強大的羅馬軍隊很快粉碎了托勒密十三世反叛的力量。軍隊上下都認為此時的埃及該並為羅馬領土了,但是愷撒卻出人意料地將埃及的王冠獻給了克婁巴特拉,並宣布自己僅僅是在為埃及的王後而戰。羅馬人對愷撒的轉變感到不可思議,死裏逃生的埃及臣民對克婁巴特拉感激涕零,宣誓永遠忠誠。女王也應該稍稍安心了,埃及沒有因為強國發生爭權奪位而淪為附屬國。相反,因為女王的機智埃及又重新迎來了和平和光明。羅馬人把她想象成蠱惑英雄的妖魔,對她的大膽、風流津津樂道。這時,埃及人擁戴克婁巴特拉和她弟弟托勒密十四世共同執政。但她隻是托勒密十四世名義上的妻子,實際上克婁巴特拉已經成為埃及女王。
美麗的尼羅河畔,愷撒陪著女王遊玩宴飲,他已經深深地陶醉在女王迷人的身姿裏了。不久以後克婁巴特拉為愷撒生下了一個兒子,欣喜若狂的愷撒為這個唯一的兒子起名為愷撒裏昂。50多歲的愷撒不可能永遠活著,想讓埃及長久安寧,女王深知不能指望他。於是克婁巴特拉向愷撒提出了一個思慮已久的要求:希望愷撒正式娶她為妻,立愷撒裏昂為他唯一的繼承人。但這個時候愷撒的妻子還活著,愷撒顯得很為難,他請求克婁巴特拉給他時間,讓他把一切都處理妥當。羅馬內部嚴峻的局勢開始顯現出來。為了平定龐培舊部的大規模叛亂並將羅馬內部的各派爭鬥壓製下去,愷撒不得不離開女王,踏上回羅馬的征途。就這樣時隔三年,戰功赫赫的愷撒終於成為任期十年的羅馬共和國獨裁者,這個無冕之王離摘取皇冠僅僅一步之遙。克婁巴特拉應邀去羅馬訪問,享受了她一生愷撒塑像中從未經曆過的殊榮。她端坐在一個巨大的獅身人麵像模型上麵,由八千名侍從牽引著穿過凱旋門。當愷撒再次見到克婁巴特拉和獨生子的時候,不禁喜形於色。她住進了愷撒在羅馬郊外的別墅,愷撒經常去那兒看望她。重新回到愷撒身邊的克婁巴特拉,為了自己的國家,一心想讓愷撒娶她,再讓他們的獨生子愷撒裏昂成為羅馬與埃及聯合帝國的統治者,最終複興埃及托勒密王朝!此時的愷撒為了鞏固在羅馬的地位,進行了一係列改革,有經濟和政治方麵的,還有文化方麵的。但是他日益獨裁的舉動引起了元老院的不滿,若是愷撒成為帝王,那麽元老們就沒有權力和地位可言了。克婁巴特拉也隱約感覺到了,她提醒愷撒要提高防備,而此時自信的愷撒卻沒有將之放在心上。公元前44年3月15日,愷撒在元老院會議上被人刺殺――他所謂的“好友”布魯圖在他毫無防備的時候狠狠地刺了他一刀!克婁巴特拉得知這個不幸的消息後,悲痛而沉著地登上地中海的航船,撤離了羅馬,揚帆駛回自己的國家。愷撒死後,羅馬公眾把元老院、議事廳砸了個稀爛,愚蠢的凶手布魯圖被驅逐出境。羅馬政局又開始動蕩起來,結果是安東尼、李必達、屋大維三巨頭控製了羅馬的政局。克婁巴特拉從羅馬逃亡而歸,她輸了一局政治豪賭。她的後夫托勒密十四世看見姐姐傷心懊惱,心中相當得意。他覺得沒有愷撒撐腰的克婁巴特拉,再也不能拿自己這個“正牌”的國王怎麽樣了。克婁巴特拉很快就知道了托勒密十四世狂妄的想法,為求自保的她不得不警惕起來。一場殺夫案開場了:她將毒藥注入了水果心裏麵,這樣巧妙的設計連替國王品嚐食物的侍衛都被蒙騙了過去。不知天高地厚的托勒密十四世因此付出了生命的代價。