在（4）中我們談到組成思維活動的可能是大腦神經網絡耗散結構的一係列狀態。就起源來說，這個活動是動物“刺激-信息處理-反應”行為模式中間的“信息處理”模塊能夠自己控製自己而獨立出來的一環。所以，人的思維受兩類因素影響：一類是外界刺激，如“感時花濺淚，恨別鳥驚心”之類的觸景生情；另一類是維持大腦耗散結構運行的體內新陳代謝狀態，如血糖低了會在大腦內產生饑餓感覺，從而觸發“開冰箱找東西吃”的念頭。如果這些念頭自己沒有意識到，就可能使潛意識的，或無意識的，甚至是本能的。如果說人類區別於動物就是因為這個自我意識，那麽人的休閑養性就是強化自我意識的訓練。
當一個人發脾氣的時候，這放火最初的那一念是自己沒有意識到的，如果自己意識到了，或許就不會不顧場合地發脾氣了。佛家管這叫無明火。所謂無明火，就是發火來自無明，所謂無明，按照我的理解，就是無自我意識之謂也。儒家講人要有自知之明，把“自知之明”這個詞放到我的精神模型下理解，就是動心起念要自我意識到。所以，禪坐和西方精神病療法相通的地方之一，就是把大腦中的潛意識發掘出來，讓它變成顯意識，這樣就使得“刺激-信息處理-反應”的模式不是被動地受外界刺激就反應的模式（成見），而是變為“刺激-思考”和“思考-行動”兩部分，這時人的行為就脫離動物的本能，成為行為的真正主體。
道家修煉，從調息靜默入手。就是調整身體新陳代謝運動，使得體內新陳代謝穩定，這樣才能使得大腦耗散結構穩定和容易自我控製。比如林黛玉體弱多病，就容易多愁善感，而現代高血壓患者，則容易衝動發怒，這些都是新陳代謝機能對“信息處理”模塊的影響。所以，中國人本主義的三大宗教，都講究修身養性，性命雙修。高明的氣功師傅傳授氣功修煉方法時往往會附帶勸善教育，這是一個心身互動的過程。心理活動對身體健康的影響是眾所周知的。如情緒低落時食欲就差，據說這是人類進化過程中物競天擇的結果，當原始人遇到覓食困難時（情緒低落），就會降低新陳代謝水平以延續生命。而人的新陳代謝運動大部分是無意識行為（或植物行為）。道家修煉恰恰從有意識調節新陳代謝水平入手，調息，呼吸均勻緩慢，使得心跳均勻緩慢。注意，這實際上是“思考-行動”模式中的“行動”變成了控製新陳代謝水平的行動，而新陳代謝水平反過來間接地控製了思考。修煉功夫深了，就會進入入定狀態，隻意識到意識自己的存在而排斥其它一切感受的幹擾。
“信息處理”過程包括對記憶的運用，有意識的記憶是回憶，如想想昨天所作所為。對記憶有意識的處理是思考，對記憶無意識的處理就有點像佛家所說的業力，行為模式被陷到一個固定模式裏而不可自拔，即便外界“刺激”環境變化了，還是不能得出適當的應對行為。
我們受外界刺激，但“信息處理”按照業力有選擇地處理並導致應激行為，那麽，究竟這個業力選擇了什麽信息來構造自己的行為呢？這個構造過程是在自我意識監督下進行的呢還是不上控製地無意識或下意識行為呢？這裏就引出了另一個修煉方法，觀看自我意識怎樣受外界刺激而動心起念。觀音法門就是這種修煉方法，這個方法就是專注聽覺感受，對所有聲音引發的動心起念放到自我意識的監視之下，修煉久之，則在修煉狀態下聽覺刺激內引發的所有念頭都甄別過了，許多潛意識被化為顯意識了，最後到達沒有無明念起的純自我意識狀態：入定。佛家稱眼耳鼻舌身意為六賊，可以理解為外界刺激會引發業力做出無意識或下意識行為。
自我意識，是“信息處理”模塊獨立自主的關鍵。精神病無法控製自己行為，就是這個模塊失去了獨立自主。西方精神病療法與中國傳統修身養性的修煉方法相通的地方，就是把潛意識變為顯意識。而中國傳統修煉方法還加強了意識對感覺和身體內部內分泌對行為影響的有意識的控製。人於動物的區別就是人有獨立的自我意識，而中國傳統修煉就是強化了人的本質特性。
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