現在植物轉基因主要依靠改造的土壤農杆菌方法。土壤農杆菌是從植物長成的大瘤子裏分離得到，裏麵含一個可以自我複製的大質粒（一種環狀DNA），Ti質粒。
附圖就是Ti質粒的大致結構。土壤農杆菌感染植物傷口後，把Ti質粒上那段T-DNA轉進植物細胞。注意，這是一個非常精確的轉移，隻有左右邊界（left and right border)之間的DNA才能轉進去，誤差通常不超過幾個堿基對（一般單個基因上千對堿基），而且大多數轉化隻是一兩個拷貝的轉化（轉基因後可通過篩選除去多拷貝轉化植物）。
天然T-DNA裏有生長素基因，和美國佬在越戰中使用的橙劑是一類物質，不過效果差一些。這個基因刺激植物細胞無限生長，給土壤農杆菌提供生活環境。還有一個叫Opine基因，可以利用植物細胞內的成份合成細菌需要的能源物質。
知道了這些，科學家就把左右邊界中間的基因通通打光，插上自己所要轉化的基因。比如抗蟲，抗病抗旱，或某種品質性的基因。這種轉化就是點突變。比如在植物遺傳物質的上億對堿基中插入幾千個堿基，別說比傳統雜交產生的遺傳改變小得多，很多連天然的病毒感染轉化都不如。何況這些基因功能完全清楚。既使有危害也完全可以掌控。比如讓反轉人士神經過敏的Bt基因，其生產的蛋白早在五六十年代就大麵積用於作物生物防治。要讓人絕育估計也輪不到現在了，估計很多反轉人士連生都生不出來。另外，Bt基因轉進植物後，也不是想在那裏表現就在那裏表現。比如轉基因玉米，現在完成可防止它在種子中表達，隻在易受蟲害的葉子呀什麽部位表現。
轉基因植物拿到後，還要經過大量的後續工作。和我們生活相關的就是轉基因產物的毒理實驗，檢測其有無毒性或產生什麽有害的代謝副產物。還有一個環境汙染實驗，比如花粉擴散什麽的。可惜十幾年下來，沒有發現任何可證實的危害。轉基因食品上市後，也沒有發現對人產生任何危害。隻是科學家們沒人願意說絕對的話，誰知道以後某種轉基因植物有無危害？這才給了反轉人士一個空子，以為對轉基因作物的危害，科技界尚無定論。其實，對大多數科學家來說，這個問題簡單得很。哪種轉基因作物出現問題，不種不做就完了。大自然篩選厲害得很，這種人工轉基因作物需要特殊的栽培條件，野外放生連鬼影子都找不到。何況世界上那麽多有毒磨菇，植物，誰看見成天中毒玩完的？
