玄奘帶著解決中土佛教義理紛雜歧異的目的,而遠遊五印度,決心取回《瑜伽師地論》的原本,以釋眾疑。至印度後,他在印度的學術中心——那爛陀寺,就學於年已逾百的宗師戒賢,得到印度瑜伽學派的嫡傳。印度瑜伽學派是佛教大乘有宗的的主觀唯心主義的思想體係。為公元四、五世紀間的無著、世親兄弟所創。後經過陳那、護法等,而傳至戒賢的。德高望重的戒賢是當時那爛陀寺內的首席宗師,他對玄奘不遠萬裏,尋求哲理的精神很欽佩。因此對玄奘格外器重,熱情地向玄奘傳授了瑜伽學派的經論。
大雁塔東門楣佛像玄奘在慈恩寺總理寺務,主持佛經譯場,講說新譯的經論,特別是傳播闡發了瑜伽學派的義理,培育了大批青年僧徒,號稱弟子三千。遂使慈恩寺成為名揚國內外的佛學研究中心。並在這裏開創了我國佛教各宗中,哲學色彩最為濃重的“唯識宗”。它依《解深密經》《瑜伽師地論》等,宣揚“萬法唯識”“心外無法”的主觀唯心主義。依唯識論所說,宇宙萬物,都不過是心識所呈現出的影像,世界上隻“唯”有“識”並無“境界”,完全否認客觀世界的存在,故名“唯識”。又因為它用許多煩瑣的唯心主義的概念,對客觀世界的物質、精神現象以及宗教的臆想世界,進行概念分析、解釋,故又名法相宗。由於這個宗派創始於玄奘,宏楊於他的弟子窺基,而他們都住慈恩寺,故將慈恩寺稱作它發祥的“祖庭”。或直接稱它為慈恩宗。
玄奘一生致力於法相宗經論的傳譯,而他的弟子窺基則致力於此宗義理的闡發。窺基之後,傳慧沼、智周等。在唐代此宗盛極一時,而且也東傳日本、朝鮮等國。不遠萬裏來長安的日本學僧道昭、智通、智達等,都先後學法相宗於玄奘。道昭等將法相宗帶回日本,以元興寺為中心,廣為傳播,稱南傳寺。開元四年(716年)日本學僧玄昭入唐,從智周學習幾二十年,始東歸日本,弘揚法相宗於興福寺,稱北傳寺。法相宗至今,仍是日本佛教中一個隆盛的宗派。玄奘的新羅弟子們,也將此宗傳入朝鮮。
由於玄奘卓越的學術、宗教方麵的建樹,遂使慈恩寺成為名揚四海的佛教名刹。日本、朝鮮的學僧,以及印度、西域諸國來長安的僧人,大都慕名住在慈恩寺中。