維吾爾人是在唐朝中後期從蒙古高原遷徙而來。中原的漢人早在東西兩漢時期就經營西域,比維吾爾人的進入要早了1000年。中原王朝的側重點是絲綢之路的安全和軍事控製,在西漢武帝的時代起就建立了一係列的居民點以屯田實邊,諸如尉犁,輪台,以及後來的撥換城,交河,高昌,等等。高昌曾經是一個以漢民族為主體的古國,公元640年被唐太宗的大將侯君集所滅。
南疆的和田古國(古時稱作於闐)信奉佛教,在唐朝時就全麵漢化。宋朝時於闐古國被信奉伊斯蘭教的喀喇汗王朝所滅,其原住民不是被剿滅就是融入到後來的維吾爾民族裏去了。
唐朝的安史之亂後,中原王朝的勢力徹底退出了西域,即使蒙古族的元朝也沒控製到新疆。直到乾隆平定準格爾,西域新疆在分離了1000年後才從新回到中原的懷抱。
民族的認同和融合是一個漫長而又痛苦的過程,伴隨的是血腥和殺戮。