第五章 “李登輝時代”遭遇排擠
李登輝參加及退出中共內幕
早1984年，蔣經國對班子進行了一次大調整，推出了台灣兩個引人注目的人物，那就是李登輝和馬英九——後來李登輝成了接班人，擔任了“副總統”；而馬英九則平步青雲，擔任國民黨中央黨部副秘書長。但讓蔣經國始料未及的是，在他去世後，順理成章當上了“總統”的李登輝不僅恩將仇報，而且把馬英九視為眼中釘、肉中刺，必欲除之而後快，二人關係有如水火。
李登輝英文名Lee，Teng-hui，日本名字為“岩裏政男”，1923年1月15日，在台灣北部台北州淡水郡三芝莊（今台北縣淡水鎮三芝鄉）埔坪的“源興居”出生，出生的時候台灣還是日本的殖民地。他的父親叫李金龍，母親叫江錦。李登輝是次男，上有年長他兩歲的哥哥李登欽，據說在日治時期被調至菲律賓，並在當地戰死；此外，他還有一個弟弟叫李炳男，從事貿易工作。
李登輝的父親李金龍畢業於警察學校，先是擔任警察的職務，後來則轉到“三芝農業組合”工作，在戰後還當選過縣議員。童年的李登輝，最大的幸福是生長在一個小康之家，讓他有機會接受完整的教育。他曾告訴他的獨子李憲文：“我童年的夢想就是集郵，一張張來自外國的郵票，能讓自己無限的想象奔馳於各國國度。但對鄉下小孩來說，這是個無法實現的夢想”。因為李金龍任職警察，職務調動頻繁，因此李登輝也跟著父親不斷地搬家和轉學。從六歲到十二歲之間，他念過四所學校，先後在汐止公學校、南港公學校、三芝公學校、以及淡水公學校就讀過。在童年時期，轉校的頻仍使他交不到朋友。往往好不容易有了朋友，又因為父親再次調動，而中斷交往。正值多愁善感年齡的他，也因而變得有些內向，並產生強烈的自我意識。他所喜愛的是對自我內在世界的探索。閑暇時，總是一個人靜靜地看書，或望著窗外的雨景，獨自素描。一直到今天，油畫、水彩畫，都還是他最大的興趣。
李登輝於淡水公學校畢業以後，曾去投考台北二中（現在的成功中學），卻沒有考上，於是先在私立台北國民中學（今大同國中）就讀一年，然後在1938年轉學至淡水中學二年級就讀。李登輝在淡水中學是最優秀的學生，幾乎各科成績都是排名第一。他的努力終於得來回報，隻念四年中學就在1941年考上台北高等學校。這對淡水中學來講，是空前絕後的榮譽。就在李登輝考上台北高等學校的前一年，日本殖民當局所推行的“皇民化運動”，開始正式推展所謂的“改姓名運動”。父親曾經當過日本警察的李登輝，也在該運動中更改姓名為“岩裏政男”。
當時就讀舊製高等學校的學生，被視為理所當然在畢業後要進入帝國大學讀書，成為明日菁英的準人才，因此，高校學生得以不問世事，享受教養生活與自由校風。李登輝自身回憶“舊製高校時代的生活實在是非常愉快。”
1943年9月，李登輝畢業於台北高等學校，同年10月，他進入日本京都帝國大學農學部農業經濟係就讀。1944年1月，在日本京都帝大入伍，服役期間投考日本“千葉高射炮學校”，8月19日晉升陸軍少尉，並在高雄退伍。在日本待了三年之後，他於1946年返回台灣，轉學進入台灣大學農業經濟係就讀，並於1949年畢業。1947年的二·二八事件發生的時候，他是台大二年級的學生。為什麽李登輝會選擇農業經濟係就讀呢？根據他自己的說法，一方麵，他在小時候看到佃農們的辛苦，想為他們打抱不平。另一方麵，他則是在思想上受到高等學校曆史老師鹽見熏的影響，讀馬克思主義的曆史觀，談中國的曆史，使他深受影響。為了想把農業與馬克思經濟學相結合，於是選擇農業經濟作為他人生的研究目標。
當時，正是戰爭打得正火熱的時侯，校內幾乎沒留下什麽日本學生，文科係的學生，也都幾乎全被征去當兵。這個時期的李登輝，一方麵為日益短缺的食物問題發愁，一邊隻能自己學習“農業簿記”，或研讀河上肇或馬克思等社會主義相關書籍。李登輝自己曾這樣說：“大學時期，我遍讀馬克思及恩格斯的著作，對馬克思的主要著作《資本論》也曾深加鑽研，反複讀過好幾遍。”隨著戰局的吃緊，文科學生也被納入學徒出征。1944年，李登輝在短暫的回台受訓後，再度編回日本千葉高射炮部隊做見習士官，但未及奔赴戰場，就在千葉迎接了日本的敗戰。
戰爭結束後，到底要重返京都帝大繼續未完成的學業，還是返回台灣？
這個問題使李登輝苦惱不已。最後，他決定返回故鄉台灣。他在1946年春天返回台灣，進入原台北帝國大學所改製的台灣大學就讀。當時台灣的大學生，在戰後的一片混亂當中，每天為生活所逼而無心上課，本來對來接收的中國政府寄以無限期待，但一旦接觸到大陸出身的官僚後，立刻由希望轉為失望，終於對祖國感到幻滅，而極度悲哀。對身為台灣知識份子卻深受日本教育影響的李登輝而言，這種悲哀更為深刻。回到台灣不久，經由身兼中國共產黨“台北市工作委員會”書記吳克泰的邀請，李登輝加入了中共在台灣的地下黨，並且在1946年9月被批準入黨。吳克泰是土生土長的台灣人，他生於台灣省宜蘭縣。他的經曆充滿傳奇，影響最大的事件就是介紹李登輝加入中國共產黨。
1945年8月，日本投降後不久，吳克泰考取了上海震旦大學經濟係，在學校時接受進步思想後加入中國共產黨。1946年3月，回到家鄉台北。不久，便回台灣大學複學。吳克泰來到台大法學院學習，並很快和台灣創立不久的中共地下黨組織接上了頭。當時的李登輝剛剛從日本回來不久，在台灣大學的農學院就讀。作為過去認識的朋友，他們很快就談到了一起，李登輝還把自己從日本帶回來的日文版《資本論》拿出來向吳克泰炫耀，並表示放暑假後回家要好好通讀。
因為在這之前他們就比較熟悉，以後便經常在一起談天說地，直至最後成為無話不談的朋友。有一次李登輝把他父親當過刑事警察、同曾文惠的父親是同事、關係非常要好等這些家事隱私都說給吳克泰聽。還有一次，李登輝一高興，把曾文惠的父親曾允諾他等曾家兩個姐妹長大後，由他任選一個為妻的事情也告訴了吳克泰，李登輝還猶豫地說，隻是他還沒有決定要娶哪一個。
他們在一起也經常討論時事問題，吳克泰說雖然李登輝是自己的學長，但他沒有架子，在探討有關中國國內的問題時，吳克泰的一些觀點，李登輝都能理解並且接受。吳克泰說，當時李登輝給他留下的印象比較厚道，肯用功讀書，做事認真。看到是水到渠成的時候了，吳克泰便萌發了發展他加入中共組織的念頭。1946年9月的一天，吳克泰同李登輝認真地談起了想發展他加入中國共產黨地下組織的動機，李登輝表示願意加入。根據要求，他還寫了一份自傳。上級很快就批準李登輝入黨，並規定吳克泰同李登輝單線聯係。此後，他們基本上每星期都在李登輝家裏見一次麵。李登輝的黨費每月都是由吳克泰轉交組織，中共的一些綱領性文件和宣傳刊物則由吳克泰轉交給他。
李登輝入黨後，組織上沒有交給他什麽具體的任務。不久，北京發生了美軍強奸沉崇案件，全國很多大學舉行了示威遊行，抗議美軍的暴行。1947年1月9日，台灣爆發了中學以上的學校基本上全部參加的曆史上規模最大的抗議遊行，吳克泰是這次遊行的組織、領導者之一。當時他還兼任《人民導報》、《自由報》、《中外日報》的記者。遊行之前，盡管有國民黨竭力阻撓，威脅恐嚇，但當天仍有一萬多人在新公園開大會並走向大街。當時國民黨當局三令五申不許學生參加，形勢比較緊張。
為了保存力量，中共地下黨員是可以不參加這次活動的，但當台大學生遊行隊伍走到新公園附近的時侯，吳克泰一下發現了李登輝，因為李的一米八幾的高個子比較顯眼，吳克泰說這事給他留下了很深刻的印象。
李登輝還參加了“二·二八”運動。在這之後，黨的活動暫時停止，遭到通緝的吳克泰來到了上海，這期間就沒再跟李登輝聯係。八月下旬，地下黨省工委根據工作需要，任命吳克泰為台北市工委委員、學生委員會書記。過了沒多久，省工委書記找到吳克泰說李登輝要求退黨，讓他去了解一下情況。吳在曾文惠家找到李登輝，問他為什麽要退黨，李登輝回答說黨內不純，有人有野心。吳克泰看勸不下來，就說既然這樣也不能勉強，就同意了。
退黨時，李登輝還主動表示會保守黨的秘密，同時也要求組織為他的這段曆史保守秘密，算是定的君子協定。之後吳克泰就與李登輝隻剩下私人之誼的朋友關係。
李登輝要求退黨後，地下黨還有一個外圍組織叫新民主同誌會，是一個進步組織，他還參加他們的活動。這時使李登輝尷尬為難的事情發生了，同誌會的幾個人一起要求集體入黨，而李登輝卻剛剛退出，他又不能夠反對和申明，所以隻好隨大流再次辦了入黨手續。這期間，吳克泰離開台北，由徐懋德來領導新民主同誌會，後來徐跟李登輝就他第二次退黨事宜談過兩次，同樣未果。
吳克泰跟李登輝雖然政見不同，但並沒有影響彼此交往。1997年吳克泰回台灣，李登輝就想見他，因故未果。2002年3月吳克泰再次回台灣時，李登輝就在外雙溪私宅會見了他。
李登輝脫離中共的經辦人是徐懋德。徐懋德已屆八十三歲高齡，當對往事娓娓道來時，記憶的清晰程度勝似年輕人。
中共地下工作者徐懋德在台灣時主要任務是做當地的青年工作。他回憶，與李登輝的正式接觸是在1948年的夏天，這之前對李登輝一切他並不怎麽了解，因為當時的中共地下黨組織的成員都是單線聯係，並且有嚴格的組織紀律，不需要知道的事情就不問，所以對於李登輝以前的事情徐懋德知之甚少。隻是在李登輝要求退出共產黨組織時，受組織委托，他與李登輝有過兩次接觸。當時李登輝的年齡是二十五歲，身份是台灣大學的助教。
談話是在台北川端町李登輝的家裏進行的，李的房子是日式的“學寮”（日文意指“宿舍”），房子有兩、三間，不是很大，房中的書架上擺滿了書籍，其中有很多是日文版馬克思、恩格斯的著作。為了爭取打通李的思想，徐懋德首先給他談了全國解放的形勢、理論和實踐的關係。當問到李登輝要求退黨的原因時，李回答說，首先他相信馬克思主義學說，相信社會主義，但是，對過中共的組織生活他不合適，不願意受黨的紀律約束，可是作為一個黨員因為有紀律又不得不服從。李登輝對共產黨的黨章、綱領有些地方有不同意見，他也不讚成共產黨的土改政策，他還說應該實事求是地表達自己想法，所以要求退黨。這是李登輝表麵的理由。
但徐懋德認為李登輝是害怕危險而退黨。當時台灣形勢比較嚴峻，作為地下黨毫無疑問存在一定危險性，也許是他害怕了，所以才決定退縮。李登輝說的退黨的理由徐懋德認為是不充分的，因為在他當初加入中共的時候對共產黨的方針政策都是認同和讚同的。隻是他不怎麽了解全國的解放戰爭的形勢，因為他看的都是日文書籍、日本學者的東西，對中國的毛澤東思想了解得很不夠。但他現在至少還是中國革命的同情者，為了能夠爭取挽留住李登輝，留下緩衝的餘地，第一次談話結束時，徐懋德勸他加強學習，繼續留在黨內。李表示再考慮考慮，由此他們約定十天後再談一次，再做最後決定。
十天後，他們如約見麵。這次談話仍然是在李登輝的宿舍進行。談話剛剛開始，李登輝就表示自己經過考慮還是堅持原來的主張，要求退出中共，但他再次表示相信馬克思主義學說，今後願意以一個學者的身份繼續研究馬克思主義、研究台灣的農業問題。徐懋德就告訴李登輝說：既然這樣，組織上同意他的做法，加入中共不是誰想參加都可以參加的，要經過組織考驗和審查通過，現在你想退出組織，你有退黨的自由，但是你必須對過去知道的一些事情保密，涉及到組織上的一切事情都不能夠跟外人講，你退了黨，大家以後仍然還是朋友。李登輝表示接受徐懋德的意見。
當記者問及李登輝退出中共後，有沒有出賣組織的行為時，徐老從書房拿出了厚厚的上下兩冊的書籍——當年台灣安全局機密文件《曆年辦理匪案匯編》。這本書的上冊一百八十六頁記載了所謂“匪台灣省工委會台大法學院葉城鬆等叛亂案”。在文件中記述，這個案子共有葉城鬆等五個人被判死刑；“案情摘要”中說：“葉城鬆於三六年十月間，由奸匪李登輝介紹參加匪幫，受楊匪廷椅領導，擔任台大法學院書記。”李敖就曾以此認為“可見李登輝逍遙法外，一定是事出有因了”。徐老說，這隻是李敖的看法，至於事實如何，現在難以確定。
李登輝對蔣氏家族恩將仇報
1947年初，二·二八事件爆發，身為左派青年的李登輝，在自己的著作裏麵，對自己和二·二八的關係有以下這樣的說明：“或許有人會問，當時我在哪裏？事實上，當時我也是被鎮壓的對象之一……生為台灣人，既對台灣的未來充滿使命感，也對於學習農業政策懷抱著滿腔熱忱，正值年輕的我，怎麽可能在當時的情況下，還不問世事，閉門苦讀？”然而，由於與地下黨的領導人有些不愉快，李登輝在1947年9月退出了地下黨。雖然退出了地下黨，隨即又參加了一個叫做“新民主同誌會”的地下黨外圍團體，彼此一起研讀《新民主主義論》和《論人民民主專政》等左派進步書籍。後來，李登輝對於當年曾為共產黨員一事做出了以下的總結：“三十歲前不相信共產主義是沒夢想；三十歲後還相信共產主義叫不實際”。
1949年，李登輝從台大農經係畢業，並留在學校當講師，這時他是26歲。畢業不久，他與淡水地主之女曾文惠相親結婚，她畢業於台北第三高女。1950年，他生下長子李憲文，兩年後，他獲得中美基金獎學金，首次赴美，到愛荷華州立大學（lowa State University）研究農業經濟。由於他認真苦讀，短短一年就拿到碩士學位，1953年自美返國，擔任“台灣省農林廳”技士及經濟分析股股長，同時也在台大的母校擔任兼任講師。之後，他又陸續轉到“合作金庫”以及“中國農業複興聯合委員會”就職，擔任的都是研究性質的工作。“農複會”是美援機構，待遇非常好，李登輝因此在那裏一待就是12年。在這期間，他曾經於1960年被“調查局”逮捕，未經判決就被拘留四個半月。但因為他在“農複會”表現極好，當時該會的負責人沈宗瀚就委托蔣彥士向治安當局交涉，後來“調查局”才無罪釋放了李登輝。
1965年，李登輝獲得美國洛克菲勒農業經濟協會以及康乃爾大學聯合獎學金，前往康乃爾大學（ComeIIUniversity）攻讀農業經濟博士。據他的指導教授指出，李登輝經常邀請台灣留學生到他的住處高談闊論，有時以他拿手的牛排或餃子招待他們，1970年四·二四刺蔣案的主角黃文雄，也是受過他招待的學生。1968年，李登輝正式取得農業經濟學的博士學位。他的論文〈Intersectional Capital Flows in the Economic Development of Taiwan，1895-1960〉，曾榮獲美國農學會全美傑出論文獎，同時也在1971年由母校的康大出版社正式出版。李登輝在1968年一提出論文以後，立刻返國，回國後被聘為台大教授兼“農複會”技正，開始進入政壇。
1969年6月，可能是由於在海外與台獨運動參與者有過接觸，李登輝再一次被警備總部約談，第一次約談的時間長達17個小時，之後又持續了一個禮拜才結束，這段時間是李登輝全家的黑暗時代。這件事使他下定決心，如果他有機會執政的話，絕不願意他的同胞再忍受這種白色恐怖之苦。
1970年，聯合國開發總署東亞支部邀請他到曼穀主講農業經濟問題時，即使他已經是聞名國際的農業專家，政府仍以在“觀察中”的理由，不讓他出境。
不過，卻也因為這次事件的發生，當時“農複會”的上司沈宗瀚將李登輝以農業問題專家的身分，在1971年8月介紹給蔣經國。當時，蔣經國正準備接掌最高權力，十分需要人才，於是就勸誘李登輝加入國民黨。同年10月，在經濟學者王作榮的介紹下，李登輝加入了國民黨。翌年，蔣經國擔任“行政院院長”的職務，李登輝以“政務委員”入閣，成為最年輕的閣員，時年49歲。自此之後的六年之間，他擔任農業專長的“政務委員”。這時他跑遍了各地農村，曾把運作25年、對農村影響甚大的“肥料換轂”製度廢除掉。
1978年，蔣經國任命李登輝為“台北市長”。在擔任“台北市長”的這三年期間，李登輝最大的貢獻是推動台北藝術季，興建翡翠水庫，並廣開門路，與市民多所接觸，盡可能避免落人官僚主義的窠臼之中。1981年，李登輝被任命為“台灣省主席”。在“省主席”任內，他提倡“八萬農業大軍”，並培養“核心農家”，同時成功地處理二重疏洪道的糾紛。他在“省主席”期間最大的成就，就是“引進區域發展觀念，促進農業改革及城鄉的平衡發展，同時運用他的農業專業知識，推進稻田轉作，改進農產品運銷，大幅提升鄉村的生活水準”。
1984年，蔣經國提名李登輝為“副總統”，並經“國民大會”選舉，當選第七任“副總統”。蔣經國這個決定，讓不少黨國元老感到意外與難過。在“副總統”任內，他除了輔佐蔣經國推動各項改革大業，也經常陪蔣經國巡視金門、馬祖，他對“總統”表現得非常尊敬，贏得了蔣氏的信任。
1988年1月13日，蔣經國過世，李登輝繼任“總統”職位。他擔任“總統”前兩年，由於國民黨保守派不斷地挑戰，紛爭不斷。李登輝借著民意支持，及民進黨和國民黨內開明派的配合，終使政局逐漸穩定，並開始推動各項政治改革。1990年7月，李登輝召開“國是會議”，征求各界意見作為“憲政改革”參考，配合該年“三月學運”的要求，解決第一屆“國民大會代表”及第一屆“立法委員”退職問題。1991年5月經由製定“憲法”增修條文，宣布終止動員戡亂時期，廢止動員戡亂時期臨時條款。
李登輝在任“總統”之初及其以前一直宣稱支持中國統一，但是後來逐漸主張台灣本土化，宣布“兩岸關係是特殊的國與國的關係”。2000年下台後繼續主張台灣獨立，成為台灣獨立運動的領導者之一。2000年國民黨選舉失敗後，辭去國民黨主席職務，後又被迫退出國民黨，由親信組建了急獨政黨——台灣團結聯盟，擔任精神領袖，主張建立台灣共和國。李登輝卸任後毫不避諱地表現台灣獨立的主張，對抗中國。李登輝一生先後具有日本人，共產黨，國民黨，台獨領袖等迥異的身分和多麵派嘴臉。
1995年的“中華民國”“國慶日”，他這樣表示：“四十多年來我們之所以奮鬥不懈，就是要為將來中國的統一立下可供遵循的典範”。此外，他也曾在接見美國聯邦眾議員坎貝爾（TomCampbell11）的時候，說出“‘台獨’隻會斷送國家的大好前途，犧牲社會的安定繁榮，這是不可能，也不應該的”這樣的話語。然而，他在某些場合的發言，卻又常常表達出他強烈的台獨意識。
1996年，李登輝與連戰搭檔，以54.0%的得票率，贏得了“中華民國”第一任“民選總統”的職位。在當選“民選總統”前後，李登輝對兩岸關係的態度發生了明顯的變化。在1999年7月，他在接受“德國之聲”錄影專訪的時候，提到海峽兩岸的關係，是“國與國之間的特殊關係”，這也就是臭名昭著的“兩國論”。他在受訪時這樣表示：曆史的事實是，1949年中共成立以後，從未統治過中華民國所轄的台、澎、金、馬。……1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係，而非一合法政府，一叛亂團體，或一中央政府，一地方政府的“一個中國”的內部關係。所以，您提到北京政府將台灣視為“叛離的一省”，這完全昧於曆史與法律上的事實。
2000年5月台灣“大選”，由於宋楚瑜的參選、李登輝又在背後暗施詭詐，使得不少國民黨的本土派支持者轉向民進黨所提名的陳水扁。最後的結果，陳水扁當選“中華民國”“第十任總統”。下台的李登輝，實現了他自己所希冀“任內和平轉移政權”的理想。統治台灣五十多年的國民黨經過這次大選變成了在野黨。2001年7月，李登輝出麵主導國民黨內的本土派及一些政治立場比較偏向台灣獨立的人士，成立了“台灣團結聯盟”。在卸下“總統”的職位之後，李登輝終於吐露出了埋藏在心中已久的台灣獨立主張。他公開指出，“中華民國”這個招牌在國際社會上早就不存在了，台灣應該加速正名，脫掉“中華民國”這個老舊的招牌。於是，李登輝雖然名義上已經離開政壇，但仍然被很多台灣獨立運動的參與者視為是該運動的“精神領袖”。
李登輝之所以能在台灣政壇上官運亨通，首先得益於蔣經國所推行的“本土化”用人政策；他後來能登上台灣政權之巔也是緣於蔣經國的一手提拔。1984年李登輝被蔣經國提升為“副總統”，並進入中常會，刻意培植其為接班人。1986年任“十二人革新小組”成員，後接替嚴家淦任總召集人，研擬政治革新方案。1988年1月13日，蔣經國逝世當天繼任“總統”，旋即出任國民黨代理主席，“國民黨十三大”上正式當選主席。
然而，李登輝對待蔣經國的“知遇知思”卻是恩將仇報。李登輝宣誓就任“總統”時，曾宣稱要繼承蔣經國遺誌，推行“民主憲政”，堅守“反共複國。”
決策，早日完成“以三民主義統一中國”的使命。上台後，卻立即致力於擺脫“蔣家王朝”的陰影，無情壓製蔣氏勢力，期以建立一個以自己的意誌為核心的“李氏江山”。蔣經國的弟弟蔣緯國和蔣經國的四個兒子蔣孝武、蔣孝勇、章孝嚴、章孝慈，都想在國民黨“十三大”上擠人中央委員會，還想讓蔣緯國進入“中常委”，結果這些人連個中央委員都未能撈到。而且李登輝還一改蔣經國期待和談的願望，拋出了他蓄謀已久的“台獨”主張，成了兩岸和平統一的千古罪人。
台灣兩岸政策的早期負責人
由於馬英九在黨務和行政方麵都取得很大成績，很多人反而淡忘了他長期以來在推動兩岸交流和擬訂大陸政策中所扮演的角色。在兩岸關係問題上，他反對“台獨”，主張漸進統一。1987年台灣當局開放老兵返鄉探親，他是積極推動者。“陸委會”成立後，他兼任“副主委”，成為台當局早期兩岸政策的負責人。
馬英九從政以來，大部分職務都是國民黨上層安排的，隻有1991年郝柏村組“閣”時，他主動辭去“研考會主委”而專任“陸委會副主委”。他說：
“今後5年、10年、20年，兩岸政策都是我們生存發展的關鍵。”外界為他的職務調降叫屈，但對他知之甚深的前“司法院長”施啟揚說：“馬英九參與大陸工作，純粹是出於理想和抱負，從不計較個人名分。”台灣著名政論家阮大仁盛讚他是“台灣少見的‘大陸型’政治人物，格局很大”。
執政黨宣布“解嚴”與“開放黨禁”後，就開始推動一連串的政治改革，包括解除報禁、通過“集會遊行法”、開放大陸探親、“國會”全麵改選、終止動員“戡亂時期”及“修憲”通過“總統”、“副總統”、“台灣省省長”、北高兩院“轄市”市長均改為直接民選等。
黨禁的開放，使得新政黨如雨後春筍般出現。根據內政部統計，目前向政府登記的政黨數目高達八十四個之多。不過，在這些政黨中，較具有政治影響力的隻有國民黨、民進黨和新黨。新黨是在1993年由一批不滿黨內路線和領導作風的國民黨立委脫離國民黨而成立。新黨的成立，使得台灣的政黨競爭，逐漸從國民黨和民進黨的兩黨競爭，轉變為三黨競爭的型態。
三黨競爭的態勢可在1994年的省（市）長選舉中看出。該次選舉，新黨雖隻得到百分之七點七的選票，但是，新黨的趙少康在“台北市市長”的選舉中，得票率高於國民黨的黃大洲，而民進黨的陳水扁則贏得了“台北市市長”的選舉。整體來看，國民黨在選舉中贏得了“台灣省省長”和“高雄市市長”的席位，總得票率為百分之五十二點五，而民進黨的總得票率為百分之三十九點四二；因此，從1994年的省（市）長和縣（市）議員選舉中，已可看出三黨競爭的雛形。到了1995年底的立法委員選舉，國民黨獲得了八十五席，得票率為百分之四十六點零六，民進黨得到五十四席，得票率為百分之三十三點一七，而新黨則贏得了二十一席，得票率為百分之十二點九五，使台灣的政黨競爭由一黨優勢轉變為兩黨競爭後，再進一步蛻變為三黨競爭。
此外，1996年的“總統”、“副總統”選舉，國民黨的李登輝和連戰得到百分之五十四的選票，民進黨的彭明敏和謝長廷得到百分之二十一點一三的選票，新黨支持的林洋港和郝柏村則得到百分之十四點九的選票；在同年“國民大會”代表選舉中，國民黨、民進黨、新黨的得票率分別為百分之四十九點六八、百分之二十九點八五及百分之十三點六七，更進一步確立了三黨競爭的架構。
此時台灣和大陸的關係開始解凍與快速發展。從台灣政府於1987年11月2日正式開放台灣人民赴大陸探親迄今，兩岸關係快速進展，台灣目前每年約有上百萬人次赴大陸探親、觀光旅遊，及從事學術、文化、體育等交流活動，總計至今已有上千萬人次到大陸訪問過。在經貿關係上，台灣廠商赴大陸投資的金額，累計已超過五十億美元，而根據中國方麵的統計，台商協議投資金額更高達兩百多億美元；台灣對大陸的投資約占大陸外來投資的百分之八，僅次於香港的百分之六十，而高於美國及日本。此外，兩岸互通電話累計超過一億八千多萬次；大陸人士來台從事文教活動，累計亦超過一萬三千多人次。
密切的交流和頻繁的互動推進了兩岸的談判。為了談判方便，台灣在1991年2月，成立了半官方性質的海峽交流基金會，接受政府委托處理涉及公權力而政府不便出麵處理的兩岸事務，十個月後，大陸方麵成立了海峽兩岸關係協會。這兩個單位於1993年4月在新加坡舉行首次的曆史性“汪辜會談”，並且簽署了四項協議，此後，雙方又舉行了八次的事務性商談，持續探討解決兩岸交流所衍生的問題。
此時，馬英九領導著“陸委會”，所有關於兩岸問題的公開發言，都是他的任務。因此，當時馬英九便是台灣兩岸關係的代表形象。
但在此時，馬英九和李登輝之間，已經出現了小小的矛盾，這種矛盾主要體現在由馬英九主持的幾項“立法”草案上麵。其中最主要的便是《戡亂時期人民團體法》《戡亂時期公職人員選舉罷免法》《第一屆資深中央民意代表自願退職條例》。這三大法律文案，均是蔣經國時代便開始的，由馬英九主持完成，總設計師當然是蔣經國，大部分條文，早已經獲得通過。可李登輝上台後，立即要求對這些條文進行大幅度的修改。一朝天子一朝臣，一個道士一個法，這一點，馬英九也能理解。可李登輝畢竟學農業出身，不懂法，卻又要專權，修改條文時，一定要按他的意誌行事。
馬英九不僅在家中很孝順父母，這種脾氣和性格也帶到了官場，對長官很尊重，李登輝要改，他也就一遍又一遍地改，直改到李登輝滿意為止。
但他並非沒有原則，有些地方，涉及法理和重大原則問題，他就會向李登輝耐心解釋。李登輝對農業生產很在行，對法律卻似懂非懂，又極其固執專橫，他的需要就是法理。遇到這種時候，馬英九便為難了，隻好一次又一次向李登輝陳情。這樣的事情一多，李登輝開始對馬英九不滿，覺得馬英九固執，高傲，不聽話，瞧不起自己，便有了要冷藏他的意思。
恰在此時，大選結束，李登輝獲勝。獲勝後的李登輝，第～要務是搬走李煥這個絆腳石。
擁李登輝接班時，李煥是李登輝“主流派”的核心人物。但李登輝從來就是個翻臉無情的人，別說是李煥，就是蔣經國的後人他都絲毫不感恩，誰擋了他的路，或者將影響他的前程，他就要搬走誰。李登輝掌權後，他怕李煥權利大了會造成尾大不掉，便暗中用俞國華來製約李煥，引起李煥的不滿。李煥一方麵發動倒俞運動，其後又幹脆站到了“非主流派”立場，支持蔣緯國、林洋港。台灣的政體，是“府院”兩頭重，執掌“總統府”和執掌“行政院”，要看誰的勢力大，不是東風壓倒西風，就是西風壓倒東風。李登輝要控製權力，自然不能容忍李煥在身邊。所以，他便提拔連戰擠走李煥。
最初，李登輝以為這一策略可以達成目的，因為連戰和李登輝以及李煥的關係都不錯，可算是李煥的學生，他的形象不錯，因為連震東的關係，在政界的人脈又很深，還可以贏得提拔新生代的好名聲。可是，這一想法透露出去後，立即遭到了反對。最大的反對力量，就是李煥，因為他還想繼續連任。而與李煥相關的一些“非主流派”也都反對這一方案。李登輝意識到不妙，便苦思對策，結果想到了一個重要人物郝柏村。
郝柏村是蔣介石的侍從武官，任台灣“國防部長”，陸軍一級上將。郝柏村在軍界的關係，李登輝深以為忌。現在，讓他來當“行政院長”，立即可以將“非主流派”分化瓦解，李煥即使想反對也沒用，又可以徹底奪走郝柏村的兵權，也封殺了一個時期以來，在政壇風頭正旺的林洋港，真可謂是一石三鳥，用心歹毒。
趁郝柏村組閣之機，李登輝又連帶給了馬英九一個下馬威，將馬英九的“研究發展考核委員會”主任委員一職給免了，調他擔任“陸委會”副主委。這是降級使用，從“正部級”降到“副部級”，李登輝擔心會給人造成把柄，便又在前麵加了一個“特任”的帽子，給人的感覺，馬英九成了欽差大臣，官高一級了。實際上，貶了就是貶了，加什麽帽子都一樣。但馬英九這個人性格好，心裏雖然不快，卻也無力和李登輝抗衡，因為他那種“不粘鍋”的性格，使他在政壇內並無特別的好到可以“結黨營私”的夥伴，勢單力薄，所以隻好眼睜睜的看著李登輝作弄自己，老老實實的幹著自己的本職工作。
1992年，兩岸代表（大陸的“海協會”及台灣的“海基會”）首次進行會談，並發表了“九二共識”的宣言。宣言的中心思想就是“一個中國，各自表述”，意思是指兩岸都堅持世上隻有一個中國，但對於這種中國的定義，則兩岸采用各自的表述方式：大陸方麵的解釋是：“一個中國”就是解放後的“中華人民共和國”，台澎金馬是前國民政府控製的地方，但仍然是中國的領土；台灣方麵的解釋是：“中國”就是“中華民國”，地域除了被中共占領的中國大陸地區和國民政府所在的台澎金馬以外，還包括己宣告獨立的外蒙古，以及被俄國占領的唐努烏梁海地區。但不管是大陸還是台灣，都承認世界上隻有一個中國，中國大陸和台灣都是中國不可分割的領土，這就是“九二共識”。
由於雙方的努力，達成了“九二共識”，即“一個中國，各自表述”。達成這個共識之後，台灣方麵，便在“各自表述”上鑽字眼。這個功夫，恰恰是法律層麵上的，馬英九是國際法方麵的專家，又是“陸委會”的特任副主委，“表述”工作，是他的分內工作，也是他的專長所在。馬英九在“各自表述”上花的工夫，為台灣當局爭足了麵子。
雖然不久之後，無論是李登輝，還是陳水扁，都將“九二共識”給否定了，但不得不承認，這一共識之中的台灣表述部分，馬英九立下了大功。直到今天為止，馬英九的兩岸觀點，仍然堅持“九二共識”的台灣表述部分。這個表述，毫無疑問是站在台灣立場上的，所以，馬英九當選國民黨主席之後，有輿論說，馬英九離“台獨”立場越來越近，指的就是他讚成的是“一國兩府”。“一國兩府”雖然和“一國兩製”有本質的區別，不可相提並論，但和“台獨”卻是完全不同的，因為它始終承認是“一國”。隻要承認是“一國”，其他事，按照中共的觀點，不論是“兩府”還是“兩製”，“都可以坐下來談”。如果不承認是“一國”，那就沒了任何共同點了，也就沒有必要“坐下來談”了。
這一時期，馬英九除了幹這些職責之內的工作之外，還幹了大量職責之外的工作。最主要的是主持“修憲”工作。這項工作，在蔣經國時代便已經有了動議，然後由李登輝提出來的。此前“中央民代新陳代謝案”，可以說是為這次“修憲”做準備，而此次“修憲”的重要條款之一，便是“總統”選舉辦法。
馬英九在主持“修憲”文案時，采用的是蔣經國所定的調子，即“委任直選”。所謂委任直選，是指由民眾選出“國民大會”代表，再由這些代表根據所代表民眾的意願，投票選舉“總統”。這種選舉方法，好處是“國代”均由各個地區選出，為當地選民所熟悉或者喜愛，代表著相當的民意。此外，“國代”選舉和“總統”選舉一次完成，縮小了選舉規模，是一種非常節約的選舉。當然，肯定也存在弊端，比如“國代”很可能受某些因素左右，隻代表個人而不代表民意。又比如，美國選舉中所存在的問題，獲勝者勝了選舉人票，卻並不一定勝了民意。
這一方案，李登輝最初也是同意的，因此便成為定案。但是，李登輝表麵一套，背後一套。他在暗中發起了這次論爭。至於李登輝的個人目的，也十分清楚。自他掌權以來，一直都為一件事感到異常頭疼，那就是“府院”分權。“行政院長”雖然由“總統”提名，“立法院”通過，表麵上看，“行政院”是在“總統”領導之下。可實際上，在許多方麵，“行政院”的職權非常之大，像李登輝這種“總統”遠不如蔣經國等能夠絕對控製權力的情況下，“行政院。”
便容易形成和“總統”對立的局麵。如果“公民直選”，“總統”的職權，在名義上便要大得多，“府院”分權甚至是對立的情況，便不容易出現。此外，李登輝掌權以來，一直存在著爭議，他如果能夠“民選”當上第一屆“民選總統”，這種爭議，便自然消失了。
為此，李登輝首先開始在民間搞小動作，一方麵煽動一些人出來高叫要搞“公民直選”，另一方麵又暗中操縱輿論。如此一來，所有人措手不及，尤其是馬英九他們這些負責起草有關文案的人，離三中全會召開隻有幾天時間，需要拿出一個新的選舉方案出來，簡直是在開法律的玩笑。
為此，馬英九和李登輝便產生了巨大的矛盾，馬英九由此看出李登輝這個人極其陰險，為了自己個人的利益，可以置全體民眾的利益而不顧，可以置法律的嚴肅性而不顧，任意枉為。
最終，李登輝利用那些懷有樸素民主意識的民眾獲得了這次大爭論的勝利，極其匆忙地弄出了一個“公民直選”方案。這個方案因為沒有充分的醞釀以及多次的討論修改，存在的弊端是顯而易見的，在後來的實際選舉中，這些弊端一一顯現。由於這一事件，馬英九徹底看透了李登輝，兩人間的矛盾，愈來愈深。而李登輝也覺得馬英九已經不是自己的支持者，便開始在各方麵打壓他。
馬英九掃黑與李登輝的排擠
1993年2月至1996年5月，馬英九擔任台灣“法務部”部長。以前的“法務部”，基本沒什麽具體執法行動，相應的執法行為，均由相應的職能部門完成。從某種意義上說，“法務部長”是個閑職，曆任“法務部長”做的都是太平官。但馬英九做“法務部長”卻沒閑著。馬英九在“法務部”部長任上的政績，大概從陳水扁一則攻擊馬英九的話中可以看出點門道：“馬英九最自豪的就是查賄選。但是我們發現，馬部長任內，共起訴被告7530人，結果被判刑有罪確定的不到一成！其中，省市議長、副議長被起訴了38位，如果依馬英九把起訴人數當成政績的邏輯，結果是沒有一個被判有罪；而第三屆‘立委’選舉，馬部長共起訴了5098人，判決確立的竟然不過59人！這又叫什麽人權正義？馬部長亂查賄選，堪稱史無前例！！”正確解讀一下這番話，我們發現一個事實，馬英九3年任內，僅查賄選，一項，便起訴了7530人。而這些人中，涉及“第三屆立委”選舉的，便多達5098人。台灣多大個地方？不過2300多萬人口而已，比陝西省的人口還少，僅賄選，便涉及如此之多的人。這個數字表明，三年內，每2700人中，便有一人涉及賄選，而2700人中，大約有一半的人沒有選舉權或者是不會參加投票。數字何其觸目驚心。從而也可以看出，馬英九查賄選，決心和力度有多大。
據1994年7月18日台灣《自由時報》報道，在1994年基層村裏長及鄉鎮市民代表選舉中，據保守估計，有黑道背景的當選者至少有150人，而各縣市情況有所不同，台中縣各鄉鎮市民代及村裏長的選舉中，有20多位黑道人士參選並當選，當選率達100%。彰化縣鄉鎮市民代選舉中，有50人當選。嘉義縣鄉鎮市民代選舉中，黑道兄弟多以高票當選。高雄縣鄉鎮市與村裏長選舉，與黑道關係密切的當選者有40多位。台灣不少鄉鎮市民代，實際成為黑道勢力的地盤，黑道治鄉的名稱，也由此產生。
台灣不僅地方民意機構日益黑化，就連“中央級”民意機構——“立法院”和“國民代表大會”這種最權威的地方，也成為黑道角逐的目標。“黑道老大雖不如地方民意機構那樣多，但也有數位，而且，都是位高權重，實力非一般人可比。”據台灣媒體報道，全麵直選後的各屆“立法院”，一般均有10位左右的黑道“立法委員”，其中更有幾位黑道“立法委員”連選連任。盡管有不少“立法委員”本身不是黑道出身，但與黑道關係密切。黑道大佬辦紅白喜事，往往會有許多“立法委員”公開現身，並且毫不遮掩自己同黑道的關係。
為什麽會出現這種情況？看一看李登輝以及他寵信的幾位政壇大佬的說法，便可知一二。
李登輝曾說：“黑道勢力中外都有，不獨台灣才有，社會自由化了，各種力量都可以出來。”按他的說法，黑道的出現，是社會自由化的表征，黑道越猖獗，越表明這個社會自由化程度越高，越民主。而李登輝的信徒則說得更為清楚明白：“當政者應容忍某種程度的金權黑權存在……金權黑權是巨大的社會力，對政權的取得與維持有幫助。”
此人還振振有詞地說，“站在民主政治立場，黑社會分子為中華民國國民，享有憲法所賦予的一切基本人權，包括選舉與被選舉權，及參加政黨從事政治活動之權利。既是如此，黑社會分子隻要沒有被法律製裁剝奪公權，而同時又擁有足夠的民眾基礎，則其被提名或被選為各級民意代表，乃是民主政治之當然現象。”另一位李登輝的要員則說：“黑道也是選民，為什麽不能有民意代表？”“黑道都是愛國的，沒有黑道就沒有中華民國。”
馬英九不會持有這樣的觀點，在他看來，黑道就是犯罪，如果明知這些人是黑幫分子，並且仍然在從事一係列犯罪活動，卻不能懲治他們，甚至讓他們以非法手段進入各級民意機構，那不僅是對法治的踐踏，而且是對人民的犯罪。
剛剛當上“法務部長”時，他看到台灣刑事警察局呈報上來的一份資料，台灣各縣市1994年新當選的議員中，有幫派、管訓記錄及刑事前科者共300人，超過總數的三分之一，在台灣21個縣市議會中，這次當選的大部分議會正、副議長有種種不同的犯罪記錄和前科，甚至有犯有殺人罪的前罪犯。這份資料令馬英九觸目驚心，他當即決定開展以賄選為目標的掃黑行動。
他決定采取這項行動的時候，“法務部”的一些公職人員以不同的方式勸他不要太冒尖，這件事肯定吃力不討好。這類案件因為背景極為複雜，又是有組織犯罪，查起來非常之難，取證的可能更是微乎其微。將涉案者逼急了，萬一不能過關，他們也往往是出錢拉上一兩個替罪羊了事。結果很可能是打虎不成，自己反被咬上一口。馬英九要辦這件事，首先便有可能得罪這些情治部門。此外，所有的黑道勢力，都有特殊的背景，他們甚至在高層都說得上話，一旦把他們逼急了，自己的烏紗帽便有可能不保。正因為如此，曆任“法務部長”都隻是當太平官，對於諸多涉及黑道的各類案件，全都睜一隻眼閉一隻眼。
馬英九偏偏不信邪，迅速開始了聲勢浩大的掃黑行動。他的掃黑行動，主要集中在三大方麵，一是肅貪，這是針對官員的；二是查賄，同樣針對的是官員；三是掃黑和反毒，這是為了還台灣一個純淨的天空，挽救更多的青少年。更為關鍵一點，他要做出一種姿態，對黑道勢力起到一種威懾作用，從而打開掃黑的局麵。
他這邊行動一開始，將他的家人嚇壞了。家人朋友紛紛勸他，這事別那麽張揚，那些黑道人物是不好惹的。黑道也放出風聲，叫他別趕盡殺絕，否則先考慮一下自己的歸宿。麵對重重壓力的時候，是他的父親站出來支持了他。他的父親對媒體公開說：“文天祥和鄭成功隻活了39歲，英九已經比他們多活了5年了。諸葛亮死時54歲，英九也隻差10歲。”
任職三年間，馬英九雷厲風行，肅貪、查賄、掃黑、反毒，共起訴7500多人，其中有將近400人具有“民意代表”身份。因查賄得罪了太多權貴，三年後，他被調任位高權虛的“政務委員”。
1996年，李登輝終於如願以償，當選為第一任“民選總統”，此時，他第一個要對付的人，不再是那些國民黨的元老級人物，而是那些令他極為不放心的中生代。連戰、宋楚瑜、馬英九這些嶄露頭角的人物一個個上了他的黑名單，成為他要對付的第一批。
首先是連戰，他從政深得其父真傳。據說，他的父親連震東曾向他麵授機宜，告訴他，當官就像騎自行車，要不斷地點頭，又不斷地用力蹬。所以，連戰當官，稟承的恰恰是這兩個要點。但是，並不等於說他就因此隻是言聽計從，他當過“外交部長”，又當過一任“台灣省主席”，現在讓他當“行政院長”，卻又不讓他組閣，他自然不樂意，對於李登輝交給他的那一長串名單，他並沒有照單全收。例如和李登輝關係極為密切的原“台北市長”黃大洲，競選連任時輸給了陳水扁，便有意要去“行政院”弄一個“部長”當當。李登輝也默許這件事，連戰卻說：“黃大洲和我是親戚，現在用他不大好。”擋了駕。同時，他又在“行政院”內安插了幾個自己的人。對此，李登輝心中，已經對他產生了不滿。
再就是宋楚瑜，李登輝替他安排了一個好職位，讓他去當“國防部長”，可是，宋楚瑜誌不在此，他知道，一旦涉足軍隊，想出來不那麽容易，而以後自己想在政界更上一層樓的時候，又會有軍人不能幹政的麻煩。他已經看中了“台灣省主席”這個位置。這件事，讓李登輝對宋楚瑜的忠誠起了疑心。
宋楚瑜雖然善於嘴巴衝鋒陷陣，同時，也是個實幹家，而且能力在所有中生代中，絕對屬於第一。他當上“台灣省主席”之後，便一頭紮進了基層，全省309個鄉鎮，他一個不漏地走了一遍，有些鄉鎮，他甚至去過好幾遍。一年多時間，他竟然幹了這樣一件事，馬不停蹄地在鄉下奔走，差不多每天就是一個鄉鎮。他一再宣稱，“省主席”的辦公室是在台灣省的每個角落。為了這次大巡回，他訂了一輛9入座位的福特旅行車，車上備有書報袋、傳真機和電話，他在車內就可以隨時與台灣當局、省府及地方人士聯絡。因為宋楚瑜在車上辦公，全省範圍內，任何一地出現緊急情況，他總是能夠第一時間親臨現場指揮，一時間，到處可以見到宋楚瑜的身影，媒體每天都是他的消息，出鏡率遠遠超過了當“總統”的李登輝。
宋楚瑜的影響力迅速擴大，直逼“總統”的李登輝。1994年12月首屆“台灣省長”選舉，他以473萬票當選。這個得票數，令李登輝大吃一驚，他突然想到，如果宋楚瑜競選“總統”並且同樣得到這麽多票，那麽，他的好日子便到頭了。此時，他才真正意識到宋楚瑜想去當“台灣省主席”的真實意圖所在。他被這件事嚇了一大跳，開始考慮怎樣製裁宋楚瑜了。
對付宋楚瑜，並不是太容易，畢竟，宋楚瑜是通過民選的“省長”，任期還沒有到，不能輕易調任。結果，他想出一個絕妙的主意：“凍省”。台灣政權管轄僅僅一個省，還需要設立省一級政權嗎？這明明就是機構重迭，對於這一問題，實際上，早幾年就已經提出來了，隻是由於種種原因，一直不曾提上議事日程，現在，他要扳倒宋楚瑜，這是最好的借口。
還是像從前一樣，李登輝暗中指示手下人，先讓媒體大造一番輿論，然後他又假惺惺地拿到“立法院”討論。結果自然是很快通過了。於是，他立即宣布停止“省政府”以及“議會”等相應機構的運作。宋楚瑜這個當初捧李登輝上台的“英雄”，就這麽輕而易舉被幹掉了。
對付馬英九就更容易了。馬英九掃黑，觸動了很多人的利益，各種壓力隨即而來。對於馬英九掃黑，李登輝是最惱火的人之一，他讓馬英九去當“法務部長”，原本是想讓他去當“不管部長”的，沒料到他生出如此之多的事來，那些有實力的黑道人士，人人自危，自然要向李登輝施加壓力。李登輝是台灣黑金政治的總頭子，他下麵，徒子徒孫不知有多少，這些人利益一旦受到威脅，自然會找李登輝。何況，他早已不喜歡馬英九了，現在見馬英九成了整個“行政院”最受民眾歡迎的一個官員，成了一個政治明星，他深感不安。1995年年底，為了打擊馬英九，李登輝開始行動。李登輝要除掉某個人，最慣常的做法，就是釜底抽薪，讓你當光杆司令，沒有任何實權。李登輝越過馬英九召集“高層治安會議”，這個會議開完之後，馬英九才知道消息。在這次會議上，李登輝開始重用他自己的親信廖正豪進入“法務部”分掌權力。
李登輝希望的結果是馬英九像郝柏村一樣，自動提出辭職。可馬英九性子好，他明知道李登輝已經對自己極度不滿，將自己的權奪走了，但既不吵，也不辭職，隻要有機會就施展自己的權力和本事，讓李登輝一時間也拿他無可奈何。李登輝沒辦法了，便一邊抱怨他是窩囊廢，一邊考慮怎樣搬走他。
時機終於讓李登輝等來了。1996年，治安形勢開始迅速惡化。新年鍾聲剛剛敲響兩小時，一聲槍響，屏東縣“議員”林明順差點命喪黃泉。接下來的一個月時間裏，又發生了幾起大案，民進黨籍的“立法委員”蕭瑞征在自家大樓遭人開槍打死，國民黨籍“立法委員”陳湧源在競選連任時被人開槍打成重傷，高雄“地檢署檢察官”張金塗遭槍擊成重傷。這些大案，無一不與黑道有關，例如蕭瑞征曾是“十信案”的風雲人物，他將多位大員拉下馬，自然有人會仇恨他。而張金塗則是馬英九掃黑行動的鋒頭人物。
兩個月後，民進黨籍“立法委員”彭紹瑾又在家門口被人砍成重傷。島內普遍認為，彭紹瑾是因為積極介入反黑金政治而遭報複。因為彭不僅自己介入以及支持馬英九行動，而且，多次在“立法會”為馬英九張目，公開支持馬英九掃黑。這一連串案件的發生，馬英九受到了朝野的責難。但實際上，此時的馬英九，對於“法務部”已經失去了控製權。李登輝需要的正是這種效果，他當即以社會治安惡化為由，於1996年6月調馬英九任無職無權的“政務委員”，由廖正豪接任“法務部長”。廖正豪上任後，治安情況持續惡化。
有人懷疑1996年社會治安惡化是有“高人”在背後指點，此說隻是一種懷疑，如果這種懷疑屬實，不知是否與李登輝有關。現實是一連串的治安案件，使得連戰“內閣”飽受非議，人們並不說這一切都是因為國民黨腐敗的結果或者是李登輝執行黑金政治的必然結局，而是歸罪於連戰，說是他領導無方，要求“內閣”集體辭職。恰在此時，發生了白曉燕案。
台灣著名電視節目主持人白冰冰的女兒白曉燕，上學途中遭人綁架勒索，白冰冰雖然準備了贖金，但最終還是遭撕票。此案引起台灣社會極大的轟動，各大媒體，每天都有大量篇幅報道此案的消息。此案發生後，民間對於“政府”的不滿達到前所未有的程度，民眾紛紛表示，現在“政府”連一個幾歲的孩子都保護不了，這樣的政府能相信嗎？
對於這起案件，馬英九內心深處的傷痛，似乎不比白冰冰弱，也不弱於社會上其它任何人，他甚至覺得，白曉燕之死，自己負有不可推卸的責任。
當初，他擔任“法務部長”原是想在社會治安方麵有一番作為，他也確實在朝著這個方向努力。他甚至公開表態，除非自己被黑社會的子彈打倒，否則，他掃黑的決心不變。可他沒有想到的是，自己沒有被黑社會的槍子打倒，倒是被自己陣營內部的權力鬥爭打倒了。這件事，讓他對當時的李登輝政府徹底失望。在他看來，如果仍然留在“法務部長”任上，如果掃黑行動沒有“政府”方麵的阻力，一直持續到現在，白曉燕案，很可能便不會發生。他覺得，白曉燕並不是黑道分子殺的，而是被這個無道的“政府”殺的。
因為對李登輝執政的極度失望，雖然白曉燕案與馬英九已經沒有絲毫關係，他還是毅然寫了辭職信，是“行政院”中第一個為此提出辭職的官員。
他在辭職信中說：“‘國內’接續發生重大事件，社會為之震驚，民怨為之沸騰，英九忝為內閣之一員，對此發展深感痛心、無力，為表負責，乃決定辭去現職。”這句話，真實體現了馬英九當時的心情，他是因為感到無力，然後痛心，所以才決定以辭職的方式表達自己的不滿，他才會覺得“改革阻力重重，人民積怨日深……若幹情勢之演變，令人困惑，基層已有‘為何而戰’的質疑”。
他的辭職，迅速成為一件大事，許多記者競相采訪他。有一位記者對他說：“最近民眾對政府的不滿和你並沒有什麽關係，為什麽做出這麽大的決定？”馬英九回答說：“有沒有關係，我覺得是個人的感受問題。”
其實，也並非完全沒有關係。這一事件發生後，便有人提出要清算馬英九，原因是他在“法務部長”任內，放寬了假釋尺度，使得很多罪犯因假釋而出獄，此次參與綁架白曉燕的罪犯，便有假釋出獄然後又作案的。因為要打擊馬英九，各方麵便拿此說事，他們不談馬英九打擊黑勢力所取得的成就，也不談他所頂住的巨大壓力，所冒的生命危險，隻是盯住了這一點，認為馬英九要對白曉燕案負責，要對最近社會治安惡化負責。
但是，民眾對馬英九卻是認同的，得知馬英九辭職的消息後，很多人都覺得這是台灣“政府”的一大損失。民進黨“立委”葉菊蘭公開在“立法院”向馬英九表示：“從政多年來，我從未公開讚美一個國民黨黨員，但今天是例外，我要公開讚美你。”
對於馬英九來說，這確實是最高評價，因為這個評價，不是來自他的盟友，不是來自喜愛他的民眾，而是來自他的政敵。
馬英九的奇聞軼事
馬英九不僅工作起來兢兢業業，鐵骨錚錚，剛正不阿，熱心公益事業，也是島內最具公益形象的政治人物。作為明星“市長”，馬英九給別人頒獎的機會是非常之多的，當然，也有別人給他頒獎的機會，在他所受過的所有獎項中，有一項獎極其特別，即2004年他接受“中華捐血運動協會”所頒發的特別獎。他之所以能夠獲得這個獎項，是因為34年來，他總共捐血達146次，平均每年捐血達4次以上。
在這次頒獎儀式上，馬英九照例發表了一番演講，他說，捐血不分黨派，這些年來，島內引起了不少的紛爭，他建議大家用捐血來化解這些紛爭，還台灣一個安寧幸福的社會。同時，他也開玩笑說，血牛已經成為曆史，他是“血馬”一條。在台灣，捐血的紀錄，並非由馬英九來保持，而是一個名叫張國森的人，他在27年時間裏，捐血805次。
馬英九說，勇於卷起袖子輸送愛心的情操最能顯現“骨肉同胞，血脈相連”的含義，也最讓人感動。馬英九還稱，由於六十歲就不能再捐血，所以他要趕在有生之年“拚業績”；他的器官捐贈卡“不知簽了多少張”，死後的“臭皮囊”早就捐給“慈濟”公德會，他幽默地笑著說，“全身沒有一處是我的。都被預約光了”。
馬英九個人生活很簡樸，他說花多了錢會有罪惡感。馬英九每天工作17個小時，不抽煙、不上酒家、不跳舞、不賭博，理財法就是把薪水交給老婆。不過他有一個“馬英九指定用途信托專戶”，擔任“國大代表”時的薪水全數捐出，目前有將近300萬元，每年固定捐出15萬到20萬元，作為公益用途。
穿在他身上的其它配件大多是“古董”：內衣要穿到破了才換新、手表是結婚時嶽父送的禮物、熱愛的藍襯衫是大姐馬以南在三十幾年前送他的、球鞋仍是當“法務部長”時那雙（鞋底已用飛機胎補了好幾次，補一次台幣50元，可以沿用一二年）、隨手慣用的派克筆現在派克公司已經不出了……他十幾年前的西裝還會送去改改再穿，在第一次選市長的時候，他終於用斷了大三時候的皮帶。他隻有領帶的顏色挺注重，因為常須參加婚喪喜慶，必須合乎禮儀。還有襪子絕不能破洞或補過，因為會不舒適。這樣一個聲名顯赫的政治人物，其節儉程度令人難以置信。
馬英九在生活上的自律節儉幾乎到了清心寡欲的程度。他恨不得把所有時間都放在工作上，幾乎沒有私人生活。除了從事政治活動。閱讀法律、曆史、文化、國際關係方麵的書籍，他從不去做一些和工作無關的娛樂活動。這或許和馬英九小時候嚴格的家教有關。父親教育他不要有任何玩物喪誌的不良嗜好，隻鼓勵他打球或跑步健身。結果跑步成了馬英九工作之餘唯一的運動。
馬英九在任“台北市長”期間，一天兩頓隻吃盒飯，即使要出席應酬，也是吃過盒飯才去。在宴會上，他幾乎不吃東西。他做市長頭3年吃了2000個盒飯，並且每次吃個粒米不剩。但是很奇怪，從來沒有人認為馬英九寒酸，也不覺得他失了什麽品味。
馬英九愛吃香蕉，午餐總要吃一根香蕉。工作忙來不及吃時，他會把香蕉放在辦公桌上等忙完了再吃。有一次，馬英九太忙了，香蕉擺到變黑，秘書整理時就把它丟掉了。不料馬英九回到辦公室，想起那根變黑的香蕉，怎麽也找不到，忍不住問秘書。秘書隻好尷尬地說，她看香蕉變黑了，就“處理”掉了。馬英九雖沒有責怪秘書，卻慎重地告訴她，香蕉變黑了也可以吃，表麵上黑了其實裏麵還是白的。秘書隻好告訴馬英九，香蕉已被她吃掉了，馬英九這才笑了起來。
馬英九身高1.78米，體重75到78千克的骨架，類似西方人的“寬肩厚胸”，幫馬英九製作西裝的永泰西服老板林丕齡，盛讚馬英九的身材。老婆不喜歡他穿淺色衣服，因為看起來比較胖，但他有時會嚐試較鮮豔的襯衫，被金溥聰戲稱是“香港人風格”。
馬英九的右前額總有一綹頭發很容易掉下來，因此必須抹上發膠才能服服貼貼。他經常必須麵對鏡頭，因此在家會照鏡子模擬，找出自己端正的表情，以免像別人那樣眼歪嘴斜或怪動作一堆。他也錄自己的音，努力自我練習說話，務求口齒清晰不急不徐，讓情緒平穩到不影響說話內容。
馬英九有時候讓人看來很拘謹，甚至不近人情。他有一位大學時代的好朋友，很早便進入台灣政壇，同樣非常有才華，隻是官運不佳。馬英九雖然比他後跨人政界，卻後來居上，33歲便當上了國民黨中央黨部副秘書長。
朋友想，大家是這麽好的朋友，讓他提攜一下，應該沒什麽問題。台灣政壇就這個風氣，誰不拍誰不送？他買了些東西去拜訪馬英九，結果，禮物被馬英九退了不說，提攜的話，也被馬英九堵回去了。事後，他心裏很氣，暗想，真沒想到，你是這麽個不近人情的，早知就不來求你了。
事過多年，他對馬英九不沾鍋的性格有所了解，也將這事忘了，仍然和馬英九保持著友誼。馬英九當上台北“市長”前後，他在政界混得不如意，便急流勇退，棄政從商，自己去辦雜誌去了。
不久後，兩人在一次活動上相遇，馬英九問起他的近況，他如實以告。
馬英九立即說：“好，我要訂你的雜誌，一年多少錢？”他心想，都這麽好的感情，哪裏需要你訂？立即說：“你不用訂了，我每期給你寄。”
圈內的規矩，如此熟人，又是名人，贈閱雜誌，是平常事一件。他也確實打算以後按期給馬英九贈雜誌，這應該不算是行賄吧。豈料沒過幾天，收到一張匯款單，是馬英九寄來的1000元新台幣，訂雜誌的。他給馬英九打電話。馬英九說，既然是朋友，我自然應該幫你。當時，這位朋友的感覺是，馬英九的思維，和別人是完全不同的，他做事有自己的原則，哪怕是在一些看上去極小的小事上。
馬英九還有一位朋友，是花蓮縣的“縣長”，兩人的私交不是一般的深厚，彼此來往，禮尚往來是難免的。馬英九祖籍湖南，家裏一大幫湖南人，因此愛吃辣椒。花蓮縣出產一種辣椒醬，在台灣非常有名。這個朋友每次來台北，不帶別的禮物，隻給馬英九帶辣椒醬。但對於收禮，馬英九的原則極強，朋友帶來的如果是2瓶，他也就算了。隻要超過3瓶，他一定要在市政府的收禮記錄簿上登記。
設立市府工作人員收禮登記製度，是馬英九當上台北“市長”後的一項政績。這個簿中，馬英九的記錄自然是最多的，在他的名錄下，多的到數千元的禮物，少的隻要價值超過百元新台幣，他一定要登記。這個登記簿，使得馬英九的仕途如水透明。
馬英九當官，不全都是風光的時候，也有頗為尷尬的時候，甚至被汙辱的時候。一次他去龍山寺拜票，一行人剛剛走進去，突然，牆角邊有人大聲用台語喊他“馬英狗”，
早1984年，蔣經國對班子進行了一次大調整，推出了台灣兩個引人注目的人物，那就是李登輝和馬英九——後來李登輝成了接班人，擔任了“副總統”；而馬英九則平步青雲，擔任國民黨中央黨部副秘書長。但讓蔣經國始料未及的是，在他去世後，順理成章當上了“總統”的李登輝不僅恩將仇報，而且把馬英九視為眼中釘、肉中刺，必欲除之而後快，二人關係有如水火。
李登輝英文名Lee，Teng-hui，日本名字為“岩裏政男”，1923年1月15日，在台灣北部台北州淡水郡三芝莊（今台北縣淡水鎮三芝鄉）埔坪的“源興居”出生，出生的時候台灣還是日本的殖民地。他的父親叫李金龍，母親叫江錦。李登輝是次男，上有年長他兩歲的哥哥李登欽，據說在日治時期被調至菲律賓，並在當地戰死；此外，他還有一個弟弟叫李炳男，從事貿易工作。
李登輝的父親李金龍畢業於警察學校，先是擔任警察的職務，後來則轉到“三芝農業組合”工作，在戰後還當選過縣議員。童年的李登輝，最大的幸福是生長在一個小康之家，讓他有機會接受完整的教育。他曾告訴他的獨子李憲文：“我童年的夢想就是集郵，一張張來自外國的郵票，能讓自己無限的想象奔馳於各國國度。但對鄉下小孩來說，這是個無法實現的夢想”。因為李金龍任職警察，職務調動頻繁，因此李登輝也跟著父親不斷地搬家和轉學。從六歲到十二歲之間，他念過四所學校，先後在汐止公學校、南港公學校、三芝公學校、以及淡水公學校就讀過。在童年時期，轉校的頻仍使他交不到朋友。往往好不容易有了朋友，又因為父親再次調動，而中斷交往。正值多愁善感年齡的他，也因而變得有些內向，並產生強烈的自我意識。他所喜愛的是對自我內在世界的探索。閑暇時，總是一個人靜靜地看書，或望著窗外的雨景，獨自素描。一直到今天，油畫、水彩畫，都還是他最大的興趣。
李登輝於淡水公學校畢業以後，曾去投考台北二中（現在的成功中學），卻沒有考上，於是先在私立台北國民中學（今大同國中）就讀一年，然後在1938年轉學至淡水中學二年級就讀。李登輝在淡水中學是最優秀的學生，幾乎各科成績都是排名第一。他的努力終於得來回報，隻念四年中學就在1941年考上台北高等學校。這對淡水中學來講，是空前絕後的榮譽。就在李登輝考上台北高等學校的前一年，日本殖民當局所推行的“皇民化運動”，開始正式推展所謂的“改姓名運動”。父親曾經當過日本警察的李登輝，也在該運動中更改姓名為“岩裏政男”。
當時就讀舊製高等學校的學生，被視為理所當然在畢業後要進入帝國大學讀書，成為明日菁英的準人才，因此，高校學生得以不問世事，享受教養生活與自由校風。李登輝自身回憶“舊製高校時代的生活實在是非常愉快。”
1943年9月，李登輝畢業於台北高等學校，同年10月，他進入日本京都帝國大學農學部農業經濟係就讀。1944年1月，在日本京都帝大入伍，服役期間投考日本“千葉高射炮學校”，8月19日晉升陸軍少尉，並在高雄退伍。在日本待了三年之後，他於1946年返回台灣，轉學進入台灣大學農業經濟係就讀，並於1949年畢業。1947年的二·二八事件發生的時候，他是台大二年級的學生。為什麽李登輝會選擇農業經濟係就讀呢？根據他自己的說法，一方麵，他在小時候看到佃農們的辛苦，想為他們打抱不平。另一方麵，他則是在思想上受到高等學校曆史老師鹽見熏的影響，讀馬克思主義的曆史觀，談中國的曆史，使他深受影響。為了想把農業與馬克思經濟學相結合，於是選擇農業經濟作為他人生的研究目標。
當時，正是戰爭打得正火熱的時侯，校內幾乎沒留下什麽日本學生，文科係的學生，也都幾乎全被征去當兵。這個時期的李登輝，一方麵為日益短缺的食物問題發愁，一邊隻能自己學習“農業簿記”，或研讀河上肇或馬克思等社會主義相關書籍。李登輝自己曾這樣說：“大學時期，我遍讀馬克思及恩格斯的著作，對馬克思的主要著作《資本論》也曾深加鑽研，反複讀過好幾遍。”隨著戰局的吃緊，文科學生也被納入學徒出征。1944年，李登輝在短暫的回台受訓後，再度編回日本千葉高射炮部隊做見習士官，但未及奔赴戰場，就在千葉迎接了日本的敗戰。
戰爭結束後，到底要重返京都帝大繼續未完成的學業，還是返回台灣？
這個問題使李登輝苦惱不已。最後，他決定返回故鄉台灣。他在1946年春天返回台灣，進入原台北帝國大學所改製的台灣大學就讀。當時台灣的大學生，在戰後的一片混亂當中，每天為生活所逼而無心上課，本來對來接收的中國政府寄以無限期待，但一旦接觸到大陸出身的官僚後，立刻由希望轉為失望，終於對祖國感到幻滅，而極度悲哀。對身為台灣知識份子卻深受日本教育影響的李登輝而言，這種悲哀更為深刻。回到台灣不久，經由身兼中國共產黨“台北市工作委員會”書記吳克泰的邀請，李登輝加入了中共在台灣的地下黨，並且在1946年9月被批準入黨。吳克泰是土生土長的台灣人，他生於台灣省宜蘭縣。他的經曆充滿傳奇，影響最大的事件就是介紹李登輝加入中國共產黨。
1945年8月，日本投降後不久，吳克泰考取了上海震旦大學經濟係，在學校時接受進步思想後加入中國共產黨。1946年3月，回到家鄉台北。不久，便回台灣大學複學。吳克泰來到台大法學院學習，並很快和台灣創立不久的中共地下黨組織接上了頭。當時的李登輝剛剛從日本回來不久，在台灣大學的農學院就讀。作為過去認識的朋友，他們很快就談到了一起，李登輝還把自己從日本帶回來的日文版《資本論》拿出來向吳克泰炫耀，並表示放暑假後回家要好好通讀。
因為在這之前他們就比較熟悉，以後便經常在一起談天說地，直至最後成為無話不談的朋友。有一次李登輝把他父親當過刑事警察、同曾文惠的父親是同事、關係非常要好等這些家事隱私都說給吳克泰聽。還有一次，李登輝一高興，把曾文惠的父親曾允諾他等曾家兩個姐妹長大後，由他任選一個為妻的事情也告訴了吳克泰，李登輝還猶豫地說，隻是他還沒有決定要娶哪一個。
他們在一起也經常討論時事問題，吳克泰說雖然李登輝是自己的學長，但他沒有架子，在探討有關中國國內的問題時，吳克泰的一些觀點，李登輝都能理解並且接受。吳克泰說，當時李登輝給他留下的印象比較厚道，肯用功讀書，做事認真。看到是水到渠成的時候了，吳克泰便萌發了發展他加入中共組織的念頭。1946年9月的一天，吳克泰同李登輝認真地談起了想發展他加入中國共產黨地下組織的動機，李登輝表示願意加入。根據要求，他還寫了一份自傳。上級很快就批準李登輝入黨，並規定吳克泰同李登輝單線聯係。此後，他們基本上每星期都在李登輝家裏見一次麵。李登輝的黨費每月都是由吳克泰轉交組織，中共的一些綱領性文件和宣傳刊物則由吳克泰轉交給他。
李登輝入黨後，組織上沒有交給他什麽具體的任務。不久，北京發生了美軍強奸沉崇案件，全國很多大學舉行了示威遊行，抗議美軍的暴行。1947年1月9日，台灣爆發了中學以上的學校基本上全部參加的曆史上規模最大的抗議遊行，吳克泰是這次遊行的組織、領導者之一。當時他還兼任《人民導報》、《自由報》、《中外日報》的記者。遊行之前，盡管有國民黨竭力阻撓，威脅恐嚇，但當天仍有一萬多人在新公園開大會並走向大街。當時國民黨當局三令五申不許學生參加，形勢比較緊張。
為了保存力量，中共地下黨員是可以不參加這次活動的，但當台大學生遊行隊伍走到新公園附近的時侯，吳克泰一下發現了李登輝，因為李的一米八幾的高個子比較顯眼，吳克泰說這事給他留下了很深刻的印象。
李登輝還參加了“二·二八”運動。在這之後，黨的活動暫時停止，遭到通緝的吳克泰來到了上海，這期間就沒再跟李登輝聯係。八月下旬，地下黨省工委根據工作需要，任命吳克泰為台北市工委委員、學生委員會書記。過了沒多久，省工委書記找到吳克泰說李登輝要求退黨，讓他去了解一下情況。吳在曾文惠家找到李登輝，問他為什麽要退黨，李登輝回答說黨內不純，有人有野心。吳克泰看勸不下來，就說既然這樣也不能勉強，就同意了。
退黨時，李登輝還主動表示會保守黨的秘密，同時也要求組織為他的這段曆史保守秘密，算是定的君子協定。之後吳克泰就與李登輝隻剩下私人之誼的朋友關係。
李登輝要求退黨後，地下黨還有一個外圍組織叫新民主同誌會，是一個進步組織，他還參加他們的活動。這時使李登輝尷尬為難的事情發生了，同誌會的幾個人一起要求集體入黨，而李登輝卻剛剛退出，他又不能夠反對和申明，所以隻好隨大流再次辦了入黨手續。這期間，吳克泰離開台北，由徐懋德來領導新民主同誌會，後來徐跟李登輝就他第二次退黨事宜談過兩次，同樣未果。
吳克泰跟李登輝雖然政見不同，但並沒有影響彼此交往。1997年吳克泰回台灣，李登輝就想見他，因故未果。2002年3月吳克泰再次回台灣時，李登輝就在外雙溪私宅會見了他。
李登輝脫離中共的經辦人是徐懋德。徐懋德已屆八十三歲高齡，當對往事娓娓道來時，記憶的清晰程度勝似年輕人。
中共地下工作者徐懋德在台灣時主要任務是做當地的青年工作。他回憶，與李登輝的正式接觸是在1948年的夏天，這之前對李登輝一切他並不怎麽了解，因為當時的中共地下黨組織的成員都是單線聯係，並且有嚴格的組織紀律，不需要知道的事情就不問，所以對於李登輝以前的事情徐懋德知之甚少。隻是在李登輝要求退出共產黨組織時，受組織委托，他與李登輝有過兩次接觸。當時李登輝的年齡是二十五歲，身份是台灣大學的助教。
談話是在台北川端町李登輝的家裏進行的，李的房子是日式的“學寮”（日文意指“宿舍”），房子有兩、三間，不是很大，房中的書架上擺滿了書籍，其中有很多是日文版馬克思、恩格斯的著作。為了爭取打通李的思想，徐懋德首先給他談了全國解放的形勢、理論和實踐的關係。當問到李登輝要求退黨的原因時，李回答說，首先他相信馬克思主義學說，相信社會主義，但是，對過中共的組織生活他不合適，不願意受黨的紀律約束，可是作為一個黨員因為有紀律又不得不服從。李登輝對共產黨的黨章、綱領有些地方有不同意見，他也不讚成共產黨的土改政策，他還說應該實事求是地表達自己想法，所以要求退黨。這是李登輝表麵的理由。
但徐懋德認為李登輝是害怕危險而退黨。當時台灣形勢比較嚴峻，作為地下黨毫無疑問存在一定危險性，也許是他害怕了，所以才決定退縮。李登輝說的退黨的理由徐懋德認為是不充分的，因為在他當初加入中共的時候對共產黨的方針政策都是認同和讚同的。隻是他不怎麽了解全國的解放戰爭的形勢，因為他看的都是日文書籍、日本學者的東西，對中國的毛澤東思想了解得很不夠。但他現在至少還是中國革命的同情者，為了能夠爭取挽留住李登輝，留下緩衝的餘地，第一次談話結束時，徐懋德勸他加強學習，繼續留在黨內。李表示再考慮考慮，由此他們約定十天後再談一次，再做最後決定。
十天後，他們如約見麵。這次談話仍然是在李登輝的宿舍進行。談話剛剛開始，李登輝就表示自己經過考慮還是堅持原來的主張，要求退出中共，但他再次表示相信馬克思主義學說，今後願意以一個學者的身份繼續研究馬克思主義、研究台灣的農業問題。徐懋德就告訴李登輝說：既然這樣，組織上同意他的做法，加入中共不是誰想參加都可以參加的，要經過組織考驗和審查通過，現在你想退出組織，你有退黨的自由，但是你必須對過去知道的一些事情保密，涉及到組織上的一切事情都不能夠跟外人講，你退了黨，大家以後仍然還是朋友。李登輝表示接受徐懋德的意見。
當記者問及李登輝退出中共後，有沒有出賣組織的行為時，徐老從書房拿出了厚厚的上下兩冊的書籍——當年台灣安全局機密文件《曆年辦理匪案匯編》。這本書的上冊一百八十六頁記載了所謂“匪台灣省工委會台大法學院葉城鬆等叛亂案”。在文件中記述，這個案子共有葉城鬆等五個人被判死刑；“案情摘要”中說：“葉城鬆於三六年十月間，由奸匪李登輝介紹參加匪幫，受楊匪廷椅領導，擔任台大法學院書記。”李敖就曾以此認為“可見李登輝逍遙法外，一定是事出有因了”。徐老說，這隻是李敖的看法，至於事實如何，現在難以確定。
李登輝對蔣氏家族恩將仇報
1947年初，二·二八事件爆發，身為左派青年的李登輝，在自己的著作裏麵，對自己和二·二八的關係有以下這樣的說明：“或許有人會問，當時我在哪裏？事實上，當時我也是被鎮壓的對象之一……生為台灣人，既對台灣的未來充滿使命感，也對於學習農業政策懷抱著滿腔熱忱，正值年輕的我，怎麽可能在當時的情況下，還不問世事，閉門苦讀？”然而，由於與地下黨的領導人有些不愉快，李登輝在1947年9月退出了地下黨。雖然退出了地下黨，隨即又參加了一個叫做“新民主同誌會”的地下黨外圍團體，彼此一起研讀《新民主主義論》和《論人民民主專政》等左派進步書籍。後來，李登輝對於當年曾為共產黨員一事做出了以下的總結：“三十歲前不相信共產主義是沒夢想；三十歲後還相信共產主義叫不實際”。
1949年，李登輝從台大農經係畢業，並留在學校當講師，這時他是26歲。畢業不久，他與淡水地主之女曾文惠相親結婚，她畢業於台北第三高女。1950年，他生下長子李憲文，兩年後，他獲得中美基金獎學金，首次赴美，到愛荷華州立大學（lowa State University）研究農業經濟。由於他認真苦讀，短短一年就拿到碩士學位，1953年自美返國，擔任“台灣省農林廳”技士及經濟分析股股長，同時也在台大的母校擔任兼任講師。之後，他又陸續轉到“合作金庫”以及“中國農業複興聯合委員會”就職，擔任的都是研究性質的工作。“農複會”是美援機構，待遇非常好，李登輝因此在那裏一待就是12年。在這期間，他曾經於1960年被“調查局”逮捕，未經判決就被拘留四個半月。但因為他在“農複會”表現極好，當時該會的負責人沈宗瀚就委托蔣彥士向治安當局交涉，後來“調查局”才無罪釋放了李登輝。
1965年，李登輝獲得美國洛克菲勒農業經濟協會以及康乃爾大學聯合獎學金，前往康乃爾大學（ComeIIUniversity）攻讀農業經濟博士。據他的指導教授指出，李登輝經常邀請台灣留學生到他的住處高談闊論，有時以他拿手的牛排或餃子招待他們，1970年四·二四刺蔣案的主角黃文雄，也是受過他招待的學生。1968年，李登輝正式取得農業經濟學的博士學位。他的論文〈Intersectional Capital Flows in the Economic Development of Taiwan，1895-1960〉，曾榮獲美國農學會全美傑出論文獎，同時也在1971年由母校的康大出版社正式出版。李登輝在1968年一提出論文以後，立刻返國，回國後被聘為台大教授兼“農複會”技正，開始進入政壇。
1969年6月，可能是由於在海外與台獨運動參與者有過接觸，李登輝再一次被警備總部約談，第一次約談的時間長達17個小時，之後又持續了一個禮拜才結束，這段時間是李登輝全家的黑暗時代。這件事使他下定決心，如果他有機會執政的話，絕不願意他的同胞再忍受這種白色恐怖之苦。
1970年，聯合國開發總署東亞支部邀請他到曼穀主講農業經濟問題時，即使他已經是聞名國際的農業專家，政府仍以在“觀察中”的理由，不讓他出境。
不過，卻也因為這次事件的發生，當時“農複會”的上司沈宗瀚將李登輝以農業問題專家的身分，在1971年8月介紹給蔣經國。當時，蔣經國正準備接掌最高權力，十分需要人才，於是就勸誘李登輝加入國民黨。同年10月，在經濟學者王作榮的介紹下，李登輝加入了國民黨。翌年，蔣經國擔任“行政院院長”的職務，李登輝以“政務委員”入閣，成為最年輕的閣員，時年49歲。自此之後的六年之間，他擔任農業專長的“政務委員”。這時他跑遍了各地農村，曾把運作25年、對農村影響甚大的“肥料換轂”製度廢除掉。
1978年，蔣經國任命李登輝為“台北市長”。在擔任“台北市長”的這三年期間，李登輝最大的貢獻是推動台北藝術季，興建翡翠水庫，並廣開門路，與市民多所接觸，盡可能避免落人官僚主義的窠臼之中。1981年，李登輝被任命為“台灣省主席”。在“省主席”任內，他提倡“八萬農業大軍”，並培養“核心農家”，同時成功地處理二重疏洪道的糾紛。他在“省主席”期間最大的成就，就是“引進區域發展觀念，促進農業改革及城鄉的平衡發展，同時運用他的農業專業知識，推進稻田轉作，改進農產品運銷，大幅提升鄉村的生活水準”。
1984年，蔣經國提名李登輝為“副總統”，並經“國民大會”選舉，當選第七任“副總統”。蔣經國這個決定，讓不少黨國元老感到意外與難過。在“副總統”任內，他除了輔佐蔣經國推動各項改革大業，也經常陪蔣經國巡視金門、馬祖，他對“總統”表現得非常尊敬，贏得了蔣氏的信任。
1988年1月13日，蔣經國過世，李登輝繼任“總統”職位。他擔任“總統”前兩年，由於國民黨保守派不斷地挑戰，紛爭不斷。李登輝借著民意支持，及民進黨和國民黨內開明派的配合，終使政局逐漸穩定，並開始推動各項政治改革。1990年7月，李登輝召開“國是會議”，征求各界意見作為“憲政改革”參考，配合該年“三月學運”的要求，解決第一屆“國民大會代表”及第一屆“立法委員”退職問題。1991年5月經由製定“憲法”增修條文，宣布終止動員戡亂時期，廢止動員戡亂時期臨時條款。
李登輝在任“總統”之初及其以前一直宣稱支持中國統一，但是後來逐漸主張台灣本土化，宣布“兩岸關係是特殊的國與國的關係”。2000年下台後繼續主張台灣獨立，成為台灣獨立運動的領導者之一。2000年國民黨選舉失敗後，辭去國民黨主席職務，後又被迫退出國民黨，由親信組建了急獨政黨——台灣團結聯盟，擔任精神領袖，主張建立台灣共和國。李登輝卸任後毫不避諱地表現台灣獨立的主張，對抗中國。李登輝一生先後具有日本人，共產黨，國民黨，台獨領袖等迥異的身分和多麵派嘴臉。
1995年的“中華民國”“國慶日”，他這樣表示：“四十多年來我們之所以奮鬥不懈，就是要為將來中國的統一立下可供遵循的典範”。此外，他也曾在接見美國聯邦眾議員坎貝爾（TomCampbell11）的時候，說出“‘台獨’隻會斷送國家的大好前途，犧牲社會的安定繁榮，這是不可能，也不應該的”這樣的話語。然而，他在某些場合的發言，卻又常常表達出他強烈的台獨意識。
1996年，李登輝與連戰搭檔，以54.0%的得票率，贏得了“中華民國”第一任“民選總統”的職位。在當選“民選總統”前後，李登輝對兩岸關係的態度發生了明顯的變化。在1999年7月，他在接受“德國之聲”錄影專訪的時候，提到海峽兩岸的關係，是“國與國之間的特殊關係”，這也就是臭名昭著的“兩國論”。他在受訪時這樣表示：曆史的事實是，1949年中共成立以後，從未統治過中華民國所轄的台、澎、金、馬。……1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係，而非一合法政府，一叛亂團體，或一中央政府，一地方政府的“一個中國”的內部關係。所以，您提到北京政府將台灣視為“叛離的一省”，這完全昧於曆史與法律上的事實。
2000年5月台灣“大選”，由於宋楚瑜的參選、李登輝又在背後暗施詭詐，使得不少國民黨的本土派支持者轉向民進黨所提名的陳水扁。最後的結果，陳水扁當選“中華民國”“第十任總統”。下台的李登輝，實現了他自己所希冀“任內和平轉移政權”的理想。統治台灣五十多年的國民黨經過這次大選變成了在野黨。2001年7月，李登輝出麵主導國民黨內的本土派及一些政治立場比較偏向台灣獨立的人士，成立了“台灣團結聯盟”。在卸下“總統”的職位之後，李登輝終於吐露出了埋藏在心中已久的台灣獨立主張。他公開指出，“中華民國”這個招牌在國際社會上早就不存在了，台灣應該加速正名，脫掉“中華民國”這個老舊的招牌。於是，李登輝雖然名義上已經離開政壇，但仍然被很多台灣獨立運動的參與者視為是該運動的“精神領袖”。
李登輝之所以能在台灣政壇上官運亨通，首先得益於蔣經國所推行的“本土化”用人政策；他後來能登上台灣政權之巔也是緣於蔣經國的一手提拔。1984年李登輝被蔣經國提升為“副總統”，並進入中常會，刻意培植其為接班人。1986年任“十二人革新小組”成員，後接替嚴家淦任總召集人，研擬政治革新方案。1988年1月13日，蔣經國逝世當天繼任“總統”，旋即出任國民黨代理主席，“國民黨十三大”上正式當選主席。
然而，李登輝對待蔣經國的“知遇知思”卻是恩將仇報。李登輝宣誓就任“總統”時，曾宣稱要繼承蔣經國遺誌，推行“民主憲政”，堅守“反共複國。”
決策，早日完成“以三民主義統一中國”的使命。上台後，卻立即致力於擺脫“蔣家王朝”的陰影，無情壓製蔣氏勢力，期以建立一個以自己的意誌為核心的“李氏江山”。蔣經國的弟弟蔣緯國和蔣經國的四個兒子蔣孝武、蔣孝勇、章孝嚴、章孝慈，都想在國民黨“十三大”上擠人中央委員會，還想讓蔣緯國進入“中常委”，結果這些人連個中央委員都未能撈到。而且李登輝還一改蔣經國期待和談的願望，拋出了他蓄謀已久的“台獨”主張，成了兩岸和平統一的千古罪人。
台灣兩岸政策的早期負責人
由於馬英九在黨務和行政方麵都取得很大成績，很多人反而淡忘了他長期以來在推動兩岸交流和擬訂大陸政策中所扮演的角色。在兩岸關係問題上，他反對“台獨”，主張漸進統一。1987年台灣當局開放老兵返鄉探親，他是積極推動者。“陸委會”成立後，他兼任“副主委”，成為台當局早期兩岸政策的負責人。
馬英九從政以來，大部分職務都是國民黨上層安排的，隻有1991年郝柏村組“閣”時，他主動辭去“研考會主委”而專任“陸委會副主委”。他說：
“今後5年、10年、20年，兩岸政策都是我們生存發展的關鍵。”外界為他的職務調降叫屈，但對他知之甚深的前“司法院長”施啟揚說：“馬英九參與大陸工作，純粹是出於理想和抱負，從不計較個人名分。”台灣著名政論家阮大仁盛讚他是“台灣少見的‘大陸型’政治人物，格局很大”。
執政黨宣布“解嚴”與“開放黨禁”後，就開始推動一連串的政治改革，包括解除報禁、通過“集會遊行法”、開放大陸探親、“國會”全麵改選、終止動員“戡亂時期”及“修憲”通過“總統”、“副總統”、“台灣省省長”、北高兩院“轄市”市長均改為直接民選等。
黨禁的開放，使得新政黨如雨後春筍般出現。根據內政部統計，目前向政府登記的政黨數目高達八十四個之多。不過，在這些政黨中，較具有政治影響力的隻有國民黨、民進黨和新黨。新黨是在1993年由一批不滿黨內路線和領導作風的國民黨立委脫離國民黨而成立。新黨的成立，使得台灣的政黨競爭，逐漸從國民黨和民進黨的兩黨競爭，轉變為三黨競爭的型態。
三黨競爭的態勢可在1994年的省（市）長選舉中看出。該次選舉，新黨雖隻得到百分之七點七的選票，但是，新黨的趙少康在“台北市市長”的選舉中，得票率高於國民黨的黃大洲，而民進黨的陳水扁則贏得了“台北市市長”的選舉。整體來看，國民黨在選舉中贏得了“台灣省省長”和“高雄市市長”的席位，總得票率為百分之五十二點五，而民進黨的總得票率為百分之三十九點四二；因此，從1994年的省（市）長和縣（市）議員選舉中，已可看出三黨競爭的雛形。到了1995年底的立法委員選舉，國民黨獲得了八十五席，得票率為百分之四十六點零六，民進黨得到五十四席，得票率為百分之三十三點一七，而新黨則贏得了二十一席，得票率為百分之十二點九五，使台灣的政黨競爭由一黨優勢轉變為兩黨競爭後，再進一步蛻變為三黨競爭。
此外，1996年的“總統”、“副總統”選舉，國民黨的李登輝和連戰得到百分之五十四的選票，民進黨的彭明敏和謝長廷得到百分之二十一點一三的選票，新黨支持的林洋港和郝柏村則得到百分之十四點九的選票；在同年“國民大會”代表選舉中，國民黨、民進黨、新黨的得票率分別為百分之四十九點六八、百分之二十九點八五及百分之十三點六七，更進一步確立了三黨競爭的架構。
此時台灣和大陸的關係開始解凍與快速發展。從台灣政府於1987年11月2日正式開放台灣人民赴大陸探親迄今，兩岸關係快速進展，台灣目前每年約有上百萬人次赴大陸探親、觀光旅遊，及從事學術、文化、體育等交流活動，總計至今已有上千萬人次到大陸訪問過。在經貿關係上，台灣廠商赴大陸投資的金額，累計已超過五十億美元，而根據中國方麵的統計，台商協議投資金額更高達兩百多億美元；台灣對大陸的投資約占大陸外來投資的百分之八，僅次於香港的百分之六十，而高於美國及日本。此外，兩岸互通電話累計超過一億八千多萬次；大陸人士來台從事文教活動，累計亦超過一萬三千多人次。
密切的交流和頻繁的互動推進了兩岸的談判。為了談判方便，台灣在1991年2月，成立了半官方性質的海峽交流基金會，接受政府委托處理涉及公權力而政府不便出麵處理的兩岸事務，十個月後，大陸方麵成立了海峽兩岸關係協會。這兩個單位於1993年4月在新加坡舉行首次的曆史性“汪辜會談”，並且簽署了四項協議，此後，雙方又舉行了八次的事務性商談，持續探討解決兩岸交流所衍生的問題。
此時，馬英九領導著“陸委會”，所有關於兩岸問題的公開發言，都是他的任務。因此，當時馬英九便是台灣兩岸關係的代表形象。
但在此時，馬英九和李登輝之間，已經出現了小小的矛盾，這種矛盾主要體現在由馬英九主持的幾項“立法”草案上麵。其中最主要的便是《戡亂時期人民團體法》《戡亂時期公職人員選舉罷免法》《第一屆資深中央民意代表自願退職條例》。這三大法律文案，均是蔣經國時代便開始的，由馬英九主持完成，總設計師當然是蔣經國，大部分條文，早已經獲得通過。可李登輝上台後，立即要求對這些條文進行大幅度的修改。一朝天子一朝臣，一個道士一個法，這一點，馬英九也能理解。可李登輝畢竟學農業出身，不懂法，卻又要專權，修改條文時，一定要按他的意誌行事。
馬英九不僅在家中很孝順父母，這種脾氣和性格也帶到了官場，對長官很尊重，李登輝要改，他也就一遍又一遍地改，直改到李登輝滿意為止。
但他並非沒有原則，有些地方，涉及法理和重大原則問題，他就會向李登輝耐心解釋。李登輝對農業生產很在行，對法律卻似懂非懂，又極其固執專橫，他的需要就是法理。遇到這種時候，馬英九便為難了，隻好一次又一次向李登輝陳情。這樣的事情一多，李登輝開始對馬英九不滿，覺得馬英九固執，高傲，不聽話，瞧不起自己，便有了要冷藏他的意思。
恰在此時，大選結束，李登輝獲勝。獲勝後的李登輝，第～要務是搬走李煥這個絆腳石。
擁李登輝接班時，李煥是李登輝“主流派”的核心人物。但李登輝從來就是個翻臉無情的人，別說是李煥，就是蔣經國的後人他都絲毫不感恩，誰擋了他的路，或者將影響他的前程，他就要搬走誰。李登輝掌權後，他怕李煥權利大了會造成尾大不掉，便暗中用俞國華來製約李煥，引起李煥的不滿。李煥一方麵發動倒俞運動，其後又幹脆站到了“非主流派”立場，支持蔣緯國、林洋港。台灣的政體，是“府院”兩頭重，執掌“總統府”和執掌“行政院”，要看誰的勢力大，不是東風壓倒西風，就是西風壓倒東風。李登輝要控製權力，自然不能容忍李煥在身邊。所以，他便提拔連戰擠走李煥。
最初，李登輝以為這一策略可以達成目的，因為連戰和李登輝以及李煥的關係都不錯，可算是李煥的學生，他的形象不錯，因為連震東的關係，在政界的人脈又很深，還可以贏得提拔新生代的好名聲。可是，這一想法透露出去後，立即遭到了反對。最大的反對力量，就是李煥，因為他還想繼續連任。而與李煥相關的一些“非主流派”也都反對這一方案。李登輝意識到不妙，便苦思對策，結果想到了一個重要人物郝柏村。
郝柏村是蔣介石的侍從武官，任台灣“國防部長”，陸軍一級上將。郝柏村在軍界的關係，李登輝深以為忌。現在，讓他來當“行政院長”，立即可以將“非主流派”分化瓦解，李煥即使想反對也沒用，又可以徹底奪走郝柏村的兵權，也封殺了一個時期以來，在政壇風頭正旺的林洋港，真可謂是一石三鳥，用心歹毒。
趁郝柏村組閣之機，李登輝又連帶給了馬英九一個下馬威，將馬英九的“研究發展考核委員會”主任委員一職給免了，調他擔任“陸委會”副主委。這是降級使用，從“正部級”降到“副部級”，李登輝擔心會給人造成把柄，便又在前麵加了一個“特任”的帽子，給人的感覺，馬英九成了欽差大臣，官高一級了。實際上，貶了就是貶了，加什麽帽子都一樣。但馬英九這個人性格好，心裏雖然不快，卻也無力和李登輝抗衡，因為他那種“不粘鍋”的性格，使他在政壇內並無特別的好到可以“結黨營私”的夥伴，勢單力薄，所以隻好眼睜睜的看著李登輝作弄自己，老老實實的幹著自己的本職工作。
1992年，兩岸代表（大陸的“海協會”及台灣的“海基會”）首次進行會談，並發表了“九二共識”的宣言。宣言的中心思想就是“一個中國，各自表述”，意思是指兩岸都堅持世上隻有一個中國，但對於這種中國的定義，則兩岸采用各自的表述方式：大陸方麵的解釋是：“一個中國”就是解放後的“中華人民共和國”，台澎金馬是前國民政府控製的地方，但仍然是中國的領土；台灣方麵的解釋是：“中國”就是“中華民國”，地域除了被中共占領的中國大陸地區和國民政府所在的台澎金馬以外，還包括己宣告獨立的外蒙古，以及被俄國占領的唐努烏梁海地區。但不管是大陸還是台灣，都承認世界上隻有一個中國，中國大陸和台灣都是中國不可分割的領土，這就是“九二共識”。
由於雙方的努力，達成了“九二共識”，即“一個中國，各自表述”。達成這個共識之後，台灣方麵，便在“各自表述”上鑽字眼。這個功夫，恰恰是法律層麵上的，馬英九是國際法方麵的專家，又是“陸委會”的特任副主委，“表述”工作，是他的分內工作，也是他的專長所在。馬英九在“各自表述”上花的工夫，為台灣當局爭足了麵子。
雖然不久之後，無論是李登輝，還是陳水扁，都將“九二共識”給否定了，但不得不承認，這一共識之中的台灣表述部分，馬英九立下了大功。直到今天為止，馬英九的兩岸觀點，仍然堅持“九二共識”的台灣表述部分。這個表述，毫無疑問是站在台灣立場上的，所以，馬英九當選國民黨主席之後，有輿論說，馬英九離“台獨”立場越來越近，指的就是他讚成的是“一國兩府”。“一國兩府”雖然和“一國兩製”有本質的區別，不可相提並論，但和“台獨”卻是完全不同的，因為它始終承認是“一國”。隻要承認是“一國”，其他事，按照中共的觀點，不論是“兩府”還是“兩製”，“都可以坐下來談”。如果不承認是“一國”，那就沒了任何共同點了，也就沒有必要“坐下來談”了。
這一時期，馬英九除了幹這些職責之內的工作之外，還幹了大量職責之外的工作。最主要的是主持“修憲”工作。這項工作，在蔣經國時代便已經有了動議，然後由李登輝提出來的。此前“中央民代新陳代謝案”，可以說是為這次“修憲”做準備，而此次“修憲”的重要條款之一，便是“總統”選舉辦法。
馬英九在主持“修憲”文案時，采用的是蔣經國所定的調子，即“委任直選”。所謂委任直選，是指由民眾選出“國民大會”代表，再由這些代表根據所代表民眾的意願，投票選舉“總統”。這種選舉方法，好處是“國代”均由各個地區選出，為當地選民所熟悉或者喜愛，代表著相當的民意。此外，“國代”選舉和“總統”選舉一次完成，縮小了選舉規模，是一種非常節約的選舉。當然，肯定也存在弊端，比如“國代”很可能受某些因素左右，隻代表個人而不代表民意。又比如，美國選舉中所存在的問題，獲勝者勝了選舉人票，卻並不一定勝了民意。
這一方案，李登輝最初也是同意的，因此便成為定案。但是，李登輝表麵一套，背後一套。他在暗中發起了這次論爭。至於李登輝的個人目的，也十分清楚。自他掌權以來，一直都為一件事感到異常頭疼，那就是“府院”分權。“行政院長”雖然由“總統”提名，“立法院”通過，表麵上看，“行政院”是在“總統”領導之下。可實際上，在許多方麵，“行政院”的職權非常之大，像李登輝這種“總統”遠不如蔣經國等能夠絕對控製權力的情況下，“行政院。”
便容易形成和“總統”對立的局麵。如果“公民直選”，“總統”的職權，在名義上便要大得多，“府院”分權甚至是對立的情況，便不容易出現。此外，李登輝掌權以來，一直存在著爭議，他如果能夠“民選”當上第一屆“民選總統”，這種爭議，便自然消失了。
為此，李登輝首先開始在民間搞小動作，一方麵煽動一些人出來高叫要搞“公民直選”，另一方麵又暗中操縱輿論。如此一來，所有人措手不及，尤其是馬英九他們這些負責起草有關文案的人，離三中全會召開隻有幾天時間，需要拿出一個新的選舉方案出來，簡直是在開法律的玩笑。
為此，馬英九和李登輝便產生了巨大的矛盾，馬英九由此看出李登輝這個人極其陰險，為了自己個人的利益，可以置全體民眾的利益而不顧，可以置法律的嚴肅性而不顧，任意枉為。
最終，李登輝利用那些懷有樸素民主意識的民眾獲得了這次大爭論的勝利，極其匆忙地弄出了一個“公民直選”方案。這個方案因為沒有充分的醞釀以及多次的討論修改，存在的弊端是顯而易見的，在後來的實際選舉中，這些弊端一一顯現。由於這一事件，馬英九徹底看透了李登輝，兩人間的矛盾，愈來愈深。而李登輝也覺得馬英九已經不是自己的支持者，便開始在各方麵打壓他。
馬英九掃黑與李登輝的排擠
1993年2月至1996年5月，馬英九擔任台灣“法務部”部長。以前的“法務部”，基本沒什麽具體執法行動，相應的執法行為，均由相應的職能部門完成。從某種意義上說，“法務部長”是個閑職，曆任“法務部長”做的都是太平官。但馬英九做“法務部長”卻沒閑著。馬英九在“法務部”部長任上的政績，大概從陳水扁一則攻擊馬英九的話中可以看出點門道：“馬英九最自豪的就是查賄選。但是我們發現，馬部長任內，共起訴被告7530人，結果被判刑有罪確定的不到一成！其中，省市議長、副議長被起訴了38位，如果依馬英九把起訴人數當成政績的邏輯，結果是沒有一個被判有罪；而第三屆‘立委’選舉，馬部長共起訴了5098人，判決確立的竟然不過59人！這又叫什麽人權正義？馬部長亂查賄選，堪稱史無前例！！”正確解讀一下這番話，我們發現一個事實，馬英九3年任內，僅查賄選，一項，便起訴了7530人。而這些人中，涉及“第三屆立委”選舉的，便多達5098人。台灣多大個地方？不過2300多萬人口而已，比陝西省的人口還少，僅賄選，便涉及如此之多的人。這個數字表明，三年內，每2700人中，便有一人涉及賄選，而2700人中，大約有一半的人沒有選舉權或者是不會參加投票。數字何其觸目驚心。從而也可以看出，馬英九查賄選，決心和力度有多大。
據1994年7月18日台灣《自由時報》報道，在1994年基層村裏長及鄉鎮市民代表選舉中，據保守估計，有黑道背景的當選者至少有150人，而各縣市情況有所不同，台中縣各鄉鎮市民代及村裏長的選舉中，有20多位黑道人士參選並當選，當選率達100%。彰化縣鄉鎮市民代選舉中，有50人當選。嘉義縣鄉鎮市民代選舉中，黑道兄弟多以高票當選。高雄縣鄉鎮市與村裏長選舉，與黑道關係密切的當選者有40多位。台灣不少鄉鎮市民代，實際成為黑道勢力的地盤，黑道治鄉的名稱，也由此產生。
台灣不僅地方民意機構日益黑化，就連“中央級”民意機構——“立法院”和“國民代表大會”這種最權威的地方，也成為黑道角逐的目標。“黑道老大雖不如地方民意機構那樣多，但也有數位，而且，都是位高權重，實力非一般人可比。”據台灣媒體報道，全麵直選後的各屆“立法院”，一般均有10位左右的黑道“立法委員”，其中更有幾位黑道“立法委員”連選連任。盡管有不少“立法委員”本身不是黑道出身，但與黑道關係密切。黑道大佬辦紅白喜事，往往會有許多“立法委員”公開現身，並且毫不遮掩自己同黑道的關係。
為什麽會出現這種情況？看一看李登輝以及他寵信的幾位政壇大佬的說法，便可知一二。
李登輝曾說：“黑道勢力中外都有，不獨台灣才有，社會自由化了，各種力量都可以出來。”按他的說法，黑道的出現，是社會自由化的表征，黑道越猖獗，越表明這個社會自由化程度越高，越民主。而李登輝的信徒則說得更為清楚明白：“當政者應容忍某種程度的金權黑權存在……金權黑權是巨大的社會力，對政權的取得與維持有幫助。”
此人還振振有詞地說，“站在民主政治立場，黑社會分子為中華民國國民，享有憲法所賦予的一切基本人權，包括選舉與被選舉權，及參加政黨從事政治活動之權利。既是如此，黑社會分子隻要沒有被法律製裁剝奪公權，而同時又擁有足夠的民眾基礎，則其被提名或被選為各級民意代表，乃是民主政治之當然現象。”另一位李登輝的要員則說：“黑道也是選民，為什麽不能有民意代表？”“黑道都是愛國的，沒有黑道就沒有中華民國。”
馬英九不會持有這樣的觀點，在他看來，黑道就是犯罪，如果明知這些人是黑幫分子，並且仍然在從事一係列犯罪活動，卻不能懲治他們，甚至讓他們以非法手段進入各級民意機構，那不僅是對法治的踐踏，而且是對人民的犯罪。
剛剛當上“法務部長”時，他看到台灣刑事警察局呈報上來的一份資料，台灣各縣市1994年新當選的議員中，有幫派、管訓記錄及刑事前科者共300人，超過總數的三分之一，在台灣21個縣市議會中，這次當選的大部分議會正、副議長有種種不同的犯罪記錄和前科，甚至有犯有殺人罪的前罪犯。這份資料令馬英九觸目驚心，他當即決定開展以賄選為目標的掃黑行動。
他決定采取這項行動的時候，“法務部”的一些公職人員以不同的方式勸他不要太冒尖，這件事肯定吃力不討好。這類案件因為背景極為複雜，又是有組織犯罪，查起來非常之難，取證的可能更是微乎其微。將涉案者逼急了，萬一不能過關，他們也往往是出錢拉上一兩個替罪羊了事。結果很可能是打虎不成，自己反被咬上一口。馬英九要辦這件事，首先便有可能得罪這些情治部門。此外，所有的黑道勢力，都有特殊的背景，他們甚至在高層都說得上話，一旦把他們逼急了，自己的烏紗帽便有可能不保。正因為如此，曆任“法務部長”都隻是當太平官，對於諸多涉及黑道的各類案件，全都睜一隻眼閉一隻眼。
馬英九偏偏不信邪，迅速開始了聲勢浩大的掃黑行動。他的掃黑行動，主要集中在三大方麵，一是肅貪，這是針對官員的；二是查賄，同樣針對的是官員；三是掃黑和反毒，這是為了還台灣一個純淨的天空，挽救更多的青少年。更為關鍵一點，他要做出一種姿態，對黑道勢力起到一種威懾作用，從而打開掃黑的局麵。
他這邊行動一開始，將他的家人嚇壞了。家人朋友紛紛勸他，這事別那麽張揚，那些黑道人物是不好惹的。黑道也放出風聲，叫他別趕盡殺絕，否則先考慮一下自己的歸宿。麵對重重壓力的時候，是他的父親站出來支持了他。他的父親對媒體公開說：“文天祥和鄭成功隻活了39歲，英九已經比他們多活了5年了。諸葛亮死時54歲，英九也隻差10歲。”
任職三年間，馬英九雷厲風行，肅貪、查賄、掃黑、反毒，共起訴7500多人，其中有將近400人具有“民意代表”身份。因查賄得罪了太多權貴，三年後，他被調任位高權虛的“政務委員”。
1996年，李登輝終於如願以償，當選為第一任“民選總統”，此時，他第一個要對付的人，不再是那些國民黨的元老級人物，而是那些令他極為不放心的中生代。連戰、宋楚瑜、馬英九這些嶄露頭角的人物一個個上了他的黑名單，成為他要對付的第一批。
首先是連戰，他從政深得其父真傳。據說，他的父親連震東曾向他麵授機宜，告訴他，當官就像騎自行車，要不斷地點頭，又不斷地用力蹬。所以，連戰當官，稟承的恰恰是這兩個要點。但是，並不等於說他就因此隻是言聽計從，他當過“外交部長”，又當過一任“台灣省主席”，現在讓他當“行政院長”，卻又不讓他組閣，他自然不樂意，對於李登輝交給他的那一長串名單，他並沒有照單全收。例如和李登輝關係極為密切的原“台北市長”黃大洲，競選連任時輸給了陳水扁，便有意要去“行政院”弄一個“部長”當當。李登輝也默許這件事，連戰卻說：“黃大洲和我是親戚，現在用他不大好。”擋了駕。同時，他又在“行政院”內安插了幾個自己的人。對此，李登輝心中，已經對他產生了不滿。
再就是宋楚瑜，李登輝替他安排了一個好職位，讓他去當“國防部長”，可是，宋楚瑜誌不在此，他知道，一旦涉足軍隊，想出來不那麽容易，而以後自己想在政界更上一層樓的時候，又會有軍人不能幹政的麻煩。他已經看中了“台灣省主席”這個位置。這件事，讓李登輝對宋楚瑜的忠誠起了疑心。
宋楚瑜雖然善於嘴巴衝鋒陷陣，同時，也是個實幹家，而且能力在所有中生代中，絕對屬於第一。他當上“台灣省主席”之後，便一頭紮進了基層，全省309個鄉鎮，他一個不漏地走了一遍，有些鄉鎮，他甚至去過好幾遍。一年多時間，他竟然幹了這樣一件事，馬不停蹄地在鄉下奔走，差不多每天就是一個鄉鎮。他一再宣稱，“省主席”的辦公室是在台灣省的每個角落。為了這次大巡回，他訂了一輛9入座位的福特旅行車，車上備有書報袋、傳真機和電話，他在車內就可以隨時與台灣當局、省府及地方人士聯絡。因為宋楚瑜在車上辦公，全省範圍內，任何一地出現緊急情況，他總是能夠第一時間親臨現場指揮，一時間，到處可以見到宋楚瑜的身影，媒體每天都是他的消息，出鏡率遠遠超過了當“總統”的李登輝。
宋楚瑜的影響力迅速擴大，直逼“總統”的李登輝。1994年12月首屆“台灣省長”選舉，他以473萬票當選。這個得票數，令李登輝大吃一驚，他突然想到，如果宋楚瑜競選“總統”並且同樣得到這麽多票，那麽，他的好日子便到頭了。此時，他才真正意識到宋楚瑜想去當“台灣省主席”的真實意圖所在。他被這件事嚇了一大跳，開始考慮怎樣製裁宋楚瑜了。
對付宋楚瑜，並不是太容易，畢竟，宋楚瑜是通過民選的“省長”，任期還沒有到，不能輕易調任。結果，他想出一個絕妙的主意：“凍省”。台灣政權管轄僅僅一個省，還需要設立省一級政權嗎？這明明就是機構重迭，對於這一問題，實際上，早幾年就已經提出來了，隻是由於種種原因，一直不曾提上議事日程，現在，他要扳倒宋楚瑜，這是最好的借口。
還是像從前一樣，李登輝暗中指示手下人，先讓媒體大造一番輿論，然後他又假惺惺地拿到“立法院”討論。結果自然是很快通過了。於是，他立即宣布停止“省政府”以及“議會”等相應機構的運作。宋楚瑜這個當初捧李登輝上台的“英雄”，就這麽輕而易舉被幹掉了。
對付馬英九就更容易了。馬英九掃黑，觸動了很多人的利益，各種壓力隨即而來。對於馬英九掃黑，李登輝是最惱火的人之一，他讓馬英九去當“法務部長”，原本是想讓他去當“不管部長”的，沒料到他生出如此之多的事來，那些有實力的黑道人士，人人自危，自然要向李登輝施加壓力。李登輝是台灣黑金政治的總頭子，他下麵，徒子徒孫不知有多少，這些人利益一旦受到威脅，自然會找李登輝。何況，他早已不喜歡馬英九了，現在見馬英九成了整個“行政院”最受民眾歡迎的一個官員，成了一個政治明星，他深感不安。1995年年底，為了打擊馬英九，李登輝開始行動。李登輝要除掉某個人，最慣常的做法，就是釜底抽薪，讓你當光杆司令，沒有任何實權。李登輝越過馬英九召集“高層治安會議”，這個會議開完之後，馬英九才知道消息。在這次會議上，李登輝開始重用他自己的親信廖正豪進入“法務部”分掌權力。
李登輝希望的結果是馬英九像郝柏村一樣，自動提出辭職。可馬英九性子好，他明知道李登輝已經對自己極度不滿，將自己的權奪走了，但既不吵，也不辭職，隻要有機會就施展自己的權力和本事，讓李登輝一時間也拿他無可奈何。李登輝沒辦法了，便一邊抱怨他是窩囊廢，一邊考慮怎樣搬走他。
時機終於讓李登輝等來了。1996年，治安形勢開始迅速惡化。新年鍾聲剛剛敲響兩小時，一聲槍響，屏東縣“議員”林明順差點命喪黃泉。接下來的一個月時間裏，又發生了幾起大案，民進黨籍的“立法委員”蕭瑞征在自家大樓遭人開槍打死，國民黨籍“立法委員”陳湧源在競選連任時被人開槍打成重傷，高雄“地檢署檢察官”張金塗遭槍擊成重傷。這些大案，無一不與黑道有關，例如蕭瑞征曾是“十信案”的風雲人物，他將多位大員拉下馬，自然有人會仇恨他。而張金塗則是馬英九掃黑行動的鋒頭人物。
兩個月後，民進黨籍“立法委員”彭紹瑾又在家門口被人砍成重傷。島內普遍認為，彭紹瑾是因為積極介入反黑金政治而遭報複。因為彭不僅自己介入以及支持馬英九行動，而且，多次在“立法會”為馬英九張目，公開支持馬英九掃黑。這一連串案件的發生，馬英九受到了朝野的責難。但實際上，此時的馬英九，對於“法務部”已經失去了控製權。李登輝需要的正是這種效果，他當即以社會治安惡化為由，於1996年6月調馬英九任無職無權的“政務委員”，由廖正豪接任“法務部長”。廖正豪上任後，治安情況持續惡化。
有人懷疑1996年社會治安惡化是有“高人”在背後指點，此說隻是一種懷疑，如果這種懷疑屬實，不知是否與李登輝有關。現實是一連串的治安案件，使得連戰“內閣”飽受非議，人們並不說這一切都是因為國民黨腐敗的結果或者是李登輝執行黑金政治的必然結局，而是歸罪於連戰，說是他領導無方，要求“內閣”集體辭職。恰在此時，發生了白曉燕案。
台灣著名電視節目主持人白冰冰的女兒白曉燕，上學途中遭人綁架勒索，白冰冰雖然準備了贖金，但最終還是遭撕票。此案引起台灣社會極大的轟動，各大媒體，每天都有大量篇幅報道此案的消息。此案發生後，民間對於“政府”的不滿達到前所未有的程度，民眾紛紛表示，現在“政府”連一個幾歲的孩子都保護不了，這樣的政府能相信嗎？
對於這起案件，馬英九內心深處的傷痛，似乎不比白冰冰弱，也不弱於社會上其它任何人，他甚至覺得，白曉燕之死，自己負有不可推卸的責任。
當初，他擔任“法務部長”原是想在社會治安方麵有一番作為，他也確實在朝著這個方向努力。他甚至公開表態，除非自己被黑社會的子彈打倒，否則，他掃黑的決心不變。可他沒有想到的是，自己沒有被黑社會的槍子打倒，倒是被自己陣營內部的權力鬥爭打倒了。這件事，讓他對當時的李登輝政府徹底失望。在他看來，如果仍然留在“法務部長”任上，如果掃黑行動沒有“政府”方麵的阻力，一直持續到現在，白曉燕案，很可能便不會發生。他覺得，白曉燕並不是黑道分子殺的，而是被這個無道的“政府”殺的。
因為對李登輝執政的極度失望，雖然白曉燕案與馬英九已經沒有絲毫關係，他還是毅然寫了辭職信，是“行政院”中第一個為此提出辭職的官員。
他在辭職信中說：“‘國內’接續發生重大事件，社會為之震驚，民怨為之沸騰，英九忝為內閣之一員，對此發展深感痛心、無力，為表負責，乃決定辭去現職。”這句話，真實體現了馬英九當時的心情，他是因為感到無力，然後痛心，所以才決定以辭職的方式表達自己的不滿，他才會覺得“改革阻力重重，人民積怨日深……若幹情勢之演變，令人困惑，基層已有‘為何而戰’的質疑”。
他的辭職，迅速成為一件大事，許多記者競相采訪他。有一位記者對他說：“最近民眾對政府的不滿和你並沒有什麽關係，為什麽做出這麽大的決定？”馬英九回答說：“有沒有關係，我覺得是個人的感受問題。”
其實，也並非完全沒有關係。這一事件發生後，便有人提出要清算馬英九，原因是他在“法務部長”任內，放寬了假釋尺度，使得很多罪犯因假釋而出獄，此次參與綁架白曉燕的罪犯，便有假釋出獄然後又作案的。因為要打擊馬英九，各方麵便拿此說事，他們不談馬英九打擊黑勢力所取得的成就，也不談他所頂住的巨大壓力，所冒的生命危險，隻是盯住了這一點，認為馬英九要對白曉燕案負責，要對最近社會治安惡化負責。
但是，民眾對馬英九卻是認同的，得知馬英九辭職的消息後，很多人都覺得這是台灣“政府”的一大損失。民進黨“立委”葉菊蘭公開在“立法院”向馬英九表示：“從政多年來，我從未公開讚美一個國民黨黨員，但今天是例外，我要公開讚美你。”
對於馬英九來說，這確實是最高評價，因為這個評價，不是來自他的盟友，不是來自喜愛他的民眾，而是來自他的政敵。
馬英九的奇聞軼事
馬英九不僅工作起來兢兢業業，鐵骨錚錚，剛正不阿，熱心公益事業，也是島內最具公益形象的政治人物。作為明星“市長”，馬英九給別人頒獎的機會是非常之多的，當然，也有別人給他頒獎的機會，在他所受過的所有獎項中，有一項獎極其特別，即2004年他接受“中華捐血運動協會”所頒發的特別獎。他之所以能夠獲得這個獎項，是因為34年來，他總共捐血達146次，平均每年捐血達4次以上。
在這次頒獎儀式上，馬英九照例發表了一番演講，他說，捐血不分黨派，這些年來，島內引起了不少的紛爭，他建議大家用捐血來化解這些紛爭，還台灣一個安寧幸福的社會。同時，他也開玩笑說，血牛已經成為曆史，他是“血馬”一條。在台灣，捐血的紀錄，並非由馬英九來保持，而是一個名叫張國森的人，他在27年時間裏，捐血805次。
馬英九說，勇於卷起袖子輸送愛心的情操最能顯現“骨肉同胞，血脈相連”的含義，也最讓人感動。馬英九還稱，由於六十歲就不能再捐血，所以他要趕在有生之年“拚業績”；他的器官捐贈卡“不知簽了多少張”，死後的“臭皮囊”早就捐給“慈濟”公德會，他幽默地笑著說，“全身沒有一處是我的。都被預約光了”。
馬英九個人生活很簡樸，他說花多了錢會有罪惡感。馬英九每天工作17個小時，不抽煙、不上酒家、不跳舞、不賭博，理財法就是把薪水交給老婆。不過他有一個“馬英九指定用途信托專戶”，擔任“國大代表”時的薪水全數捐出，目前有將近300萬元，每年固定捐出15萬到20萬元，作為公益用途。
穿在他身上的其它配件大多是“古董”：內衣要穿到破了才換新、手表是結婚時嶽父送的禮物、熱愛的藍襯衫是大姐馬以南在三十幾年前送他的、球鞋仍是當“法務部長”時那雙（鞋底已用飛機胎補了好幾次，補一次台幣50元，可以沿用一二年）、隨手慣用的派克筆現在派克公司已經不出了……他十幾年前的西裝還會送去改改再穿，在第一次選市長的時候，他終於用斷了大三時候的皮帶。他隻有領帶的顏色挺注重，因為常須參加婚喪喜慶，必須合乎禮儀。還有襪子絕不能破洞或補過，因為會不舒適。這樣一個聲名顯赫的政治人物，其節儉程度令人難以置信。
馬英九在生活上的自律節儉幾乎到了清心寡欲的程度。他恨不得把所有時間都放在工作上，幾乎沒有私人生活。除了從事政治活動。閱讀法律、曆史、文化、國際關係方麵的書籍，他從不去做一些和工作無關的娛樂活動。這或許和馬英九小時候嚴格的家教有關。父親教育他不要有任何玩物喪誌的不良嗜好，隻鼓勵他打球或跑步健身。結果跑步成了馬英九工作之餘唯一的運動。
馬英九在任“台北市長”期間，一天兩頓隻吃盒飯，即使要出席應酬，也是吃過盒飯才去。在宴會上，他幾乎不吃東西。他做市長頭3年吃了2000個盒飯，並且每次吃個粒米不剩。但是很奇怪，從來沒有人認為馬英九寒酸，也不覺得他失了什麽品味。
馬英九愛吃香蕉，午餐總要吃一根香蕉。工作忙來不及吃時，他會把香蕉放在辦公桌上等忙完了再吃。有一次，馬英九太忙了，香蕉擺到變黑，秘書整理時就把它丟掉了。不料馬英九回到辦公室，想起那根變黑的香蕉，怎麽也找不到，忍不住問秘書。秘書隻好尷尬地說，她看香蕉變黑了，就“處理”掉了。馬英九雖沒有責怪秘書，卻慎重地告訴她，香蕉變黑了也可以吃，表麵上黑了其實裏麵還是白的。秘書隻好告訴馬英九，香蕉已被她吃掉了，馬英九這才笑了起來。
馬英九身高1.78米，體重75到78千克的骨架，類似西方人的“寬肩厚胸”，幫馬英九製作西裝的永泰西服老板林丕齡，盛讚馬英九的身材。老婆不喜歡他穿淺色衣服，因為看起來比較胖，但他有時會嚐試較鮮豔的襯衫，被金溥聰戲稱是“香港人風格”。
馬英九的右前額總有一綹頭發很容易掉下來，因此必須抹上發膠才能服服貼貼。他經常必須麵對鏡頭，因此在家會照鏡子模擬，找出自己端正的表情，以免像別人那樣眼歪嘴斜或怪動作一堆。他也錄自己的音，努力自我練習說話，務求口齒清晰不急不徐，讓情緒平穩到不影響說話內容。
馬英九有時候讓人看來很拘謹，甚至不近人情。他有一位大學時代的好朋友，很早便進入台灣政壇，同樣非常有才華，隻是官運不佳。馬英九雖然比他後跨人政界，卻後來居上，33歲便當上了國民黨中央黨部副秘書長。
朋友想，大家是這麽好的朋友，讓他提攜一下，應該沒什麽問題。台灣政壇就這個風氣，誰不拍誰不送？他買了些東西去拜訪馬英九，結果，禮物被馬英九退了不說，提攜的話，也被馬英九堵回去了。事後，他心裏很氣，暗想，真沒想到，你是這麽個不近人情的，早知就不來求你了。
事過多年，他對馬英九不沾鍋的性格有所了解，也將這事忘了，仍然和馬英九保持著友誼。馬英九當上台北“市長”前後，他在政界混得不如意，便急流勇退，棄政從商，自己去辦雜誌去了。
不久後，兩人在一次活動上相遇，馬英九問起他的近況，他如實以告。
馬英九立即說：“好，我要訂你的雜誌，一年多少錢？”他心想，都這麽好的感情，哪裏需要你訂？立即說：“你不用訂了，我每期給你寄。”
圈內的規矩，如此熟人，又是名人，贈閱雜誌，是平常事一件。他也確實打算以後按期給馬英九贈雜誌，這應該不算是行賄吧。豈料沒過幾天，收到一張匯款單，是馬英九寄來的1000元新台幣，訂雜誌的。他給馬英九打電話。馬英九說，既然是朋友，我自然應該幫你。當時，這位朋友的感覺是，馬英九的思維，和別人是完全不同的，他做事有自己的原則，哪怕是在一些看上去極小的小事上。
馬英九還有一位朋友，是花蓮縣的“縣長”，兩人的私交不是一般的深厚，彼此來往，禮尚往來是難免的。馬英九祖籍湖南，家裏一大幫湖南人，因此愛吃辣椒。花蓮縣出產一種辣椒醬，在台灣非常有名。這個朋友每次來台北，不帶別的禮物，隻給馬英九帶辣椒醬。但對於收禮，馬英九的原則極強，朋友帶來的如果是2瓶，他也就算了。隻要超過3瓶，他一定要在市政府的收禮記錄簿上登記。
設立市府工作人員收禮登記製度，是馬英九當上台北“市長”後的一項政績。這個簿中，馬英九的記錄自然是最多的，在他的名錄下，多的到數千元的禮物，少的隻要價值超過百元新台幣，他一定要登記。這個登記簿，使得馬英九的仕途如水透明。
馬英九當官，不全都是風光的時候，也有頗為尷尬的時候，甚至被汙辱的時候。一次他去龍山寺拜票，一行人剛剛走進去，突然，牆角邊有人大聲用台語喊他“馬英狗”，
