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十六世紀初，準噶爾汗國滅葉爾羌汗國，統一新疆。
清與東擴的準噶爾汗國征戰七十多年，曆經康熙、雍正、乾隆三朝。
1755年乾隆趁準噶爾汗國內亂之機，出兵擊潰準噶爾汗國收複新疆。設伊犁將軍節製天山南北。1864年，中亞浩罕國阿古伯入侵，占領南疆並北越天山侵占迪化。
收複新疆的功臣 左宗棠
1877年左宗棠率軍收複新疆，於1883年建省，取左宗棠奏折中“他族逼處，故土新歸”之意，定名新疆。然而在維吾爾文譯意中是“新邊疆”，所以解放後維吾爾文使用的是音譯“新疆”，避免岐義。無論這塊廣袤遼闊的土地民稱有何變遷，其於兩千多年前的西漢就屬於中原王朝的管轄。其後漫長的曆史歲月，活動於這塊土地上的許多少數民族後來也都成為中華民族的成員。這是無可置疑的曆史。
1933年，包爾漢在蘇聯的中共黨員的影響下，開始參加革命工作，回新疆後，
又與中國共產黨在新疆工作的俞秀鬆（化名王壽成，曾任新疆民眾反帝聯合會會長）同誌建立聯係。
二、解放初期對新疆名稱的爭議。
1944年9月，在伊犁暴發反對國民黨統治的牧民起義，得到蘇聯軍事支持，迅速蔓延到塔城、阿爾泰，史稱“三區革命”。1945年在伊寧宣布成立“東突厥斯坦共和國”。一年多後經張治中斡旋改為伊犁地區參政會，與國民黨組成聯合政府。1948年聯合政府破裂，三區代表返回伊犁。國民黨軍與三區革命民族軍隔瑪納斯河對峙。
新中國建立初期，對這塊占中國版圖六分之一的國土名稱出現爭議。“西域”顯然不可再用，古西域包括中亞。有人提出“天山省”，但也顯然不妥，天山延伸至鄰國。中央政府決定仍然沿用清未建省名稱“新疆”。少數民族翻譯用音譯。
1951年3月，中央《關於民族區域自治試行條例（草案）》由西北局民委下達征詢意見大綱。據三區革命親曆者;原博爾塔拉蒙古族自治州第一任黨委書記葛爾夏所著《曆史的回聲》載：
工作組正要撤離伊寧的時候，突然市內傳起一則消息：賽都拉·賽甫拉也夫主持在伊犁召開了“五十一個知識分子座談會”，討論新疆成立維吾爾斯坦共和國的問題，具體內容有：一、新疆成立維吾爾斯坦共和國；二、在中華人民共和國國徽下麵加上維吾爾斯坦共和國國徽；三、中國人民解放軍經過千山萬水解放新疆很辛苦，應該回關內休息，新疆的治安由民族軍負責；四、在聯合國中華人民共和國全權代表下麵設一個維吾爾斯坦共和國觀察員等。並說座談會紀要已上報，但不知報到了哪裏。到三月中旬我們工作組回到烏魯木齊時，已經聽到不少人對這條“五十一人座談會”的消息議論紛紛了。
包爾漢 和 毛澤東
所謂“五十一人座談會”受到中共新疆分局及王震的嚴肅批判，其錯誤主張被理所應當地否定了。
三、毛主席曾主張在“自治區”前不冠少數民族的名稱，其模式為地名十自治區而不是現在的地名十少數民族名稱十自治區。
2010年中共中央文獻研究室和中共新疆維吾爾自治區委員會合編的《新疆工作文獻選編》載，1953年2月至3月，鄧小平、習仲勳、李維漢向毛主席、黨中央呈送《關於審批新疆民族區域自治實施計劃草案的兩份報告》。其中披露兩種意見：1、新疆維吾爾族自治區。2、天山維吾爾族自治區。毛主席一開始主張“新疆自治區”，請習仲勳等征求包爾漢、賽福鼎等意見。“包無表示，賽不同意。認為民族區域自治綱要規定民族自治區名稱由民族名稱冠以地方民稱組成之。”後來，由於種種原因，毛主席同意了新疆自治區冠以維吾爾的名稱。其初衷是中央給西北局的複電“維吾爾族在新疆如同漢族在全國一樣，是其他各少數民族的主體民族。因此，必須使維吾爾族幹部如同漢族在全國範圍內團結；幫助和照顧各少數民族一樣來團結；幫助和照顧新疆境內的其他民族。”
1957年8月4日，周總理在《關於我國民族政策的幾個問題》中進一步解釋了這個問題：“解放後，我們采取的是適合我國情況的有利於民族合作的民族區域自治製度。”“例如新疆，在解放前，有些反動分子進行東土耳其斯坦之類的分裂活動，就是被帝國主義利用了的。有鑒於此，在成立新疆維吾爾自治區時，我們沒有讚成采用維吾爾斯坦這個名稱。新疆不僅有維吾爾一個民族，還有其他十二個民族，也不可能把十三個民族搞成十三個斯坦。黨和政府最後確定成立新疆維吾爾自治區，新疆的同誌也同意。稱為新疆維吾爾自治區，‘帽子’還是戴的維吾爾民族，因為維吾爾族在新疆是主體民族，占百分之七十以上，其他民族也共同戴這個帽子。” 其意明顯是說民族區域自治的權利是給新疆十三個民族的（今天是四十六個民族）；不是也不可能是給某一個民族的。
