1938年5月,曾傳芳到中央黨校學習,同年11月,經中共中央批準,到蘇聯學習並治病。1941年經新疆迪化(今烏魯木齊)準備回延安,因國民黨封鎖,道路不通,曾傳芳化名張平,留新疆幫助工作。
此時,國內抗戰已進入相持階段,國民黨頑固派不斷掀起反共逆流,製造了震驚中外的“皖南事變”,中國共產黨及其領導下的八路軍、新四軍處境維艱;國際上,由於蘇聯被卷入第二次世界大戰,自身難保,無暇東顧,更不能為盛世才當局提供幫助。於是,新疆軍閥盛世才決定更換門庭,背叛“反帝、親蘇、民平、清廉、和平、建設”六大政策,投靠蔣介石,大舉反蘇反共。
1942年9月初,盛世才借口“容易保護與免被國民黨發覺”,先是將分住在羊毛湖、“新房子”招待所和八路軍駐新疆辦事處的中共黨員全部集中在八戶梁原土產公司的一個倉庫院內,17日,又分批將他們軟禁起來,曾傳芳等在新疆的中共黨員及其家屬子女130餘人全部失去自由。
軟禁期間,曾傳芳與被軟禁的同誌們一道,在以陳潭秋為主任,張子意為副主任,徐夢秋、馬明方、方誌純、謝良、呂黎平為委員和總的學習委員會(簡稱學委會)的領導下,在駐地分會幹事會組織下,繼續開展整風學習,下定“富貴不能淫、威武不能屈、貧賤不能移”的決心,作好坐牢的思想準備。
1943年2月,盛世才先後將中共在新人員悉數投入第一、二、四監獄。原在航空隊學習的轉移到劉公館拘禁,婦幼病殘軟禁在西河壩蒙哈柯學校。入獄後,獄中黨組織總結了獄中學習、鬥爭的經驗教訓,提出了“無罪釋放回延安”的鬥爭口號和“百子一條心”的團結鬥爭方針,以利於更好地開展獄中鬥爭。關押在第四監獄的人員先後進行了兩次絕食鬥爭,公開暴露共產黨員身份的15人被審訊,陳潭秋、毛澤民、林路基累遭嚴刑拷打,後被秘密殺害。他們的頑強鬥爭,表現了共產黨人威武不屈、不畏強暴的高風亮節和堅貞節操,徹底粉碎了盛蔣特務的罪惡陰謀。
1944年夏秋之間,世界反法西斯戰爭勝利形勢日趨明朗,盛世才為了進行新的政治投機,於8月下令逮捕了駐新疆國民黨省黨部人員,盛蔣矛盾激化。8月29日,蔣介石下令撤銷新疆邊防督辦公署,盛世才調任國民政府農林部長,新疆省政府主席一職由吳忠信接任,在吳未到職前,暫由朱紹良代理。中共在新人員處境更加困難,所受迫害愈來愈烈。11月前後,國民黨新疆當局下令將軟禁的婦幼、病殘人員全部投入第四監獄,34名航空隊人員全部投入第二監獄。至此,中共在新人員主要分成兩部分:男的監禁在第二監獄,女的監禁在第四監獄。
麵對新形勢和新情況,曾傳芳等獄中全體同誌,緊緊團結在以張子意、馬明方、方誌純為首的黨的領導核心周圍,開展了三次反普遍審訊鬥爭和兩次絕食鬥爭。
1944年底,國民政府軍事委員會“清理積案審判團”到新疆,一麵釋放被關押的國民黨和非中共人員,一麵威逼利誘兩手並用,逼迫中共人員投降,填表。對此,曾傳芳等在黨組織的領導下,進行了堅決鬥爭。在“政治信仰”欄中,填“擁護三民主義,信仰共產主義”;在“是否擁護蔣委員長”欄內,填“擁護蔣委員長抗戰到底”;在“誌願”欄,填“堅決要求無條件集體釋放回延安”。獄中鬥爭,使國民黨第一次審訊的陰謀未能得逞。審訊團返回重慶,將中共在押人員移交省警務處繼續審理,警務處對獄中中共人員迫害控製愈甚。為反抗迫害,黨支部派出三名代表與獄方交涉,提出改善政治、生活待遇等六項要求,竟被誣蔑為“無理取鬧”,三位代表被毒打後,被分別關進黑牢。為此獄中人員在黨支部的領導下,於1945年3月15日開始絕食。絕食鬥爭進行了三日,獄方無奈,隻得將三人放回,但又妄圖將航空隊人員分別監禁。被押中共人員眾口一詞,“寧死不分散”,“死也不讓航空隊的同誌們出去”,同仇敵愾,迫使當局不得不讓步基本答應所提要求。這次鬥爭,充分顯示了“百子一條心”的威力,沉重打擊了敵人在獄中的秩序,使敵人心驚膽戰,驚呼“長此羈押,恐非善果”。
1945年7月,在國民黨新疆當局主持下,對中共人員進行第二次普遍審訊。為抗議獄方的分散和侮辱打罵,曾傳芳所在的男牢全體人員又進行了絕食鬥爭。絕食後,一些同誌奄奄一息,監獄當局仍慘無人道地嚴刑拷打他們,甚至用從肛門灌進摻有辣椒麵的牛奶的方法,讓人死活不得。在生死關頭,獄中全體人員隻有一個信念:堅持到底,集體返回延安。絕食堅持了七天,獄方被迫停止刑訊,把調出隔離的人調回院裏,大家才同意複食。後來監獄當局無可奈何地承認“提共黨88名分別談話勸其投誠,然結果仍執迷不悟”。對中共人員的第二次普遍審訊也遭到了失敗。
1945年11月下旬,國民黨新疆省警務處對關押在監獄中的中共人員進行了第三次普遍審訊。曾傳芳在黨組織的領導下,對審訊作了充分的準備。審訊時,據理駁斥各種造謠誣蔑,並申明中國共產黨救國救民,絕不做危害國家和各族人民的事,八路軍英勇抗日,不怕犧牲,舉世皆知。這些回答,表示了曾傳芳等共產黨員寧死不屈,誓為共產主義鬥爭到底的決心。同時也有力地回擊了國民黨當局的誣蔑,粉碎了第三次普遍審訊的陰謀。
中共在新人員被軟禁、關押之後,黨中央曾進行多次營救。國共《雙十協定》簽訂後,張治中出任新疆省主席。在張治中的幫助下,中共在新人員得以重返延安。1946年6月10日,曾傳芳等被解除囚禁的140多名中共人員乘坐10輛大卡車,在張治中指派的劉亞哲將軍精心安排下離開新疆。他們穿過戈壁荒漠,越過祁連山脈,衝破重重阻撓,曆時一個月,終於在7月份來到延安地區。那天,延安天氣晴朗,萬裏無雲。當運送新疆同誌的車隊進入七裏鋪時,隻見紅旗招展,耳邊鑼鼓喧天,鞭炮齊鳴。五公裏的夾道上,擠滿了延安軍民,熱烈歡迎新疆監獄難友歸來。朱德、任弼時、林伯渠等站在歡迎隊伍的前列,熱烈地鼓掌,並走上前去同新疆同誌握手。第二天,《解放日報》對歡迎場麵作了生動報道。毛澤東聽說新疆同誌勝利歸來,激動不已。第二天一大早,他就從楊家嶺乘坐吉普車,趕到位於延河邊的中央黨校看望大家。7月16日,中共中央辦公廳遵照中央和毛澤東的指示,特地在楊家嶺設宴為大家接風洗塵。新疆監獄歸來人員回到延安後,被安排在中央黨校二部休息和學習。經過三個月治療、休養,新疆歸來人員基本恢複健康。此時,蔣介石破壞國共和平談判,開始發動全麵內戰,烽煙四起。難友們義憤填膺,強烈要求分配工作,奔赴新的戰鬥崗位。
根據局勢發展,中央組織部按照中共中央指示,對新疆監獄歸來人員,一律不作個人結論,隻作集體結論。理由是:一、他們是由黨中央設法營救,集體返回延安的,屬於集體行動,而非個人行動;二、他們衝破千難萬險回到延安,這本身就說明他們心向著黨,向著革命;三、他們在獄中一直有黨組織領導,統一行動,受到組織紀律約束;四、大規模內戰已經開始,前方後方都急需幹部,大家都要盡快走上戰鬥崗位,形勢不允許再作個人結論。為慎重起見,中央組織部還派副部長安子文和幹部處處長廖誌高等到中央黨校代表中共中央當眾宣布:“新疆回來的同誌,隻作集體結論,不作個人結論。勝利回到延安的都是好同誌。同誌們在獄中黨支部領導下,對敵鬥爭堅決,立場堅定,黨籍在獄中依然保留,並計算黨齡。”
然而,“文化大革命”開始後,以極“左”麵目出現的林彪、康生、“四人幫”“懷疑一切,打倒一切”,鼓吹“凡是新中國成立前被國民黨逮捕過的人,過去所做結論一律作廢,重新審查”。於是,在席卷全國的“揪叛徒”的風潮中,“新疆馬明方叛徒集團”也悄然出籠。1967年11月初,隨著由吳法憲、李作鵬和葉群等領導的中央專案組第二辦公室主管的中央“四三”專案組(意為新疆監獄問題的要害是1943年的問題)的成立,所謂“新疆馬明方叛徒集團”被正式立案,對外代號“五二六”。經過康生審定,在當年被無條件釋放返回延安的人員中,現已在黨、政、軍係統擔任高級領導職務並有代表性的馬明方、張子意、方誌純、高登榜等20人被列為該專案組直接審查的對象,其餘均由所在單位“立案審查”。曾傳芳被投進共產黨自己的監獄,身心受到嚴重摧殘。
1971年,“九一三”事件發生後,周恩來開始主持中央日常工作。不久,中央對當時遍及全國的各種冤假錯案進行了清理、複查和平反。蒙冤負屈的馬明方等同誌也紛紛通過各種途徑向中央申訴,給毛澤東、周恩來、葉劍英等黨和國家領導人寫信,反映受害情況,說明事實真相。1974年,毛澤東要求先把關著的人放出來,按不同情況分別結案。年底,中央三辦奉命對“馬明方案”進行複查、結案,於1975年3月寫出了對該案的複審報告,從根本上否定了所謂“新疆馬明方叛徒集團”的存在。報告上呈中央,周恩來閱後批示:把複審報告壓縮到1500字左右,改為平反報告。中央三辦按照周總理的指示,很快寫出《關於新疆馬明方案的平反報告》,呈報上級,中央辦公廳於7月31日以中辦發(1975)10號文件將該報告轉發各省軍級單位。曾傳芳得到初步平反。文件下發後,雖然起了積極的作用,但平反尚留有一定的尾巴。在宣布平反的同時,卻又說立案審查是因為“有人揭發”,“是完全必要的”,而且平反報告隻限於對中央“過去已定為叛徒的應予平反”,而對當時全國各地立案審查的一百多人和受株連的大部分同誌則沒有認真予以平反。1980年6月24日,中共中央以中發(1980)65號文件,批準了中央組織部和解放軍總政治部聯合提出的關於為“新疆馬明方案”平反的報告,該文件稱:“事實證明,所謂‘新疆馬明方叛徒集團案’,是林彪一夥和康生等人製造的一起冤案,應推倒強加給馬明方、張子意等同誌的一切不實之詞,徹底平反,恢複名譽。”從此,曾傳芳得到徹底平反昭雪。