玄奘為擺脫京師世俗煩擾,而要求將佛經譯場遷往宜君玉華寺。在此譯完秩部浩繁的六百卷《般若》之後,自覺身力衰竭,知無常將至,而向門人囑咐後事。喪葬宜從儉省,可以用粗席裹送。葬地選擇在山澗僻靜的地方,切不要靠近宮寺。囑後不久,即幹麟德元年(664年)二月五日去世。唐高宗聞訊後,為之罷朝數日,勅令將玄奘靈柩移歸京師。喪事所需並令官給。玄奘的弟子們謹尊遺命,用粗席為輿奉靈柩還京。但在入葬時,由於皇室的幹預,都內豪貴,僧尼士庶為其大造殯送之儀,以幡帳、泥洹、帳輿、金棺、銀槨等五百事隨葬。送葬者來自周圍五百裏內,達百萬之眾。舉行了一個既豪侈又張揚的葬禮。又奉勅將遺體葬在長安城外咫尺的水東岸的白鹿原上。違背了玄奘喪事從簡,遠離宮寺的遺言。
唐高宗李治晚年,患風痹之疾,又受製於皇後武則天,疾病憤懣,其心緒可想而知。而座落在龍首原上的大明宮內,抬首即可看到白鹿原上的玄奘墓塔,因之常引起高宗的傷感,遂於總章二年(669年)下勅徙葬玄奘於樊川北原,並營造塔寺,即今日所見的興教寺玄奘塔。玄奘入葬五年餘,即遭遷葬,這是違背玄奘遺言的第一個惡果!
興教寺玄奘塔下之唐大遍覺法師塔銘由於厚葬的習俗,自古就有盜墓的現象。雖對盜墓者處以極刑,但在升平時期,也總有極少亡命徒,幹這種遭人唾罵的勾當。而在改朝換代的紛亂年月裏,法紀蕩然,就有人明火執杖的掘墓發財。更有憑借政治、軍事力量大張旗鼓的盜掘前代帝後陵墓。其目的不隻為發財掘寶,而且是為了發泄階級仇恨。如秦末項羽入關之掘焚秦始皇陵。西漢末赤眉軍入長安盜掘高祖長陵等西漢十一陵。唐末戰亂,有人垂涎玄奘隨葬之金棺、銀槨等珍寶,趁紛亂之際,糾合無賴盜掘了玄奘的靈塔。但將此暴行轉嫁到義軍領袖黃巢的頭上,當然是無稽之談!由於厚葬,招致玄奘靈塔的被盜掘。這是違背玄奘遺言的又一個惡果!