奧密克戎病毒感染細胞出現了嚴重的障礙

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英國劍橋Ravindra Gupta的工作,第一作者是華裔Bo Meng。

香港科學家發現奧密克戎對肺部低感染時,我曾預測它對其他組織的影響也值得研究。現在英國劍橋印度裔和華裔科學家對消化道的研究資料首次公布,並且揭示出奧密克戎感染性的進一步機製。

這個機製是奧密克戎在與ACE2受體結合後,不能利用細胞內的蛋白酶TMPRSS2將這些S蛋白與受體結合物切割。奧密克戎失掉TMPRSS2的切割功能後,必須轉向利用其他蛋白酶以完成類似功能才能生存,但是其他蛋白酶的效果不佳。

英國科學家通過質粒將Delta的S蛋白和奧密克戎的S蛋白轉染到細胞內,最終S蛋白會跑到細胞膜上,這樣他們可以比較研究兩種突變株的S蛋白與ACE2受體結合後導致的細胞融合。實驗結果證明奧密克戎的S蛋白很難造成細胞融合,這是一個十分重要的結果,因為細胞融合對於病毒在細胞間的傳遞意義重大。他們進一步做了全病毒的感染實驗,發現奧密克戎導致形成病毒細胞集落foci的能力明顯降低,這預示著奧密克戎的細胞感染性也會大打折扣。

可以看圖中我用紅色標記注明的奧密克戎的表現,在某種程度上可以說奧密克戎是個缺陷病毒,武功廢了不少。即使奧密克戎更具傳染性,也能逃逸疫苗和抗體,但是進入細胞和組織後危害很輕,它還對抗病毒藥敏感。這可以說,科學家己經找到了奧密克戎致輕症的強大的生化基礎,所以可以放心了。別看那些虛無縹緲的軟科學統計與流行病資料,要看這些硬核的科學。

當然這隻是體外實驗,很能說明問題,但是仍然需要體內實驗證實。他們確實觀察到奧密克戎形成foci 的數量是增加了,雖然大小明顯減小,這是否可以用於解釋奧密克戎的傳染性增加?

中國應該大範圍開放,全世界也舒了一口氣。中國沒有必要這麽緊張和勞命傷財,喬治高應該讀讀這篇文章,然後向高層建言。

通過周圍人估計,恐怕1/3的人己經感染,如果80%為無症狀者,所以基本上都可能感染或者多少接觸過病毒。從這裏可以看出奧克戎存在感染入細胞的嚴重障礙,它又能帶來免疫力,所以揭掉大流行的帽子都有可能。

根據美國CDC的資料,每十萬人感染,未接種疫苗者有9.7人死亡,接種二針和加強針的死亡人數分別是:0.7種0.1。這些數據可以說明二點:第一就是美國對新冠病人的臨床管理進步神速,美國現在即使對未接種疫苗人士的死亡率都隻有0.01%左右,想想剛從武漢傳來時美國的死亡率是2-3%,巨大的進步。這就是我當初在最黑暗的時刻說的,隻要能度過災難期,我們活下來的希望就會增加,可憐那些在武漢死難的同胞,他們麵對的是全然不知的瘟疫。

第二點就是,相對於未接種疫苗者,加強針擁有近乎100倍強的保護力。反疫苗的人士是否看到了這個數據?他們這周末在華盛頓集結遊行反疫苗,可以看他們的花名冊,還好似乎遊行的人數沒有想像的那麽多。他們是以反強製疫苗為名,實質上就是反疫苗,因為高院己經判了強製疫苗令違憲,你們還遊什麽行?

這裏麵的代表人物是Robert Malone,自己在Salk沒讀完博士退學,隻在實驗本上有個膠帶證明mRNA有活性,便將實驗本的那一頁拍照供以後用,連文章都沒有發表就吹牛自己發現了mRNA疫苗。Malone去年得新冠活了過來,然後到處演講說mRNA疫苗能導致災難性的後果。另一位是Robert Kennedy 的兒子,這家夥參與“兒童健康基金會”反疫苗,幾十年都在散布疫苗導致自閉症的謠言。有些天主教徒屬於猛生孩子的保守家庭,11-13個孩子是肯尼迪家庭的常態。



現在轉在傅新元教授朋友圈與他的對話:

“我提議:

學習改革開放初期,是不是中國也拿一個城市作為全麵開放的試點? 讓那城市居民100% 打三次疫苗 或者引進的防護能力較強的mRNA 疫苗?就當那城市 是和美國一樣 全麵開放 成為對國際交往的一個窗口。看看是不是可控?由此試驗 來判斷 中國是不是可以逐漸對新冠病毒和全世界全麵開放?

歡迎轉載[微笑] 特別轉給張文宏醫生 和有關決策人 [合十]

傅新元
2022.1.24”

我的跟帖:“因為中國疫苗效價很低,以政治或其他原因又封鎖複必泰mRNA疫苗,我開始相當擔心中國開放國門後怎麽辦?現在摸清奧密克戎的弱致病性特征後,我對國內開門的危險性不是那麽害怕了。希望中國能夠麵對死亡率低於1%的奧密克戎,開放是遲早的事,不可能全國餓肚子。[握手][握手]”

不過我們再有信心,也要麵對我的斯坦福本科和華大MD的老爸朋友的挑戰:

“我這學物理出生的所謂“計算機專家”對你們這幫“學免疫”,“研究傳染病”的專家們的“預言”都不敢相信了[Facepalm]。計算機的最基本原理是“1”或者“0”。可是,二年來,所有對新冠將“over”的預言,不但不準,而且還有時愈來愈厲害[Grin]”

問題是生物學、免疫學甚至整個醫學都不是定量科學,從來就不是全或無,或者計算機世界的“1”或“0”。

 

紅米2019 發表評論於
新冠病毒感染人體細胞有不同途徑,過去說的比較多的是借助TMPRSS2融合細胞膜這個途徑,但也還有其它的,比如借助另一種蛋白酶Cathepsin,所以還要看其它這些東西的表達情況。我查了一些文獻,但沒找到完整清晰的結論。當然Omicron在上下呼吸道的差異也完全可能有其它的解釋。
遍野無塵 發表評論於
回複: 紅米2019 發表評論於 2022-01-25 08:10:26https://www.nature.com/articles/d41586-022-00007-8
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雖然有不同,但是和結論相反。如果這個不同是原因,應該看到在上呼吸道感染少(於在肺部)才對。
紅米2019 發表評論於
需要稍微調整一下:“是每十萬未接種疫苗人口 (不論是否感染),有9.7人死亡”
sourbaby 發表評論於
同意樓下股市老鼠的評論““每十萬人感染,未接種疫苗者有9.7人死亡”.. 這句的解讀是錯誤的。。 是每十萬人口 (不論是否感染),未接種疫苗者有9.7人死亡”。我仔細讀了CDC網頁和圖表,
是每10萬人口中有9.7個死亡(0.0097%)。這個是人口死亡率,不是感染死亡率。
目前英國給出的奧秘可容的死亡率是大約0.2%,比第一波的2%低了10倍。
那夜的雨 發表評論於
根據公布的數據,按周平均計算,目前美國的感染死亡率是0.3%左右。但是實際的死亡率會筆這個低,我認識的一些人,自己在家隔離幾天就好了,根本沒有進入醫療統計體係。這種情況現在可能不少。
那夜的雨 發表評論於
按周平均計算,目前美國的感染死亡率是0.3%左右
曉龍東雲 發表評論於
同意股市老鼠和紅米2019的解讀,“每十萬人感染,未接種疫苗者有9.7人死亡”,這不需要專家,隻要會加減乘除就知道這不可能。

“回複 '紅米2019' 的評論 : 我是看的專業教授的文字解讀,應該不會錯。”恕我直言,這個回複充滿了傲慢。
紅米2019 發表評論於
遍野無塵 發表評論於 2022-01-24 21:14:24
同意。 任何一種解釋應該能說明為什麽這個變種在上下呼吸道的表現不同。因此必然要找出在上下呼吸道 的免疫係統,剪切酶的表達等,有什麽不同。

Found the following in a Nature article:
"These experiments also identified a plausible player in the difference: a protein called TMPRSS2, which protrudes from the surfaces of many cells in the lungs and other organs, but is notably absent from the surfaces of most nose and throat cells."
https://www.nature.com/articles/d41586-022-00007-8
紅米2019 發表評論於
outcome和month之間還少了一個分隔符/。
紅米2019 發表評論於
sorry,計算結果還需要乘以10萬。
紅米2019 發表評論於
就在那個網頁下方就有下載數據的鏈接,也可以在線查看數據。與12月4日未接種死亡率有關的數據是這些:
outcome month/MMWR week/Age group/Vaccine product/Unvaccinated with outcome/Unvaccinated population/Crude unvax IR/Age adjusted unvax IR
death/12-Dec/202148/all_ages_adj/all_types/2597/44732580.45/5.805611869/9.197037038

不難驗算,2597(Unvaccinated with outcome)/44732580.45(Unvaccinated population)=5.805611869(Crude unvax IR,IR應該是Incidence Rate),隻是年齡校正還需要各年齡段人數。

zuschauer 發表評論於
德國冠狀病毒專家 Drosten 22日接受采訪時說,他擔心 Omicron不會總保持溫和狀態而有可能和 Delta 重組。
https://www.rnd.de/gesundheit/omikron-und-delta-christian-drosten-befuerchtet-rekombination-7IGPSWSYC5AHRC6Z454JNJEUIA.html

Drosten: ?Es ist alles andere als sicher, dass Omikron im abgemilderten Zustand bleiben wird“

Die Omikron-Variante verursacht bisherigen Erkenntnissen zufolge weniger schwere Krankheitsverl?ufe im Vergleich zu früheren Corona-Mutanten. Doch das sei laut dem Charité-Virologen keine Garantie dafür, dass das Coronavirus auch künftig harmloser wird. ?Es ist alles andere als sicher, dass das Omikron-Virus so, wie es jetzt ist, in diesem etwas abgemilderten Zustand bleiben wird“, sagte er. Auch bei anderen Viren wie Influenza wiesen Varianten eine unterschiedliche Virulenz auf.
雅美之途 發表評論於
回複 '紅米2019' 的評論 : 我是看的專業教授的文字解讀,應該不會錯。
紅米2019 發表評論於
從CDC網站下載了原始數據算了一下,以沒打疫苗各年齡組的死亡率為例,是(該年齡段沒打疫苗死亡人數)/(該年齡段沒打疫苗總人數)*10萬。由此計算所有年齡組總死亡率,分子分母分別都需要相加(我下麵的算法是不對的,不能隻加分子),並且要對年齡做調整。
遍野無塵 發表評論於
紅米2019 發表評論於 2022-01-24 16:39:34
這樣看,Omicron進入細胞要比Delta困難,那為何反而更容易傳染呢?NY Times文章的解釋是,其S蛋白上的一些變異,導致一方麵人體的免疫係統難以辨認病毒,另一方麵病毒與ACE的結合更緊密,這可能補償了因相對較難進入細胞而損失的傳播效率。

但是還沒有太明白為何Omicron不太容易進入下呼吸道。Omicron不能利用TMPRSS2,那麽進入細胞需要Cathepsin L,不知道這種蛋白酶是不是在上下呼吸道的表達有不同

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同意。 任何一種解釋應該能說明為什麽這個變種在上下呼吸道的表現不同。因此必然要找出在上下呼吸道 的免疫係統,剪切酶的表達等,有什麽不同。
單單解釋一種現象比較容易,隻有解釋全部現象的解釋才算是理論解釋。
紅米2019 發表評論於
股市老鼠 發表評論於 2022-01-24 20:29:40
“每十萬人感染,未接種疫苗者有9.7人死亡”.. 這句的解讀是錯誤的。。 是每十萬人口 (不論是否感染),未接種疫苗者有9.7人死亡,

對於Overall,你是對的。但各年齡組的圖裏,y軸隻寫了一個Rate,不清楚是怎麽算的。
股市老鼠 發表評論於
“每十萬人感染,未接種疫苗者有9.7人死亡”.. 這句的解讀是錯誤的。。 是每十萬人口 (不論是否感染),未接種疫苗者有9.7人死亡,
紅米2019 發表評論於
又看了一下CDC這個網頁:
https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#rates-by-vaccine-status

還是覺得它的Overall圖表不對,似乎Y軸小了10倍。如果按Age group圖表,把所有Age group的數量加起來,12月4日沒打疫苗的死亡率大約是109人/10萬陽性,也就是大約0.1%。另外需要注意的是,這個日期是死亡病人最初檢測陽性的日子,而不是死亡發生的日期。換言之,死亡可能實際發生在12月底甚至1月份。雖然數據最後更新是1月21日,死亡人數的統計也許還有滯後。最後,這些數據來自部分地區,大概覆蓋美國一半人口,且隻限於有疫苗接種情況,檢測陽性,和死亡完整記錄的病人。
shaanxiwang 發表評論於
如果這個研究結果是正確的,那麽科興和國藥就不可能用現有的細胞株生產出omicron 變種的疫苗。因為它的病毒產量會大大降低。看來遲早還是要用進口的產品來達到未來走出疫情的狀況。
曉龍東雲 發表評論於
回複 '雅美之途' 的評論 : 謝謝!
cowwoman 發表評論於
喜歡兩段文字。
'別看那些虛無縹緲的軟科學統計與流行病資料,要看這些硬核的科學。'

'問題是生物學、免疫學甚至整個醫學都不是定量科學,從來就不是全或無,或者計算機世界的“1”或“0”。'

感謝及時分享各類觀點和論文。
我總覺得每天死亡人數還挺嚇人。我們這裏治療新冠的藥已經到貨一萬劑。
紅米2019 發表評論於
回複 '雅美之途' 的評論 :

那個Overall的圖是不是有問題。如果點Age Group,僅65+死亡就達到44人/10萬人了。
紅米2019 發表評論於
這樣看,Omicron進入細胞要比Delta困難,那為何反而更容易傳染呢?NY Times文章的解釋是,其S蛋白上的一些變異,導致一方麵人體的免疫係統難以辨認病毒,另一方麵病毒與ACE的結合更緊密,這可能補償了因相對較難進入細胞而損失的傳播效率。

但是還沒有太明白為何Omicron不太容易進入下呼吸道。Omicron不能利用TMPRSS2,那麽進入細胞需要Cathepsin L,不知道這種蛋白酶是不是在上下呼吸道的表達有不同。
雅美之途 發表評論於
回複 '曉龍東雲' 的評論 : https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#rates-by-vaccine-status
曉龍東雲 發表評論於
昨天的數據是199744病例,死亡571, 相當於10萬人死280多,9.7人是怎麽算出來的?我知道你引用CDC的數據,能不能給個link。沒有其他意思,就是想明白每天看到的各種數據到底哪個更靠譜。
雅美之途 發表評論於
回複 '曉龍東雲' 的評論 : 10萬人9.7人死亡。
紅米2019 發表評論於
剛看到NY Times一篇文章,也提到類似研究。按他的說法,之前的covid病毒是停留在細胞外麵,通過TMPRSS2融合細胞膜,隻把自己的RNA注入到細胞中。而Omicron則是整個被裝在一個空泡中運進細胞。查了一下,前者是幾乎所有冠狀病毒共通的,而後麵這種方法,似乎過去隻有SARS和MERS可以利用。

文章在這裏,其主題是討論S蛋白中13個罕見變異是如何產生的:
https://www.yahoo.com/news/omicrons-radical-evolution-191819386.html
曉龍東雲 發表評論於
"美國現在即使對未接種疫苗人士的死亡率都隻有0.01%左右", 請教這個死亡率是怎麽算的?昨天的數據是199744病例,死亡571,死亡占病例的0.3%。如果取7天的平均值也是0.3%。
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