富蘭克林他們剛把堡壘建成，他就收到了州長的信，信上說如果他這邊的事情完成了，就回議會開會。富蘭克林在議會的朋友們也寫信讓他回去開會。當時富蘭克林要建的三處堡壘都建成了，他就打算回去，正好一個上校在他們那兒參觀，這個上校很願意接替他。富蘭克林把這個上校介紹給大家，就離開了。
富蘭克林回到了費城，馬上發現那裏的誌願軍組織發展地很好，居民們自發地組成了分隊，選出了隊長，上尉等各級軍官。這些軍官選舉富蘭克林當上校，富蘭克林這次接受了。他們大約有一千兩百人，還有一支炮兵。這支炮兵在他第一次巡視的時候，在他的房子前開炮慶祝，把他做電子實驗用的玻璃器皿都震碎了。他的上校職位也同樣脆弱，因為他們的誌願軍組織被英國給駁回了。
富蘭克林在當上校的短暫期間，有一次要去弗吉尼亞，他手下的軍官們自發地決定把他歡送出城。正當他在家門口要上馬的時候，有三四十名軍官穿著軍服過來了。富蘭克林事先不知情，要不然他一定會阻止的，因為他不是這種張揚的人，但是現在他又無法拒絕他們。更糟糕的是，這些軍官們一出發，就一路上都把刺刀亮著。莫瑞斯州長知道這件事的時候非常憤怒，因為他在位的時候，沒有人給過他這麽高的榮譽，而且他認為隻有王子才能受到這樣的待遇。富蘭克林對這些禮節上的事情並不是十分清楚。
州長本來和富蘭克林因為私產繳稅的事情就有過節，現在因為這件事對富蘭克林更加不滿。他向英國首相告狀，說富蘭克林是為國王服務的最大阻力，因為他借助在議會的影響力，阻撓籌錢議案的通過，他的軍官儀仗隊也說明了他想借助武力推翻他這個州長。
盡管富蘭克林和州長之間有各種矛盾，但是他們兩個私人之間並沒有什麽仇。富蘭克林想，也許是因為州長是律師出身，認為他們之間的爭鬥隻是他們代表他們的客戶的職業習慣。州長有時候還會友好地對富蘭克林為難的問題提出建議，有時也接受富蘭克林的建議。
當布將軍打了敗仗的時候，州長急忙叫人找富蘭克林回來，商量如何不讓後方遭到遺棄。富蘭克林記得給他的建議是，讓敦巴將軍帶領軍隊到前方去防衛，等得到殖民地的支援後，就可以再遠征。等到富蘭克林從前線（建堡壘）回來的時候，敦巴將軍的軍隊因為被調遣到其它地方，州長想讓富蘭克林當將軍，繼續先前的計劃。富蘭克林並不認為自己有軍事才能，覺得州長高估了他，也許州長覺得富蘭克林深受大眾喜愛，能很快組織起軍隊，在議會也很有影響力，讓議會能籌到付給軍隊的錢，或者還能給私產免稅。州長被富蘭克林拒絕了以後，計劃就沒有得以實施，他也很快離開了政府，由丹尼隊長繼任。
