對1958年高指標政策造成的後果，與會者在認識上出現了分歧，柯慶施等強調“大躍進”的成績是主要的，雖然承認出現了一些問題，但並不嚴重，並認為通過第一次鄭州會議以來的工作，問題已經解決。應當鼓足幹勁，繼續躍進。但黨內中下層幹部也多有懷疑和埋怨，認為大煉鋼鐵得不償失，人民公社搞砸了，黨外民主人士多有非議，也被蘇聯“老大哥”認為是錯誤的。而在毛澤東看來，這些以及彭的信在挑戰“三麵紅旗，”動搖全黨、全國繼續躍進的信心。7月22日，柯慶施等人向毛澤東提出“頂住這股風，不然隊伍就散了”，認為彭德懷的信是對著總路線和毛澤東的[2]:111。於是，毛借此信，發動了一場反右傾機會主義的鬥爭，以再次激起人們的“革命幹勁”，實現工農業的生產大躍進，從而扳回1958年的敗局[9]。
7月23日，毛澤東在全體會上發表長篇講話，說：現在黨內外夾攻我們，彭德懷的信表現了“資產階級的動搖性”，是向黨進攻，是右傾機會主義的反黨綱領，稱他們“碰了一些釘子，頭破血流，憂心如焚，站不住腳，動搖了，站到中間去了。究竟中間偏左偏右，還要分析。重複了一九五六年下半年、一九五七年上半年犯錯誤的同誌的道路。他們不是右派，可是自己把自己拋到右派邊緣去了，距右派還有三十公裏，因為右派很歡迎這種論調。”毛澤東還提出了解放軍跟誰走的問題：“解放軍不跟我走，我就組織紅軍去，另外組織解放軍。我看解放軍會跟我走。”從此，廬山會議由反左轉為反右，開始對彭德懷等人進行批判。[10]:1950-1956
7月26日，會議傳達毛澤東的指示：事是人做的，對事也要對人。要劃清界線，問題要講清楚，不能含糊。同一天，會議又印發了毛澤東對李雲仲來信[11]的一個很長的批語：“現在黨內黨外出現了一種新的事物，就是右傾情緒、右傾思想、右傾活動已經增長，大有猖狂進攻之勢。”“反右必出‘左’，反‘左’必出右，這是必然性。時然而言，現在是講這一點的時候了。”[10]:1957-1958在這之後，對彭德懷等人的批判明顯升級，批判內容由會議發言轉到包括清算“曆史舊賬”在內的全麵揭發與批判.許多人在發言中指責彭德懷等人要在廬山掀起一場鬥爭，反對“總路線”。彭德懷等人在高壓之下不得不在小組會議上檢討[3]:548-549。
7月31日和8月1日，中央政治局常委會召開兩整天會議，對彭德懷進行批判。會議認定彭德懷的信是“右傾機會主義”綱領，宣稱彭黃張周四人結成反黨集團，進行有組織有目的的活動。毛澤東說彭德懷曆史上與他“三分合作七分不合作”，從哲學問題上稱彭德懷是資產階級世界觀，方法論是經驗主義的[4]:380-381；林彪在會議上宣稱彭德懷是“偽君子”、“陰謀家”、“野心家”，指責彭德懷“隻有毛主席能當大英雄，別人誰也不要想當英雄，你我離得遠得很，不要打這個主意”。兩次常委會後，毛澤東把列席的黃克誠、周小舟、周惠、李銳留下來，又談了一陣。說讓他們列席會議，是為了受教育，不要再受彭德懷和那封信的影響。毛澤東對爭取周小舟看得更重一些[12]。
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