軍機處是清朝統治集團特設的輔佐皇帝的政務機構。入選者為軍機大臣,無定員,最多時可達六七人。其職責為每日覲見皇帝,承旨辦理軍國要務,用麵奉諭旨名義對各部門、各地區發布指示。從此內閣被架空,軍機處成為實際上的皇權執行機構。軍機大臣均從大學士、尚書、侍郎中選拔,其領班者實為首相,一般稱“首輔”。光緒末年行新政,設政務處,仍以軍機大臣領督辦事。自清朝開國以來,入軍機者人數寥寥,且多為滿族親貴,漢人進入軍機處者,更屬鳳毛麟角。
“東南互保”發生之後,慈禧太後便有意調張之洞入參軍機,有著“一石三鳥”的想法。既可利用張之洞卓越的行政才能以固朝綱;又可以此舉調節因“庚子事變”而惡化的與列強特別是與英國的關係;更重要的是將張之洞從其經營十數年的湖廣調離,可防止其尾大不掉,與朝廷分庭抗禮。張之洞知悉此中奧秘,力辭不就。1907年,清末新政進入“預備立憲”階段,朝中辦事大臣匱乏。滿蒙權貴慶親王奕劻等營私有術,治國無方。漢族樞臣李鴻章去世已6年,繼任者王文韶、瞿鴻等的經驗、聲望、能力都不能望李鴻章項背。滿清貴族統治集團急需物色新的漢族官僚代表充實權力中樞,籠絡人心,推行新政,延續統治。
張之洞、袁世凱因新政實績和威望,成為首選。
不可否認,此時慈禧太後調張之洞入京,仍包含猜忌、控製之心,但新政又必須依仗張之洞為代表的漢族官僚集團勢力,方有推行的可能,這已為中外、朝野所公認。
在這種情況下,張之洞不再拒絕入參軍機,名正言順地進入清末權力中樞。
正在這一時期,奕劻參劾協辦大學士、軍機大臣瞿鴻企圖推翻戊戌成案,歸政光緒。瞿因此免官,被遣回故裏,協辦大學士空缺。
1907年6月21日,張之洞被授予協辦大學士。7月23日,又授為大學士,仍留湖廣總督之任。27日,著充體仁閣大學士。8月10日,諭張之洞迅速來京陛見,有麵詢事件。9月4日,補授軍機大臣。10日,張之洞交卸湖廣總督篆務後渡江至漢口,乘火車於12日抵京。
15日即進入軍機處辦公;22日奉旨兼管學部事務。這一年,張之洞虛歲71.張之洞調到北京之時,湖北省學界籌款在原黃鶴樓附近建風度樓,以表紀念。樓建成第二年,張之洞致電湖廣總督陳夔龍說:“黃鵠山(即蛇山)上新建之樓,官名‘奧略樓’,取晉書劉弘‘恢弘奧略,鎮綏南海’語意。此樓關係全省形勢,不可一人專之,務宜改換匾額,鄙人即當書寄”,於是風度樓改名奧略樓,掛上了張之洞親手書寫的匾額。張之洞以步入古稀之年,登上朝廷權臣極峰之位,心情可謂一言難盡。其中既有對慈禧的知遇感恩之情,又有“受命於危難之間”,挽大廈將傾,拯神州陸沉的暮年壯心。正是在這種複雜的心緒困擾之下,張之洞為挽救一個腐朽的王朝、一種衰敗的製度而耗幹了自己的全部心血。
作為清朝最高領導層的核心成員,張之洞除了每天入值軍機處,討論和決策內政外交方麵的重大事項外,還要分管學部事務。張之洞當時被譽為“通曉學務之第一人”,要他分管學部,固然是用其所長,但以軍機大臣分管某部事務,似乎在清朝曆史上少有這樣的先例。他為此上了一道謝折,說學部為教育之統宗,人才之樞紐,表示將隨時會同學部諸臣認真整頓。
在分管學部事務期間,張之洞進一步普及和完善近代學校教育製度,加強基礎教育,並逐步使學校教育走上正規化;修訂中學堂課程,並奏準中德合辦青島特別高等專門學堂,這是在中國國內創立的第一所中外合辦的高等學堂。
光緒帝因推行“百日維新”被幽禁後,朝政由慈禧太後主持。1908年6月,朝廷正式向各省督撫通報光緒帝病重,希望各省舉薦良醫為光緒帝治病。張之洞薦請湖北名醫呂用賓進京,“用賓請脈出,言虛損已甚,惟進清補之劑而已”。實際上光緒帝自上一年秋間已起病,什麽藥都吃過,隻是不見效果,看來是病入膏肓,無藥可治了。本年夏間,慈禧太後也病了,“時有眠食失宜”,但仍強撐著處理朝政。到了11月11日,同時傳出皇帝和太後病皆垂危的消息。第二天,太後授醇親王載灃為攝政王,並令其子溥儀入宮內教養,這是在給光緒帝安排後事。14日,光緒帝“駕崩”,終年38歲。太後令攝政王監國,以3歲的溥儀為新皇帝,軍國大事均由其父攝政王載灃裁定。15日,慈禧太後“駕崩”,終年74歲。由於皇帝和太後死的時間僅僅相隔一天,如此蹊蹺,一度引起“人情疑懼”。好在太後臨終前已經做了安排,因而並沒有引起皇室的震動。據說太後在作上述安排時,隻征求了兩個人的意見,一位是軍機大臣世續(滿人),一位就是張之洞,因而他也稱得上是顧命大臣了。
在皇權專製時代,最高統治者突然去世,最易引起朝局乃至整個社會的動蕩,這在中國曆史上屢見不鮮。就在皇帝和太後死去沒幾天,安徽革命黨人熊成基便率領新軍一個營發動起義,攻打省城安慶,但很快被平息。25歲的攝政王載灃惶恐不安,準備調兵入衛,張之洞不以為然,說這樣會造成人為的緊張氣氛,給人以天將大亂的錯覺,不利於人心和社會的穩定,建議讓度支部(財政部)放款維持市麵,平抑物價,以安人心,同時命令各省督撫、鹽政、織造、海關各衙門停止一切例行供獻,“即食物亦不準呈進”。這些措施的實行,使一度動蕩的社會局麵得以平靜下來。
作為顧命老臣,最讓張之洞煩惱的是怎樣保持朝局的穩定。朝局穩定的關鍵在於調和滿漢大臣之間的關係,調和滿漢的關鍵又在袁世凱一人。袁世凱因在“百日維新”中背叛光緒帝而受到慈禧太後的寵信,因在義和團運動興起時屠殺山東義和團而得到洋人的垂青,又因李鴻章臨終前的極力推薦而當上直隸總督兼北洋大臣,特別是他手中還掌握著六個鎮(師)的北洋兵力,再加上被他賄買的首席軍機大臣慶親王奕劻的援引,一時成為繼李鴻章之後最大的漢族地方實力派官員,炙手可熱。他身兼商務督辦大臣、電務督辦大臣、練兵處會辦大臣、外務部尚書等數職,並與張之洞同時進入軍機處,權傾朝野,自然引起滿洲王公貴族的警惕。1906年,朝廷決定實行預備立憲,宗旨是“大權集於朝廷,庶政公諸輿論”,並首先實行中央官製改革,使中央權力大都集中於滿洲貴族之手,一批少壯派八旗子弟如鐵良、載澤、蔭昌、載振、溥良、溥頲等進入中央政權,開始限製和削弱袁世凱的權力。不久,袁世凱被免去一切兼職,並將他的北洋6鎮中的4個鎮,劃歸鐵良為尚書的陸軍部直轄。接著,準備實行地方官製改革,借以削弱地方督撫的權力。鐵良揚言:“立憲非中央集權不可,實行中央集權非剝奪督撫兵權、財權,攬於中央不可。”當年慈禧太後當權,還深知滿漢合作的重要,竭力調和滿漢,唯才是用。現在年少氣盛的載灃監國攝政,又受到一批懷有強烈排漢情結的少壯派的包圍,他將如何處理呢?張之洞憂心忡忡。載灃是光緒帝載湉的親弟弟,他的第一個清除對象,自然是當年出賣他哥哥的袁世凱,這也是少壯派親貴們的共同心願。袁世凱也意識到將有血光之災,殺身之禍。他連夜派徐世昌求救於張之洞。於是,張之洞向攝政王載灃和隆裕皇太後力言袁不可殺,說老太後和皇帝剛剛去世,小皇帝剛剛登基,朝廷就開始誅戮大臣,絕非國家之福,殺一袁世凱事小,失天下民心事大,這是為朝廷著想,並非可惜袁某的一條命。經過張之洞這一番開導,攝政王載灃和隆裕太後才放棄處死袁世凱的念頭,改為將其“開缺回籍養屙”,理由是他“患足疾”,腿腳不靈,根本不提過去的恩恩怨怨。袁世凱逃過這一劫,連夜出京,回到老家河南,隱居於彰德的垣上村,等待“東山再起”的機會。