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第一節 從京師大學堂到北京大學
中國作為一個早已著名於世的文明古國，自漢代就設有太學，其後又有國子監相沿襲，直到京師大學堂設立後始廢止。太學與國子監實際上是我國古代的國立大學，這和後來的北京大學是一脈相承的。但是，由於曆史發展的種種原因，我國近代大學的創辦，是比較晚的。
十九世紀四、五十年代，封建營壘中的一些開明人士，鑒於鴉片戰爭失敗後外國侵略日益加深，提出了“師夷之長技以製夷”的口號，主張學習西方的科學技術，以抵禦外來侵略。1862年，清政府為了便於對外交渉，下令在總理各國事務衙門下開設京師同文館，從八旗子弟中逸出十人攻讀英語，聘請西人教席，培養翻譯人才。同文館的設立是我國創辦新式學校的開始，可算是我國最早成立的專門學校。它後來並入京師大學堂，是京師大學堂最早的一個組成部分。
1895年（清光緒二十一年），天津海關道盛宣懷鑒於開辦學堂、學習西學為當務之急，經北洋大臣王文韶的準許，在天津創設了北洋西學堂。這個學堂分頭等學堂和二等學堂兩種，均為四年卒業。頭等學堂的學生除學習普通課程外，並選學工程、電學、礦務、機器和律例等專門課程中的一種，具有專業的性質。1896年6月，刑部左侍郎李端芬在給清廷的《請推廣學校折》中，建議設立府州學、省學和京師大學堂等三級製學校，各以三年為期；這是第一次提出設立京師大學堂的建議。翌年，盛宣懷又根據李氏的三段製提議，奏請清廷在上海設立了南洋公學。南洋公學先設師範院培養師資，後又分設外院、中院和上院。外院和中院相當於小學、中學，上院具專門學堂的性質。蔡元培曾任教的特班，為1901年增設的，學生畢業後保送入經濟特科。上院開始主要培養政治方麵的人材，以後又增加培養商務和實業方麵的人材。北洋西學堂和南洋公學，比北京大學的前身京師大學堂略早二、三年；它們的頭等學堂和上院，可算是我國近代大學教育的雛形。而1898年開辦的京師大學堂，則是我國近代大學之發軔。
京師大學堂的創設，是戊戌維新運動的產物。中日甲午戰爭後，帝國主義列強在我國掀起了一個割地狂潮，中國麵臨亡國滅種的危機，救亡圖存成為當時最緊迫的任務。這時，以康有為、梁啟超、譚嗣同、嚴複等為代表的資產階級改良派，發動了一場變法圖強的維新運動。他們設學會，辦報館，著書譯文，大量介紹西方資本主義的文化科學知識。他們決心效法日本明治維新，對中國的政治、經濟以及文化教育製度實行革新。他們認為，要救亡圖存，隻有學習外國，實現維新變法；而維新變法必須從廢科舉、立學校做起。因此興辦新式學校，成為施行新政的重要措施。1898年初，康有為在《應詔統籌全局折》中，明確提出：“自京師立大學，各省立高等中學，各府縣立中小學及專門學”。他並上奏光緒說：“京師議立大學數年矣，宜督促早成之，以建首善而觀萬國。夫養人材猶種樹也。築室可不月而就，種樹非數年不蔭。今變法百事可急就，而興學養材，不可以一日致也，故臣請立學亟亟也”。在康有為等人的推動下，1898年6月11日，光緒下了《明定國是詔》，正式宣布開始變法。他在詔書中強調：“京師大學堂為各行省之倡，尤應首先舉辦。著軍機大臣、總理各國事務衙門王大臣，會同妥速議奏。所有翰林編檢、各部院司員、大門侍衛、候補候選道、府州縣以下官、大員子弟、八旗世職、各省武職後裔，其願入學堂者，均準入學肄習，以期人才輩出，共濟時艱。”隨後維新派又衝破頑固派的阻撓，於7月4日，促成光緒正式下令批準設立京師大學堂，命令稱：“京師大學堂為各行省之倡，必須規模宏遠，始足以隆觀聽而育人才。”並派吏部尚書孫家鼐為管理大學堂事務大臣。
由梁啟超起草的京師大學堂章程，規定大學堂的辦學方針有兩條：“一曰中西並用，觀其會通，無得偏廢；二曰以西文為學堂之一門，不以西文為學堂之全體。以西文為西學發凡，不以西文為西學究竟。”並提出：“本學堂以實事求是為主，固不得如各省書院之虛應故事，亦非如前者學堂之僅襲皮毛。所定功課必當嚴密切實，乃能收效。”據此，課程分為普通學科和專門學科兩類。以經學、理學、掌故學、諸子學和初等算學、格致學、地理學、文學以及體操等為普通學科，為全體學生所必修；以高等的算學、格致學、政治學、地理學、農學、礦學、工程學、商學、兵學和衛生學等為專門學科，由學生任選一門或兩門。另設英、法、俄、德、日五種外語，由學生選學一種（三十歲以上者可免修）。章程還規定京師大學堂設管學大臣一員，統率全學；設總教習一名，總管大學堂教學工作。並規定“各省學堂皆歸大學堂統轄”。這樣，京師大學堂既是當時全國的最高學府，又是全國的最高教育行政機關。這個章程綱要基本上反映了維新派學習西方，發展我國近代教育的要求，因而它成為我國近代大學教育的最早的一個章程。
京師大學堂的第一任管學大臣為孫家鼐。孫家鼐（1827—1909），安徽壽州人，曾曆任工部、禮部、吏部尚書，政治上傾向維新，接近帝黨，但與頑固派亦有聯係。他受命後，向光緒提出辦學的具體計劃，對大學堂章程內容作了某些增刪，主要有：一、為舉人、進士出身的京官，設立仕學院；二、精簡學科門類，專門學科中取消兵學課程；三、編譯局主要編譯西學各書，舊有經書不得任意刪節，編纂各書由管學大臣呈上欽定後頒行，提出“悖謬之書，嚴行禁止”；四、總教習可設二人，分管中學和西學；五、凡畢業生均由管學大臣出具考語，各依所長錄用，“俾所學與所用相符，冀收實效”。
經孫家鼐推薦，清廷任命許景澄、丁韙良為中學和西學總教習。許景澄（1845—1900），浙江嘉興人，清季外交官，出使法、德、意、奧、荷、俄等國，曾任總理各國事務衙門大臣，頗長於經世之學。丁題良（1827—1916，William Alexander Parsons Martin）美國傳教士，1850年來華，在寧波、北京等地傳教及著述，曾任同文館總教習，兼授國際公法。孫家鼐還舉薦刑部主事張元濟（與蔡元培同科進士）任大學堂總辦，因張堅辭，後由黃紹箕、餘誠格相繼擔任。
大學堂臨時校址設在京城地安門內馬神廟和嘉公主舊第。修複原房三百四十餘間，並新建一百三十餘間。這就是後來的北大第二院。此外，還在北河沿購置房舍一所，開設譯學館，此即後來的北大第三院。當時規定大學堂開辦經費為白銀三十五萬兩，常年用款為二十萬零六百三十兩。清廷指定以華俄道勝銀行的中國政府存款的利息支付，不敷之數由戶部補足。
當京師大學堂正在積極籌辦的時候，9月21日，以西太後為首的頑固派突然發動了政變。光緒被囚禁，康有為、梁啟超逃亡國外，譚嗣同等六人殉難。政變後，西太後下令恢複八股取士的科舉製度，維新派的改革措施幾乎全被取消，僅京師大學堂“以萌芽早，得不廢”。但這一年十二月開學時，學生還不滿百人，到第二年，也隻有近二百人。課程也僅設詩、書、易、禮四堂，春秋二堂。到第二年，才另立史學、地理、政治三堂，上午讀經史，下午學科學。講授經史課程的大多是翰林院的腐儒，隻是講些八股文的作法。大學堂學生這時也隻有參加科舉考試取得舉人、進士頭銜後，才獲得做官的資格，因此每到考期，大學堂學生便紛紛請假趕考。這就完全改變了原來維新派辦學的宗旨，實際上仍然是一所舊式書院。
1900年夏，義和團起義軍進入北京。8月3日，西太後以大學堂經費無著下令停辦。這時，原管學大臣孫家鼐因不滿西太後貶廢光緒已憤而辭職，中學總教習許景澄也因在八國聯軍進攻時以“主和”獲罪被殺。8月14日，八國聯軍侵占了北京。京師大學堂校舍先後被俄、德侵略軍盤踞，房屋、圖書和儀器設備大部被毀。這是北大曆史上第一次直接遭受帝國主義的摧殘。京師大學堂因此停辦了兩年多。後來人們把1898至1900年的京師大學堂，稱為“戊戌大學”。這一時期沒有畢業生。
1902年1月10日，清政府下令恢複京師大學堂，並派吏部尚書張百熙為管學大臣。張百熙（1847—1907），字冶秋，湖南長沙人，早年曾任光緒帝的侍讀。甲午戰爭時，他疏劾過李鴻章“陽作戰備，陰實主和”。戊戌政變時，以“濫舉康有為”，受革職留任處分。他是清政府中比較開明的官吏，曾主張變法自強，在知識分子中頗有影響。他是一位有作為的管學大臣，辦學認真。這一年十二月十七日，京師大學堂重新開學，先辦速成科的仕學館和師範館。1903年起，又設進士館，供新科進士入館學習。由張百熙主持擬定並經清廷批準頒行的《欽定京師大學堂章程》，包括了從小學到大學的各級學堂規則，是我國第一部完整的學製成文法規。其中關於京師大學堂的章程分八章八十四節，對大學堂的辦學綱領、科目設置、課程安排、招生辦法、畢業分配、教師聘用、領導體製和教學紀律等都有詳細的規定。章程規定：“京師大學堂之設，所以激發忠愛，開通智慧，振興實業”及“端正趨向，造就通才，為全學之綱領。”大學堂分設大學預備科、大學專門分科和大學院三級。大學院相當於後來的研究生院。大學專門分科規定設立政治、文學、格致（理科）、農業、工藝、商務、醫術等七科（相當於學院），科以下共設三十五目（相當於學係或專業）：
（一）政治科，下設政治學、法律學二目；
（二）文學科，下設經學、史學、理學、諸子學、掌故學、詞章學、外國語言文字學七目；
（三）格致科，下設天文學、地質學、高等算學、化學、物理學、動植物學六目；
（四）農業科，下設農藝學、農業化學、林學、獸藝學四目；
（五）工藝科，下設土木工學、造船學、造兵器學、電器工學、建築學、應用化學、采礦冶金學八目；
（六）商務科，下設簿記學、產業製造學、商業語言學、商法學、商業史學、商業地理學六目；
（七）醫術科，下設醫學、藥學二目。
章程還規定大學堂專門分科學製三至四年，畢業後可升入大學院深造，並給予進士出身。此外，大學堂另設仕學、師範二館為速成科。學製三至四年。凡京官五品以下八品以上，以及外官候補暨因事留京者，道員以下，教職以上，皆準應考入仕學館；舉、貢、生、監等皆準應考入師範館。速成科畢業後可擔任初級官吏或學堂教習。
1902年10月和11月，京師大學堂先後兩次舉行入學考試，首先招收速成科學生。仕學館考生由各衙門推薦，考試科目有史論、輿地策、政治策、交涉策、算學策、物理策和外國文七門；師範館考生由各省選送，考試科目有修身倫理大義、教育學大義、中外史學、中外地理學、算學比例開方代數、物理化學，淺近英文、日文八門。入學考試結果，仕學、師範兩館共招新生一百八十二名。這一年12月17日，京師大學堂正式開學。新中國成立之前，12月17日這一天，成了北京大學的校慶日。
京師大學堂這時除開設仕學館、師範館以及附設的中小學外，同文館也並入大學堂。1903年5月，大學堂將同文館改辦譯學館，分設英、俄、法、德、日五國語言文字專科，學製五年，並於同年8月正式招生開學。譯學館還設文典處，從事翻譯並計劃編纂上述五國文字的字典。1906年秋，蔡元培為赴德留學在北京等候派遣時，曾被譯學館館長章鋟聘為教習，講習國文及西洋史。
張百熙為辦好京師大學堂，十分注意延攬人才，如當時的知名學者吳汝綸、張筱浦、李希聖、於晦若、屠寄、辜鴻銘、範源濂、王舟瑤等都先後擔任過大學堂的總教席或教席。嚴複也應邀出任京師大學堂的譯書局總辦。這時大學堂設立了藏書樓，除從原國子監調撥部分圖書外，還從歐美日本各國購置各種圖書，同時管學大臣還谘文各省官書局，要求將已刻的經史子集及時務新書，每種提取數部送京師大學堂。藏書樓於1902年創立時，有各類圖書七萬八千五百冊，後時有充實，頗為豐富。經過張百熙的苦心經營，京師大學堂已略具規模了。但在當時黑暗的政治下，張百熙認真辦學卻遭時忌，特別是他引進和重用開明之士，更引起頑固勢力的反對，因而時遭掣肘，終不能施展他的抱負。
1903年6月，清政府修訂學堂章程，其目的是使大學堂更緊密地為鞏固封建統治服務。修改後的大學堂章程，在大學分科中增設了經學科，下分周易、尚書、毛詩、春秋左傳、春秋三傳、周禮、儀禮、禮記、論語、孟子、理學等十一門，明顯地突出了經學的地位。1904年，清廷下令專設總理學務大臣，統轄全國學務。另設京師大學堂總監督，專管大學堂事務。委派張亨嘉為京師大學堂總監督。這一年正式招收預備科第一班學生。到1909年，預科首批一百三十二名學生畢業。1910年3月30日，分科大學才舉行開學典禮，除醫科未按時開辦外，其他七科均正式開學。實際共開設七科十三門。學生共四百多人。在這之前，預備科改名為高等學堂，仍為大學堂之預科。分科大學開辦後不久，1911年10月，爆發了武昌起義。這時清王朝已岌岌可危，京師大學堂也難以為繼，年底清廷遂下令暫時停辦。因京師大學堂恢複的那一年——1902年，幹支紀年為“壬寅”，所以後來人們把1902年至1911年的京師大學堂，稱為“壬寅大學”。
京師大學堂雖然距離近代大學的要求還很遠，但在當時的中國，它畢竟匯集了一批人才和圖書典籍，進行過一些近代科學文化的教育，可以說是初具規模。在學生中也不乏認真求學之土。如陳漢章是清末的一位名舉人，原被大學堂聘為教席，時已是四五十歲的中年人，而他到校後看到藏書樓（設在原公主府梳妝樓上）裏藏書豐富，且因傳聞大學堂畢業後可任翰林，遂決定不就教席而當學生。他經過六年的勤奮學習，於民國二年以甲等第一名畢業，雖然翰林沒有當成，後來成為有名的國學家。但從總的方麵看，當時的學生多出身於貴族官吏豪富門第，入學堂是為找“恩師”靠山，謀求升官發財之道。進士館裏幾乎每個學生都有一個聽差，上課鈴響了，由聽差來請老爺上課。據說當時上體育課時，教員喊口令也是畢恭畢敬地喊：“老爺，向右轉！老爺，向左轉！”1907年（清光緒三十三年），優級師範科一百零四名學生畢業，他們是京師大學堂的第一期畢業生。當時畢業生的成績，分最優等、優等、中等和下等四種。最優等和優等者授予師範科舉人學位，並分等授以官職。最優等者授以五品銜以內閣中書盡先即補，優等者隻給以內閣中書科中書即補。雖授有官職，但因為是師範畢業，要先盡滿五年的教席義務，然後才能去候補；至於何時能補上，則又要輪班次，找門路，對多數人則常常是遙遙無期的。即使這樣，這已是學生們夢寐以求的了。難怪當時有個學生為早逝的同學寫的挽聯中，有“未博得五年義務，七品虛銜”的歎喟，為死者未獲得功名而抱恨。這種封建科舉時代的惡劣風氣，影響了初期的北京大學。
辛亥革命後，1912年2月，嚴複被任命為京師大學堂總監督，接辦大學堂事務。其時，蔡元培主持教育部。他十分重視大學教育。政府北遷後，他即派專門教育司第一科科長王雲五、第三科科長楊煥之會同接收京師大學堂。5月，他向總統提出為北京大學堂改稱並推薦嚴複任校長的呈文：
為薦任大學校校長事：北京大學堂前奉大總統令京師大學堂監督事務，由嚴複暫行管理，等因，業經該監督申報接任在案。竊維部務甫經接收，大學法令尚未訂定領布，北京大學堂既經開辦，不得不籌商目前之改革，定為暫行辦法。查從前北京大學堂職員，有總監督，分科監督，教務提調，各種名目、名稱，似欠適當，事權亦覺分歧。北京大學堂今擬改稱北京大學校；大學堂總監督改稱為大學校校長；總理校務；分科大學監督改稱為分科大學學長，分掌教務；分科大學教務提調即行裁撤；大學校校長須由教育部於分科大學學長中薦一人任之，庶幾名實相符，事權劃一，學校經費亦得借以撙節。現已由本部照會該總監督任文科大學學長，應請大總統任命該學長署理北京大學校校長。其餘學科，除經科並入文科外，暫仍其舊。俟大學法令領布後，再令全國大學一體遵照辦理，以求完善而歸統一。謹呈。
由是，京師大學堂正式改稱北京大學，嚴複為改名後的北京大學首任校長。不久北京大學又冠以“國立”兩字。
隨後，蔡元培在其主持製定並由他後任者頒布施行的《大學令》中，規定大學以教授高深學術、養成碩學宏材、應國家需要為宗旨，廢去忠君、尊孔等封建信條。確定大學分為文、理、法、商、醫、農、工七科，以文、理兩科為主，取消經學科；必須設有兩個以上之學科，其中有一科又應是文科或理科，方得稱為大學；大學畢業生稱學士，取消以“科第”為獎勵的辦法；大學設校長，統轄大學全部事務，各科設學長，主持各科事務；大學設教授、助教授，必要時得聘請講師；大學設評議會，為最高立法及權力機構，由各科學長及各科教授互選若幹人組成之，以校長為議長；大學各科設教授會，討論審定各科的教學事宜；大學設預科，學製三年，畢業後升入本科；大學設大學院，不定期限，為畢業生繼續深造之所。《大學令》進一步確定了我國近代大學教育的體製，體現了教授治校的原則。由於當時北京大學是唯一的國立大學，因而它成為北京大學的基本章程，確定了北京大學的教育方針和組織原則。在課程設置上，《大學令》頒布之前，蔡元培就認為原來京師大學堂規定的經學十四門，其中周易、論語、孟子等已入哲學門，詩、爾雅已入文學門；尚書、三禮、大戴記、春秋三傳已入史學門，已無再設經學科的必要。於是北大在嚴複任校長時即將經科和文科合並，廢止了經學科；另外將格致科改稱理科，仍共設七科。原高等學堂改為大學預科。1912年5月，北京大學本科和預科開始複課。在開學典禮上，蔡元培曾出席並發表演說，他在講演中強調“大學為研究高尚學問之地”。這是蔡元培對北京大學辦學宗旨的第一次闡述。
嚴複（1853—1921），字又陵、畿道，福建閩侯人。是經蔡元培遴選並由臨時總統任命的北京大學第一任校長。他是中國近代啟蒙思想家、翻譯家，早年畢業於福州船政學堂，後留學英國海軍學校。回國後任北洋水師學堂總教習、總辦。中日甲午戰爭後發表一係列主張變法維新的論文。他最早翻譯出赫胥黎的《天演論》，以“物競天擇，適者生存”、“與天爭勝”的進化論思想激勵國人，被時人稱為“嚴天演”。他還譯有亞當·斯密的《原富》、孟德斯鳩的《法意》、穆勒的《名學》等西方名著。他是最早向中國人介紹西方政治思想和社會思想的代表人物之一。辛亥革命後，他思想趨向保守，曾參與組織孔教會，列名籌安會，反對新文化運動。他出任北大校長期間，在十分困難的情況下，恢複學校，整頓組織，並在北大積極提倡外語教育，開設有資產階級文化思想內容的新課程，產生了較大的影響。嚴複在北大任職時間較短，1912年10月即辭職離京。
辛亥革命後，北京大學有了一定的發展。以畢業生為例，前清京師大學堂從1898年開辦到1911年的13年間，包括優級師範、預備科和附設的博物實習科在內，畢業生總共469人（其中預備科134人）。民國建立後，從1912年到1916年的五年間，畢業學生共684人。其中，1912年僅有預科學生128人畢業；1913年文、經、理、法、商、農、工七個專門分科及預科學生230人畢業，這是北京大學第一批有本科的畢業生；1914年畢業生63人，1915年畢業生8人，都是預科學生；1916年有文本科17人，理本科17人，工本科32人，預科189人畢業。至於在校學生，京師大學堂時最高年份約為四百多人，民國以後，北大曆年的在校學生略有增加。
教育事業的發展，也反映在教員數目的增加上。1911年京師大學堂教員總數為42人，1916年北京大學的教員總數已達148人；值得注意的是，職員增加的並不多，1911年為32人，1916年為44人。這一時期，北大也延聘了一些學有專長的知名學者，如黃侃（季剛）、陳黻宸（介石），馬裕藻（幼漁）、沈尹默、錢玄同、沈兼士、朱希祖、陳漢章、夏元瑮、夏錫祺、陶履恭（孟和）、俞同奎、馮祖荀、胡濬濟、溫宗禹、何育傑、張大椿、王建祖、馬敘倫、張耀曾、徐崇欽等。1915年冬，依據《大學令》的規定，設立了北大首屆評議會，由每科選舉評議員二人組成。當選的評議員為：文科陳黻宸、辜鴻銘，理科馮祖荀、俞同奎，法科張耀曾、陶孟和，工科溫宗禹、孫瑞林，預科朱錫齡、張大椿，校長胡仁源為評議會議長。
誠然，這種發展還是很緩慢的，當命的大學教育事業仍然十分落後。特別是辛亥革命後不久，革命的果實很快被北洋軍閥頭子袁世凱所竊奪，國家的情況一天一天地壞下去，教育事業橫遭摧殘，北京大學也處於困難境地。北大從1912年至1913年的短時期內，曾先後更換了五位校長：嚴複、章士釗、馬良、何燏時和胡仁源。其中除章士釗沒有到職外，前三任任職的時間都很短。這也從一個方麵說明了當時政局的動蕩不安。袁世凱反動政府曾先後兩次提出停辦北京大學。他一麵千方百計摧殘北大，一麵又陰謀拉攏北大師生支持其複辟帝製。1915年下半年，袁世凱在他複辟帝製的醜劇中，竟要封北大校長和教授為所謂“中大夫”、“下大夫”。這遭到胡仁源和教授們的嚴正拒絕。當袁世凱冒天下之大不韙，居然準備舉行“登板”大典時，北大廣大師生群起反對。文科教授馬敘倫立即辭職，表示抗議，一時有“桂冠教授”之稱。袁世凱雖然在全國人民的唾罵聲中可恥地死去，但這時掀起的尊孔複古逆流，仍然衝擊著文化思想領域。這股反動逆流在北大也有明顯的反映，這使得在校內原來還很微弱的新思潮受到嚴重壓抑。而且這時北大還保留過去舊衙門的作風，科舉時代的習氣仍很濃厚，學生研究學問的興味很低，因而往往受到社會的菲薄。蔡元培正是在這種情勢下，出任北大校長的。
從此，開始了北大曆史上的一個轉折。蔡元培對北大進行的全麵改革，使學校發生了重大變化。1917年底，北大文科教授吳梅製作了一首北京大學校歌，歌詞是：
景山門啟嬗帷，成鈞又新，弦誦一堂，春破朝昏，雞鳴風雨相親。數分科有東西秘文，論同堂盡南北儒珍。珍重讀書身，莫白了青青雙鬢，男兒自有真，誰不是良時豪俊，待培養出文章氣節少年人。
這首校歌雖然還透出很濃重的舊式經院氣味，但基本反映了這一時期北京大學的麵貌。
十九世紀四、五十年代，封建營壘中的一些開明人士，鑒於鴉片戰爭失敗後外國侵略日益加深，提出了“師夷之長技以製夷”的口號，主張學習西方的科學技術，以抵禦外來侵略。1862年，清政府為了便於對外交渉，下令在總理各國事務衙門下開設京師同文館，從八旗子弟中逸出十人攻讀英語，聘請西人教席，培養翻譯人才。同文館的設立是我國創辦新式學校的開始，可算是我國最早成立的專門學校。它後來並入京師大學堂，是京師大學堂最早的一個組成部分。
1895年（清光緒二十一年），天津海關道盛宣懷鑒於開辦學堂、學習西學為當務之急，經北洋大臣王文韶的準許，在天津創設了北洋西學堂。這個學堂分頭等學堂和二等學堂兩種，均為四年卒業。頭等學堂的學生除學習普通課程外，並選學工程、電學、礦務、機器和律例等專門課程中的一種，具有專業的性質。1896年6月，刑部左侍郎李端芬在給清廷的《請推廣學校折》中，建議設立府州學、省學和京師大學堂等三級製學校，各以三年為期；這是第一次提出設立京師大學堂的建議。翌年，盛宣懷又根據李氏的三段製提議，奏請清廷在上海設立了南洋公學。南洋公學先設師範院培養師資，後又分設外院、中院和上院。外院和中院相當於小學、中學，上院具專門學堂的性質。蔡元培曾任教的特班，為1901年增設的，學生畢業後保送入經濟特科。上院開始主要培養政治方麵的人材，以後又增加培養商務和實業方麵的人材。北洋西學堂和南洋公學，比北京大學的前身京師大學堂略早二、三年；它們的頭等學堂和上院，可算是我國近代大學教育的雛形。而1898年開辦的京師大學堂，則是我國近代大學之發軔。
京師大學堂的創設，是戊戌維新運動的產物。中日甲午戰爭後，帝國主義列強在我國掀起了一個割地狂潮，中國麵臨亡國滅種的危機，救亡圖存成為當時最緊迫的任務。這時，以康有為、梁啟超、譚嗣同、嚴複等為代表的資產階級改良派，發動了一場變法圖強的維新運動。他們設學會，辦報館，著書譯文，大量介紹西方資本主義的文化科學知識。他們決心效法日本明治維新，對中國的政治、經濟以及文化教育製度實行革新。他們認為，要救亡圖存，隻有學習外國，實現維新變法；而維新變法必須從廢科舉、立學校做起。因此興辦新式學校，成為施行新政的重要措施。1898年初，康有為在《應詔統籌全局折》中，明確提出：“自京師立大學，各省立高等中學，各府縣立中小學及專門學”。他並上奏光緒說：“京師議立大學數年矣，宜督促早成之，以建首善而觀萬國。夫養人材猶種樹也。築室可不月而就，種樹非數年不蔭。今變法百事可急就，而興學養材，不可以一日致也，故臣請立學亟亟也”。在康有為等人的推動下，1898年6月11日，光緒下了《明定國是詔》，正式宣布開始變法。他在詔書中強調：“京師大學堂為各行省之倡，尤應首先舉辦。著軍機大臣、總理各國事務衙門王大臣，會同妥速議奏。所有翰林編檢、各部院司員、大門侍衛、候補候選道、府州縣以下官、大員子弟、八旗世職、各省武職後裔，其願入學堂者，均準入學肄習，以期人才輩出，共濟時艱。”隨後維新派又衝破頑固派的阻撓，於7月4日，促成光緒正式下令批準設立京師大學堂，命令稱：“京師大學堂為各行省之倡，必須規模宏遠，始足以隆觀聽而育人才。”並派吏部尚書孫家鼐為管理大學堂事務大臣。
由梁啟超起草的京師大學堂章程，規定大學堂的辦學方針有兩條：“一曰中西並用，觀其會通，無得偏廢；二曰以西文為學堂之一門，不以西文為學堂之全體。以西文為西學發凡，不以西文為西學究竟。”並提出：“本學堂以實事求是為主，固不得如各省書院之虛應故事，亦非如前者學堂之僅襲皮毛。所定功課必當嚴密切實，乃能收效。”據此，課程分為普通學科和專門學科兩類。以經學、理學、掌故學、諸子學和初等算學、格致學、地理學、文學以及體操等為普通學科，為全體學生所必修；以高等的算學、格致學、政治學、地理學、農學、礦學、工程學、商學、兵學和衛生學等為專門學科，由學生任選一門或兩門。另設英、法、俄、德、日五種外語，由學生選學一種（三十歲以上者可免修）。章程還規定京師大學堂設管學大臣一員，統率全學；設總教習一名，總管大學堂教學工作。並規定“各省學堂皆歸大學堂統轄”。這樣，京師大學堂既是當時全國的最高學府，又是全國的最高教育行政機關。這個章程綱要基本上反映了維新派學習西方，發展我國近代教育的要求，因而它成為我國近代大學教育的最早的一個章程。
京師大學堂的第一任管學大臣為孫家鼐。孫家鼐（1827—1909），安徽壽州人，曾曆任工部、禮部、吏部尚書，政治上傾向維新，接近帝黨，但與頑固派亦有聯係。他受命後，向光緒提出辦學的具體計劃，對大學堂章程內容作了某些增刪，主要有：一、為舉人、進士出身的京官，設立仕學院；二、精簡學科門類，專門學科中取消兵學課程；三、編譯局主要編譯西學各書，舊有經書不得任意刪節，編纂各書由管學大臣呈上欽定後頒行，提出“悖謬之書，嚴行禁止”；四、總教習可設二人，分管中學和西學；五、凡畢業生均由管學大臣出具考語，各依所長錄用，“俾所學與所用相符，冀收實效”。
經孫家鼐推薦，清廷任命許景澄、丁韙良為中學和西學總教習。許景澄（1845—1900），浙江嘉興人，清季外交官，出使法、德、意、奧、荷、俄等國，曾任總理各國事務衙門大臣，頗長於經世之學。丁題良（1827—1916，William Alexander Parsons Martin）美國傳教士，1850年來華，在寧波、北京等地傳教及著述，曾任同文館總教習，兼授國際公法。孫家鼐還舉薦刑部主事張元濟（與蔡元培同科進士）任大學堂總辦，因張堅辭，後由黃紹箕、餘誠格相繼擔任。
大學堂臨時校址設在京城地安門內馬神廟和嘉公主舊第。修複原房三百四十餘間，並新建一百三十餘間。這就是後來的北大第二院。此外，還在北河沿購置房舍一所，開設譯學館，此即後來的北大第三院。當時規定大學堂開辦經費為白銀三十五萬兩，常年用款為二十萬零六百三十兩。清廷指定以華俄道勝銀行的中國政府存款的利息支付，不敷之數由戶部補足。
當京師大學堂正在積極籌辦的時候，9月21日，以西太後為首的頑固派突然發動了政變。光緒被囚禁，康有為、梁啟超逃亡國外，譚嗣同等六人殉難。政變後，西太後下令恢複八股取士的科舉製度，維新派的改革措施幾乎全被取消，僅京師大學堂“以萌芽早，得不廢”。但這一年十二月開學時，學生還不滿百人，到第二年，也隻有近二百人。課程也僅設詩、書、易、禮四堂，春秋二堂。到第二年，才另立史學、地理、政治三堂，上午讀經史，下午學科學。講授經史課程的大多是翰林院的腐儒，隻是講些八股文的作法。大學堂學生這時也隻有參加科舉考試取得舉人、進士頭銜後，才獲得做官的資格，因此每到考期，大學堂學生便紛紛請假趕考。這就完全改變了原來維新派辦學的宗旨，實際上仍然是一所舊式書院。
1900年夏，義和團起義軍進入北京。8月3日，西太後以大學堂經費無著下令停辦。這時，原管學大臣孫家鼐因不滿西太後貶廢光緒已憤而辭職，中學總教習許景澄也因在八國聯軍進攻時以“主和”獲罪被殺。8月14日，八國聯軍侵占了北京。京師大學堂校舍先後被俄、德侵略軍盤踞，房屋、圖書和儀器設備大部被毀。這是北大曆史上第一次直接遭受帝國主義的摧殘。京師大學堂因此停辦了兩年多。後來人們把1898至1900年的京師大學堂，稱為“戊戌大學”。這一時期沒有畢業生。
1902年1月10日，清政府下令恢複京師大學堂，並派吏部尚書張百熙為管學大臣。張百熙（1847—1907），字冶秋，湖南長沙人，早年曾任光緒帝的侍讀。甲午戰爭時，他疏劾過李鴻章“陽作戰備，陰實主和”。戊戌政變時，以“濫舉康有為”，受革職留任處分。他是清政府中比較開明的官吏，曾主張變法自強，在知識分子中頗有影響。他是一位有作為的管學大臣，辦學認真。這一年十二月十七日，京師大學堂重新開學，先辦速成科的仕學館和師範館。1903年起，又設進士館，供新科進士入館學習。由張百熙主持擬定並經清廷批準頒行的《欽定京師大學堂章程》，包括了從小學到大學的各級學堂規則，是我國第一部完整的學製成文法規。其中關於京師大學堂的章程分八章八十四節，對大學堂的辦學綱領、科目設置、課程安排、招生辦法、畢業分配、教師聘用、領導體製和教學紀律等都有詳細的規定。章程規定：“京師大學堂之設，所以激發忠愛，開通智慧，振興實業”及“端正趨向，造就通才，為全學之綱領。”大學堂分設大學預備科、大學專門分科和大學院三級。大學院相當於後來的研究生院。大學專門分科規定設立政治、文學、格致（理科）、農業、工藝、商務、醫術等七科（相當於學院），科以下共設三十五目（相當於學係或專業）：
（一）政治科，下設政治學、法律學二目；
（二）文學科，下設經學、史學、理學、諸子學、掌故學、詞章學、外國語言文字學七目；
（三）格致科，下設天文學、地質學、高等算學、化學、物理學、動植物學六目；
（四）農業科，下設農藝學、農業化學、林學、獸藝學四目；
（五）工藝科，下設土木工學、造船學、造兵器學、電器工學、建築學、應用化學、采礦冶金學八目；
（六）商務科，下設簿記學、產業製造學、商業語言學、商法學、商業史學、商業地理學六目；
（七）醫術科，下設醫學、藥學二目。
章程還規定大學堂專門分科學製三至四年，畢業後可升入大學院深造，並給予進士出身。此外，大學堂另設仕學、師範二館為速成科。學製三至四年。凡京官五品以下八品以上，以及外官候補暨因事留京者，道員以下，教職以上，皆準應考入仕學館；舉、貢、生、監等皆準應考入師範館。速成科畢業後可擔任初級官吏或學堂教習。
1902年10月和11月，京師大學堂先後兩次舉行入學考試，首先招收速成科學生。仕學館考生由各衙門推薦，考試科目有史論、輿地策、政治策、交涉策、算學策、物理策和外國文七門；師範館考生由各省選送，考試科目有修身倫理大義、教育學大義、中外史學、中外地理學、算學比例開方代數、物理化學，淺近英文、日文八門。入學考試結果，仕學、師範兩館共招新生一百八十二名。這一年12月17日，京師大學堂正式開學。新中國成立之前，12月17日這一天，成了北京大學的校慶日。
京師大學堂這時除開設仕學館、師範館以及附設的中小學外，同文館也並入大學堂。1903年5月，大學堂將同文館改辦譯學館，分設英、俄、法、德、日五國語言文字專科，學製五年，並於同年8月正式招生開學。譯學館還設文典處，從事翻譯並計劃編纂上述五國文字的字典。1906年秋，蔡元培為赴德留學在北京等候派遣時，曾被譯學館館長章鋟聘為教習，講習國文及西洋史。
張百熙為辦好京師大學堂，十分注意延攬人才，如當時的知名學者吳汝綸、張筱浦、李希聖、於晦若、屠寄、辜鴻銘、範源濂、王舟瑤等都先後擔任過大學堂的總教席或教席。嚴複也應邀出任京師大學堂的譯書局總辦。這時大學堂設立了藏書樓，除從原國子監調撥部分圖書外，還從歐美日本各國購置各種圖書，同時管學大臣還谘文各省官書局，要求將已刻的經史子集及時務新書，每種提取數部送京師大學堂。藏書樓於1902年創立時，有各類圖書七萬八千五百冊，後時有充實，頗為豐富。經過張百熙的苦心經營，京師大學堂已略具規模了。但在當時黑暗的政治下，張百熙認真辦學卻遭時忌，特別是他引進和重用開明之士，更引起頑固勢力的反對，因而時遭掣肘，終不能施展他的抱負。
1903年6月，清政府修訂學堂章程，其目的是使大學堂更緊密地為鞏固封建統治服務。修改後的大學堂章程，在大學分科中增設了經學科，下分周易、尚書、毛詩、春秋左傳、春秋三傳、周禮、儀禮、禮記、論語、孟子、理學等十一門，明顯地突出了經學的地位。1904年，清廷下令專設總理學務大臣，統轄全國學務。另設京師大學堂總監督，專管大學堂事務。委派張亨嘉為京師大學堂總監督。這一年正式招收預備科第一班學生。到1909年，預科首批一百三十二名學生畢業。1910年3月30日，分科大學才舉行開學典禮，除醫科未按時開辦外，其他七科均正式開學。實際共開設七科十三門。學生共四百多人。在這之前，預備科改名為高等學堂，仍為大學堂之預科。分科大學開辦後不久，1911年10月，爆發了武昌起義。這時清王朝已岌岌可危，京師大學堂也難以為繼，年底清廷遂下令暫時停辦。因京師大學堂恢複的那一年——1902年，幹支紀年為“壬寅”，所以後來人們把1902年至1911年的京師大學堂，稱為“壬寅大學”。
京師大學堂雖然距離近代大學的要求還很遠，但在當時的中國，它畢竟匯集了一批人才和圖書典籍，進行過一些近代科學文化的教育，可以說是初具規模。在學生中也不乏認真求學之土。如陳漢章是清末的一位名舉人，原被大學堂聘為教席，時已是四五十歲的中年人，而他到校後看到藏書樓（設在原公主府梳妝樓上）裏藏書豐富，且因傳聞大學堂畢業後可任翰林，遂決定不就教席而當學生。他經過六年的勤奮學習，於民國二年以甲等第一名畢業，雖然翰林沒有當成，後來成為有名的國學家。但從總的方麵看，當時的學生多出身於貴族官吏豪富門第，入學堂是為找“恩師”靠山，謀求升官發財之道。進士館裏幾乎每個學生都有一個聽差，上課鈴響了，由聽差來請老爺上課。據說當時上體育課時，教員喊口令也是畢恭畢敬地喊：“老爺，向右轉！老爺，向左轉！”1907年（清光緒三十三年），優級師範科一百零四名學生畢業，他們是京師大學堂的第一期畢業生。當時畢業生的成績，分最優等、優等、中等和下等四種。最優等和優等者授予師範科舉人學位，並分等授以官職。最優等者授以五品銜以內閣中書盡先即補，優等者隻給以內閣中書科中書即補。雖授有官職，但因為是師範畢業，要先盡滿五年的教席義務，然後才能去候補；至於何時能補上，則又要輪班次，找門路，對多數人則常常是遙遙無期的。即使這樣，這已是學生們夢寐以求的了。難怪當時有個學生為早逝的同學寫的挽聯中，有“未博得五年義務，七品虛銜”的歎喟，為死者未獲得功名而抱恨。這種封建科舉時代的惡劣風氣，影響了初期的北京大學。
辛亥革命後，1912年2月，嚴複被任命為京師大學堂總監督，接辦大學堂事務。其時，蔡元培主持教育部。他十分重視大學教育。政府北遷後，他即派專門教育司第一科科長王雲五、第三科科長楊煥之會同接收京師大學堂。5月，他向總統提出為北京大學堂改稱並推薦嚴複任校長的呈文：
為薦任大學校校長事：北京大學堂前奉大總統令京師大學堂監督事務，由嚴複暫行管理，等因，業經該監督申報接任在案。竊維部務甫經接收，大學法令尚未訂定領布，北京大學堂既經開辦，不得不籌商目前之改革，定為暫行辦法。查從前北京大學堂職員，有總監督，分科監督，教務提調，各種名目、名稱，似欠適當，事權亦覺分歧。北京大學堂今擬改稱北京大學校；大學堂總監督改稱為大學校校長；總理校務；分科大學監督改稱為分科大學學長，分掌教務；分科大學教務提調即行裁撤；大學校校長須由教育部於分科大學學長中薦一人任之，庶幾名實相符，事權劃一，學校經費亦得借以撙節。現已由本部照會該總監督任文科大學學長，應請大總統任命該學長署理北京大學校校長。其餘學科，除經科並入文科外，暫仍其舊。俟大學法令領布後，再令全國大學一體遵照辦理，以求完善而歸統一。謹呈。
由是，京師大學堂正式改稱北京大學，嚴複為改名後的北京大學首任校長。不久北京大學又冠以“國立”兩字。
隨後，蔡元培在其主持製定並由他後任者頒布施行的《大學令》中，規定大學以教授高深學術、養成碩學宏材、應國家需要為宗旨，廢去忠君、尊孔等封建信條。確定大學分為文、理、法、商、醫、農、工七科，以文、理兩科為主，取消經學科；必須設有兩個以上之學科，其中有一科又應是文科或理科，方得稱為大學；大學畢業生稱學士，取消以“科第”為獎勵的辦法；大學設校長，統轄大學全部事務，各科設學長，主持各科事務；大學設教授、助教授，必要時得聘請講師；大學設評議會，為最高立法及權力機構，由各科學長及各科教授互選若幹人組成之，以校長為議長；大學各科設教授會，討論審定各科的教學事宜；大學設預科，學製三年，畢業後升入本科；大學設大學院，不定期限，為畢業生繼續深造之所。《大學令》進一步確定了我國近代大學教育的體製，體現了教授治校的原則。由於當時北京大學是唯一的國立大學，因而它成為北京大學的基本章程，確定了北京大學的教育方針和組織原則。在課程設置上，《大學令》頒布之前，蔡元培就認為原來京師大學堂規定的經學十四門，其中周易、論語、孟子等已入哲學門，詩、爾雅已入文學門；尚書、三禮、大戴記、春秋三傳已入史學門，已無再設經學科的必要。於是北大在嚴複任校長時即將經科和文科合並，廢止了經學科；另外將格致科改稱理科，仍共設七科。原高等學堂改為大學預科。1912年5月，北京大學本科和預科開始複課。在開學典禮上，蔡元培曾出席並發表演說，他在講演中強調“大學為研究高尚學問之地”。這是蔡元培對北京大學辦學宗旨的第一次闡述。
嚴複（1853—1921），字又陵、畿道，福建閩侯人。是經蔡元培遴選並由臨時總統任命的北京大學第一任校長。他是中國近代啟蒙思想家、翻譯家，早年畢業於福州船政學堂，後留學英國海軍學校。回國後任北洋水師學堂總教習、總辦。中日甲午戰爭後發表一係列主張變法維新的論文。他最早翻譯出赫胥黎的《天演論》，以“物競天擇，適者生存”、“與天爭勝”的進化論思想激勵國人，被時人稱為“嚴天演”。他還譯有亞當·斯密的《原富》、孟德斯鳩的《法意》、穆勒的《名學》等西方名著。他是最早向中國人介紹西方政治思想和社會思想的代表人物之一。辛亥革命後，他思想趨向保守，曾參與組織孔教會，列名籌安會，反對新文化運動。他出任北大校長期間，在十分困難的情況下，恢複學校，整頓組織，並在北大積極提倡外語教育，開設有資產階級文化思想內容的新課程，產生了較大的影響。嚴複在北大任職時間較短，1912年10月即辭職離京。
辛亥革命後，北京大學有了一定的發展。以畢業生為例，前清京師大學堂從1898年開辦到1911年的13年間，包括優級師範、預備科和附設的博物實習科在內，畢業生總共469人（其中預備科134人）。民國建立後，從1912年到1916年的五年間，畢業學生共684人。其中，1912年僅有預科學生128人畢業；1913年文、經、理、法、商、農、工七個專門分科及預科學生230人畢業，這是北京大學第一批有本科的畢業生；1914年畢業生63人，1915年畢業生8人，都是預科學生；1916年有文本科17人，理本科17人，工本科32人，預科189人畢業。至於在校學生，京師大學堂時最高年份約為四百多人，民國以後，北大曆年的在校學生略有增加。
教育事業的發展，也反映在教員數目的增加上。1911年京師大學堂教員總數為42人，1916年北京大學的教員總數已達148人；值得注意的是，職員增加的並不多，1911年為32人，1916年為44人。這一時期，北大也延聘了一些學有專長的知名學者，如黃侃（季剛）、陳黻宸（介石），馬裕藻（幼漁）、沈尹默、錢玄同、沈兼士、朱希祖、陳漢章、夏元瑮、夏錫祺、陶履恭（孟和）、俞同奎、馮祖荀、胡濬濟、溫宗禹、何育傑、張大椿、王建祖、馬敘倫、張耀曾、徐崇欽等。1915年冬，依據《大學令》的規定，設立了北大首屆評議會，由每科選舉評議員二人組成。當選的評議員為：文科陳黻宸、辜鴻銘，理科馮祖荀、俞同奎，法科張耀曾、陶孟和，工科溫宗禹、孫瑞林，預科朱錫齡、張大椿，校長胡仁源為評議會議長。
誠然，這種發展還是很緩慢的，當命的大學教育事業仍然十分落後。特別是辛亥革命後不久，革命的果實很快被北洋軍閥頭子袁世凱所竊奪，國家的情況一天一天地壞下去，教育事業橫遭摧殘，北京大學也處於困難境地。北大從1912年至1913年的短時期內，曾先後更換了五位校長：嚴複、章士釗、馬良、何燏時和胡仁源。其中除章士釗沒有到職外，前三任任職的時間都很短。這也從一個方麵說明了當時政局的動蕩不安。袁世凱反動政府曾先後兩次提出停辦北京大學。他一麵千方百計摧殘北大，一麵又陰謀拉攏北大師生支持其複辟帝製。1915年下半年，袁世凱在他複辟帝製的醜劇中，竟要封北大校長和教授為所謂“中大夫”、“下大夫”。這遭到胡仁源和教授們的嚴正拒絕。當袁世凱冒天下之大不韙，居然準備舉行“登板”大典時，北大廣大師生群起反對。文科教授馬敘倫立即辭職，表示抗議，一時有“桂冠教授”之稱。袁世凱雖然在全國人民的唾罵聲中可恥地死去，但這時掀起的尊孔複古逆流，仍然衝擊著文化思想領域。這股反動逆流在北大也有明顯的反映，這使得在校內原來還很微弱的新思潮受到嚴重壓抑。而且這時北大還保留過去舊衙門的作風，科舉時代的習氣仍很濃厚，學生研究學問的興味很低，因而往往受到社會的菲薄。蔡元培正是在這種情勢下，出任北大校長的。
從此，開始了北大曆史上的一個轉折。蔡元培對北大進行的全麵改革，使學校發生了重大變化。1917年底，北大文科教授吳梅製作了一首北京大學校歌，歌詞是：
景山門啟嬗帷，成鈞又新，弦誦一堂，春破朝昏，雞鳴風雨相親。數分科有東西秘文，論同堂盡南北儒珍。珍重讀書身，莫白了青青雙鬢，男兒自有真，誰不是良時豪俊，待培養出文章氣節少年人。
這首校歌雖然還透出很濃重的舊式經院氣味，但基本反映了這一時期北京大學的麵貌。
