這時候戰爭結束了，誌願組織也沒什麽事情做了，富蘭克林就集中精力組建學院。他和一些朋友一起，以大家的名義印刷了小冊子來宣傳。他提議花五年籌集五千英鎊，很快就進入了執行階段，大家選出了二十四名受托人，任命當時的總檢察長和富蘭克林一起起草學院的政策，並且大家簽字通過。同年，1749年，學院就找到了房子，正式開始了。
但是學生增加得很快，很快房子就太小了。當他們找了一塊新地，準備建房的時候，有一個由各個宗教組成的聯合組織找上他們，願意把他們的一個大教堂提供給他們。這個組織因為逐漸分散，有一個教會退出，他們就推舉富蘭克林這個中立者作為受托人之一。又因為當初建這個教堂的轟動勁過去了，這些年他們收上來的錢變少了，付地租和一些其它債務很困難。
富蘭克林同時作為大教堂和學院的受托人，他有機會和雙方談判，最後雙方達成了協議，教堂給了學院，學院償還教堂的所有債務，而且把一處大廳給傳教士們偶爾使用，還給窮人的孩子提供免費教育。在協議簽訂，學院開始償還債務之後，學院馬上把高高的大廳改建成幾層，分為不同的學校，又加買了地，當整個都合適使用以後，學生們就搬到了新樓。
富蘭克林擔負起了買建材和監督施工的任務，而且很高興地做，因為他自己的生意交給了一個非常能幹和誠實的合夥人。他很了解這個合夥人的為人，因為這個合夥人以前給他幹過四年。這個合夥人承擔了印刷行的所有事情，富蘭克林隻需要定期拿他那部分的贏利。他們的合作成功地延續了十八年。
這個學院的受托人後來也被政府委任，學院又得到了英國的資助和一些業主贈予的土地，因此擴建了很多，成為了費城大學。富蘭克林從一開始就是學院的受托人，一直做了近四十年，他非常高興地看到很多年輕人受到了教育，提高了能力，能為公眾服務。
（注：據查這個學院就是賓夕法尼亞大學的前身。）
