公眾最關心的對於 生態環境的影響主要有兩個方麵： 首先，轉基因穀物演變成雜草的可能 性，以及轉基因作物向野生種株基因 漂流的可能性。通常野生種群就具有 不同程度的遺傳的雜草化特性，轉基 因作物的抗蟲抗病基因一旦轉入則有 可能增加野生作物遺傳背景中的雜草 性。雜草化是農業生產中一個需要足 夠的管理技術去處理的主要問題。另 外一方麵，在野生環境中轉 基因作物取代或基因滲入其近緣野生種係 ，可能對環境造成的潛在影響。目前大 家爭論的問題就是，轉基因漂流入 近緣野生品種是否會導致自然生物遺傳 多樣性的喪失，或者造成對傳統商業 品種的汙染和破壞，因而給生態環境帶 來長期的影響。
稻田與大量生物間互惠共生形成了稻田 微生物區係，其中包括藻類，微生物， 有益昆蟲，有時還包括商業化養殖的小 龍蝦等。因此，發展有效的農業技術，以減少殺蟲 劑和除草劑的使用，對於維持稻田微生物 區係的生物多態性具有重要作用。通過與 其他物種雜交或基因工程技術導入抗蟲害 基因，例如，導入源自蘇雲金芽孢杆菌 (簡稱 Bt) 基因的應用，就是一個有效地控製蟲害， 同時減少使用農藥而減少對作物以及環境 的影響的方法。
下麵是一些討論如 何處理轉基因作物向野生作物基因漂流的參 考文獻：
- Celis C, Scurrah M, Cowgill S, Chumbiauca S, Green J, Franco J, Main G, Kiezebrink D, Visser RGF & Atkinson HG (2004) Environmental biosafety and transgenic potato in a centre of diversity for this crop. Nature 432:222-225.
- Ming High S, Cohen MB, Yao Shy Q, Altosaar I (2004) Achieving successful deployment of Bt rice. Trends in Plant Science 9:286-292.
- Nap J-P, Metz PLJ, Escaler M, Conner AJ (2003) The release of genetically modified crops into the environment. The Plant Journal 33:1-18.
- Stewart CN Jr, Halfhill MD, Warwick SI (2003) Transgene introgression from genetically modified crops to their wild relatives. Nature Reviews 4:806-817.
