隨遇而安
人生境遇不可選擇，心態可以選擇
凡人兄曾告誡我： 給他（閻潤濤）講理沒有用，這就是我為什麽寫文逐條駁斥他的原因。
我沒有聽， 結果有了現報。 閻潤濤的問題一遍遍地問，我一遍遍地答。但是他就是不看， 再一遍遍問， 沒完沒了， 無始無終， 然後還抱怨自己一遍一遍地問，暗示別人回答不了或不答。 顏寧要是來了也一樣，是會變成“十萬個為什麽”的， 絕對不是“回一下就能完事的”。 最好的辦法隻有寫博客，
閻潤濤問題１ 如果按你說的她在2012就得到了人體葡萄糖載體從開口朝內變成開口朝外的證據了，那她為何在2012年的論文沒提出工作模型？
她在2012年拿到了XylE向外的構象，但是沒有向裏的構象。 2014年拿到了朝裏的Glut1的構象。才能組合來起來研究模型。 Forest的綜述裏有講，最好一個蛋白多個構象。
閻潤濤問題２ 更可怕的是：她在2014年的論文裏講沒有葡萄糖載體開口朝外的證據，也沒有木糖載體從開口朝裏變成開口朝外的證據，如果在2012年就有了生化證據，那她的圖5嫁接想象圖說是predicted開口從朝裏變成朝外，那不是騙人了嗎？？？
答：先說這個問題問的就不在點子上： 凡人兄曾經答過一句， 我這裏稍微多花些筆墨解釋清楚：
顏寧是Prospose Model. 就是告訴你根據前人的研究和已有的實驗證據提出一個模型。沒有自詡為“我提出並證明了人體葡萄糖轉運機理”。 相反在圖5的解釋與討論裏，小顏對哪個部分是前人的， 哪個部分是自己的實驗證據，哪個部分是用近似體猜得，哪個部分是目前還沒有證據的，是說得一清二楚的。 知之為知之，不知為不知，都放在台麵上，怎麽能叫騙人？
模型本身就有猜的成分。 1966經典有動力學的初始證據， 但大部分是猜的，後來有了動力學實驗證據，後來有了生化的證據，現在有了更確鑿的晶體證據。以後研究不斷深入，還會有更深入詳盡的認識。 這就是生命科學積累大量證據證明並且不斷深入理解機理的過程。 跟數學一篇文章證明就完整證明了一個定理就不用再找證據是不一樣的。
現在談談顏寧提供的證據。
顏寧整個２０１４的思路是： Glut1朝裏的構象是２０１４年做的。 朝外的構象由XylE代表。 XylE的可以代表Glut1的原因是XylE與Glut1 同源近似。 文中在解釋機理時， 兩者有什麽相同，不同說的清清楚楚。
圖５裏有兩個predicted. 我不是很清楚閻潤濤說的是哪個， 就兩個都談談我的理解。
一： Shown here are the predicted conformations—outward-open, ligand-bound and occluded, inward-open, and ligand-free and occluded—required for a complete transport cycle according to the alternating access model.
粗體的部分我不是很清楚是應該理解為：
（１）Shown here are the conformations predicted by the scientific community. 還是
（2） Shown here are the conformation predicted through our experiments.
如果是（1）那麽沒問題。如果是（2）需要先解釋第二個predict.
二。 The ligand-bound, occluded conformation and the ligand-free, occluded one are predicted from two XylE structures in the outward-facing, partly occluded and ligand-bound state
就是說用XylE predicted Glut1 的朝外的構象。 就是不知道正主長什麽樣， 找他兄弟或表兄來看看長什麽樣。 雖然不完美， 但也不是不科學， 因為生化實驗證明了在葡萄糖兩者功能性的可替代性。（2012年圖3a) .
解釋完了第二個就好說第一個： 朝外的構象不是晶體，而是predicted. 那麽第一個的predict有幾個組成成分：
（１）前人２００６到２０１３給的模型（比如Iancu 2013) 。
（２）Glut1朝裏的構象。
（３）用XylE predicted 的Glut1朝外的構象。
（4） ICH的功能： 介於猜和證明之間。
（5） 外門， 基本算證明了
閻潤濤問題３。 你本來是想幫她洗地說她沒有剽竊而是她自己在2012年就搞出來了生化資料以證明葡萄糖載體開口朝裏變成朝外了，你一下子就把她變成了在欺騙讀者。
答：我從來沒說過生化實驗是用來證明從朝裏變朝外的。 我說生化實驗是用來證明圖5中ICH的重要性。
朝裏到朝外的變化，由於上麵的二 Glut1朝外的構象由XylE代表， 朝裏的構象有了Glut1的晶體。 所以兩者比較得出的。 由文獻32知道Glut1是有朝裏朝外這回事，但是不知道具體的結構與分子機理的變化。顏寧的貢獻是通過Glut1本身朝內的構象與XylE predicted的朝外的構象，結合起來，猜測具體的分子水平上的變化。 所以是Predicted 而不是 demonstrated.
最後說一句老閻其實也沒有朝裏與朝外的構象。
Cystine scanning隻是“符合”AAM. 隻是說在跨膜第7區可以看成三個區域， 一個隻跟細胞外有接觸， 一個隻跟細胞內有接觸，一個兩麵都可以接觸。
＊＊實際上也沒給出從內到外的變化。 ＊＊
並沒有排出其他可能性。 比如
１。如果一個（即使不是轉運蛋白的）膜蛋白也可以有這樣三個區。
２。比如跨膜區７被其他的跨膜區所掩蓋（保護起來）。 比如如果是Channel， 7與１０的在外膜形成gate, 關上時，兩個蓋纏在一起，互相保護起來，也可以起到不接觸細胞內物質的作用。
Mobil Barrier 就是 Gated Pore吧。
Accordingly, this model may be thought of as describing a MOBILE BARRIER (22); ...If. condition ... (then) one might also view this transporter as a "GATED PORE"
PNAS 1996討論部分(page5976)最後是這麽說的( 見下麵完整引文). 記得你在討戰中談過“mobile barrier”, 可否再解釋一下？ “mobile barrier” 與1966AAM是對點的觀點嗎？
“when the transporter is in its outward-facing conformation, external substrates (or probes) would contact domains C and B but not domain A. Conversely, when in the inward-facing conformation, substrates (or probes) could interact with domains A and B but not with domain C. Accordingly, this model may be thought of as describing a MOBILE BARRIER (22); substrate transport arises as the formation and collapse of barriers (domains A and C) forces the translocation pathway to communicate with the inner and outer aqueous phases in alternating sequence. If the core domain B functions solely as a passive conduit for substrate movement, one might also view this transporter as a "GATED PORE" but before adopting this terminology it may be best to await a better experimental definition of this central region.”
注22. Mitchell, P. (1990) Res. Microbiol. 141, 286-289
“最後說一句老閻其實也沒有朝裏與朝外的構象。Cystine scanning隻是“符合”AAM. 隻是說在跨膜第7區可以看成三個區域， 一個隻跟細胞外有接觸， 一個隻跟細胞內有接觸，一個兩麵都可以接觸。 ＊＊實際上也沒給出從內到外的變化。 ＊＊ ”
PNAS 1996討論部分(page5976)最後是這麽說的( 見下麵完整引文). 記得你在討戰中談過“mobile barrier”, 可否再解釋一下？ “mobile barrier” 與1966AAM是對點的觀點嗎？
“when the transporter is in its outward-facing conformation, external substrates (or probes) would contact domains C and B but not domain A. Conversely, when in the inward-facing conformation, substrates (or probes) could interact with domains A and B but not with domain C. Accordingly, this model may be thought of as describing a MOBILE BARRIER (22); substrate transport arises as the formation and collapse of barriers (domains A and C) forces the translocation pathway to communicate with the inner and outer aqueous phases in alternating sequence. If the core domain B functions solely as a passive conduit for substrate movement, one might also view this transporter as a "GATED PORE" but before adopting this terminology it may be best to await a better experimental definition of this central region.”
注22. Mitchell, P. (1990) Res. Microbiol. 141, 286-289
變成開口朝外的證據了，那她為何在2012年的論文沒提出工作模型？"
對這個問題俺也有個回答：
“小顏Nature2012設計思想”
http://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201908/14719.html
Nature2012是篇實實在在的好文章。作者在該文中既無相關內容也無任何空閑地方去扯出個工作模型/構象轉換圖。Nature2012與Dr. Maloney沒有絲毫關係。在這點上沒有”貓膩"。
謝謝！ 老閻這會陷得有點深
就因為在7月15日的帖子“轉運蛋白模型一日遊 （五）總結”的最初版本中，我和你討論，你說“目前看過的文獻來看， Yan_Maloney模型隻出現在閻的博客裏，沒有出現在科學雜誌裏，就是說在科學界不存在”。我隻好問你“‘The best characterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91).’ 這是被引用了1281次的綜述“Major facilitator superfamily（1998）”文章裏的原話。其中文獻90， 91分別是大閻1993和1995的文章。隊友閣下，在這裏"models"是啥意思？”。我再說“這就是你‘看了這麽多文獻，沒有一篇文獻用模型一詞來提閻的兩篇論文’。反證”，到這時你才無奈地承認你錯了，有大閻的模型。
我當時對你勇於承認錯誤，這種有擔當的行為，頗為欣賞。沒想到你把帖子“轉運蛋白模型一日遊 （五）總結”以及後麵的評論全刪了，叫我怎麽說你才好。
100年前，國學大師辜鴻銘一言以蔽之，他曾形容中國人：溫和平靜，穩重節製，從容練達。
紳士風度是西方國家公眾，特別是英國男性公眾所崇尚的基本禮儀規範。經要求在公眾交往中注意自己的儀容舉止，風姿優雅，能給人留下彬彬有禮和富有教養的印象。多指男士彬彬有禮的樣子。 其基本要素是：禮貌 、尊重、尊嚴、禮儀。
但在半個世紀以來，中國人的樣子似乎卻慢慢消失了，“假裝情義”、“揣度他人”、“戾氣滿滿”、“好利急功”，“無利不往來”、“傲慢無節製”幾乎變成了社會主流價值觀和社會低落情緒。
且不論東方或西方，你的所作所為對照一下，是不是還有頗多改進之處？和你共勉，我也有頗多改進之處。
讓老閻自己把自己的無知與魯莽在專業人士眼前曬著，對老閻可不太好； 真心話。
我到希望那兩段《自然》網站上的留言被刪掉，隻留RT的好了。
說的不對請原諒。
這裏不支持圖形符號，重發了一次。
我到希望那兩段《自然》網站上的留言被刪掉，隻留RT的好了。
說的不對請原諒。