西藏信仰佛教,自唐朝時就與中原關係十分密切,做為附屬國的西藏與內地年年來往,互相通婚,直到宋、元、明仍保持密切的關係。明永樂年間佛教首領宗喀巴創立黃教,宗喀巴圓寂後,由其二大弟子達賴、班禪繼承並共理黃教。以後的繼承人采取轉世製。清初清太宗皇太極寫信給達賴喇嘛,希望建立滿藏兩族友好關係。此時,漠西蒙古的和碩特部顧實汗遷往青海並與達賴五世、班禪四世建立友好關係。他們對統治西藏的藏巴汗不滿,由顧實汗出兵,殺死藏巴汗並與達賴、班禪共管西藏。顧實汗與清朝關係密切,這時的西藏出現了暫時的穩定。
不久,顧實汗病逝,達賴五世也圓寂,大權落入第巴桑結手中,他想立自己心中的達賴六世,對五世達賴的圓寂密而不報,可是他想立的六世達賴卻是一個不守佛規的青年。這就引起對第巴桑結不滿的拉藏汗的氣憤,拉藏汗把此事上報朝廷,第巴桑結非常恐慌,想謀害拉藏汗,結果事發,竟被拉藏汗所殺。
拉藏汗掌權後,首先把第巴桑結所立的六世達賴押往北京,請朝廷處置。結果在北去的途中六世達賴卻病死了。拉藏汗想立一個自己心中的達賴七世,但青海方麵也立了一個七世達賴,雙方互不相讓,紛紛指責對方是假的。康熙帝為慎重起見,特派侍郎赫壽去協助拉藏汗處理此事。
過了幾年,雙方又上奏康熙帝,都要求自己的達賴坐床。為免出意外,康熙帝讓青海的達賴到北京,但青海不答應,不顧拉藏汗的反對,擅自讓自己選的達賴坐床。因達賴真假之爭,雙方矛盾越來越大,這就給窺視西藏已久的策妄阿拉布造成可乘之機。於是策妄阿拉布在康熙三十五年(1716年)冬出兵西藏。
策妄阿拉布乃是噶爾丹的侄子,自從噶爾丹奪取其父的汗位後,策妄阿拉布逃到吐魯番,網羅黨朋,招募其父的舊部,妄圖複仇,以求東山再起。康熙三十五年,乘噶爾丹東進,伊犁空虛,策妄阿拉布占據了伊犁,重新組織隊伍,一麵上朝廷表示歸順,一麵嚴陣以待準備抵抗其叔父噶爾丹的複辟。在噶爾丹自殺後,策妄阿拉布為表示自己歸順清朝的決心,將其叔父的屍體送往北京,證明自己沒有二心。康熙帝見此,答應準葛爾餘部由策妄阿拉布統帥。策妄阿拉布掌權後,極力建設軍隊擴充實力。經過幾年的準備,開始向西擴張,強占了哈薩克的全部領域,策妄阿拉布感到自己羽毛已豐滿,便不把清朝放到眼裏,卻和沙俄相勾結,得到沙俄的支持,揮軍向東、向南進攻。
康熙五十三年(公元1714年)策妄阿拉布出兵哈蜜,哈蜜立即上報朝廷請求派兵增援。康熙帝命將軍席柱帶領3000人前往救哈蜜,席柱與哈蜜合兵一處,猛攻策妄阿拉布,將其打得大敗。策妄阿拉布還想攻打西藏。康熙五十五年冬,策妄阿拉布命其弟率兵6000進攻西藏,兩軍相戰兩月之久,拉藏汗兵敗被殺,策妄阿拉布占領布達拉宮,大肆搶劫,連寺廟也沒能幸免。
康熙帝得知策妄阿拉布進兵西藏後,十分震怒,他排除主和派的意見,下詔封青海達賴為六世達賴,廢除拉藏汗所立的六世達賴。並命第十四皇子允禎為撫遠大將軍,坐鎮青海統一指揮。清軍將領延信帶大隊人馬迎頭痛擊叛軍,策妄阿拉布前有強大清軍的圍剿,後有藏民及喇嘛兵的襲擊,首尾不能相顧,處境狼狽,很快被清軍擊敗,逃回伊犁。後又歸順清朝。
清軍擊敗策妄阿拉布後,進入西藏,安定社會秩序,延信將達賴六世從青海接送到西藏,重新舉行了隆重的坐床儀式,成千上萬的喇嘛藏民擁在布達拉宮,朝拜六世達賴。延信當眾宣讀皇帝詔書,詔書中規定,西藏從此政教合一,由達賴和班禪統一管理。達賴負責前藏,班禪負責後藏。從而中國西南出現一個長期穩定的局麵。