1626年初,努爾哈赤率軍與明軍在寧遠(今遼寧興城)激戰,後金軍隊傷亡慘重。
努爾哈赤撤回沈陽,又氣又恨,傷勢越來越重,沒過幾天就死了。他的第八個兒子皇太極繼承汗位。袁崇煥為了探聽後金的虛實,爭取時間修複寧遠、錦州等城池,便派使者去沈陽為努爾哈赤吊喪,並祝賀皇太極即位。皇太極雖然對袁崇煥充滿仇恨,可後金剛打敗仗,需要休整;同時,他也想征服朝鮮,解除將來進攻明朝時的後顧之憂,這樣,皇太極不但接待了袁崇煥的使者,還派使者到寧遠城去答謝。雙方表麵上緩和下來,可實際上都在加緊備戰。
第二年夏天,皇太極整頓完內部後,就親自率領大軍,進攻明朝。後金軍隊分兵三路南下,先把錦州城包圍起來。這時候,袁崇煥正在寧遠,接到後金進攻錦州的消息後,立即給守城將領寫信。信中說,錦州城火器兵馬足夠防守,敵軍冒著炎熱的天氣冒險深入,堅持不了多久,錦州一定能守得住。袁崇煥又派祖大壽率四千騎兵前往救援。錦州官兵英勇作戰,後金軍隊傷亡慘重。皇太極見久攻不下,決定改變戰略,留下部分兵力繼續困城,自己率領大部人馬,繞過錦州,直撲寧遠。
袁崇煥固守寧遠,利用槍炮的火力優勢,多次打退後金的進攻,後金士兵死傷無數。當時,正值暑熱,屍體腐爛,疾病流行。後金軍隊士氣低落,皇太極隻好下令撤軍。袁崇煥打了一個大勝仗。可是,閹黨魏忠賢卻把功勞記在自己的名下,反而責怪袁崇煥沒有親自去救援錦州是失職。袁崇煥知道魏忠賢有意和他為難,隻好辭職。
1627年,明熹宗死去,他的弟弟朱由檢即位,即明思宗,也叫崇禎帝(崇禎是年號)。崇禎帝即位後很想有所作為,決心整頓吏治,他下令懲治了魏忠賢的“閹黨”,給楊漣、左光鬥等人平了反,並且任命袁崇煥為兵部尚書,負責整個河北、遼東的軍事。袁崇煥統率重兵鎮守寧錦防線,成為後金軍隊南下的一大障礙。
皇太極打了敗仗,深知袁崇煥有膽有識,如果不除去這個勁敵,就無法達到進軍關內的目的。考慮了很長時間,皇太極想出了一條毒計。
1629年十月,皇太極統率幾十萬大軍,避開防守嚴密的寧錦防線,繞道向西,從龍井關(今河北遵化東北)、大安口(今河北遵化西北),跨過長城,直逼北京城。皇太極的這一招,完全出於袁崇煥的意料之外。他得到情報後,立即回師北京,駐紮在廣渠門外。於是,兩軍在北京郊外展開了激戰。
龍井關和大安口本不在袁崇煥的防區之內,他率軍救援京師,表明袁崇煥以國事為重。不料,北京城內魏忠賢的餘黨,這時竟然大肆散布謠言。他們誣蔑袁崇煥“擁兵不救,縱敵入京”;金軍繞道而來,是袁崇煥引來的;甚至捕風捉影地說,袁崇煥過去和皇太極有過多次書信往來,謠言傳得神乎其神。崇禎皇帝是一個猜疑心很重的人,袁崇煥剛剛來到北京時,他非常高興,曾經召見他,但聽了這些謠言之後,就開始懷疑起袁崇煥來。袁崇煥雖然率軍駐在廣渠門外,多次打退後金軍隊,但崇禎皇帝還是猜疑他,不許他的軍隊進城休息。袁崇煥隻好駐在京城東南。皇太極有意命令部隊靠近袁軍駐地紮營,然後把剛到北京城下時抓到的兩個明朝太監押到軍中。半夜的時候,皇太極讓副將高鴻中、參將鮑承坐在靠近關押太監的地方,故意小聲說:“今天撤兵是計謀,和袁督師早有密約,這回大事可成了。”太監們假裝睡覺,把二人的談話全記在心裏。後金軍隊故意放走太監,讓他們回城報信。兩個太監跑回皇宮,向崇禎皇帝上奏袁崇煥“通敵”的情報。
崇禎皇帝得到這個報告,認為完全證實了自己的猜疑,於是立即召令袁崇煥進宮,不容分辯,便令錦衣衛把他捆綁起來,押進大牢。崇禎哪裏知道,這都是皇太極安排的圈套。
皇太極聽說袁崇煥已經被捕入獄,知道反間計大功告成。為了置袁崇煥於死地,他下令撤兵,返回沈陽。
袁崇煥被捕後,他的部下祖大壽十分害怕,率領軍隊逃出了山海關,其餘的袁軍也跟著走散了很多人。這更加深了崇禎皇帝的疑慮。明朝的大臣中,有人深知袁崇煥向來盡忠國事,覺得這件事很蹊蹺,就上書請求皇帝要慎重處理這件事。可是,崇禎皇帝根本聽不進去,魏忠賢的一些黨羽又趁機誣陷袁崇煥,第二年八月,崇禎下令處死袁崇煥。袁崇煥死後,屍骨被友人安葬在廣渠門內的廣東義園裏,他的兄弟妻子被流放到三千裏外的邊疆。
袁崇煥的死為後金剿滅明朝,攻入北京,除去了一個極大的障礙,為了與明朝作戰更加名正言順,皇太極於1636年在盛京(沈陽)稱帝,改國號為清,皇太極被稱為清太宗,清朝建立後,積極準備軍馬,準備消滅明朝,坐擁天下。