魚類和野生動物市場。 這個魚類和野生動物市場也出售活體動物，例如家禽，蝙蝠，土撥鼠和蛇”。隻知道關島人吃蝙蝠，難道國人也吃蝙蝠？
《自然》、《科學》等要經過同行評審的期刊還沒有見到關於新病毒的研究文章。
六、
許多人關心新病毒的基因突變，可以到這個網站看看：https://nextstrain.org/ncov?m=num_date。這是使用來自GISAID（截止到寫稿時）的數據繪製的的新型冠狀病毒（nCoV）的基因組流行病學樹。將鼠標移到一個端點上，就可以看到這個基因序列中哪裏發生了突變。隻可惜兩個相鄰的端點是不是有親屬關係？不知道。
文章的說：所有41例患者患者均患有肺炎，部分有並發症，四名（10％）患者需要有創機械通氣，兩人（5％）用了人工心肺機。截至2020年1月22日，41名患者中的28名（68％）已出院，六名（15％）患者已死亡。
根據WHO的臨時指南，少用皮質類固醇激素。
根據MERS的治療經驗幹擾素β-1b，洛匹那韋和利托那韋。
這些在最新版的治療方案中已體現。
readily available information is importan but most likely not usable due to the nature of the information.
謝謝連接。可惜
”At the beginning of an outbreak such as this, readily available information is important to begin the assessment necessary to understand the risks and begin outbreak containment activities....”
他們忘了一句定義”真實可性的”
這從下麵
”Early official information from the Chinese Government about the outbreak in Wuhan suggested that the source of the outbreak was being confirmed, that patients were being isolated, that tracing of contacts of known patients were being identified and observed for fever, and that no health workers had been infected.”
就可見若都加個”have not”就更完美了：）
”我不敢寫醫，隻敢寫到藥。”
這一看就是有學問的人說的話（真心，不是虛讚啊）。專業學問越大也就越能感受未知的世界有敬畏之心。
剛在時壇發了一貼，放在這吧。
”有感於城裏關於武漢肺炎的文章
人命關天，大家都關注關心理所當然。讀一些專業人士的文章收益不小，一些反映評論當地情況的也文有所值。但城頭常見一些一看就是無專業知識卻要趕熱鬧談些自己都不明白的事，正所謂無知者無畏，諸如拿著虛假信息分析來分析去挑戰英國科學方法估測的1700感染人數，這沒幾天就被打臉。現燒香拜佛靠著東看西補的“學問”最好還是不要在人命關天的事上信口開河。”
謝謝你的期待，我不敢寫醫，隻敢寫到藥。
“我看了那篇今井夏子（第一作者）和付古筍（通訊作者、《流行病》雜誌的創始編輯）的文章，是因為西方主流媒體在普遍引用（我是崇洋的）。今井夏子參與過有關埃博拉、巴西黃熱病流行趨勢和國際風險的研究。我估計‘煩人’覺得此文不過是醫學院公衛係本科生課後作業的水平，才發博評論的。”這段是我在那裏的留言。我也是覺得他們的模型太過簡單，但敢說出計算結果。而上麵這位廈門大學公共衛生學院陳田木（第一作者）隻是畢業沒幾年的助教，敢填參數計算結果，卻不敢公開發表。（我就不敢在博客上發表否定的言論。）
再次感謝你的留言，以及在其他博主地盤兒與我的對話。
希待你的進展3能有治療方麵的成果
1，SARI一詞由來已久：
腺病毒可引起小兒“嚴重急性呼吸道感染”（severe acute respiratory infection，SARI）。北京醫務界對SARS在2003年肆虐北京是“記憶猶新”、“時刻不忘”，所以很容易把嚴重急性呼吸道感染簡稱為SARI。你可以找到多年前的論文就用SARI。應該是北京兒內醫生起的名“SARI”；
但是，
2，武漢新病毒是SARS的進化病毒：
科學界兩周前就研究發現新病毒最接近舟山蝙蝠SARS樣病毒。按病毒“進化”速度反推2年，更接近舟山蝙蝠SARS樣病毒。進化不是隻往“先進”方向變化，“進化”隻是“演化”、“變化”。