1949年8月，湯任福建省政府主席兼廈門警備司令。9月14日，行政院會議通過，簡派湯恩伯為福州綏靖公署主任[13]:9009。10月7日，蔣介石抵廈門，“在湯恩伯寓所召集團長以上人員加以慰勉”[16]:253。10月16日，解放軍占領廈門後，湯恩伯將總部移到金門。10月20日午間，蔣介石急電駐守金門陣地之湯恩伯，告以：“金門萬不能再失，必須就地督戰，負責盡職，不能請辭易將。
湯恩伯督導李良榮第二十二兵團，在胡璉第十二兵團部分抵金門後，參酌顧問林保源之建議，讓渡海進攻金門的解放軍全數陣亡、被俘，是為古寧頭戰役（金門戰役）。之後前往台灣任中華民國總統府戰略顧問。
在陳誠、湯恩伯之下，金門島上的國民黨軍隊則是由兩個兵團部具體指揮，分別是李良榮的第22兵團部，胡璉的第12兵團部。
胡璉，民國陸軍一級上將，黃埔軍校四期畢業，是國民政府統治大陸後期的著名將領。蔣軍中有“二胡”，胡宗南與胡璉。前者號稱“西北王”，後者號稱“金門王”。今日台灣軍隊流行的口頭禪是:“十個西北王，抵不上一個金門王。”
金門戰役之後，很長一段時間內我軍一直想做重戰金門、解放台灣的準備。蔣介石則一直讓胡璉固守金門，就是因為他熟悉我軍。1977年胡璉逝世，遺囑將自己水葬於金門、廈門之間的海底深處，自稱“長眠海域，魂護台、澎”。
李良榮陸軍中將，黃埔一期，為人低調。當年孫中山閱兵時還曾拍拍李良榮的肩膀，稱“好小子”。
在李良榮、胡璉之下，則是有3個軍部負責一線指揮，分別是25軍軍長沈向奎，18軍軍長高魁元，19軍軍長劉雲瀚。
在蔣介石的安排下，林保源從台灣前往金門，擔任湯恩伯第5軍管區司令的顧問，領“中將”軍銜。湯恩伯則尊稱為“顧問閣下”，每天一起吃飯，並且都讓他坐上座。
當時，中國人民解放軍迅速南進，已經抵達福建沿海一帶，集結駐防在廈門。隨後開始登陸金門島。國民黨軍隊負隅頑抗，阻止解放軍的登陸，受到重創。
1952年6月25日，林保源乘坐當時台灣民航空運公司( CAT)的航班回到日本。臨行前，湯恩伯向他頒發了一張題為“義薄雲天”的感謝狀，稱讚“危難生死置之度外”，落款是“湯恩伯”三個字。
