當前位置：
紀實傳記
> 開清首功——洪承疇
> 第二節 回京佐政，深得帝王信賴
第二節 回京佐政，深得帝王信賴
順治五年（1648年）四月，洪承疇奉召返京，再次入內院佐理機務。攝政王多爾袞對其慰勞備至，寵信有加，一連數日召見垂詢各省應興應革之事，所有建議，無不采納。
從順治五年（1648年）至順治十年（1653年）五月，在這5年中，洪承疇所起的作用要比前次入京佐理機務的作用更大。但也有個過程，他二次入京的時候，恰恰是前麵提到的兩件涉及他本人的案件之後，盡管朝廷仍然信任他，但這兩個案子多少對他有些影響，洪承疇並沒有因在江南為清廷建樹功勳而升遷。他回到京城雖然受到皇帝、太後的熱情款待，但仍是原官原職。第二年，多爾袞任命洪承疇和範文程、剛林、祁充格、馮銓、寧完我、宋權，一同充任《太宗文皇帝實錄》一書編纂的總裁官。
多爾袞在百務繁忙中，親自過問“太宗實錄”的編纂，是有政治目的的，那就是希望按照他的意思來剪裁史料。他命令總裁官剛林從太祖實錄裏，刪去多爾袞生母、太妃納喇氏不願殉葬的記載。剛林同範文程和祁充格一齊把這一部分內容抹去。剛林等人為編太宗實錄，還將在盛京時所錄的太宗史冊的內容加以增減；對多爾袞所做的一些不好的事，也沒有寫入史檔。編纂的工作剛開始不久，多爾袞就去世了，很快又被指控謀逆，這項工作不得不停頓下來。
多爾袞在世時重用的剛林等人，均受到牽連，刪改太宗實錄和增減太宗史冊，自然成為他們的罪狀。這個權重一時的文臣領銜大臣剛林，雖然為官廉潔奉公，很有才幹，隻因受到多爾袞的榮寵，以所謂的密謀叛逆罪被處死。總裁官裏的祁充格也被處死，隻有範文程因多爾袞對他的疏遠，得到順治帝的保護，“仍留原任，前所行情罪已結，今後於委任職掌，當矢忠報效”。這次政治動蕩波及編纂太宗實錄的班子，為首的剛林、祁充格已經處死；受多爾袞寵信的馮銓，也在順治帝親政後對多爾袞勢力的清洗中，被趕出了朝廷；洪承疇雖受多爾袞重視，但看來並未卷入這場政治鬥爭。不過編纂班子主要人員死的死，走的走，編纂工作不能繼續進行。
到順治八年（1651年）底，弘文院大學士希福又奏請編纂“太宗實錄”，得到順治帝的許可。希福是個有文才的滿洲儒臣，兼通滿、漢、蒙古三種語言。皇太極時，就以內院大學士參與翻譯、編纂史籍的工作，隻是由於多爾袞與滿洲貴族爭權，希福成為犧牲品，不僅沒被任用，還被廢黜了6年。直到順治帝親政，重新任命他為弘文院大學士。順治九年（1652年）正月，順治帝又一次命纂修“太宗實錄”並重新任命編纂班子。
這次修纂與前次相比主要是班子的變化，兩個班子都有的總裁官隻有3人，即範文程、洪承疇和寧完我。而在這三人中，隻有洪承疇一人沒有涉及這場政治風波。當然，這個班子組成後1年多，洪承疇又一次被調往南方，也就沒有再參加“太宗實錄”的編纂工作。
除了編書，洪承疇還在順治六年（1649年），做了會試的正考官。滿洲貴族為了籠絡和收買漢族地主知識分子，早在皇太極後金天聰三年（1629年），就開始在境內施行科舉考試。崇德三年（1638年），清朝錄取的舉人有10名。清初缺少文官，中舉的多被授官任職。清朝入關以後，為了消除讀書人的反清情緒，更為了健全從中央到地方各級統治機構的需要，順治帝於北京登基的詔書上，就定下了鄉試和會試的時間。
此後，清初的不少漢臣，都一再提醒滿洲最高統治者，要倡導科舉使“讀書者有出仕之望，而從逆之念自息”，這是“不勞兵之法”。
洪承疇本人是進士出身，自然也積極倡導科舉，加之學識淵博，清朝統治者就令他擔任會試的正考官。入關以後，清朝首次會試在順治三年（1646年）二月，中試名額為400人。明代的科舉，一般取300人左右，清初為收攏人才，增加了100名。原定順治六年為第二次會試，為了廣招人才，又於順治四年增加了一次會試。所以，順治六年的會試已是第三次了，中試名額仍為400人。這次考中的進士，著名的有：左敬祖、吳正治、湯斌、熊伯龍、郝浴、李本晟、王清、曹本榮、張士甄、馬紹曾、施閏章，皆一時賢才。
這些進士經過殿試分為三甲，全部授官，一甲的授翰林院官，二甲的分授參議，三甲全授知府。那時兩廣初定，三甲的知府都分到兩廣等省補用。
回京以後，洪承疇任職的態度仍然是積極的，他時常上疏提出有利於治國安邦的各項建議。如，那時由於清統治者實行民族壓迫政策，加之清初經濟凋敝，各地人民的反清情緒高漲。尤其是順治五年、六年的大同總兵薑瓖起兵反清，引起山西大部分和陝北一些地區的響應，波及麵廣，距清朝的統治中心又近，真可說京城之外烽火連天了。順治六年（1649年）八月，盡管薑瓖的反清主力被鎮壓下去，但是，他的支持者仍在各地廣為活動。洪承疇看到這種形勢，提出加強京畿地區巡緝的建議。
在這段時間裏，洪承疇上疏中影響較大的，是提出了選官的保舉連坐法。清初從中央到地方缺官現象嚴重，多爾袞等清朝統治者，急於健全各級官僚機構，使國家機器能夠正常運轉起來，因此選官的範圍比較廣泛，對明朝降官，基本上是原官供職。多爾袞明確主張不必苛求，隻要願為清廷效力，都可委任。這樣一來，不免泥沙俱下，魚龍混雜，像福建的巡按周世科，倚仗自己是關外舊人，到地方上為非作歹，導致福建人民被迫起而反抗。像類似的事，不隻一件。針對這種現象，洪承疇指出任官不能賢愚不分，尤其是封疆大吏，要用得其人。為此他提出了保舉連坐法：
平治天下之道，在於各省督撫總兵，俱得其人。然人才難得，知人亦不易。舊時會推，原有成例。正為一人見聞有限，必合眾論乃為無私。今欲用得其人，宜實行保舉連坐之法。如督撫、總兵員缺，令吏、兵二部滿漢堂官詳加評注，自書姓名保舉，再以谘詢左右大臣，議論相合，方行點用。俟後有功效，保舉者受薦賢之賞；若曠職僨事，保舉者受妄昧之罪。庶封疆、民生，兩有攸賴矣。
洪承疇的這個辦法，可以促使舉薦的人慎重行事，也可以在一定程度上避免濫薦親信、門人，而不論品德才能。他的這個建議得到多爾袞的讚同，立即以皇帝聖旨下達：
以後用督撫鎮，著內院九卿會推。若有獨知灼見，情願保舉者許自行保舉，得人者，升賞；誤舉者，連坐。
這種保舉連坐法，不僅順治時采用，康熙、雍正年間也仍然實行。
就在洪承疇二次入京佐理機務期間，滿洲最高統治者政局發生了一次重大變化，這變化始於多爾袞的病逝。自多爾袞率清軍入關，扶植順治帝在北京二次登基，從而開創了清王朝統治中國的基業以後，多爾袞縱橫捭闔，全力謀劃統一中國。在他的指揮下，清軍兵鋒所至，勢如破竹，很快席卷了大半個中國，在勝利的歡呼聲中。多爾袞的權力和威望扶搖直上。順治元年（1644年）十月，順治帝在北京進封多爾袞為“叔父攝政王”；順治二年十一月，又進封為“皇叔父攝政王”；順治五年（1648年）十一月，又被尊為“皇父攝政王”。多爾袞一時大權在握，關內外大臣隻知有攝政王。為了他工作方便，甚至連皇帝的印璽也放在他家。他和兩個兄弟英親王阿濟格、豫親王多鐸，掌握了正白、鑲白和正藍三旗，還分化、拉攏兩黃旗的許多大臣。多爾袞在皇太極死後，順治帝親政以前，實際上享有皇帝的尊榮和權力。
為了加強中央集權，在滿洲貴族爭奪權力的鬥爭中，他罷黜了和他共同輔政的鄭親王濟爾哈朗，囚禁和除掉皇太極的長子、爭奪帝位的肅親王豪格。多爾袞進一步又限製和削弱滿洲諸王的權力，罷諸王兼理政務的權力，各部的事務由各部尚書掌管，各部尚書直接聽命於攝政王。多爾袞把皇太極時期加強中央集權的措施，通過改革政體，實行明朝官製，提倡漢文化等，又向前推進了一步。不過，這樣做的結果，加劇了他和周圍一些滿洲貴族舊勢力的矛盾，同時，也加劇了滿洲貴族之間的權力之爭。清朝統一戰爭取得的巨大進展，暫時掩蓋了這些矛盾和鬥爭。正當多爾袞的權勢達到登峰造極的時候，順治七年（1650年）十一月，由於出邊圍獵，多爾袞突然發病，摔下馬來，到十二月上旬，竟然在喀喇城一命嗚呼，年僅39歲。順治帝為多爾袞舉行了隆重的國葬，追尊他為“誠敬義皇帝”，榮尊一時。
可是，很快，滿洲貴族內部的奪權之爭就爆發了。先是多爾袞的親哥哥英親王阿濟格被議罪幽禁，賜死獄中，他管轄下的牛錄，全部歸到順治帝的兩黃旗之下。那時候，豫親王多鐸已死，阿濟格是多爾袞勢力的唯一支柱。而阿濟格一死，多爾袞一派就沒了依靠。
接著，13周歲的順治帝，於順治八年（1651年）正月，在太和殿舉行親政大典。他表現得很謙虛，尊重諸王大臣，有禮賢下士的風度，與多爾袞的獨斷專橫形成鮮明對比。當然，他對多爾袞的專權早就不滿，決心擺脫權臣的控製。諸王大臣中不少人對多爾袞也很不滿。清除多爾袞勢力，就成為當務之急。在多爾袞去世兩個多月以後，他的反對派先拿正白旗的骨幹羅什等5人開刀，將他們革職為民，就在同一個月，多爾袞又被告為“謀篡大位”。順治帝公布了多爾袞的罪狀，並掘墳鞭屍。顯然，順治帝這樣對待多爾袞是不太公平的。不過，這是出於政治鬥爭的需要。事實上，多爾袞的反對派，政治上是保守的，以和碩鄭親王濟爾哈朗等為首的這派勢力抬頭以後，不久就恢複了諸王管理六部部務的舊製，對多爾袞重用的滿漢官員，如在接受漢族文化製度方麵較為開明的大學士剛林等，均以各種罪名處死或革職，並從總體上表現出對漢官的排斥。
然而，清朝要統治全國，就不能不適應先進地區經濟、政治和文化的發展狀況，也不能不籠絡漢族的上層人物。年輕的順治帝頭腦比較清醒，比一般少年早熟得多。他吸取以往多爾袞專權的教訓，很快就親手掌握起日常政務，並力圖擺脫濟爾哈朗對朝政的幹預。他繼承多爾袞的政策，不顧滿洲大臣的反對，仍然重用漢族官吏，提倡漢文化，繼續進行政治、經濟方麵的調整和改革。
在這場滿洲貴族內部的政治鬥爭中，漢族大臣本來就涉及的很少，對個別受牽連的人員，順治也沒有深究。如前述剛林刪改太祖實錄的案子，曾涉及了範文程，順治帝隻令奪其官贖罪，隨後又在當年恢複其原官。至於洪承疇，雖然受到了多爾袞的重視和榮寵，但由於在多爾袞身邊工作的時間不長，又是個漢臣，加之洪承疇本人為官經驗豐富，也比較清正，不會輕易地依附於某個人或某個派係。因此，他算不上多爾袞的親信，也就沒有受到牽連。相反，順治帝在接受漢文化製度方麵，比他的前人又進了一步。漢族大臣在內三院和六部等中央政府機構裏得到了發展，大學士裏的滿族人選，一度隻剩下額色赫一人，六部中的要害，吏部、戶部和兵部，也任命漢臣做尚書。在這種形勢之下，洪承疇也得到了重用。
順治八年（1651年）二月，“以大學士洪承疇管都察院左都禦史事”。都察院是國家的最高監察機構，明清以前稱“禦史台”，明朝洪武十五年（1382年），改為“都察院”。清仿明製，皇太極改國號為清，始設都察院。順治初年，對都察院的職責規定為：
凡朝廷政事得失，民生利弊，以時條上，百官有奸齎、劣績，亦得據實糾彈。
也就是說，都察院是“掌察核常官，整飭綱紀”的機關。左都禦史是都察院的主管官員，品級定為正二品。其時，都察院漢臣左都禦史是徐起元，順治帝認為他不稱職，就將他調離。左都禦史的漢臣一時缺額，在沒有物色到合適人選之前，出於對洪承疇的信任，就讓他兼管左都禦史事，直至這一年八月，才起用趙開心為左都禦史。
清初的吏治與明末相比較好一些，注重選人。當然，由於入關以後，清從中央到地方各級政府缺乏官吏，於是大量錄用明朝降官，這就造成官員的成分複雜，貪官也多了起來。而都察院是考察官吏的機構，因此，都察院官吏清廉稱職與否，關係重大。為此，洪承疇上任以後，首先就甄別都察院的台員，經甄別後，能用的用，該升的升，該降的降，該革職的革職。這次甄別和處理的結果，得到朝廷的批準和好評。
接著，洪承疇在都察院貫徹順治帝關於嚴懲貪官的諭旨。順治帝的諭旨說：
朝廷治國安民，首在嚴懲貪官。欲嚴懲貪官，必在審實論罪……凡貪婪官員，一掛彈章，必非完璧，或降、調、閑散，或勒令休致，皆不得仍還原職。從前參問貪官，姑照恩赦月日，免罪追贓，自今頒諭之後，大貪官員問罪至應死者，遇赦不宥。在內該部院，在外督撫、巡按，刊刻告示，曉諭各司道、府、州、縣，實力遵行。
順治帝的諭旨主要的意思就是，凡貪官無論罪大罪小，均不得還原職，而且要求那些審問貪官的官員，必須照實情上報，上報不實的，要追究其罪；如審問官員受賄而為受審者開脫，也要受到處罰。對大的貪官判死罪的，即使遇大赦，也不寬恕他們。都察院完全貫徹了順治帝這道諭旨，從而有利於清初官吏的清廉。
這一年三月上旬，在洪承疇的籌劃之下，都察院又規定了禦史巡方之製。為了能使都察院派出的禦史到各地工作收到好的效果，洪承疇等都察院的主要負責人認真研究了巡視時需要注意的事，規定了5條，從這5條內容看：
一、規定了派往各地禦史的數額，但由於當時禦史數量不足，隻能對那些最需要的地方先派。
二、規定了嚴格的出差期限及要求。要他們奉旨後，就像考官一樣，在門上貼出回避不見客，不收條子，不得接受送來的書辦、差役，不能參加宴會或餞行之類的活動。總之，在出發前，要斷絕一切賄賂與私人托囑的可能性。出差的期限規定得很嚴，要求接旨以後，三天就從都城出發，沿途不得任意停留，不得接受私人遞的條子或贈送的禮物。到達目的地，也同樣不得接受饋贈。這樣才是真正明廉而有威信的禦史。還要求禦史不許到朝廷大臣的私宅去，以免生嫌疑。如有禦史違背這些規定，都察院會首先參奏，絕不包庇。
三、規定禦史到達目的地，隻許帶極少數的隨行人員，其餘人員衙役，由當地提供。這些人員衙役，待禦史巡視完畢，就仍回原單位供職。這樣也可以免去不少弊病。而在此之前，禦史每到一個地方，設中軍收聽用等官，這些人內外相通、賄賂，肆無忌憚。地方各級政府為了能讓禦史說他們的好話，事先為禦史鋪設準備，饋贈禦史銀錢。這筆錢從哪兒來？結果還是百姓受害。為此，都察院請求按照新的規定去做，如有禦史仍然依以往的辦法下去，幾個月後讓都察院得知，就要請旨將這樣的禦史撤回查辦。
四、規定每派一個禦史到一個地方出差，都要立一冊，記載這個禦史出發日期和到達目的地的日期，以及這個禦史上報的公文，都要挨日登記在冊。都察院的負責人要親自查看，並加以品評。對民間疾苦，地方利弊，禦史有沒有上疏，上疏的詳細妥當與否，疏中有沒有參劾有問題的官員，參劾之中有沒有大的貪官、惡官；還是隻參劾無關緊要的，或是一兩個州縣官，以敷衍塞責，而不去碰大官或地方高級機構。對這些，都要一一寫入冊子，使這個禦史的工作能夠一目了然，不等這個禦史出差期滿，就可以對他的工作，奏請定奪。
洪承疇說當前一些禦史對國計民生漠不關心，也不上什麽關係緊要的條陳，甚至以不上疏為好。而且，這些禦史所舉報的事，並沒有經過自己的認真察訪，隻是憑著地方報上來的，是好是壞也沒有個憑證。由於賄賂的關係，常常是貪官反不被舉報，而隻舉報衙門小官，甚至是一些衙役，以此來混淆朝廷視聽。他認為，立冊的辦法，就可以杜絕禦史下去不負責任的狀況。
五、關於任差的期限，洪承疇認為，一年一任差，地方送往迎來的事未免太多。為此議定，大差、中差，以1年6個月為期限。對於派出的禦史，都察院負責人要認真察訪，發現能安定民心、聲望高的，應當立即請旨嘉獎，也不一定非等任差到期；發現不遵守規定、玩忽職守的，不到任差期限，也應立即請旨將他撤回來，再另選合格的去，到期不回的，也要受到參劾。
疏稿的最後說明，都察院主要負責人議決的這幾條，刻不容緩，對與不對，立即上疏。這些都是當前最緊要的事，希望皇上能很快給回音，好嚴令諸禦史振作精神，力行整頓“從前之舊習，作今日之新型”。由此不難看出洪承疇在都察院的任上，力主除舊布新，以清廉吏治，其目的還是為了鞏固清朝統治，同時，可以起到使禦史關心百姓疾苦，並使百姓不受其害以安民的作用。從這點看來，他所提的這些改革措施，在當時還是有利於社會和百姓的。
這個疏奏，很快得到順治帝的讚同。他於5天以後，諭令出差禦史應當嚴格按都察院規定辦事。洪承疇關於吏治的思想有利於鞏固中央集權和廉政措施，所以得到順治帝的支持。這也是洪承疇在順治帝親政以後，得到重用的原因。
順治帝親政時期，統治階級內部的矛盾還是很激烈的。前邊說到由於多爾袞的去世，滿洲貴族相互傾軋，鬥爭很激烈，經過一番較量，守舊的濟爾哈朗等滿洲貴族占了上風，控製了議政王大臣會議。但是，順治帝自幼傾慕中原文化，守舊的滿洲貴族，並沒有達到排斥漢臣的目的，恰恰相反，漢臣更加受到順治帝重用，其勢力在中央的內三院和六部中，不斷得到發展。這樣滿漢大臣之間的矛盾有增無減，同時，漢族大臣內部也產生了矛盾。
順治帝親政時，清軍已經占領江南廣大地區，江南的明朝官員已有不少人陸續降清。經過相互推薦，大批江南漢臣進入清朝政府。他們之中，不少人很有才華，很得順治帝寵信。他們用人時一般偏愛江南籍故人，這就同滿洲貴族以及北方籍的漢官有了矛盾。雖然沒有形成像明末那樣劇烈的黨爭，但以馮銓、寧完我為首的“北黨”和以陳名夏為首的“南黨”之間存在著明爭暗鬥。洪承疇本是江南人，由於出任招撫江南總督，推薦的江南明朝降官不少，同陳名夏、陳之遴等關係也不錯，自然有南黨的嫌疑。不過，他是入關前降清的，同北黨中的寧完我、馮銓等共事的時間較長，所以，他在南北漢臣鬥爭中，處於一種微妙的地位。盡管如此，一開始，他還是被卷入了這場鬥爭。這場鬥爭始於張煊參劾陳名夏。
順治八年（1651年）五月，河南道禦史張煊上書參劾吏部尚書陳名夏十罪、兩不法，其中一些條文涉及洪承疇。具體有以下幾條，一條是：
名夏擬太仆寺卿，舍傅景星三年俸滿之左通政，而越升黃微胤一年俸淺之少卿，微胤為洪承疇姻親，任意迎合。
陳名夏當時任吏部尚書，權勢很大，對中央京師內外各衙門的文職官員，有提名的權力。因此，像擬定太仆寺卿由誰出任，也是吏部尚書來提名。陳名夏在這項提名中，提了資曆淺的黃徽胤，而舍去了資曆長的傅景星。在封建社會論資排輩的銓選製度中，自然會惹來非議。不錯，黃徽胤是洪承疇的姻親，前麵說到陳名夏同洪承疇關係也不錯，而洪承疇當時在朝廷的地位、聲望都高於陳名夏，所以張煊可以把越級提升黃徽胤，作為陳名夏迎合洪承疇的一條罪狀。還有一條罪狀是：
江南督學禦史李嵩陽，兩經科臣魏裔介糾參，物議沸騰，名夏以鍾愛門生，私囑洪承疇曲意保全，把持計典。
大約還是由於陳名夏與洪承疇的關係好，所以，陳名夏才私囑洪承疇保全他的門生李嵩陽。至於李嵩陽該不該保全、如應當保全、洪承疇也保了；無論對陳名夏還是對洪承疇來說，就不能算什麽問題了。張煊疏文中，最後的一件事有點嚇人，內容是：
又名夏與洪承疇、陳之遴於火神廟屏左右密議，不知何事。
如果這條沒有最後4個字，那問題就嚴重了，但因為有了最後4個字，就說明張煊隻是聽說他們都去過火神廟，而談什麽並不知道，僅就都去過火神廟密議，還不能說明什麽問題，隻是引起朝廷的懷疑罷了。張煊在疏文中，除主要彈劾陳名夏外，還專門彈劾洪承疇“不請旨私送其母回閩”。
張煊為什麽對陳名夏、洪承疇等意見這麽大呢？陳名夏的確有些事辦的不怎麽樣，可以讓人彈劾，而洪承疇一向為官謹慎，能讓人抓到把柄的問題並不多。張煊所以彈劾他們，還是因為這兩個人做了不利於他的事。前麵說到洪承疇任都察院左都禦史時，將都察院官員一一甄別，分為六等、分別予以差用：內升、外升、外調、降用、革職。當時張煊正在都察院掌計冊，洪承疇將他列為外升人員。
洪承疇這些做法，必然要同吏部尚書陳名夏商議，而張煊並不願外升，所以自然對陳、洪二人都有意見。他參劾陳名夏最主要的問題是“結黨行私，銓選不公”，在他眼裏，洪承疇自然是和陳名夏一黨的。不過他在彈劾陳名夏、洪承疇的時候，並無一字提到他自己的外升問題，大約是不好啟齒，也沒有理由啟齒吧。張煊上疏時，順治帝正在外出狩獵，職掌吏部的巽親王滿達海，看到疏文後，經審理，一般屬實，他認為此事關係重大，急忙派人飛馳奏聞順治帝。滿達海是努爾哈赤次子代善的兒子，為官較為正直。順治帝知道後匆匆返京。同時，滿達海命人拘禁了陳名夏和洪承疇，撥兵看守，並讓諸王和各部大臣等在朝廷上討論這個案子。
正在這時，滿人吏部尚書譚泰，站出來咆哮朝廷，為陳名夏說話。諸王大臣懼怕譚泰的強暴，有的隨聲附和，有的一言不發，結果，就以譚泰的意見作為結論。譚泰原是皇太極的寵臣，後來逐漸驕縱。多爾袞當政時，為多爾袞器重。順治帝親政以後，明知他諂附多爾袞，但為使政局穩定，有意隱而不發，反授他為吏部尚書。譚泰藐視順治帝年輕，專斷獨行。陳名夏雖也是吏部尚書，但當時漢官實際比滿官地位低，陳名夏又善於同滿人處好關係。而且，張煊彈劾陳名夏的疏文中說他提拔資淺的陳之遴，實際並非陳名夏提拔，而是譚泰推薦提升的，結論報到順治帝麵前，順治帝先看張煊的疏文，見告陳名夏的罪狀多至十條，也很吃驚。譚泰又挺身向順治帝說：
諸款多屬赦前，且有不實。煊向為禦史不言，今言於外轉之後，心懷妒忌，誣蔑大臣，張煊應論死。
他的意思是說，張煊所論陳名夏的罪狀，有的是虛言，有些是降清以前時事，而且，這個疏文是在確定他外轉之後，自然是有私心的，應當處死。順治帝見大臣也都同意這個結論，就應允了。洪承疇被拘禁以後，一麵“以送母回閩未明奏，自引罪”，一麵對火神廟與陳名夏等密議的事，加以解釋。他說，所謂的密議，“皆禦史因甄別商酌應差用及升調革降者也”。陳名夏也做了一番申辯和解釋。結果，順治帝免了陳名夏、洪承疇等人的罪，而處死了張煊。
但是，譚泰此後更加專斷，順治帝對他深惡痛絕。到順治八年八月，順治帝下令逮捕譚泰，並很快將他處死。處死譚泰以後，順治帝考慮到張煊當時告陳名夏的條款很多，將他處死是否有冤枉之處？於是，他又令將張煊的條款和陳明夏、洪承疇二人交給鄭親王濟爾哈朗和承澤親王碩塞以及內院刑部大臣再次審理。審理的結果，由於陳名夏的一些罪狀是事實，而他在受審時，先是“厲聲強辯，閃爍其詞”，及至後來“詰問詞窮，乃哭訴投誠之功”，這給順治帝的印象極壞，“朕始知名夏為輾轉矯詐之小人也”。於是，將陳名夏革任，發正黃旗漢軍下，同閑散官隨朝。不過，順治帝對他仍十分寬大，“其官品俸祿仍舊”。
洪承疇在二次受審中，與陳名夏的態度全然不同，“承疇招對俱實”，也就是說，他是實事求是地回答的，既沒有強辯、躲閃，也沒有哭訴、乞求，隻是對私自送母親回閩的事，又一次引罪。順治帝對洪承疇的這種態度是滿意的，所以從輕發落，下旨曰：
洪承疇火神廟聚議，事雖可疑，實難懸擬；送母歸原籍雖不奏私遣，然為親甘罪，情尚可原。姑赦其罪，仍留原任，以責後效。
洪承疇的這場官司總算到此結束了。他雖沒有受到任何處分，但經受的風險也不小，這件事夠他後半輩子吸取教訓的。那個冤死的張煊，總算得到昭雪，他的後代也得到撫恤。
不過，陳名夏並沒有從中吸取多少教訓，尤其是1年以後，他複補任秘書院大學士，不久，恢複了他的吏部尚書職位，漸漸地他又飄飄然起來。陳名夏竟在順治十年（1653年）四月，聯合陳之遴、金之俊等28名漢官上書，為陝西的一個總兵任珍辯護。不論上書內容如何，僅以能聯合漢官28人共同上書這件事，在順治帝看來，就顯然是結黨行為。於是，順治帝令大臣聚集午門外，議處陳名夏等人的罪狀，議論結果是：
名夏、之遴屢獲大罪，俱蒙恩留用，今複巧為欺蒙，俱應論死。
這次參加議處的大臣，以滿臣和漢臣中的北方人為主，他們早對恃才倨傲的陳名夏等人不滿，欲乘此機會將為首的幾人置於死地，是必然的，對其餘人的懲處也以嚴為主。這個處罰結論報給順治帝，順治帝沒有同意這樣嚴厲的處罰，他下達的旨意是這樣的：
陳名夏、陳之遴、金之俊等深負朕恩，本當依擬，姑從寬典，著各削去官銜二級，罰俸一年，仍供原職。陳名夏著罷署吏部事，自今以後，從新省改。
順治帝這樣處理，應當說是比較寬大的。這大約由於考慮到涉及的漢臣比較多，那時候清朝入關不過10年，官吏缺乏，人心並未完全歸附，團結漢臣以鞏固清朝統治還十分必要；而且，這件事隻反映了滿族大臣和漢臣之間的矛盾，不像多爾袞的問題危及他的統治；再有，陳名夏等人的確有才，而順治帝仰慕中原文化，偏愛才子，史載，順治帝常找陳名夏談論天下治道，而能得到滿意的答複。
洪承疇沒有卷入到這個案件之中，盡管他和陳名夏的關係很好，但前次因張煊狀告陳名夏和他結黨而受拘禁審問的事，仍然心有餘悸，處處謹慎小心，不敢再與陳名夏等南官為伍。所以，這次陳名夏聯係的27名漢官中，並沒有洪承疇。而且，在此之前，順治帝同洪承疇等談論過滿漢官之間的問題，等於提醒洪承疇對滿漢官之間的矛盾應當注意，這次談話是在順治十年（1653年）二月初九。
那一天，順治帝來到內院，看到一個條議，是少詹事李呈祥寫的，內容是：
部院衙門，應裁去滿官，專任漢人。
順治帝看後大不以為然。盡管他比較重用漢官，在剛林等滿官內院大學士因多爾袞案件被處死以後，內三院的滿族大學士隻剩下富察氏額色黑一人，而且，漢官在六部的勢力也越來越大，一些漢官對滿官的特權產生不滿，像工科副理事漢官祁通格，就在這一年二月初，接連上疏，指責對待滿漢官“其法不一”，具體指“今漢官有罪，或革、或降、或罰，其法甚備”，而滿官有罪，就不是這樣。他又舉出：
滿漢職官有犯，應鞭責、板責者，準與折贖。但漢官板責折贖，在革職之後；滿官鞭責折贖，照舊辦事。
因此，他提出對滿漢官應當“立一體之法”，也就是應當平等對待，應當取消滿官的特權。對此，順治帝沒有表態，隻令有關部門詳細研究。但看了李呈祥的這份條議，順治帝忍耐不住了，從心靈深處看順治帝並沒有完全擺脫滿洲貴族對漢人根深蒂固的猜忌和防範。觸及到這類問題，他還是很敏感的。漢官祁通格的上疏，他沒有表態，實際也是一種態度。不過，由於祁通格所提的意見有一定道理，他不好批駁。然而，李呈祥公然提出部院衙門，裁去滿人，專用漢官，是赤裸裸的排擠滿官，作為以滿洲貴族為核心的清王朝最高統治者，當然不能容忍。他當即對大學士洪承疇、範文程、額色黑、寧完我、陳名夏等人說：
李呈祥此疏大不合理。夙昔滿臣讚理庶政，並畋獵行陣之勞，是用得邀天眷大業克成，彼時可曾谘爾漢臣而為之乎！朕不分滿漢一體眷遇，爾漢官奈何反生異意？若以理言首崇滿洲，固所宜也。想爾等多係明季之臣，故有此妄言爾。
在場的洪承疇等漢人大學士聽了很不是滋味，就向順治帝表示：“臣等無以仰答聖諭矣。”
他們這樣回答，無非表明，李呈祥的意見並不代表他們。
順治帝發怒，滿官立即行動起來，都察院副都禦史宜巴漢等人，馬上彈劾李呈祥：
譏滿臣為無用，欲行棄置；稱漢官為有用，欲加專任，陽飾辨明，陰行排擠。
於是，順治帝革去李呈祥的職務，交刑部議處。刑部議處的結果，應當處死，順治帝令免死，流徙盛京。這件事自然加劇了滿漢大臣之間的矛盾，但對為官謹慎的洪承疇來說，又是一次重要的警鍾，提醒他不要卷入滿漢大臣之間的鬥爭。
就在李呈祥事件幾天之後，順治帝去內院，看到吏部侍郎孫承澤奏疏，內容是保舉大學士陳名夏兼管吏部尚書，並說陳名夏“前任吏部，頗能持正”。順治帝看後不以為然，他認為孫承澤原係陳名夏的部下，來推舉本部尚書，“有乖大體”，更重要的是他認為孫與陳關係好，陳任尚書，對孫有利，這種推舉實際仍有結黨的嫌疑。因此，順治帝立即對洪承疇、範文程、額色黑、寧完我、陳名夏等人說：
朕見承澤此疏，洞其隱徽，代為含愧。彼意允其所請，而用名夏，則與彼有利；如不允所請，又將使朕猜疑名夏也。
當然，順治帝的話沒有點明孫承澤舉陳名夏結黨之嫌，但卻說明如他同意孫的推舉，等於遷就了孫從私利出發的舉薦；如不同意，又給人造成他對陳名夏的猜疑。這就是說孫承澤給他出了個難題，順治帝雖然年輕，但也還是很有辦法的。他當著陳名夏的麵，就攤了牌，等於明確表示，這樣的推舉，他不能接受。但緊接著，他在說完上述話之後，又對陳名夏說，“爾可毋疑懼”。這樣一來，又使陳名夏不太難堪。
第二天，順治帝仍去內院看奏章以及明朝萬曆年間的史書，然後又對洪承疇等幾位大學士談到孫承澤的奏疏：
六部大臣，互相結黨，殊不合理，止宜為君、為國，秉忠持義，善善惡惡為是。
在場的大學士包括陳名夏在內，都點頭稱是。這次順治帝明確點出孫承澤的奏疏是一種結黨行為，不過他說的緩和，是從正麵教育入手來談的。到第三天，順治帝來內院看奏章，就看到了孫承澤的認罪奏疏。他肯定了孫承澤認罪的態度，並且說，這樣事情就好了結，但如果“以非為是，強自置辯，獲罪滋大，則結案難，承問官亦難也”。順治帝這話雖說是針對孫承澤的認罪疏說的，實際是說給在場的洪承疇等大學士聽的，尤其是說給陳名夏聽的。因為張煊狀告陳名夏時，陳名夏不是認罪的態度，而是“厲聲強辯，閃爍其詞”，結果被革任。順治帝對孫承澤推舉陳名夏雖然不滿，但在幾天之後，仍任命陳名夏為吏部尚書，從這裏看出，順治帝對陳名夏的賞識。不過，陳名夏對順治帝的一再提醒並沒有引起重視，結果如前所說，僅僅兩個月以後，他又聯名上書，捅了大婁子。
洪承疇同陳名夏相比，老成持重，對於順治帝的話都能聽進去，行事也很謹慎，沒有再卷入“滿漢之爭”。基於這個原因，順治帝對他很滿意，並在陳名夏等28人案子了結以後，命他和大學士範文程、額色黑召集陳名夏等28人，於午門宣讀諭旨：
爾等得罪，悉由自陷其身也。初議錯誤，則亦已爾，及再三申飭，即當省改，豈可仍行混議。凡事會議理應畫一，何以滿漢異議？雖事亦或有當異議者，何以滿洲官議內無一漢官；漢官議內無一滿洲官，此皆爾等心誌未協之故也。本朝之興，豈曾謀之爾漢官輩乎；故明之敗，豈屬誤於滿官之言乎！奈何不務和衷，而恒見乖違也。自今以後，務改前非，同心圖效，以副朕眷顧之意。不然，朕雖欲爾貸，而國法難容。至於都察院、科道等官，職司言路，見有如此乖戾者，亦當即行糾彈。
順治帝讓洪承疇等滿漢3位大學士去宣諭，除表示對洪、範二人的信任、重用外，還有希望陳名夏等向他們學習的意思。當然，更重要的是通過這件事，希望滿漢大臣團結。這道諭旨自然主要批評漢官，甚至直言不諱地說清朝的興起，完全是滿官的功勞，這當然不那麽實事求是。清朝的興起，滿洲貴族的確起了核心作用，然而如果清朝不任用漢官、不采用中原先進的統治措施，那麽，清朝入關，以致入關後的統治，都將是不可能的。但是，順治帝又指責了滿官也有“心誌未協”的問題。因此，這遵諭旨，又是對滿漢大臣共同的要求，在漢臣中，洪承疇可算是能與滿官合作的一個。
應當說洪承疇二次入京供職，無論是多爾袞，還是順治帝，都很賞識他的忠心、才幹和為人。尤其是順治帝，對他十分信任，凡洪承疇舉薦的人，幾乎都任用無疑，像戶部侍郎孫延銈、太仆寺卿衛周柞、順天府丞魏琯以及都察院右僉都禦史佟國器等，甚至包括地方大員廣東廣西總督李率泰，等等，都是洪承疇推薦的。而洪承疇的所作所為，也值得順治帝信任。正由於如此，在清朝統治向全國發展的過程中，又一次麵臨抗清運動高潮的新危機時候，順治帝再次請洪承疇南下，以力挽狂瀾。
從順治五年（1648年）至順治十年（1653年）五月，在這5年中，洪承疇所起的作用要比前次入京佐理機務的作用更大。但也有個過程，他二次入京的時候，恰恰是前麵提到的兩件涉及他本人的案件之後，盡管朝廷仍然信任他，但這兩個案子多少對他有些影響，洪承疇並沒有因在江南為清廷建樹功勳而升遷。他回到京城雖然受到皇帝、太後的熱情款待，但仍是原官原職。第二年，多爾袞任命洪承疇和範文程、剛林、祁充格、馮銓、寧完我、宋權，一同充任《太宗文皇帝實錄》一書編纂的總裁官。
多爾袞在百務繁忙中，親自過問“太宗實錄”的編纂，是有政治目的的，那就是希望按照他的意思來剪裁史料。他命令總裁官剛林從太祖實錄裏，刪去多爾袞生母、太妃納喇氏不願殉葬的記載。剛林同範文程和祁充格一齊把這一部分內容抹去。剛林等人為編太宗實錄，還將在盛京時所錄的太宗史冊的內容加以增減；對多爾袞所做的一些不好的事，也沒有寫入史檔。編纂的工作剛開始不久，多爾袞就去世了，很快又被指控謀逆，這項工作不得不停頓下來。
多爾袞在世時重用的剛林等人，均受到牽連，刪改太宗實錄和增減太宗史冊，自然成為他們的罪狀。這個權重一時的文臣領銜大臣剛林，雖然為官廉潔奉公，很有才幹，隻因受到多爾袞的榮寵，以所謂的密謀叛逆罪被處死。總裁官裏的祁充格也被處死，隻有範文程因多爾袞對他的疏遠，得到順治帝的保護，“仍留原任，前所行情罪已結，今後於委任職掌，當矢忠報效”。這次政治動蕩波及編纂太宗實錄的班子，為首的剛林、祁充格已經處死；受多爾袞寵信的馮銓，也在順治帝親政後對多爾袞勢力的清洗中，被趕出了朝廷；洪承疇雖受多爾袞重視，但看來並未卷入這場政治鬥爭。不過編纂班子主要人員死的死，走的走，編纂工作不能繼續進行。
到順治八年（1651年）底，弘文院大學士希福又奏請編纂“太宗實錄”，得到順治帝的許可。希福是個有文才的滿洲儒臣，兼通滿、漢、蒙古三種語言。皇太極時，就以內院大學士參與翻譯、編纂史籍的工作，隻是由於多爾袞與滿洲貴族爭權，希福成為犧牲品，不僅沒被任用，還被廢黜了6年。直到順治帝親政，重新任命他為弘文院大學士。順治九年（1652年）正月，順治帝又一次命纂修“太宗實錄”並重新任命編纂班子。
這次修纂與前次相比主要是班子的變化，兩個班子都有的總裁官隻有3人，即範文程、洪承疇和寧完我。而在這三人中，隻有洪承疇一人沒有涉及這場政治風波。當然，這個班子組成後1年多，洪承疇又一次被調往南方，也就沒有再參加“太宗實錄”的編纂工作。
除了編書，洪承疇還在順治六年（1649年），做了會試的正考官。滿洲貴族為了籠絡和收買漢族地主知識分子，早在皇太極後金天聰三年（1629年），就開始在境內施行科舉考試。崇德三年（1638年），清朝錄取的舉人有10名。清初缺少文官，中舉的多被授官任職。清朝入關以後，為了消除讀書人的反清情緒，更為了健全從中央到地方各級統治機構的需要，順治帝於北京登基的詔書上，就定下了鄉試和會試的時間。
此後，清初的不少漢臣，都一再提醒滿洲最高統治者，要倡導科舉使“讀書者有出仕之望，而從逆之念自息”，這是“不勞兵之法”。
洪承疇本人是進士出身，自然也積極倡導科舉，加之學識淵博，清朝統治者就令他擔任會試的正考官。入關以後，清朝首次會試在順治三年（1646年）二月，中試名額為400人。明代的科舉，一般取300人左右，清初為收攏人才，增加了100名。原定順治六年為第二次會試，為了廣招人才，又於順治四年增加了一次會試。所以，順治六年的會試已是第三次了，中試名額仍為400人。這次考中的進士，著名的有：左敬祖、吳正治、湯斌、熊伯龍、郝浴、李本晟、王清、曹本榮、張士甄、馬紹曾、施閏章，皆一時賢才。
這些進士經過殿試分為三甲，全部授官，一甲的授翰林院官，二甲的分授參議，三甲全授知府。那時兩廣初定，三甲的知府都分到兩廣等省補用。
回京以後，洪承疇任職的態度仍然是積極的，他時常上疏提出有利於治國安邦的各項建議。如，那時由於清統治者實行民族壓迫政策，加之清初經濟凋敝，各地人民的反清情緒高漲。尤其是順治五年、六年的大同總兵薑瓖起兵反清，引起山西大部分和陝北一些地區的響應，波及麵廣，距清朝的統治中心又近，真可說京城之外烽火連天了。順治六年（1649年）八月，盡管薑瓖的反清主力被鎮壓下去，但是，他的支持者仍在各地廣為活動。洪承疇看到這種形勢，提出加強京畿地區巡緝的建議。
在這段時間裏，洪承疇上疏中影響較大的，是提出了選官的保舉連坐法。清初從中央到地方缺官現象嚴重，多爾袞等清朝統治者，急於健全各級官僚機構，使國家機器能夠正常運轉起來，因此選官的範圍比較廣泛，對明朝降官，基本上是原官供職。多爾袞明確主張不必苛求，隻要願為清廷效力，都可委任。這樣一來，不免泥沙俱下，魚龍混雜，像福建的巡按周世科，倚仗自己是關外舊人，到地方上為非作歹，導致福建人民被迫起而反抗。像類似的事，不隻一件。針對這種現象，洪承疇指出任官不能賢愚不分，尤其是封疆大吏，要用得其人。為此他提出了保舉連坐法：
平治天下之道，在於各省督撫總兵，俱得其人。然人才難得，知人亦不易。舊時會推，原有成例。正為一人見聞有限，必合眾論乃為無私。今欲用得其人，宜實行保舉連坐之法。如督撫、總兵員缺，令吏、兵二部滿漢堂官詳加評注，自書姓名保舉，再以谘詢左右大臣，議論相合，方行點用。俟後有功效，保舉者受薦賢之賞；若曠職僨事，保舉者受妄昧之罪。庶封疆、民生，兩有攸賴矣。
洪承疇的這個辦法，可以促使舉薦的人慎重行事，也可以在一定程度上避免濫薦親信、門人，而不論品德才能。他的這個建議得到多爾袞的讚同，立即以皇帝聖旨下達：
以後用督撫鎮，著內院九卿會推。若有獨知灼見，情願保舉者許自行保舉，得人者，升賞；誤舉者，連坐。
這種保舉連坐法，不僅順治時采用，康熙、雍正年間也仍然實行。
就在洪承疇二次入京佐理機務期間，滿洲最高統治者政局發生了一次重大變化，這變化始於多爾袞的病逝。自多爾袞率清軍入關，扶植順治帝在北京二次登基，從而開創了清王朝統治中國的基業以後，多爾袞縱橫捭闔，全力謀劃統一中國。在他的指揮下，清軍兵鋒所至，勢如破竹，很快席卷了大半個中國，在勝利的歡呼聲中。多爾袞的權力和威望扶搖直上。順治元年（1644年）十月，順治帝在北京進封多爾袞為“叔父攝政王”；順治二年十一月，又進封為“皇叔父攝政王”；順治五年（1648年）十一月，又被尊為“皇父攝政王”。多爾袞一時大權在握，關內外大臣隻知有攝政王。為了他工作方便，甚至連皇帝的印璽也放在他家。他和兩個兄弟英親王阿濟格、豫親王多鐸，掌握了正白、鑲白和正藍三旗，還分化、拉攏兩黃旗的許多大臣。多爾袞在皇太極死後，順治帝親政以前，實際上享有皇帝的尊榮和權力。
為了加強中央集權，在滿洲貴族爭奪權力的鬥爭中，他罷黜了和他共同輔政的鄭親王濟爾哈朗，囚禁和除掉皇太極的長子、爭奪帝位的肅親王豪格。多爾袞進一步又限製和削弱滿洲諸王的權力，罷諸王兼理政務的權力，各部的事務由各部尚書掌管，各部尚書直接聽命於攝政王。多爾袞把皇太極時期加強中央集權的措施，通過改革政體，實行明朝官製，提倡漢文化等，又向前推進了一步。不過，這樣做的結果，加劇了他和周圍一些滿洲貴族舊勢力的矛盾，同時，也加劇了滿洲貴族之間的權力之爭。清朝統一戰爭取得的巨大進展，暫時掩蓋了這些矛盾和鬥爭。正當多爾袞的權勢達到登峰造極的時候，順治七年（1650年）十一月，由於出邊圍獵，多爾袞突然發病，摔下馬來，到十二月上旬，竟然在喀喇城一命嗚呼，年僅39歲。順治帝為多爾袞舉行了隆重的國葬，追尊他為“誠敬義皇帝”，榮尊一時。
可是，很快，滿洲貴族內部的奪權之爭就爆發了。先是多爾袞的親哥哥英親王阿濟格被議罪幽禁，賜死獄中，他管轄下的牛錄，全部歸到順治帝的兩黃旗之下。那時候，豫親王多鐸已死，阿濟格是多爾袞勢力的唯一支柱。而阿濟格一死，多爾袞一派就沒了依靠。
接著，13周歲的順治帝，於順治八年（1651年）正月，在太和殿舉行親政大典。他表現得很謙虛，尊重諸王大臣，有禮賢下士的風度，與多爾袞的獨斷專橫形成鮮明對比。當然，他對多爾袞的專權早就不滿，決心擺脫權臣的控製。諸王大臣中不少人對多爾袞也很不滿。清除多爾袞勢力，就成為當務之急。在多爾袞去世兩個多月以後，他的反對派先拿正白旗的骨幹羅什等5人開刀，將他們革職為民，就在同一個月，多爾袞又被告為“謀篡大位”。順治帝公布了多爾袞的罪狀，並掘墳鞭屍。顯然，順治帝這樣對待多爾袞是不太公平的。不過，這是出於政治鬥爭的需要。事實上，多爾袞的反對派，政治上是保守的，以和碩鄭親王濟爾哈朗等為首的這派勢力抬頭以後，不久就恢複了諸王管理六部部務的舊製，對多爾袞重用的滿漢官員，如在接受漢族文化製度方麵較為開明的大學士剛林等，均以各種罪名處死或革職，並從總體上表現出對漢官的排斥。
然而，清朝要統治全國，就不能不適應先進地區經濟、政治和文化的發展狀況，也不能不籠絡漢族的上層人物。年輕的順治帝頭腦比較清醒，比一般少年早熟得多。他吸取以往多爾袞專權的教訓，很快就親手掌握起日常政務，並力圖擺脫濟爾哈朗對朝政的幹預。他繼承多爾袞的政策，不顧滿洲大臣的反對，仍然重用漢族官吏，提倡漢文化，繼續進行政治、經濟方麵的調整和改革。
在這場滿洲貴族內部的政治鬥爭中，漢族大臣本來就涉及的很少，對個別受牽連的人員，順治也沒有深究。如前述剛林刪改太祖實錄的案子，曾涉及了範文程，順治帝隻令奪其官贖罪，隨後又在當年恢複其原官。至於洪承疇，雖然受到了多爾袞的重視和榮寵，但由於在多爾袞身邊工作的時間不長，又是個漢臣，加之洪承疇本人為官經驗豐富，也比較清正，不會輕易地依附於某個人或某個派係。因此，他算不上多爾袞的親信，也就沒有受到牽連。相反，順治帝在接受漢文化製度方麵，比他的前人又進了一步。漢族大臣在內三院和六部等中央政府機構裏得到了發展，大學士裏的滿族人選，一度隻剩下額色赫一人，六部中的要害，吏部、戶部和兵部，也任命漢臣做尚書。在這種形勢之下，洪承疇也得到了重用。
順治八年（1651年）二月，“以大學士洪承疇管都察院左都禦史事”。都察院是國家的最高監察機構，明清以前稱“禦史台”，明朝洪武十五年（1382年），改為“都察院”。清仿明製，皇太極改國號為清，始設都察院。順治初年，對都察院的職責規定為：
凡朝廷政事得失，民生利弊，以時條上，百官有奸齎、劣績，亦得據實糾彈。
也就是說，都察院是“掌察核常官，整飭綱紀”的機關。左都禦史是都察院的主管官員，品級定為正二品。其時，都察院漢臣左都禦史是徐起元，順治帝認為他不稱職，就將他調離。左都禦史的漢臣一時缺額，在沒有物色到合適人選之前，出於對洪承疇的信任，就讓他兼管左都禦史事，直至這一年八月，才起用趙開心為左都禦史。
清初的吏治與明末相比較好一些，注重選人。當然，由於入關以後，清從中央到地方各級政府缺乏官吏，於是大量錄用明朝降官，這就造成官員的成分複雜，貪官也多了起來。而都察院是考察官吏的機構，因此，都察院官吏清廉稱職與否，關係重大。為此，洪承疇上任以後，首先就甄別都察院的台員，經甄別後，能用的用，該升的升，該降的降，該革職的革職。這次甄別和處理的結果，得到朝廷的批準和好評。
接著，洪承疇在都察院貫徹順治帝關於嚴懲貪官的諭旨。順治帝的諭旨說：
朝廷治國安民，首在嚴懲貪官。欲嚴懲貪官，必在審實論罪……凡貪婪官員，一掛彈章，必非完璧，或降、調、閑散，或勒令休致，皆不得仍還原職。從前參問貪官，姑照恩赦月日，免罪追贓，自今頒諭之後，大貪官員問罪至應死者，遇赦不宥。在內該部院，在外督撫、巡按，刊刻告示，曉諭各司道、府、州、縣，實力遵行。
順治帝的諭旨主要的意思就是，凡貪官無論罪大罪小，均不得還原職，而且要求那些審問貪官的官員，必須照實情上報，上報不實的，要追究其罪；如審問官員受賄而為受審者開脫，也要受到處罰。對大的貪官判死罪的，即使遇大赦，也不寬恕他們。都察院完全貫徹了順治帝這道諭旨，從而有利於清初官吏的清廉。
這一年三月上旬，在洪承疇的籌劃之下，都察院又規定了禦史巡方之製。為了能使都察院派出的禦史到各地工作收到好的效果，洪承疇等都察院的主要負責人認真研究了巡視時需要注意的事，規定了5條，從這5條內容看：
一、規定了派往各地禦史的數額，但由於當時禦史數量不足，隻能對那些最需要的地方先派。
二、規定了嚴格的出差期限及要求。要他們奉旨後，就像考官一樣，在門上貼出回避不見客，不收條子，不得接受送來的書辦、差役，不能參加宴會或餞行之類的活動。總之，在出發前，要斷絕一切賄賂與私人托囑的可能性。出差的期限規定得很嚴，要求接旨以後，三天就從都城出發，沿途不得任意停留，不得接受私人遞的條子或贈送的禮物。到達目的地，也同樣不得接受饋贈。這樣才是真正明廉而有威信的禦史。還要求禦史不許到朝廷大臣的私宅去，以免生嫌疑。如有禦史違背這些規定，都察院會首先參奏，絕不包庇。
三、規定禦史到達目的地，隻許帶極少數的隨行人員，其餘人員衙役，由當地提供。這些人員衙役，待禦史巡視完畢，就仍回原單位供職。這樣也可以免去不少弊病。而在此之前，禦史每到一個地方，設中軍收聽用等官，這些人內外相通、賄賂，肆無忌憚。地方各級政府為了能讓禦史說他們的好話，事先為禦史鋪設準備，饋贈禦史銀錢。這筆錢從哪兒來？結果還是百姓受害。為此，都察院請求按照新的規定去做，如有禦史仍然依以往的辦法下去，幾個月後讓都察院得知，就要請旨將這樣的禦史撤回查辦。
四、規定每派一個禦史到一個地方出差，都要立一冊，記載這個禦史出發日期和到達目的地的日期，以及這個禦史上報的公文，都要挨日登記在冊。都察院的負責人要親自查看，並加以品評。對民間疾苦，地方利弊，禦史有沒有上疏，上疏的詳細妥當與否，疏中有沒有參劾有問題的官員，參劾之中有沒有大的貪官、惡官；還是隻參劾無關緊要的，或是一兩個州縣官，以敷衍塞責，而不去碰大官或地方高級機構。對這些，都要一一寫入冊子，使這個禦史的工作能夠一目了然，不等這個禦史出差期滿，就可以對他的工作，奏請定奪。
洪承疇說當前一些禦史對國計民生漠不關心，也不上什麽關係緊要的條陳，甚至以不上疏為好。而且，這些禦史所舉報的事，並沒有經過自己的認真察訪，隻是憑著地方報上來的，是好是壞也沒有個憑證。由於賄賂的關係，常常是貪官反不被舉報，而隻舉報衙門小官，甚至是一些衙役，以此來混淆朝廷視聽。他認為，立冊的辦法，就可以杜絕禦史下去不負責任的狀況。
五、關於任差的期限，洪承疇認為，一年一任差，地方送往迎來的事未免太多。為此議定，大差、中差，以1年6個月為期限。對於派出的禦史，都察院負責人要認真察訪，發現能安定民心、聲望高的，應當立即請旨嘉獎，也不一定非等任差到期；發現不遵守規定、玩忽職守的，不到任差期限，也應立即請旨將他撤回來，再另選合格的去，到期不回的，也要受到參劾。
疏稿的最後說明，都察院主要負責人議決的這幾條，刻不容緩，對與不對，立即上疏。這些都是當前最緊要的事，希望皇上能很快給回音，好嚴令諸禦史振作精神，力行整頓“從前之舊習，作今日之新型”。由此不難看出洪承疇在都察院的任上，力主除舊布新，以清廉吏治，其目的還是為了鞏固清朝統治，同時，可以起到使禦史關心百姓疾苦，並使百姓不受其害以安民的作用。從這點看來，他所提的這些改革措施，在當時還是有利於社會和百姓的。
這個疏奏，很快得到順治帝的讚同。他於5天以後，諭令出差禦史應當嚴格按都察院規定辦事。洪承疇關於吏治的思想有利於鞏固中央集權和廉政措施，所以得到順治帝的支持。這也是洪承疇在順治帝親政以後，得到重用的原因。
順治帝親政時期，統治階級內部的矛盾還是很激烈的。前邊說到由於多爾袞的去世，滿洲貴族相互傾軋，鬥爭很激烈，經過一番較量，守舊的濟爾哈朗等滿洲貴族占了上風，控製了議政王大臣會議。但是，順治帝自幼傾慕中原文化，守舊的滿洲貴族，並沒有達到排斥漢臣的目的，恰恰相反，漢臣更加受到順治帝重用，其勢力在中央的內三院和六部中，不斷得到發展。這樣滿漢大臣之間的矛盾有增無減，同時，漢族大臣內部也產生了矛盾。
順治帝親政時，清軍已經占領江南廣大地區，江南的明朝官員已有不少人陸續降清。經過相互推薦，大批江南漢臣進入清朝政府。他們之中，不少人很有才華，很得順治帝寵信。他們用人時一般偏愛江南籍故人，這就同滿洲貴族以及北方籍的漢官有了矛盾。雖然沒有形成像明末那樣劇烈的黨爭，但以馮銓、寧完我為首的“北黨”和以陳名夏為首的“南黨”之間存在著明爭暗鬥。洪承疇本是江南人，由於出任招撫江南總督，推薦的江南明朝降官不少，同陳名夏、陳之遴等關係也不錯，自然有南黨的嫌疑。不過，他是入關前降清的，同北黨中的寧完我、馮銓等共事的時間較長，所以，他在南北漢臣鬥爭中，處於一種微妙的地位。盡管如此，一開始，他還是被卷入了這場鬥爭。這場鬥爭始於張煊參劾陳名夏。
順治八年（1651年）五月，河南道禦史張煊上書參劾吏部尚書陳名夏十罪、兩不法，其中一些條文涉及洪承疇。具體有以下幾條，一條是：
名夏擬太仆寺卿，舍傅景星三年俸滿之左通政，而越升黃微胤一年俸淺之少卿，微胤為洪承疇姻親，任意迎合。
陳名夏當時任吏部尚書，權勢很大，對中央京師內外各衙門的文職官員，有提名的權力。因此，像擬定太仆寺卿由誰出任，也是吏部尚書來提名。陳名夏在這項提名中，提了資曆淺的黃徽胤，而舍去了資曆長的傅景星。在封建社會論資排輩的銓選製度中，自然會惹來非議。不錯，黃徽胤是洪承疇的姻親，前麵說到陳名夏同洪承疇關係也不錯，而洪承疇當時在朝廷的地位、聲望都高於陳名夏，所以張煊可以把越級提升黃徽胤，作為陳名夏迎合洪承疇的一條罪狀。還有一條罪狀是：
江南督學禦史李嵩陽，兩經科臣魏裔介糾參，物議沸騰，名夏以鍾愛門生，私囑洪承疇曲意保全，把持計典。
大約還是由於陳名夏與洪承疇的關係好，所以，陳名夏才私囑洪承疇保全他的門生李嵩陽。至於李嵩陽該不該保全、如應當保全、洪承疇也保了；無論對陳名夏還是對洪承疇來說，就不能算什麽問題了。張煊疏文中，最後的一件事有點嚇人，內容是：
又名夏與洪承疇、陳之遴於火神廟屏左右密議，不知何事。
如果這條沒有最後4個字，那問題就嚴重了，但因為有了最後4個字，就說明張煊隻是聽說他們都去過火神廟，而談什麽並不知道，僅就都去過火神廟密議，還不能說明什麽問題，隻是引起朝廷的懷疑罷了。張煊在疏文中，除主要彈劾陳名夏外，還專門彈劾洪承疇“不請旨私送其母回閩”。
張煊為什麽對陳名夏、洪承疇等意見這麽大呢？陳名夏的確有些事辦的不怎麽樣，可以讓人彈劾，而洪承疇一向為官謹慎，能讓人抓到把柄的問題並不多。張煊所以彈劾他們，還是因為這兩個人做了不利於他的事。前麵說到洪承疇任都察院左都禦史時，將都察院官員一一甄別，分為六等、分別予以差用：內升、外升、外調、降用、革職。當時張煊正在都察院掌計冊，洪承疇將他列為外升人員。
洪承疇這些做法，必然要同吏部尚書陳名夏商議，而張煊並不願外升，所以自然對陳、洪二人都有意見。他參劾陳名夏最主要的問題是“結黨行私，銓選不公”，在他眼裏，洪承疇自然是和陳名夏一黨的。不過他在彈劾陳名夏、洪承疇的時候，並無一字提到他自己的外升問題，大約是不好啟齒，也沒有理由啟齒吧。張煊上疏時，順治帝正在外出狩獵，職掌吏部的巽親王滿達海，看到疏文後，經審理，一般屬實，他認為此事關係重大，急忙派人飛馳奏聞順治帝。滿達海是努爾哈赤次子代善的兒子，為官較為正直。順治帝知道後匆匆返京。同時，滿達海命人拘禁了陳名夏和洪承疇，撥兵看守，並讓諸王和各部大臣等在朝廷上討論這個案子。
正在這時，滿人吏部尚書譚泰，站出來咆哮朝廷，為陳名夏說話。諸王大臣懼怕譚泰的強暴，有的隨聲附和，有的一言不發，結果，就以譚泰的意見作為結論。譚泰原是皇太極的寵臣，後來逐漸驕縱。多爾袞當政時，為多爾袞器重。順治帝親政以後，明知他諂附多爾袞，但為使政局穩定，有意隱而不發，反授他為吏部尚書。譚泰藐視順治帝年輕，專斷獨行。陳名夏雖也是吏部尚書，但當時漢官實際比滿官地位低，陳名夏又善於同滿人處好關係。而且，張煊彈劾陳名夏的疏文中說他提拔資淺的陳之遴，實際並非陳名夏提拔，而是譚泰推薦提升的，結論報到順治帝麵前，順治帝先看張煊的疏文，見告陳名夏的罪狀多至十條，也很吃驚。譚泰又挺身向順治帝說：
諸款多屬赦前，且有不實。煊向為禦史不言，今言於外轉之後，心懷妒忌，誣蔑大臣，張煊應論死。
他的意思是說，張煊所論陳名夏的罪狀，有的是虛言，有些是降清以前時事，而且，這個疏文是在確定他外轉之後，自然是有私心的，應當處死。順治帝見大臣也都同意這個結論，就應允了。洪承疇被拘禁以後，一麵“以送母回閩未明奏，自引罪”，一麵對火神廟與陳名夏等密議的事，加以解釋。他說，所謂的密議，“皆禦史因甄別商酌應差用及升調革降者也”。陳名夏也做了一番申辯和解釋。結果，順治帝免了陳名夏、洪承疇等人的罪，而處死了張煊。
但是，譚泰此後更加專斷，順治帝對他深惡痛絕。到順治八年八月，順治帝下令逮捕譚泰，並很快將他處死。處死譚泰以後，順治帝考慮到張煊當時告陳名夏的條款很多，將他處死是否有冤枉之處？於是，他又令將張煊的條款和陳明夏、洪承疇二人交給鄭親王濟爾哈朗和承澤親王碩塞以及內院刑部大臣再次審理。審理的結果，由於陳名夏的一些罪狀是事實，而他在受審時，先是“厲聲強辯，閃爍其詞”，及至後來“詰問詞窮，乃哭訴投誠之功”，這給順治帝的印象極壞，“朕始知名夏為輾轉矯詐之小人也”。於是，將陳名夏革任，發正黃旗漢軍下，同閑散官隨朝。不過，順治帝對他仍十分寬大，“其官品俸祿仍舊”。
洪承疇在二次受審中，與陳名夏的態度全然不同，“承疇招對俱實”，也就是說，他是實事求是地回答的，既沒有強辯、躲閃，也沒有哭訴、乞求，隻是對私自送母親回閩的事，又一次引罪。順治帝對洪承疇的這種態度是滿意的，所以從輕發落，下旨曰：
洪承疇火神廟聚議，事雖可疑，實難懸擬；送母歸原籍雖不奏私遣，然為親甘罪，情尚可原。姑赦其罪，仍留原任，以責後效。
洪承疇的這場官司總算到此結束了。他雖沒有受到任何處分，但經受的風險也不小，這件事夠他後半輩子吸取教訓的。那個冤死的張煊，總算得到昭雪，他的後代也得到撫恤。
不過，陳名夏並沒有從中吸取多少教訓，尤其是1年以後，他複補任秘書院大學士，不久，恢複了他的吏部尚書職位，漸漸地他又飄飄然起來。陳名夏竟在順治十年（1653年）四月，聯合陳之遴、金之俊等28名漢官上書，為陝西的一個總兵任珍辯護。不論上書內容如何，僅以能聯合漢官28人共同上書這件事，在順治帝看來，就顯然是結黨行為。於是，順治帝令大臣聚集午門外，議處陳名夏等人的罪狀，議論結果是：
名夏、之遴屢獲大罪，俱蒙恩留用，今複巧為欺蒙，俱應論死。
這次參加議處的大臣，以滿臣和漢臣中的北方人為主，他們早對恃才倨傲的陳名夏等人不滿，欲乘此機會將為首的幾人置於死地，是必然的，對其餘人的懲處也以嚴為主。這個處罰結論報給順治帝，順治帝沒有同意這樣嚴厲的處罰，他下達的旨意是這樣的：
陳名夏、陳之遴、金之俊等深負朕恩，本當依擬，姑從寬典，著各削去官銜二級，罰俸一年，仍供原職。陳名夏著罷署吏部事，自今以後，從新省改。
順治帝這樣處理，應當說是比較寬大的。這大約由於考慮到涉及的漢臣比較多，那時候清朝入關不過10年，官吏缺乏，人心並未完全歸附，團結漢臣以鞏固清朝統治還十分必要；而且，這件事隻反映了滿族大臣和漢臣之間的矛盾，不像多爾袞的問題危及他的統治；再有，陳名夏等人的確有才，而順治帝仰慕中原文化，偏愛才子，史載，順治帝常找陳名夏談論天下治道，而能得到滿意的答複。
洪承疇沒有卷入到這個案件之中，盡管他和陳名夏的關係很好，但前次因張煊狀告陳名夏和他結黨而受拘禁審問的事，仍然心有餘悸，處處謹慎小心，不敢再與陳名夏等南官為伍。所以，這次陳名夏聯係的27名漢官中，並沒有洪承疇。而且，在此之前，順治帝同洪承疇等談論過滿漢官之間的問題，等於提醒洪承疇對滿漢官之間的矛盾應當注意，這次談話是在順治十年（1653年）二月初九。
那一天，順治帝來到內院，看到一個條議，是少詹事李呈祥寫的，內容是：
部院衙門，應裁去滿官，專任漢人。
順治帝看後大不以為然。盡管他比較重用漢官，在剛林等滿官內院大學士因多爾袞案件被處死以後，內三院的滿族大學士隻剩下富察氏額色黑一人，而且，漢官在六部的勢力也越來越大，一些漢官對滿官的特權產生不滿，像工科副理事漢官祁通格，就在這一年二月初，接連上疏，指責對待滿漢官“其法不一”，具體指“今漢官有罪，或革、或降、或罰，其法甚備”，而滿官有罪，就不是這樣。他又舉出：
滿漢職官有犯，應鞭責、板責者，準與折贖。但漢官板責折贖，在革職之後；滿官鞭責折贖，照舊辦事。
因此，他提出對滿漢官應當“立一體之法”，也就是應當平等對待，應當取消滿官的特權。對此，順治帝沒有表態，隻令有關部門詳細研究。但看了李呈祥的這份條議，順治帝忍耐不住了，從心靈深處看順治帝並沒有完全擺脫滿洲貴族對漢人根深蒂固的猜忌和防範。觸及到這類問題，他還是很敏感的。漢官祁通格的上疏，他沒有表態，實際也是一種態度。不過，由於祁通格所提的意見有一定道理，他不好批駁。然而，李呈祥公然提出部院衙門，裁去滿人，專用漢官，是赤裸裸的排擠滿官，作為以滿洲貴族為核心的清王朝最高統治者，當然不能容忍。他當即對大學士洪承疇、範文程、額色黑、寧完我、陳名夏等人說：
李呈祥此疏大不合理。夙昔滿臣讚理庶政，並畋獵行陣之勞，是用得邀天眷大業克成，彼時可曾谘爾漢臣而為之乎！朕不分滿漢一體眷遇，爾漢官奈何反生異意？若以理言首崇滿洲，固所宜也。想爾等多係明季之臣，故有此妄言爾。
在場的洪承疇等漢人大學士聽了很不是滋味，就向順治帝表示：“臣等無以仰答聖諭矣。”
他們這樣回答，無非表明，李呈祥的意見並不代表他們。
順治帝發怒，滿官立即行動起來，都察院副都禦史宜巴漢等人，馬上彈劾李呈祥：
譏滿臣為無用，欲行棄置；稱漢官為有用，欲加專任，陽飾辨明，陰行排擠。
於是，順治帝革去李呈祥的職務，交刑部議處。刑部議處的結果，應當處死，順治帝令免死，流徙盛京。這件事自然加劇了滿漢大臣之間的矛盾，但對為官謹慎的洪承疇來說，又是一次重要的警鍾，提醒他不要卷入滿漢大臣之間的鬥爭。
就在李呈祥事件幾天之後，順治帝去內院，看到吏部侍郎孫承澤奏疏，內容是保舉大學士陳名夏兼管吏部尚書，並說陳名夏“前任吏部，頗能持正”。順治帝看後不以為然，他認為孫承澤原係陳名夏的部下，來推舉本部尚書，“有乖大體”，更重要的是他認為孫與陳關係好，陳任尚書，對孫有利，這種推舉實際仍有結黨的嫌疑。因此，順治帝立即對洪承疇、範文程、額色黑、寧完我、陳名夏等人說：
朕見承澤此疏，洞其隱徽，代為含愧。彼意允其所請，而用名夏，則與彼有利；如不允所請，又將使朕猜疑名夏也。
當然，順治帝的話沒有點明孫承澤舉陳名夏結黨之嫌，但卻說明如他同意孫的推舉，等於遷就了孫從私利出發的舉薦；如不同意，又給人造成他對陳名夏的猜疑。這就是說孫承澤給他出了個難題，順治帝雖然年輕，但也還是很有辦法的。他當著陳名夏的麵，就攤了牌，等於明確表示，這樣的推舉，他不能接受。但緊接著，他在說完上述話之後，又對陳名夏說，“爾可毋疑懼”。這樣一來，又使陳名夏不太難堪。
第二天，順治帝仍去內院看奏章以及明朝萬曆年間的史書，然後又對洪承疇等幾位大學士談到孫承澤的奏疏：
六部大臣，互相結黨，殊不合理，止宜為君、為國，秉忠持義，善善惡惡為是。
在場的大學士包括陳名夏在內，都點頭稱是。這次順治帝明確點出孫承澤的奏疏是一種結黨行為，不過他說的緩和，是從正麵教育入手來談的。到第三天，順治帝來內院看奏章，就看到了孫承澤的認罪奏疏。他肯定了孫承澤認罪的態度，並且說，這樣事情就好了結，但如果“以非為是，強自置辯，獲罪滋大，則結案難，承問官亦難也”。順治帝這話雖說是針對孫承澤的認罪疏說的，實際是說給在場的洪承疇等大學士聽的，尤其是說給陳名夏聽的。因為張煊狀告陳名夏時，陳名夏不是認罪的態度，而是“厲聲強辯，閃爍其詞”，結果被革任。順治帝對孫承澤推舉陳名夏雖然不滿，但在幾天之後，仍任命陳名夏為吏部尚書，從這裏看出，順治帝對陳名夏的賞識。不過，陳名夏對順治帝的一再提醒並沒有引起重視，結果如前所說，僅僅兩個月以後，他又聯名上書，捅了大婁子。
洪承疇同陳名夏相比，老成持重，對於順治帝的話都能聽進去，行事也很謹慎，沒有再卷入“滿漢之爭”。基於這個原因，順治帝對他很滿意，並在陳名夏等28人案子了結以後，命他和大學士範文程、額色黑召集陳名夏等28人，於午門宣讀諭旨：
爾等得罪，悉由自陷其身也。初議錯誤，則亦已爾，及再三申飭，即當省改，豈可仍行混議。凡事會議理應畫一，何以滿漢異議？雖事亦或有當異議者，何以滿洲官議內無一漢官；漢官議內無一滿洲官，此皆爾等心誌未協之故也。本朝之興，豈曾謀之爾漢官輩乎；故明之敗，豈屬誤於滿官之言乎！奈何不務和衷，而恒見乖違也。自今以後，務改前非，同心圖效，以副朕眷顧之意。不然，朕雖欲爾貸，而國法難容。至於都察院、科道等官，職司言路，見有如此乖戾者，亦當即行糾彈。
順治帝讓洪承疇等滿漢3位大學士去宣諭，除表示對洪、範二人的信任、重用外，還有希望陳名夏等向他們學習的意思。當然，更重要的是通過這件事，希望滿漢大臣團結。這道諭旨自然主要批評漢官，甚至直言不諱地說清朝的興起，完全是滿官的功勞，這當然不那麽實事求是。清朝的興起，滿洲貴族的確起了核心作用，然而如果清朝不任用漢官、不采用中原先進的統治措施，那麽，清朝入關，以致入關後的統治，都將是不可能的。但是，順治帝又指責了滿官也有“心誌未協”的問題。因此，這遵諭旨，又是對滿漢大臣共同的要求，在漢臣中，洪承疇可算是能與滿官合作的一個。
應當說洪承疇二次入京供職，無論是多爾袞，還是順治帝，都很賞識他的忠心、才幹和為人。尤其是順治帝，對他十分信任，凡洪承疇舉薦的人，幾乎都任用無疑，像戶部侍郎孫延銈、太仆寺卿衛周柞、順天府丞魏琯以及都察院右僉都禦史佟國器等，甚至包括地方大員廣東廣西總督李率泰，等等，都是洪承疇推薦的。而洪承疇的所作所為，也值得順治帝信任。正由於如此，在清朝統治向全國發展的過程中，又一次麵臨抗清運動高潮的新危機時候，順治帝再次請洪承疇南下，以力挽狂瀾。
