1945年8月26日，陳毅任新四軍軍長，饒漱石任政治委員。

1945年春，新四軍繼續開展攻勢作戰。為執行中共中央賦予的發展東南的戰略任務，第1師3個團由蘇中渡長江南下，與蘇南、浙東部隊會合，1月成立蘇浙軍區，粟裕任司令員，譚震林任政治委員（未到職），下轄第1、第2、第3縱隊（4月，蘇中軍區教導旅3個團南下編為第4縱隊），後進軍蘇浙皖邊區，勝利地進行了天目山戰役。與此同時，歸中央軍委直接指揮的第5師一部配合八路軍南下支隊，在發展湘鄂贛邊後，繼續南下湘粵贛邊。1～8月上旬，新四軍各部隊發動春夏季攻勢作戰，先後攻克阜寧、睢寧等縣城及重要據點100餘處，殲滅日偽軍3萬餘人，為全麵反攻創造了有利條件。1945年8月8日，蘇聯政府對日宣戰。9日，中共中央主席毛澤東發表聲明，號召舉行全國規模的反攻。10～11日，中國解放區抗日軍總司令朱德命令各解放區武裝部隊，向一切敵占城鎮和交通要道展開全麵反攻，迫使日偽軍投降。新四軍各部隊立即向日偽軍發動猛烈進攻，8月10日～9月2日，共解放縣城30餘座，殲滅日偽軍5萬餘人，基本肅清了長江以北、津浦鐵路以東、隴海鐵路以南地區的日偽軍，使華中、山東解放區連成一片。8月26日，陳毅任新四軍軍長，饒漱石任政治委員。9月2日，日本政府簽字投降，抗日戰爭勝利結束。與此同時，中共中央為爭取國內和平，防備國民黨軍隊進攻，製定了向北發展、向南防禦的戰略方針。9月，新四軍第3師調赴東北。10月，軍部率主力大部北移山東。留在華中的新四軍部隊，於11月組成華中軍區和華中野戰軍。12月3日，新四軍軍部與山東軍區合並。