1949年9月,周保中任東北人民自衛軍總司令兼政治委員、東北民主聯軍副總司令兼東滿軍區司令員、吉林省政府主席、中國人民解放軍東北軍區副司令員兼吉林軍區司令員、東北行政委員會常委。
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1950年2月20日,與二野四兵團率部隊進入昆明城,3月4日,中國人民解放軍西南軍區昆明市軍事管製委員會成立,陳賡為主任,周保中為副主任;3月10日,中央人民政府政務院總理周恩來任命陳賡為雲南省人民政府主席,周保中、張衝、楊文清為副主席。在雲南省第一屆各界人民代表會議上,周保中當選為第一屆人民代表會議協商委員會主席。。
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1951年10月,政務院任命周保中兼任雲南大學校長。
[9]
1953年8月7日,中共中央西南局決定由西南軍政委員會政治法律委員會主任周保中兼任西南政法學院院長、黨組書記,為西南政法學院曆史上首任院長。
[18-19]
1954年,由於心力衰竭嚴重,身體極度虛弱,無法再繼續擔負繁重工作,黨中央決定,周保中調離現任職務,8月,赴北京治病休養。9月,當選為第一屆全國人大代表,並由毛澤東任命為國防委員會及國家民族事務委員會委員。10月18日,出席中華人民共和國國防委員會第一次會議。 [20]
1955年,被授予一級八一勳章、一級獨立自由勳章和一級解放勳章。
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1956年4月,當選為第二屆全國人民代表大會代表和國家民族事務委員會委員。9月,在中央“八大”上被選為中央候補委員。
[19-20]
1958年2月,在吉林通化參加了楊靖宇將軍烈士陵園揭幕儀式暨楊靖宇殉國十八周年公祭大會,作長詩紀念戰友,並和抗聯戰友馮仲雲等人一起,為英雄楊靖宇遺體蓋棺封墓。5月,應邀前往北京市第八十五中學參加紀念中國共產黨誕辰三十七周年大會。
[20-21]
1959年4月,當選為第二屆全國人民代表大會代表和國家民族事務委員會委員。
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1963年6月,帶病參加國務院為來訪的朝鮮民主主義人民共和國最高人民會議常任委員會委員長崔庸健一行舉行的歡迎儀式。
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