2014 (1)
2019 (78)
小顏2014一文提出模型的published biochemical data 被認為是指的是閻潤濤的生化實驗， 而不引用。 經仔細研讀，我發現其實這句話也許稍有歧義， 應該讀成：
On the basis of our structure analysis and our published biochemical data, we propose a working for GLUT1 (Fig 5.)
也就是說小顏用的是自己發表的， 具體說是2012年做XylE時做的生化實驗。 本文給吃瓜群眾圖解這些生化實驗的原理，結果與意義。
一。 顏寧模型裏的有關生化實驗的部分。 小顏2012年一文裏的生化實驗不少，為簡單起見， 在這裏僅舉一個突出的例子。小顏對模型的貢獻特別突出的一點就是下麵這個ICH的重要地位。 小顏用生化實驗證明了這個功能團的在細胞裏的糖轉運裏的重要作用。
二。 實驗原理： 這個實驗原理非常簡單。 吃瓜的都該看得懂：
實驗的目的是看各種原生和突變的蛋白是否還能轉運葡萄糖。 見下圖：藍點是沒有標記的葡萄糖，紅點是用放射性標記的葡萄糖。 實驗就看最後細胞裏有多少放射性標記的葡萄糖。 如果正常的就是說該突變對功能影響不大，這個位點不重要； 如果少了，說明突變的位點重要。
三。 實驗數據：ICH的生化實驗數據在圖5C 。
四: 小顏做了兩種生化實驗。
吃瓜吃得仔細的群眾也許能注意到上圖每個數據點有兩個柱子。 一個藍色，一個綠色。
藍色的是活蛋白實驗； 綠色的是用人工合成的脂質體。
兩種實驗各有各的好處： 活蛋白實驗測量該蛋白在複雜生理條件下的作用，更真實，但因條件複雜，不能排除某些細胞裏其他因素的影響。 而人工合成的脂質體簡單， 就那一個蛋白，證明就是這個蛋白的作用，但是不能證明這是生理條件下的作用。 兩者都做，起到了互補的作用，做到“嚴絲合縫”。
小顏這個圖加上2012年圖2圖4一共做了26個突變， 每個突變做了活細胞與脂質體兩種實驗，而閻潤濤PNAS裏做了28個突變, 其中21個用於 everted vesicles 和10個用於活蛋白的進一步的實驗。 也就是說小顏2012年一文裏光生化實驗就跟閻潤濤一文差不多， 更別說晶體實驗了。
五 實驗的結論：
該實驗證明，ICH 有一半的突變都對轉運功能非常重要，也證明了ICH 本身的重要性。 後來晶體實驗suggest這個功能團起到的是門閂的作用， 對這類轉運蛋白的機理探究推進了一大進步。。
六。 總結：
小顏的published biochemical data指的是她自己2012年一文裏的實驗。 閻潤濤說小顏隻有死的晶體沒有活蛋白實驗是不正確的。 “指而不引”也是不對的。
feels like you are getting there (:-)
總結寫完了，看有沒有做到 １＋１＝２？
如果我理解對你和他的出發點和問題的話，很可能可以解釋清楚。 不過請最好明確你們的問題， 不要讓我猜謎。
下一篇博文出來一定要讀的。謝謝。
我能吊一下你的胃口嗎？ 正在準備的下一篇博文可以給你完整的答案。 我已經是過街老鼠， 怕沒人看我的博文了， 至少拉你一個讀者～～開個玩笑，哈哈。
請注意，充分條件與必要條件的區別。 我說小顏引經典夠了， 沒說其他人必須引。 事實上，我也沒抱怨老閻沒引經典。
絕對不是和您這文壇7字頭怪傑較勁的意思。你這段有點讓人越看越糊塗了。
1.第一個構象是Nature2014'本文中的沒錯。
2. 第二個構象是基於自家Nature2012細菌的。
3. 第三個構象是基於別人家的。
4. 第四個構象還沒有“The outward-open structure remains to be captured". 這裏沒有生化資料的事!
經Fox先生艱苦細致的考證， “published biochemical data" 是指Nature2012'裏的functional characterization 生化實驗結果，與這模型中重要一點 "ICH" (Intermembrane helix domain)有關。
本來不想再追究這件事了，但是閻粉們非得要我背誦不正確的閻氏語錄。 那這件事就非追究到底不可了。
下麵這篇綜述, 老閻的老板是第二作者, 總結MFS Antiporters的機理,Antiporters就包括閻潤濤所做的UhpT.
1. 總結了Alternating Access Model的機理. 沒引老閻的.
2. 該文引了老閻的老板15篇文章, 沒有引老閻的.
對於老閻的老板來說Yan-Maloney模型存在嗎? 在相關文章裏（綜述）老閻老板都不引，能說是獨創革新的模型嗎？ 為什麽要其他人引？
Ins and Outs of Major Facilitator Superfamily Antiporters
Christopher J. Law1, Peter C. Maloney2, and Da-Neng Wang1
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以下是閻粉非要我背誦錯誤的閻氏語錄。
時不時來看看 2019-07-15 12:10:12 回複 悄悄話 SwiperTheFox:
您寫下一個相關回貼或博文之前，試試記住下麵這段話，能做到倒背如流則更好，中文寫的。
顏寧團隊與Yan/Maloney研究的葡萄糖載體蛋白是同一家族，屬於MFS family，亦稱 uniporter-symporter-antiporter family，都是由12個穿膜螺旋構成。參見權威綜述分類 Microbiol Mol Bio Rev. 1998, 62:1-34。在這個地球上，不論載體有多少家族，揭開葡萄糖載體機理模型的隻有兩家，而且研究的都是在同一家族，得出的結論也是同樣的。就好比哺乳動物的血液循環係統，隻有一個機理模型，因為都是由一個心髒和血管構成。同理，所有的葡萄糖載體隻有一個機理模型，如果哪天某人發現了另一機理模型，那他就是在我們的研究基礎上的再次突破。
謝謝你提供的這篇論文. 這篇論文有老閻老板的參與的,中間提到這個有single binding site的alternating access mechanism, 以此為背景. 沒 有 引 用 閻. 他自己老板都不認為有個閻氏模型.
This single-binding site, alternating-access mechanism, which involves a rocker-switch-type movement of the N- and C-terminal domains of the protein, is dependent upon binding-site reorientation between an inward (Ci) and outward (Co) facing conformation.
博文中隻提了PNAS一文，所以不用更正。
我回去複習了臉紅脖子粗的這個貼，細胞雜誌應該做了6個突變， 這是因為老閻的蛋白（應該）一共有6個Cys.
https://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4007220.html
我隻想到了Cys與試劑的作用， 沒去想要“屏蔽其他Cys“，所以要對每一個Cys做突變， 當然做推理時應該與PNAS相反。
思路是一樣的，並且我理解了為什麽要做這六個。 先利用Cys與試劑的作用做最簡單的"proof of principle"，然後再做“大麵積的”工作。
說工作量小不是貶低，而是表揚。 因為要用聰明的辦法以盡量少的工作量來做多的成就應該是努力方向。
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我不是特別清楚你想說什麽。 隻能順著你的思路猜一猜閻做研究時的思路。
第一， 大閻不可能一個一個去做突變的窮舉， 那樣工作量太大。 所以要根據前人研究來抓重點， 先猜一猜哪裏容易出成果，能解決什麽重要問題。
第二， １９９３年細胞的文章是個"Proof of Principle". 就是說用Cysteine (半胱氨酸）能被PCMBS抑製的特殊性質來做研究，看從技術角度成不成。 如果不成，那就沒不必做把其他堿基突變成半胱氨酸這種無用功了。 這樣就把範圍縮小到兩個Cysteines上。 做這個"Proof of Principle“的同時發現 C143麵向細胞內膜，Ｃ265是“兩麵派”。
第三， C265是“兩麵派”，就說明它很可能跟轉運關係重大，C265在TM7上，於是把研究範圍定在 TM7的２９個堿基。 一下把突破口縮小到了２９／４５５＝１／１６ 。
第四，有了１９９３的基礎，就知道這個方法可行，於是就做了TM7的２９個堿基的突變。 其中２１對功能有影響， 做了下一步的研究。
第五，工作量的問題本來不是特別重要。 出成果更重要。要知道， 生化實驗是小顏論文工作很小一的部分，但卻是大閻論文的全部。 考慮到現在突變技術更先進容易， 但是小顏做了活細胞與脂質體更全麵的實驗，一出一入，大概說小顏論文的很小比例的一部分與大閻整篇文章的工作量相近。 這個比較未必很準確，但大致方向是這樣， 最後重申，仍然是成果更重要。
大閻如果看到我的回答， 請指正有什麽錯誤，畢竟你是當時做實驗的，我隻能根據一篇論文的摘要與另一篇論文的全文猜測。
“This structural information, in combination with an opus of previous biochemical, thermodynamic, and kinetic studies on both GlpT and LacY (12–17), and the closely related E. coli organic phosphate/inorganic phosphate antiporter, UhpT (18,19), have allowed us to construct a model for substrate translocation by GlpT (8,20) (parts B and C of Figure 1). ”
摘自Biochemistry 2007 46(43):12190-12197 (Peter C. Maloney one of the authors) "Kinetic Evidence Is Consistent with the Rocker-Switch
Mechanism of Membrane Transport by GlpT?"
請注意， 博文中比較的就是PNAS一篇文章 。 沒有提細胞雜誌一文。
而且如果如你所說，細胞雜誌一文已經從一百多做到了四百多， 已經涵蓋了PNAS 一文的內容， 為什麽還要做後麵這篇跟進的研究呢？
1. Based on our structure and biochemical data ...
2. Based on our structure and (our) published biochemical data ...
3. Based on our structure and (other's) published biochemical data ...
4. Based on our structure and biochemical data as well as (other's) published biochemical data ...
對第一點補充一句： 做窮舉不但工作量大，而且還不知道這個方法成不成立， 有可能吃力不討好。 所以要先做proof of principle縮小範圍，爭取用最小的工作量取得最大的成就。
我不是特別清楚你想說什麽。 隻能順著你的思路猜一猜閻做研究時的思路。
第一， 大閻不可能一個一個去做突變的窮舉， 那樣工作量太大。 所以要根據前人研究來抓重點， 先猜一猜哪裏容易出成果，能解決什麽重要問題。
第二， １９９３年細胞的文章是個"Proof of Principle". 就是說用Cysteine (半胱氨酸）能被PCMBS抑製的特殊性質來做研究，看從技術角度成不成。 如果不成，那就沒不必做把其他堿基突變成半胱氨酸這種無用功了。 這樣就把範圍縮小到兩個Cysteines上。 做這個"Proof of Principle“的同時發現 C143麵向細胞內膜，Ｃ265是“兩麵派”。
第三， C265是“兩麵派”，就說明它很可能跟轉運關係重大，C265在TM7上，於是把研究範圍定在 TM7的２９個堿基。 一下把突破口縮小到了２９／４５５＝１／１６ 。
第四，有了１９９３的基礎，就知道這個方法可行，於是就做了TM7的２９個堿基的突變。 其中２１對功能有影響， 做了下一步的研究。
第五，工作量的問題本來不是特別重要。 出成果更重要。要知道， 生化實驗是小顏論文工作很小一的部分，但卻是大閻論文的全部。 考慮到現在突變技術更先進容易， 但是小顏做了活細胞與脂質體更全麵的實驗，一出一入，大概說小顏論文的很小比例的一部分與大閻整篇文章的工作量相近。 這個比較未必很準確，但大致方向是這樣， 最後重申，仍然是成果更重要。
大閻如果看到我的回答， 請指正有什麽錯誤，畢竟你是當時做實驗的，我隻能根據一篇論文的摘要與另一篇論文的全文猜測。
就是斷句的結合率問題：）
Based on （our structural analysis) and published biochemical data
還是
Based on our (structural analysis and published biochemical data)
SwiperTheFox 先生也是在之前深入學習後又“經仔細閱讀，發現"published biochemical data"是小顏自己的，所以不用引文”。如果是那麽一目然，您早出來說一聲就好了。
Nature2014' 是英文專業水平的文筆，加上俺認同討論部分作者有更大自由度的原則，絕無文字上來說事之意。現在“Based on our structure and published biochemical data ” 變成/實際指 ““Based on our structure and OUR published biochemical data ”太有意思了。 Given the context of 這場爭辯，把這一技術細節說清是件好事。
也謝謝你問得問題，我得以改正錯誤：）
從1993 細胞雜誌的摘要看， 他沒有做突變，而是利用Cysteine對試劑的敏感性做實驗。 We then made a detailed study of C143 and C265, because these cysteines impart sensitivity to p-chloromercuribenzosulfonate (PCMBS),
看他1995PNAS的文章一共做了28個 （在此我要更正一下博文）， 加上不用突變的C265一共研究了29個殘基。
圖2及表1裏有21個，其中還包括1993年做的C265.
就這個問題，我和閻還有脖子粗在論壇討論過。閻聲稱他做了435個? 我問他細胞雜誌裏有沒有這個數字，他不肯告訴我。
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Nekono_88 2019-07-14 09:48:43
回複 悄悄話 大閻聲稱：每個突變體在細胞膜上的兩邊用放射性底物單獨做試驗，把每一突變體的兩邊得到的數據分別做出圖，就是用鉛筆在作圖紙上畫出圖表。這些數據都是“活體”蛋白的數據，就是說，是在細胞膜上的葡萄糖載體在轉運葡萄糖分子過程中得出的數據。是葡萄糖載體在真實的運動狀態下的研究結果。.....，這裏不知他做了多少突變體？一個？兩個？大於100？大於200？大於400？到底是多少個？
歡迎光臨， 謝謝閱讀並評論。
我同意凡人，也想讓大閻清靜幾天。 就是見著不對的地方忍不住要把正確的內容寫出來。
給博主一個讚.
不知道R. Yan和他的followers 是理解不了英語還是在有意誤導一般的wxc的觀眾. 在Nieng的這句”On the basis of our structure analysis and published biochemical data, ...”, 已經用了”our”, 就沒必要再重複”our”了.
在R. Yan 的最新文章, 他居然說Nieng 的2014 Nature 文章是: “此論文的題目是：“Crystal structure of the human glucose transporter GLUT1”不僅內容一樣，得出的結論一樣，就是題目也一樣，研究的是同一個蛋白的“同係物”.”
他說這種話很難想象他曾經是做科學的. 因為Nieng2014 的文章題目,內容不可能和任何已經發表過的文章一樣, 否則就是重複不可能再被發表. 這麽簡單ethical的道理難道閻澗濤都不知道嗎?
再且分子結構是很複雜的, 有的即使平麵結構相同還可能有stereochemistry 的不同, 或還可有conformational 的不同.
閻也就忽悠一些容易或願意被忽悠的人. 我不想浪費時間去他愽客反駁他.
是啊，我讀到的做晶體的文章好像很少沒有生化實驗的。
而且，不知道是否因為閻離開科研太久了， 他自己的博文和他的討論，好像有時分不清通道與轉運的概念。 他可是做這個的。。。