武漢肺炎病毒與SARS病毒的親源關係 (2)

武漢肺炎病毒與SARS病毒的親源關係 (2)

目前看到的幾篇有關此次武漢肺炎病毒的科學論文個人認為最有價值的是石正麗團隊的一篇：

 

1.  該文通過詳細深入的核苷酸序例等綜合分析明確指出武漢肺炎病毒屬於SARS-related Coronavirus (SARSr-CoV) 家族。這一點其實不是新聞，但能用堅實的科學研究結果來證明(或證偽)一個事關廣大民眾生命安全的重大話題當然是所有人對科學家的期望，也是真正的科學家讓人們敬重的根本原因。

引文: "Further analysis indicates that some of the nCoV-2019 genes shared less than 80% nt sequence 77 identity to SARS-CoV. However, the seven conserved replicase domains in ORF1ab 78 that were used for CoV species classification, are 94.6% aa sequence identical 79 between nCoV-2019 and SARS-CoV, implying the two belong to same species"

注：ORF指 Open Read Frame.   通過序列分析及其它綜合分析有相當高可信度(Almost certain) 病毒這一蛋白在宿主體內被表達出來了而且對病毒的病理過程有重要作用。但對這一“假設"的蛋白功能目前了解尚不充分。

 

這次武漢肺炎病毒雖屬於SARS-related Coronavirus (SARSr-CoV) 家族，但又有其獨特之處(novel),   所以武漢肺炎症狀亦有不同於2003年SARS之處，這些都有待於相關科學醫學專家和工作者們進一步跟蹤深入研究。

 

2.  令人吃驚的一點是石正麗團隊第一次發表了下麵這一結果： 該團隊從雲南蝙蝠體內提取到的一株病毒測出的基因核苷酸全序列96%和這次武漢肺炎病毒相同！！！  那編碼的病毒蛋白序列恐怕相同性(Identity%) 會更高。 這樣的話還一定需要一個中間宿主嗎？  這株蝙蝠病毒會直接感染人嗎？ 這是個令人極為關切的重要問題。GenBank目前還沒有檢索到這株蝙蝠病毒(bat CoV RaTG13)的全序列。

引文: “We then found a short RdRp region from a bat coronavirus termed BatCoV RaTG13 83 which we previously detected in Rhinolophus affinis from Yunnan Province showed 84 high sequence identity to nCoV-2019. We did full-length sequencing to this RNA 85 sample. Simplot analysis showed that nCoV-2019 was highly similar throughout the 86 genome to RaTG13 (Fig. 1c), with 96.2% overall genome sequence identity. The 87 phylogenetic analysis also showed that RaTG13 is the closest relative of the nCoV-88 2019 and form a distinct lineage from other SARSr-CoVs (Fig. 1d).”

 

下圖選自該文圖1c以便進一步細看一下SARSr-CoV家族中這些己知病毒間的親疏運近關係。這一家庭可分為二小枝(也許可以考慮叫“亞型” subtype?)，武漢肺炎病毒與2003年人SARS 病毒及眾多蝙蝠SARS 病毒在二個不同小分枝。但是最重要的結果之一是一株蝙蝠病毒和武漢肺炎病毒在同一個核心家庭裏了(96% by identity) 。

 

全序列同源性分析是必做的第一步，接下來的問題就有不同之處在哪裏呢？  分布狀況如何等等？ 。。。下圖選自該文圖1b.   作者做了分析及非常直觀的圖象表達(profile)。

 

石正麗團隊通過實驗證明武漢肺炎病毒利用2003年SARS病毒同樣的關鍵性機理(即人細胞膜ACE2受體)侵入細胞。

 

http://dx.doi.org/10.1101/2020.01.22.914952

“Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in 2 humans and its potential bat origin”by Zhou P. … Shi, ZL et al

 

1/24/2020

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• 兩種病毒有96%的親緣性， 根據基因組長度有1200個突變， 彼此間隔25年的進化時間。 -燕京十景- ♀ (0 bytes) () 02/10/2020 postreply 16:14:19