讀懂顏三篇--預習題

這個係列是給真正對科學有興趣的讀者寫的.

先考考大家的觀察力, 做兩道"找不同的"預習題, 做了這兩道題目, 會對蛋白與機理有完全不同的認識.   用不著用科學術語, 說明白就行. 

預習題1  請找出 A 與 B 的區別.

預習題2  請找出 C 與 B 的區別.

 

 

[Stegy223]

“三腳貓看閻顏之爭 - 俺也有個構象轉換模型”。http://blog.wenxuecity.com/myoverview/75502/
歡迎光顧敝舍並指正。

[SwiperTheFox]

回複 'Stegy223' 的評論 :

2013文章本身是在XylE晶體後， 但本圖（整個機理圖裏摘出的一個小圖）在晶體前就知道得差不多了， 特別是這些氨基酸在Mueckler 2009就猜得七七八八了。 後來用晶體結構證實。 加上XylE 與Glut畢竟是有區別的， 所以是“粗略”地說。

認識這些與底物結合的特別的氨基酸與跨膜區的結構上的標識是有區別的。 見下一篇：）

[Stegy223]

回複'SwiperTheFox'的評論: "(第一題)A圖, 象你說的給出了具體的葡萄糖結合的殘基,與質子. 但是沒有給出哪個跨膜區(TM). 粗略地說,代表有晶體結構以前的理解".

沒有想到A圖代表有晶體結構以前的理解。特別是標著2013'. 即使沒該蛋白的3D結構作者要標出跨膜區(TM)也不難吧？ 都標出具體氨基酸殘基了。

[SwiperTheFox]

回複 'Stegy223' 的評論 :

第一題, 是給個有更大區別的圖,　也更簡單． 並不是蘋果跟桔子比

A圖, 象你說的給出了具體的葡萄糖結合的殘基, 與質子. 但是沒有給出哪個跨膜區(TM). 粗略地說, 代表有晶體結構以前的理解.

B圖:　顯示了哪些跨膜區(TM)的作用．並描繪了外門與門閂．　更清楚地描述了對機理的推測．　

[SwiperTheFox]

回複 'Stegy223' 的評論 :

觀察真仔細! 先評第二題: 滿分100; 作為預習題, 給120分. 作為測驗題給90分.
3. 門閂不是葡萄糖一房特有, 而應該是MFS第一家族特有. 老閻的UhpT也是葡萄糖轉運蛋白,就沒有這個門閂.
4. 小紅方塊應該是"外門", 我認為不但起到關門阻止流動的作用, 而且起到把TM1與TM7拉到一塊的作用.

還有第5: C 圖裏, TM7 TM10伸出的幾個幾何形狀以及TM4的質子也是很重要的. 上麵把TM1 與TM7來在一起的虛線跟 B圖裏的小方塊應該是一個作用, 但是具體機製有不同的地方, 決定了Symporter與 uniporter的區別.

[Stegy223]

從看圖識字角度來說題一稍有點Apple vs. Orange.
1. Ianca2013圖7重點顯示和底物結合關鍵性的幾個氨基酸基團。 顏2014圖五沒談這點，不是說小顏不知道這個(:-).
2. Ianca2013圖7特別標出質子H+ 對XylE 底物結合的重要性。

[Stegy223]

咱先做題二。
1. 二圖大體很相似。但因是鏡象對稱，稍要轉個彎來想。
2. 顏2014圖五中TM7 不是直棍棍。顏文提到是discontinuous. 很重要地。
3. 顏2014 有內門閂( 桔紅色長方塊)為葡萄糖一房特有。
4. 顏2014小紅長方塊中加一點象是個 inner gate.
5. Dang 2010 圖中和底物一起脫離開的質子H+ 顏2014圖中沒有。