1.農業稅製不科學。從世界各國來看，不論是否單獨開征農業稅，都是對農業商品流轉額或農民的淨所得課稅。但中國農業稅稅基中，卻包括了農民用於最基本的生存支出，如口糧支出、教育支出和醫療支出等。農村稅費改革後，農業稅是按土地的常年總產量計征，沒有考慮當年總收入扣除生產耗費後的實際所得，這個常年產量既包括農民銷售的商品糧，也包括農民的口糧和種子糧等。農業稅實際上已退化為定額的土地稅，或更像地租。
2.稅率並不低。表麵上看，農村稅費改革後，大多數地方稅負都是8.4%，但據專家推算，如果把現行農業稅率換算為按商品征稅，實際稅率則是16.8％。又因為農民在購進農用生產資料時，增值稅不能抵扣，實際農產品增值稅稅負要達到19%。而工業品增值稅一般稅率是17%。農產品增值稅率比工業品高，這在世界上是少有的。
3.稅負不公平。城鎮個體戶的增值稅有月銷售額600元——2000元的起征點，工薪階層所得稅也有月收入為800元的免征額。而農業稅並沒有起征點和免征額，無論土地常年產量是多少，是自用還是外銷都要納稅，按全額計征，這不符合稅收公平原則。
4.不利於提高中國農產品國際競爭力。據國務院發展研究中心韓俊推算，美國每畝玉米農業生產者平均稅收負擔為3.89元人民幣，我國每畝玉米農業稅平均10.72元，另外每畝還分攤24.22元的“三提五統”，生產成本畸高。對於園藝產品、畜產品等具有比較優勢的產品，由於我國設置了較高的農業特產稅率，也削弱了其出口競爭力。
