公元698年,李顯回到長安城,重新登上了太子的寶座。這時的上官婉兒眼光又落在了一個很有野心的女人身上――太子妃韋氏。神龍元年(705年),82歲的武則天終於病倒了。宰相張柬之等大臣強擁李顯發動政變,衝入玄武門,斬殺了張易之張昌宗兄弟,武則天退位。二月初四,李顯恢複了大唐的國號,武周王朝宣告終結。也就在這個時候,上官婉兒正式進入了中宗李顯的後宮,成為李顯的婕妤,官至三品。不久又進拜為九嬪之一的昭容,代中宗掌詔命。四十出頭的上官婉兒,容貌豔麗、舉止大方,也是第一次有了歸宿,不用再廝混於個個情人之間了。在這之前,她與武三思就有過一場轟轟烈烈的戀愛。武則天沒有去世的時候,武三思就開始處處討好上官婉兒。武三思手裏有權又有錢,經常帶來一些外地進貢來的稀奇珍寶,抹了蜜似的嘴巴常常逗得她心花怒放。上官婉兒很快墜入了武三思的情網,麵對權勢顯赫對她體貼入微的男子,體驗了床笫之歡後,方才懂得人間竟有如此美好的男女情愛,遂與武三思頻頻幽會於後宮,後來已經成了後宮公開的秘密。為了更方便與武三思苟合,上官婉兒便要求在宮外建立私宅。把母親沛國夫人接過來同住。每天早朝入宮,晚間無事便回到自己的私宅。後來上官婉兒雖然成為中宗的昭容,但是始終沒有忘記武三思。武則天死後,李家天下恢複,武家的勢力有所削弱,武三思甚至還有生命危險。於是,上官婉兒將武三思推薦給韋後,並且使武三思的兒子與韋後的女兒安樂公主結成姻親。有了他們的加入,韋後的勢力大增,以至於後來把唐中宗的權力完全架空了。這時的韋後,不但不打擊武家的勢力,而且還大力壓製李氏。最直接的理由就是,韋氏希望自己也能夠像當年的武則天那樣操縱皇帝和朝政,甚至登上為所欲為的女皇寶座。當然,在其身後有個人功不可沒,這個人自然是上官婉兒。上官婉兒在所草詔令中,經常推崇武氏而排抑皇家。朝廷上下眼看韋氏淫亂,武三思專權,當初擁立李顯登位的五大臣十分焦急。為了李唐王朝,桓彥範向中宗上書,反對韋後臨朝聽政,中宗壓根兒不買賬。然而警覺的韋後發現事情的端倪後,就開始與武三思和上官婉兒商量,相繼設計貶殺了張柬之、桓彥範、敬暉、袁恕己和崔玄五大臣。除掉了障礙的韋後更加堅信,上官婉兒將是能夠幫助自己達成遠大目標的關鍵人物,而上官婉兒也樂於效命。隨著權力越來越大,韋後和武三思都覺得皇太子李重俊是未來的障礙。李重俊年紀漸長,明白了韋後及其一黨的企圖,便和魏元忠、李多祚等人密商,想要將武三思及上官婉兒等人殺掉。漢初的“清君側”的政治大戲又一次在唐朝上演。神龍三年(707年)七月的一個夜晚,李重俊率三百多羽林軍衝入武三思家中,殺死了武三思父子,他們提出擒拿上官婉兒的要求。太子李重俊聲稱,隻要交出上官婉兒,以前的事情就不再追究了。熟知這場政變目的的上官婉兒為保住自己,對中宗與韋後說:“倘若先將我交出去,太子也不會善罷甘休的,他無非是想一步步逼近,最後想結束的還是皇上與皇後的性命。”她的這番話是把政變的矛盾變成了太子要殺皇上,從而激發唐中宗的惱怒。中宗與韋後對此竟深信不疑,他們一方麵聽從上官婉兒派兵遣將,一麵迅速登上了玄武門城樓據守。在這場政變中,中宗顯示出的膽量和氣魄也是讓人刮目相看的,其實不難想象,中宗親自向城下的兵將勸降,這一立竿見影的做法就是上官婉兒在背後傳授的。太子李重俊見勢不妙,轉身想逃走,最後被手下所殺。事後,唐中宗把太子的首級獻至太廟祭奠武三思父子。